genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17018940--17019030	45	2.0	45	91	0	146	23	18	27	30	1.98
17020573--17020614	18	2.3	19	79	4	50	38	2	23	35	1.68
17022817--17023032	88	2.5	87	86	2	308	31	11	21	36	1.88
17024108--17024233	68	1.9	66	80	6	146	37	21	6	34	1.79
17024268--17024431	69	2.4	69	81	11	167	36	17	7	39	1.77
17024451--17024936	94	5.2	94	73	8	366	33	18	7	40	1.80
17024338--17024939	277	2.2	274	85	5	800	34	18	7	39	1.79
17025634--17025679	21	2.2	21	92	0	74	23	21	17	36	1.94
17030713--17030754	22	1.9	22	85	0	57	47	0	4	47	1.23
17034987--17035035	24	2.0	24	96	0	89	34	6	16	42	1.73
17035650--17035694	23	2.0	23	95	0	81	33	22	2	42	1.66
17049214--17049272	22	2.6	22	76	10	57	28	0	5	66	1.13
17054499--17054586	31	2.8	31	89	0	104	23	7	22	45	1.79
17054518--17054574	17	3.5	17	67	13	57	19	8	26	45	1.79
17064300--17064366	22	2.8	24	73	15	68	35	29	7	26	1.84
17068030--17068093	17	3.5	17	75	19	65	37	28	15	18	1.92
17073953--17074053	40	2.5	40	88	0	139	31	15	21	30	1.95
17089931--17089966	3	12.0	3	93	0	63	66	2	0	30	1.06
17097013--17097110	48	2.0	48	94	3	171	32	7	14	45	1.72
17111131--17111228	11	9.4	11	70	23	61	57	0	3	39	1.14
17111116--17111239	31	3.7	31	75	18	122	56	0	3	40	1.15
17111131--17111228	40	2.4	42	88	6	148	57	0	3	39	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17114536--17114564	14	2.0	15	93	6	51	44	20	6	27	1.77
17116228--17116285	26	2.2	27	96	3	109	44	12	3	39	1.58
17122369--17122460	42	2.2	42	86	0	121	22	31	27	18	1.97
17123739--17123791	25	2.2	25	82	3	63	24	24	24	26	2.00
17127860--17127917	27	2.1	28	87	6	84	41	39	5	13	1.67
17127880--17127936	21	2.8	20	76	12	62	45	35	3	15	1.64
17128631--17128724	9	10.4	9	90	0	143	23	8	24	43	1.81
17148497--17148523	14	1.9	14	100	0	54	40	0	14	44	1.46
17152934--17152965	6	5.3	6	96	0	55	34	18	34	12	1.89
17152966--17152990	4	6.2	4	100	0	50	24	24	52	0	1.48
17154973--17155018	19	2.3	20	78	17	51	50	0	2	47	1.13
17155830--17155867	15	2.5	15	83	16	51	34	0	2	63	1.09
17159467--17159515	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
17160860--17160969	25	4.4	24	77	13	98	23	25	19	31	1.98
17160860--17160969	50	2.2	50	86	3	150	23	25	19	31	1.98
17162955--17163031	15	5.3	14	72	22	52	58	0	15	25	1.38
17162928--17163056	43	3.0	43	87	0	177	54	2	20	23	1.56
17164307--17164403	49	2.0	49	85	4	133	46	7	21	24	1.76
17171030--17171070	18	2.3	18	100	0	82	31	9	12	46	1.74
17188633--17188668	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
17189488--17189538	21	2.4	21	93	0	93	62	7	29	0	1.23
17200324--17200362	19	2.1	19	90	4	62	58	7	10	23	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17207123--17207160	16	2.5	15	84	16	51	39	21	5	34	1.76
17208950--17208999	20	2.4	20	86	6	64	60	2	32	6	1.32
17212572--17212600	14	2.1	14	100	0	58	34	34	6	24	1.82
17217362--17217714	175	2.0	175	99	0	697	35	26	16	21	1.94
17219390--17219616	29	7.8	29	82	5	187	23	25	12	37	1.91
17219394--17219616	58	3.8	57	78	7	207	23	26	12	37	1.90
17236059--17236084	7	3.7	7	100	0	52	30	11	0	57	1.34
17236373--17236410	18	2.1	19	85	5	51	57	0	0	42	0.98
17245131--17245160	13	2.3	13	94	0	51	6	10	16	66	1.41
17245509--17245592	37	2.2	37	95	2	150	48	8	16	26	1.74
17247270--17247316	24	2.0	24	84	16	62	57	6	2	34	1.36
17247370--17247462	49	1.9	48	91	2	150	32	8	11	47	1.71
17252540--17252990	225	2.0	225	99	0	893	31	11	17	38	1.86
17253983--17254031	20	2.5	20	80	6	55	46	16	4	32	1.65
17265821--17265864	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
17268714--17268789	40	1.9	40	94	0	134	40	7	17	34	1.78
17277190--17277232	21	2.0	22	86	4	61	34	4	25	34	1.77
