genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8177206--8177776	82	6.8	83	72	13	436	31	25	15	27	1.96
8177098--8177543	171	2.6	171	88	2	619	30	24	15	29	1.96
8177312--8177902	126	4.7	123	89	6	729	30	26	15	27	1.96
8177010--8177695	297	2.3	301	85	3	916	30	25	15	28	1.96
8177313--8177821	252	2.0	253	93	0	867	30	26	15	27	1.96
8184021--8184087	29	2.5	26	71	17	66	56	4	0	38	1.19
8187397--8187512	25	4.7	25	72	3	92	31	20	25	21	1.98
8187587--8187644	26	2.2	26	80	14	66	43	18	17	20	1.89
8196681--8196741	32	1.9	32	86	6	88	36	16	16	31	1.91
8196891--8196943	16	3.2	16	81	2	61	39	16	7	35	1.78
8200047--8200118	30	2.4	30	100	0	144	13	11	26	48	1.76
8200047--8200136	30	3.0	29	88	6	92	13	16	23	46	1.82
8203293--8203329	16	2.3	16	100	0	74	27	10	29	32	1.90
8204268--8204308	21	2.0	21	85	9	57	21	7	9	60	1.52
8206143--8206302	47	3.4	47	90	0	257	35	21	13	29	1.92
8206348--8206386	20	2.0	20	89	0	60	38	15	0	46	1.46
8207493--8207767	135	2.0	135	97	0	523	44	8	28	19	1.80
8208210--8208265	28	2.0	28	96	0	103	41	14	23	21	1.89
8216067--8216134	30	2.3	30	84	5	84	30	16	5	47	1.70
8218468--8218492	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8218495--8218614	39	3.0	40	87	8	163	33	2	0	64	1.07
8218495--8218608	38	3.0	39	85	8	164	30	2	0	66	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8218513--8218575	28	2.2	28	88	8	92	30	0	0	69	0.88
8218533--8218586	28	1.9	28	84	0	72	35	1	0	62	1.06
8222422--8222464	21	2.0	21	95	0	77	13	30	20	34	1.92
8224838--8224872	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
8227968--8228287	75	4.2	76	88	2	398	34	19	23	23	1.97
8227979--8228102	35	3.4	35	66	18	99	33	24	22	20	1.97
8228037--8228232	40	5.2	40	67	17	148	35	18	21	23	1.96
8229960--8229994	17	2.0	18	88	5	54	37	0	8	54	1.31
8236849--8236894	15	3.1	15	81	9	51	47	2	6	43	1.41
8240424--8240486	33	1.9	33	96	0	117	22	26	15	34	1.94
8245131--8245184	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
8247878--8247927	21	2.4	21	82	0	64	22	28	32	18	1.97
8249351--8249383	14	2.2	16	89	10	52	45	36	0	18	1.49
8250617--8250727	54	2.1	54	94	0	195	41	17	21	19	1.90
8251747--8252057	66	4.7	66	87	2	437	28	18	24	28	1.98
8253122--8253188	31	2.1	32	91	2	109	40	22	8	28	1.84
8253858--8253930	25	2.9	25	87	0	92	38	16	13	31	1.88
8261447--8261513	32	2.0	32	91	5	107	47	11	26	13	1.77
8271927--8272065	61	2.3	61	81	2	172	28	12	9	49	1.72
8272516--8272590	31	2.4	30	80	10	89	48	12	14	25	1.78
8273624--8273680	23	2.5	23	75	16	64	50	0	3	45	1.18
8278252--8278291	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8282612--8282670	26	2.3	26	93	0	100	23	15	25	35	1.94
8293117--8293161	23	2.0	23	86	4	65	46	17	2	33	1.61
8293143--8293195	19	3.0	17	73	10	52	33	20	9	35	1.85
8293114--8293171	22	2.6	22	84	7	73	43	18	1	36	1.61
8314255--8314330	12	6.8	11	72	19	52	40	1	2	55	1.22
8315562--8315622	26	2.5	26	80	15	76	24	24	19	31	1.98
8333935--8334054	35	3.3	35	74	13	116	33	18	20	27	1.96
8333877--8334054	76	2.3	76	85	3	243	32	19	21	26	1.97
8336938--8336996	29	2.0	29	100	0	118	27	10	23	38	1.87
8339227--8339271	3	15.0	3	100	0	90	0	33	0	66	0.92
8346811--8346873	33	1.9	33	93	0	108	25	25	20	28	1.99
8351530--8351595	29	2.4	27	85	14	91	6	13	1	78	1.00
8351530--8351588	26	2.3	24	83	13	66	6	13	1	77	1.03
8352375--8352423	20	2.5	19	77	9	53	30	6	4	59	1.41
8352455--8352498	15	3.3	13	82	14	54	36	0	4	59	1.18
8352461--8352498	15	2.5	15	100	0	76	34	0	5	60	1.19
8352461--8352504	15	2.8	16	93	6	65	36	2	4	56	1.32
