genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  61  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18658265--18658388	43	2.9	43	80	11	137	21	18	27	32	1.97
18671793--18671818	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
18673965--18674018	25	2.2	25	86	0	72	29	24	11	35	1.90
18674029--18674092	24	2.6	25	87	2	94	28	25	21	25	1.99
18679365--18679400	17	2.1	17	100	0	72	11	11	0	77	0.99
18694335--18694456	59	2.1	59	98	0	235	36	7	19	36	1.80
18694450--18694659	96	2.2	95	80	7	241	35	7	19	37	1.80
18694662--18694833	69	2.5	69	83	6	199	41	4	17	37	1.69
18697180--18697355	41	4.3	41	81	5	196	32	13	29	24	1.93
18698514--18698574	20	2.9	21	87	7	97	45	3	8	42	1.50
18698554--18698730	69	2.6	69	86	2	250	42	3	18	35	1.68
18698901--18699049	69	2.2	68	82	8	185	38	6	21	33	1.80
18699138--18699181	22	2.0	22	86	0	61	40	0	15	43	1.47
18700305--18700718	185	2.2	184	87	2	598	41	7	25	25	1.82
18701011--18701096	8	10.1	8	70	14	57	36	4	1	58	1.27
18701067--18701132	19	3.3	19	81	12	71	37	0	4	57	1.19
18704148--18704181	8	4.2	8	96	0	59	26	14	14	44	1.84
18707063--18707174	60	1.9	57	83	5	143	50	1	2	44	1.26
18707094--18707177	12	7.0	12	73	15	66	50	0	2	47	1.14
18720722--18720934	75	2.8	76	85	4	279	31	24	19	23	1.98
18720835--18721064	102	2.3	102	92	0	379	30	26	20	22	1.98
18729851--18729893	17	2.5	17	92	0	77	46	16	25	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18730762--18730807	22	2.0	23	87	4	67	43	8	4	43	1.55
18731668--18731715	2	24.0	2	95	0	87	0	47	0	52	1.00
18734441--18734508	13	5.0	13	75	21	59	29	4	26	39	1.75
18739702--18739730	14	2.1	14	100	0	58	13	27	10	48	1.75
18740702--18740739	17	2.2	17	90	0	58	36	0	2	60	1.11
18743835--18743859	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
18753685--18753714	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18755899--18755981	30	2.8	32	83	15	90	60	6	2	31	1.34
18755895--18755958	34	1.9	33	87	3	92	59	6	3	31	1.38
18757572--18757858	44	6.6	44	70	9	149	27	21	19	30	1.98
18757572--18757687	45	2.6	44	83	1	133	25	24	20	29	1.99
18757538--18757945	173	2.4	174	86	2	554	27	22	19	30	1.98
18757956--18758349	98	4.0	99	89	1	576	26	23	20	29	1.99
18757956--18758332	197	1.9	198	89	1	587	27	23	20	28	1.99
18757979--18758357	50	7.7	50	68	6	207	26	24	20	29	1.99
18758620--18758763	44	3.3	43	74	7	128	29	23	22	24	1.99
18758574--18758811	88	2.7	88	90	1	352	27	24	21	26	1.99
18760045--18760093	7	7.0	7	82	17	66	14	16	0	69	1.19
18760045--18760093	21	2.3	21	89	6	73	14	16	0	69	1.19
18766985--18767047	2	31.5	2	80	0	54	57	4	1	36	1.30
18766983--18767097	8	14.2	8	69	8	63	60	3	2	33	1.27
18767059--18767129	34	2.0	38	84	15	98	59	2	4	33	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18768221--18768249	15	1.9	15	100	0	58	17	20	27	34	1.95
18768264--18768326	33	1.9	32	87	3	90	11	9	34	44	1.73
18772794--18772834	17	2.3	18	84	12	50	58	14	0	26	1.37
18773262--18773313	24	2.2	24	92	0	86	55	7	1	34	1.39
18775225--18775276	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
18778248--18778273	13	2.0	13	100	0	52	7	15	23	53	1.67
18784052--18784085	13	2.6	13	90	0	50	64	0	11	23	1.26
18791634--18791670	7	5.1	7	87	6	56	81	0	13	5	0.86
18791634--18791670	15	2.6	14	86	4	56	81	0	13	5	0.86
18795357--18795401	18	2.4	17	82	17	54	37	4	0	57	1.19
18799968--18799993	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
18802314--18802419	43	2.5	43	93	0	176	20	17	21	39	1.92
18805302--18805527	124	1.8	124	89	0	353	29	16	21	32	1.95
18806153--18806351	64	3.0	64	86	8	265	48	12	3	35	1.56
18806272--18806371	25	4.2	25	69	13	95	48	13	0	39	1.42
18806174--18806374	70	3.0	68	88	5	268	48	12	1	36	1.53
