genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  81  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25745791--25745844	24	2.3	23	75	9	54	46	5	1	46	1.37
25750605--25750706	49	2.1	47	82	8	116	56	5	3	33	1.42
25751865--25751910	20	2.2	21	85	14	60	39	2	0	58	1.10
25752383--25752410	13	2.2	13	100	0	56	35	14	0	50	1.43
25757081--25757106	9	2.9	9	100	0	52	65	11	11	11	1.48
25759725--25759802	31	2.5	32	89	4	108	35	14	15	34	1.87
25763058--25763195	42	3.3	42	81	2	161	36	18	21	24	1.95
25763128--25763251	42	3.0	41	83	7	142	41	20	13	24	1.89
25766328--25766376	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
25766319--25766376	22	2.6	22	78	10	73	22	1	3	72	1.09
25769573--25769603	12	2.6	12	94	0	53	32	12	16	38	1.86
25783340--25783377	20	2.0	20	90	10	62	21	5	5	68	1.29
25784192--25784400	53	3.9	53	85	1	267	33	15	25	25	1.95
25805983--25806030	20	2.4	20	86	6	62	22	6	6	64	1.39
25807481--25807513	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
25809779--25809808	15	2.0	15	93	0	51	46	13	23	16	1.82
25810681--25810940	43	6.1	43	88	0	378	29	31	18	20	1.97
25810681--25810995	86	3.7	86	83	3	372	30	29	18	21	1.97
25810693--25810965	128	2.1	127	87	2	386	29	30	19	21	1.97
25810693--25810995	43	7.1	42	83	4	317	30	29	18	21	1.97
25813874--25813903	16	1.9	16	93	6	53	63	6	10	20	1.47
25815703--25815737	17	2.1	17	89	5	54	31	14	5	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25821525--25821575	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
25822950--25823196	43	5.7	43	93	0	415	21	19	29	30	1.97
25823307--25823521	117	1.8	117	89	3	335	33	13	13	39	1.84
25824005--25824049	22	2.0	22	91	0	72	37	35	0	26	1.57
25831579--25831862	131	2.2	131	92	1	471	23	25	22	29	1.99
25831873--25832250	171	2.2	168	87	2	531	24	23	22	29	1.99
25831874--25832259	84	4.5	86	89	1	537	24	23	22	29	1.99
25833473--25833517	7	6.4	7	89	7	65	13	17	0	68	1.20
25833462--25833517	14	4.0	14	84	11	71	14	19	0	66	1.26
25833471--25833528	13	4.2	14	77	20	52	13	18	0	67	1.23
25833473--25833512	20	2.0	20	95	0	71	15	17	0	67	1.23
25843010--25843087	15	5.4	14	70	23	56	46	30	0	23	1.53
25843010--25843114	21	4.9	21	73	14	81	44	31	0	22	1.59
25843366--25843913	114	4.8	114	88	0	803	27	24	21	26	1.99
25843360--25843913	227	2.4	227	88	0	822	27	24	21	26	1.99
25850978--25851035	23	2.3	25	80	20	75	50	29	0	20	1.49
25850994--25851040	23	2.0	23	100	0	94	53	25	0	21	1.46
25859965--25860082	40	2.7	45	79	15	147	44	11	11	32	1.76
25860872--25860926	21	2.6	21	97	0	101	21	21	25	30	1.98
25866811--25866995	46	4.0	46	82	1	183	28	22	17	30	1.97
25879361--25879543	51	3.6	49	83	3	213	25	16	26	31	1.97
25879549--25879647	46	2.2	43	82	12	119	24	18	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25880503--25880560	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
25881668--25881693	3	8.7	3	100	0	52	30	0	34	34	1.58
25882980--25883019	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
25882965--25883031	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
25883556--25883777	111	2.0	111	98	0	426	40	14	11	33	1.82
25886454--25886496	9	4.7	9	77	5	50	34	0	0	65	0.93
25886455--25886524	19	3.7	19	74	10	56	28	0	1	70	0.96
25886490--25886523	17	2.1	17	88	5	52	20	0	2	76	0.92
25886629--25886861	92	2.6	88	79	11	229	38	7	16	37	1.77
25887421--25887461	20	2.1	20	86	13	59	43	2	0	53	1.13
25893595--25893640	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
25893799--25893895	45	2.2	45	87	5	135	34	27	5	32	1.79
25893875--25893927	16	3.3	16	94	0	97	20	33	5	39	1.76
25903547--25903614	34	2.0	34	85	5	93	32	22	25	20	1.98
25906258--25906290	17	1.9	17	93	0	57	42	6	0	51	1.26
25906194--25906693	138	3.6	138	90	2	801	40	8	6	45	1.59