8354586--8354664	25	3.2	25	78	10	90	29	18	29	22	1.98
8354589--8354766	50	3.6	49	75	9	164	32	20	26	20	1.97
8354597--8354766	25	6.8	25	75	9	118	31	20	27	20	1.98
8354611--8354755	49	2.9	50	75	11	136	33	20	27	18	1.96
8354597--8354767	74	2.3	73	78	7	182	31	20	27	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8358542--8358600	23	2.8	20	79	20	66	45	0	6	47	1.29
8358542--8358600	11	5.7	10	74	21	50	45	0	6	47	1.29
8365127--8365151	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8370406--8370484	11	7.5	11	75	15	69	22	29	1	46	1.60
8370418--8370496	40	2.0	39	92	2	131	25	27	1	45	1.61
8370428--8370487	29	2.1	29	84	6	77	25	28	1	45	1.63
8372327--8372369	18	2.4	18	84	0	50	18	25	9	46	1.79
8376381--8376442	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
8381985--8382038	24	2.3	23	87	12	83	0	14	12	72	1.13
8382274--8382317	3	14.7	3	95	0	79	68	2	0	29	1.02
8382620--8382681	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
8383018--8383286	126	2.1	126	88	1	414	26	22	18	32	1.97
8385698--8385735	15	2.4	16	82	13	51	50	0	5	44	1.24
8389036--8389071	14	2.6	13	91	4	54	33	19	13	33	1.91
8395653--8395705	18	2.8	18	77	5	52	71	1	5	20	1.16
8396256--8396289	17	2.0	17	88	0	50	58	0	2	38	1.13
8400412--8400475	33	2.0	33	84	3	85	45	18	7	28	1.77
8406663--8406699	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
8407488--8407526	19	2.1	19	85	0	51	43	2	20	33	1.65
8412958--8413066	24	4.5	24	72	13	71	16	26	20	36	1.93
8416855--8416898	23	1.9	23	85	0	61	27	0	4	68	1.09
8419689--8420225	44	12.5	44	70	11	238	30	23	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8419649--8419923	128	2.1	128	94	0	487	33	21	18	26	1.96
8419889--8420144	89	3.0	87	75	13	267	28	24	18	28	1.98
8419943--8420271	128	2.6	128	86	4	461	29	24	19	26	1.98
8419633--8420315	345	2.0	345	84	8	892	29	23	18	28	1.98
8419853--8420315	44	10.7	43	70	16	228	28	23	19	28	1.98
8433682--8433707	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
8434922--8434971	24	2.1	23	96	3	91	30	32	12	26	1.92
8443073--8443100	7	4.0	7	100	0	56	42	42	0	14	1.45
8444257--8444347	3	30.3	3	95	0	164	65	1	1	31	1.06
8445927--8446094	63	2.7	61	80	9	162	45	13	3	37	1.61
8445980--8446111	63	2.1	64	88	4	196	46	12	3	37	1.61
8446112--8446143	16	1.9	17	93	6	57	37	3	0	59	1.13
8446310--8446342	14	2.4	14	90	5	50	39	6	18	36	1.75
8446786--8446826	19	2.2	19	86	0	55	41	24	4	29	1.75
8459882--8459928	24	2.0	24	87	4	69	61	4	2	31	1.27
8468060--8468084	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8468989--8469108	62	1.9	62	91	3	197	60	6	5	26	1.44
8472864--8473106	71	3.4	71	88	2	353	27	21	25	25	1.99
8473006--8473220	114	1.9	114	89	3	335	27	20	25	26	1.99
8473120--8473293	73	2.4	73	93	0	294	26	20	27	25	1.99
8472935--8473571	187	3.4	185	90	1	934	27	20	26	26	1.99
8473193--8473407	114	1.9	114	94	0	376	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8473307--8473446	73	1.9	73	92	0	235	27	19	25	27	1.99
8473312--8473465	73	2.1	73	87	0	218	26	19	25	27	1.99
8473785--8473889	14	7.4	14	70	12	70	19	1	31	47	1.60
8473843--8473890	22	2.2	21	81	3	60	20	0	31	47	1.50
8473785--8473889	7	14.7	7	70	11	52	19	1	31	47	1.60
8473934--8473972	20	1.9	21	94	5	71	15	0	33	51	1.44
8473843--8473972	14	8.9	14	69	17	50	19	2	34	43	1.63
8474259--8474299	21	2.0	21	85	9	57	24	0	43	31	1.54
8474235--8474345	22	5.3	21	76	8	84	24	0	39	35	1.62
8478378--8478462	43	2.0	43	85	0	116	35	9	10	44	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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