Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  38  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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26
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0
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1.9
18
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0
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1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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13
27
29
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1.11
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19
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18
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1.25
11467655--11467755
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3.6
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1
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1.21
11467640--11467752
19
5.9
18
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15
70
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3
2
61
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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23
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46
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21
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1.99
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24
22
23
1.99
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4.6
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18
21
29
1.97
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24
1.98
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2.5
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1
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5.7
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93
0
71
27
10
0
62
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11483923--11484065
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2
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4.3
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58
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10
10
69
1.37
11498328--11498373
22
2.1
22
88
4
67
8
10
10
69
1.37
11499562--11499633
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2.1
35
97
0
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11
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44
1.67
11502790--11502837
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18
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45
2
10
1.50
11502814--11502838
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1.9
13
100
0
50
40
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0
12
1.40
11503138--11503175
9
4.2
9
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0
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18
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11
24
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1.87
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42
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111
35
11
0
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1.38
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19
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20
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30
20
21
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0
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0
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0
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67
0
0
32
0.91
11554960--11555016
12
4.8
12
77
14
55
68
1
0
29
1.00
11554962--11555018
15
3.9
15
81
9
64
68
1
0
29
1.00
11555426--11555483
22
2.6
22
84
7
73
43
17
3
36
1.66
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11555473--11555537
21
3.1
21
90
0
103
36
15
9
38
1.79
11555455--11555549
40
2.5
36
76
15
100
35
17
9
36
1.83
11556305--11556598
44
6.7
44
84
5
362
28
24
18
27
1.98
11556598--11556852
88
2.9
88
91
0
402
19
25
27
27
1.99
11556636--11556774
44
3.2
44
64
8
111
22
26
26
24
2.00
11556621--11556757
45
3.1
45
63
12
111
19
25
27
27
1.99
11563347--11563389
3
14.3
3
85
9
61
67
0
0
32
0.91
11563347--11563403
12
4.8
12
77
14
55
68
1
0
29
1.00
11563349--11563405
15
3.9
15
81
9
64
68
1
0
29
1.00
11563813--11563870
22
2.6
22
84
7
73
43
17
3
36
1.66
11563826--11563923
19
4.8
19
85
9
106
38
16
8
36
1.78
11563860--11563922
21
3.1
21
90
9
112
38
14
9
38
1.78
11592101--11592160
20
3.0
21
76
9
54
35
0
1
63
1.05
11592709--11592756
20
2.4
20
89
0
69
64
2
2
31
1.16
11592690--11592757
20
3.9
17
78
16
68
61
2
2
32
1.26
11593019--11593077
23
2.6
22
76
15
57
44
3
1
50
1.28
11593019--11593087
22
3.1
22
75
17
70
44
4
1
49
1.31
11600628--11600669
21
2.0
21
95
0
75
45
19
9
26
1.80
11607968--11608105
54
2.6
54
78
6
163
21
28
23
25
1.99
11611193--11611221
12
2.3
13
88
11
51
24
0
0
75
0.80
11631627--11631687
31
2.0
31
86
0
86
39
11
9
39
1.75
11632732--11632800
8
8.1
9
72
20
51
63
0
2
33
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11632722--11632777
16
3.5
16
72
16
53
66
1
3
28
1.19
11632761--11632826
30
2.2
29
84
7
80
57
1
9
31
1.39
11633022--11633094
38
1.9
38
100
0
146
26
0
5
68
1.11
11637270--11637313
11
4.0
11
100
0
88
27
18
18
36
1.94
11648474--11648762
120
2.4
120
97
0
553
42
0
3
52
1.24
11650378--11650448
34
2.1
34
84
2
90
33
2
2
60
1.26
11655266--11655294
2
14.5
2
100
0
58
51
0
48
0
1.00
11655439--11655527
25
3.1
30
81
15
116
25
24
6
42
1.79
11661205--11661233
2
14.5
2
100
0
58
51
0
48
0
1.00
11661378--11661466
25
3.1
30
79
15
116
25
24
6
42
1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          193   194   195   196   197   198