25906194--25906693	273	1.8	273	91	1	833	40	8	6	45	1.59
25930292--25930342	6	8.2	6	79	16	50	74	0	3	21	0.98
25934768--25934863	12	7.4	12	70	17	59	51	10	11	27	1.70
25934775--25934863	13	6.8	13	74	13	67	53	10	10	25	1.65
25934852--25934889	19	2.0	19	85	10	51	63	7	13	15	1.51
25937976--25938210	79	3.0	79	80	0	254	24	26	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25938461--25938493	14	2.4	14	90	5	50	30	33	12	24	1.91
25942788--25942986	30	6.7	30	79	5	125	23	24	11	41	1.87
25942788--25942858	29	2.4	30	88	2	99	16	23	12	46	1.82
25942847--25943020	30	5.8	30	81	3	206	25	24	10	39	1.88
25942818--25943012	60	3.3	59	84	2	266	23	25	11	40	1.88
25947411--25947519	40	2.7	40	81	2	121	29	13	23	33	1.93
25951549--25951606	27	2.1	27	80	0	62	27	5	3	63	1.31
25955821--25955866	23	2.0	23	83	8	58	28	10	23	36	1.89
25957340--25957728	50	7.7	50	80	8	369	24	28	19	27	1.99
25960497--25960546	19	2.7	19	82	14	61	70	2	22	6	1.20
25967398--25967436	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
25967663--25967780	23	5.1	23	90	0	182	22	21	23	33	1.98
25971517--25971633	13	8.8	13	67	18	55	34	16	3	46	1.64
25971519--25971654	40	3.4	40	81	3	159	33	17	3	45	1.66
25971630--25971680	26	2.0	26	88	0	75	39	23	1	35	1.66
25971628--25971680	13	4.1	13	72	0	52	39	22	1	35	1.65
25971748--25971787	15	2.9	14	89	10	57	55	10	7	27	1.60
25973834--25974185	126	2.8	122	85	5	472	29	15	22	33	1.94
25973849--25974185	124	2.7	126	87	4	477	29	15	22	32	1.95
25977214--25977430	116	1.9	116	94	0	380	41	9	9	39	1.70
25977428--25977473	20	2.2	22	85	11	62	28	2	28	41	1.68
25977486--25977527	21	2.0	21	90	4	68	28	0	26	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25977428--25977538	50	2.2	50	82	9	145	28	1	26	43	1.65
25977488--25977981	23	20.6	23	77	16	445	29	1	22	45	1.63
25977462--25977981	75	7.2	70	77	16	335	29	1	22	45	1.63
25977605--25977957	98	3.6	98	88	6	534	28	1	23	45	1.62
25977605--25977980	194	1.9	197	91	5	618	29	1	23	45	1.63
25977987--25978072	43	2.0	45	90	4	140	50	12	0	37	1.41
25978494--25978528	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
25979171--25979195	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
25980332--25980455	51	2.4	51	91	2	196	45	0	25	29	1.53
25980436--25980470	10	3.2	11	88	12	54	45	0	37	17	1.48
25981151--25981188	19	2.1	18	90	5	58	55	0	0	44	0.99
25981149--25981191	18	2.4	17	85	11	59	51	0	0	48	1.00
25981160--25981198	18	2.1	19	85	4	53	51	0	5	43	1.24
25981157--25981207	19	2.7	18	81	9	57	54	0	3	41	1.19
25981582--25981666	26	3.3	26	64	18	70	50	9	11	28	1.70
25981588--25981687	50	2.0	50	100	0	200	48	6	16	30	1.70
25981600--25981678	23	3.3	23	64	19	61	49	6	13	30	1.67
25983101--25983337	50	4.7	50	80	3	224	25	16	27	30	1.97
25983110--25983347	51	4.7	49	82	4	219	25	16	27	29	1.97
25983160--25983347	102	1.9	101	87	3	279	24	17	28	29	1.97
25989747--25989773	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
25994410--25994500	44	2.1	44	89	0	137	20	51	15	12	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25995230--25995268	20	2.1	19	85	9	53	48	5	5	41	1.47
26001081--26001113	14	2.3	15	89	5	50	42	9	12	36	1.74
26001273--26001332	18	3.2	18	81	11	68	56	6	0	36	1.26
26001273--26001321	20	2.6	18	84	9	62	57	8	0	34	1.29
26011207--26011241	18	1.9	18	88	11	54	25	0	5	68	1.11
26012657--26012695	20	1.9	21	84	5	53	69	10	5	15	1.34
26020301--26020330	15	2.0	15	93	0	51	13	50	0	36	1.42
26023409--26023442	16	2.1	17	88	5	52	38	0	8	52	1.33
26024530--26024569	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
26024515--26024581	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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