17281154--17281186	17	1.9	17	93	0	57	27	24	12	36	1.91
17282253--17282391	69	2.0	69	85	5	190	48	13	14	23	1.79
17282743--17282798	21	2.8	19	80	17	53	48	3	0	48	1.19
17287248--17287289	16	2.6	16	82	17	59	69	0	0	30	0.89
17287391--17287457	33	2.0	33	100	0	134	35	0	14	49	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17290192--17290312	61	2.0	61	86	0	170	40	13	4	42	1.63
17293896--17294020	63	2.0	63	93	0	214	24	15	9	50	1.73
17307419--17307762	102	3.4	102	88	3	464	29	15	26	28	1.96
17307419--17307756	51	6.7	49	81	5	318	28	15	26	28	1.96
17309524--17309558	18	1.9	18	100	0	70	8	28	0	62	1.24
17312930--17312995	32	2.1	32	91	0	105	27	3	15	54	1.55
17331279--17331317	21	1.9	20	84	5	51	35	7	7	48	1.61
17331420--17331610	50	3.7	52	81	6	210	27	21	27	23	1.99
17331424--17331610	100	1.8	103	81	6	236	27	21	27	23	1.99
17340930--17340987	9	6.4	9	81	0	62	31	8	18	41	1.81
17347076--17347129	27	2.0	27	82	17	67	59	7	7	25	1.51
17354284--17354390	37	2.9	37	98	1	207	35	2	15	45	1.61
17356413--17356461	20	2.4	20	89	3	71	36	0	2	61	1.08
17365078--17365107	15	2.0	15	93	0	51	40	23	23	13	1.90
17365126--17365332	42	4.9	42	77	4	175	28	19	21	30	1.98
17365715--17365765	21	2.4	21	86	0	66	3	45	15	35	1.65
17371358--17371633	9	31.9	9	77	10	290	32	2	19	45	1.65
17371350--17371633	52	5.5	52	86	4	360	32	2	19	45	1.64
17371358--17371633	43	6.4	45	79	9	290	32	2	19	45	1.65
17371623--17371655	12	2.8	12	100	0	66	39	0	18	42	1.50
17373774--17374064	114	2.6	114	78	7	295	42	20	15	21	1.89
17374327--17374491	49	3.3	49	65	20	122	36	32	3	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17374305--17374517	103	2.1	103	92	1	365	38	31	3	26	1.72
17374505--17374774	7	38.3	7	70	10	111	46	32	2	18	1.62
17374305--17374546	103	2.3	103	88	4	328	41	30	2	24	1.70
17374509--17374586	41	1.9	41	84	5	104	52	32	1	14	1.49
17374506--17374786	21	13.2	21	71	13	157	47	31	2	19	1.61
17374808--17374864	22	2.6	21	83	10	69	35	42	7	15	1.75
17375070--17375528	114	4.0	113	89	2	632	26	28	21	23	1.99
17375433--17375594	74	2.2	74	85	3	211	28	24	20	26	1.99
17375319--17375678	188	1.9	188	87	2	535	26	25	21	25	2.00
17389920--17389945	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
17389929--17390032	50	2.0	52	88	3	158	29	17	7	45	1.76
17391758--17391792	18	2.0	18	88	5	54	40	28	2	28	1.71
17397754--17398264	9	58.2	9	75	11	436	33	0	18	46	1.56
17397875--17398264	158	2.5	156	87	3	541	34	0	17	47	1.53
17398255--17398318	16	4.1	16	76	11	62	32	3	14	50	1.58
17398267--17398329	14	4.5	14	72	18	51	34	0	14	50	1.43
17398267--17398336	33	2.3	30	80	9	79	35	0	12	51	1.40
17398377--17398410	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
17398385--17398427	15	2.9	15	89	0	59	58	0	4	37	1.19
17401343--17401428	39	2.2	40	81	6	104	50	20	2	26	1.61
17401519--17401839	116	2.8	114	76	10	298	29	22	17	31	1.96
17413629--17413659	11	2.7	12	90	10	55	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17417737--17417840	41	2.5	41	84	9	124	26	25	20	27	1.99
17417777--17417862	41	2.1	41	88	0	127	31	22	17	29	1.96
17420406--17420437	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
17422067--17422156	31	2.7	33	73	16	87	42	3	2	52	1.30
17423638--17423832	50	3.9	50	76	0	158	22	27	22	27	1.99
17426729--17426786	24	2.5	24	88	2	82	46	8	12	32	1.71
17428614--17428679	31	2.1	32	82	2	80	40	16	13	28	1.87
17435313--17435440	67	1.9	67	81	7	154	25	21	17	35	1.95
17437717--17437775	31	1.9	31	92	0	100	33	1	6	57	1.35
17438451--17438523	25	2.9	25	79	4	85	21	23	20	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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