18806297--18806384	45	2.0	45	93	0	149	51	12	0	36	1.40
18808605--18808631	11	2.5	11	100	0	54	77	0	0	22	0.76
18808688--18808730	12	3.8	12	80	20	56	41	0	30	27	1.56
18809690--18809729	21	2.0	21	85	5	55	25	2	7	65	1.32
18809908--18809952	23	2.0	22	86	4	63	62	2	2	33	1.20
18817440--18817494	24	2.3	24	80	0	65	23	16	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18817744--18817803	27	2.2	27	100	0	120	40	6	18	35	1.77
18818558--18818751	51	3.9	49	80	4	210	25	18	27	28	1.98
18818564--18818751	102	1.9	100	90	3	270	25	18	27	28	1.98
18820091--18820121	16	1.9	16	100	0	62	32	19	22	25	1.97
18822154--18822199	24	1.9	24	86	0	65	17	10	26	45	1.81
18829202--18829284	37	2.3	35	79	6	94	73	2	9	14	1.18
18830952--18831047	3	33.0	3	67	10	56	61	5	4	29	1.36
18836150--18836186	17	2.2	17	100	0	74	37	27	18	16	1.92
18843370--18843696	50	6.6	50	76	6	272	30	21	25	21	1.98
18843370--18843696	149	2.2	149	91	1	521	30	21	25	21	1.98
18850888--18851165	50	5.6	50	80	2	263	29	22	27	20	1.98
18850949--18851165	99	2.2	99	81	5	242	30	21	27	20	1.98
18850893--18851227	149	2.2	149	91	1	537	30	22	26	21	1.99
18854684--18854713	8	3.8	8	90	0	51	23	23	13	40	1.90
18875952--18876001	13	3.8	12	80	17	55	76	0	20	4	0.95
18878079--18878176	44	2.2	44	80	7	110	29	17	21	31	1.96
18878205--18879292	44	23.1	44	64	19	292	33	19	20	26	1.96
18878070--18879299	142	8.7	142	94	0	2073	33	18	20	26	1.96
18879235--18879367	68	2.0	68	96	0	248	34	18	23	24	1.96
18879326--18884182	44	102.6	45	64	19	928	33	19	20	25	1.97
18879097--18879509	210	2.0	210	96	0	763	33	18	21	25	1.96
18879303--18884182	142	34.4	142	95	0	8396	33	19	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18878951--18879651	352	2.0	352	93	0	1195	34	18	21	26	1.96
18884522--18884746	44	4.9	44	72	16	186	32	20	20	25	1.97
18884491--18884808	142	2.2	142	98	0	609	32	19	21	26	1.97
18884665--18884800	44	3.1	44	80	6	125	33	16	22	27	1.96
18884885--18885661	50	15.6	50	71	5	505	32	23	19	24	1.97
18884869--18885661	100	7.9	100	85	1	1009	32	23	20	24	1.98
18903989--18904095	50	2.1	50	82	0	133	28	22	29	19	1.98
18909532--18909844	109	2.9	106	90	3	475	35	18	16	29	1.94
18910170--18910238	35	1.9	37	82	11	90	52	2	10	34	1.50
18910315--18910393	26	2.7	30	73	15	76	49	3	10	36	1.55
18910375--18910404	14	2.1	14	93	0	51	43	0	10	46	1.37
18921012--18921060	20	2.5	19	77	6	53	26	4	24	44	1.71
18920999--18921066	19	3.5	19	74	7	66	27	4	22	45	1.71
18921510--18921542	14	2.4	14	94	0	57	63	0	3	33	1.10
18921560--18921616	17	3.4	16	80	9	69	54	1	5	38	1.33
18926712--18926825	51	2.2	51	95	4	203	47	7	3	41	1.50
18945732--18945782	25	2.0	26	84	3	68	37	9	11	41	1.75
18946416--18946455	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
18948003--18948100	33	3.0	33	81	3	108	46	14	21	17	1.83
18950142--18950170	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
18951910--18952008	17	5.8	17	68	17	53	36	3	5	55	1.37
18951978--18952095	62	2.0	61	85	8	161	39	3	5	51	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18961393--18961429	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
18968002--18968067	30	2.2	30	81	8	71	60	4	7	27	1.43
18973502--18973554	7	7.4	7	93	2	88	26	0	43	30	1.55
18974470--18974494	13	1.9	13	100	0	50	40	24	12	24	1.88
18976350--18976390	21	2.0	21	90	0	64	34	19	41	4	1.73
18976831--18977034	42	4.9	42	79	5	193	21	18	24	36	1.95
18976868--18977022	85	1.8	85	86	2	224	21	20	25	32	1.98
18977523--18977570	23	2.1	23	92	0	78	27	8	18	45	1.78
18978210--18978276	32	2.1	31	94	2	116	25	17	8	47	1.77
18986211--18986252	22	2.0	21	86	13	59	50	0	4	45	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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