genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28377308--28377379	34	2.1	34	100	0	144	30	25	9	34	1.88
28383663--28383726	24	2.7	23	72	9	67	43	0	0	56	0.99
28383943--28383995	16	3.3	16	86	0	79	28	26	5	39	1.79
28385381--28385553	45	3.8	45	82	2	177	41	16	21	20	1.90
28385381--28385553	90	1.9	89	82	6	215	41	16	21	20	1.90
28394430--28394468	15	2.5	15	91	4	60	43	5	0	51	1.24
28402424--28402557	64	2.1	63	81	13	152	47	11	10	29	1.74
28414641--28414675	10	3.6	10	92	3	54	45	2	0	51	1.16
28414616--28414684	21	3.4	20	76	9	77	37	2	0	59	1.12
28417168--28417220	23	2.3	24	74	9	56	50	11	7	30	1.65
28419256--28419320	19	3.3	19	75	14	60	36	1	1	60	1.16
28419987--28420105	60	1.9	63	83	5	154	47	3	5	42	1.44
28429874--28429959	41	2.1	41	83	12	115	19	23	8	48	1.75
28429867--28429971	40	2.6	39	83	8	122	19	22	9	48	1.77
28435271--28435306	17	2.1	18	89	5	56	22	8	16	52	1.70
28446178--28446300	42	2.9	42	81	4	149	26	13	32	26	1.94
28447517--28447744	45	5.1	44	66	17	139	30	21	22	25	1.98
28447500--28447865	89	4.1	89	86	1	500	30	22	21	25	1.99
28447704--28448022	159	2.0	159	87	0	458	27	24	22	26	2.00
28447862--28448194	89	3.8	89	88	4	483	28	23	21	26	1.99
28447862--28448194	177	1.9	178	89	1	517	28	23	21	26	1.99
28448525--28448645	44	2.7	44	82	3	127	29	16	21	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28450959--28451002	9	4.9	9	91	0	70	11	34	18	36	1.86
28450950--28451002	18	2.9	18	85	0	79	13	35	15	35	1.86
28450950--28451004	9	6.1	9	89	0	65	12	36	14	36	1.84
28453274--28453422	72	2.1	72	100	0	298	36	5	13	44	1.67
28453514--28453611	13	7.2	13	82	8	115	53	5	5	36	1.45
28453514--28453611	40	2.4	42	89	3	146	53	5	5	36	1.45
28456223--28456258	17	2.1	18	89	5	56	22	8	16	52	1.70
28457377--28457468	30	3.1	30	84	6	123	19	38	3	39	1.68
28467355--28467417	13	4.8	13	88	0	99	41	22	6	30	1.78
28469630--28469691	26	2.3	27	83	8	72	11	19	14	54	1.69
28472196--28472647	224	2.0	224	100	0	904	31	14	22	31	1.93
28477254--28477294	20	2.0	20	85	0	55	41	17	17	24	1.89
28479003--28479074	33	2.2	33	87	5	101	11	27	6	54	1.61
28480263--28480315	10	5.4	10	88	4	72	15	7	1	75	1.11
28480280--28480321	10	3.9	11	90	6	52	19	9	0	71	1.13
28486929--28487019	9	9.6	9	69	22	53	39	0	2	58	1.10
28486937--28486995	21	2.8	21	80	14	68	42	0	1	55	1.09
28487095--28487141	8	5.9	8	80	7	51	17	2	2	78	0.94
28487101--28487143	15	2.9	15	89	0	59	18	0	4	76	0.95
28490660--28490716	29	2.0	29	85	0	78	36	10	8	43	1.70
28496726--28496907	50	3.7	49	80	3	170	29	22	27	20	1.99
28514877--28514903	6	4.5	6	100	0	54	33	0	14	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28515800--28515844	19	2.4	18	79	13	56	60	0	0	40	0.97
28516660--28516705	24	1.9	24	82	8	58	47	0	0	52	1.00
28516878--28516913	8	4.5	8	100	0	72	25	0	0	75	0.81
28521347--28521399	24	2.2	24	90	6	81	30	32	16	20	1.95
28521590--28521758	45	3.8	45	79	3	164	39	13	23	24	1.90
28524652--28524703	21	2.5	21	96	3	97	48	17	26	7	1.74
28527889--28527928	17	2.3	17	86	4	53	35	2	0	62	1.09
28534379--28534633	27	9.5	27	73	10	155	36	19	27	16	1.93
28534394--28534633	54	4.5	53	76	8	200	35	20	27	16	1.94
28534374--28534579	107	1.9	107	85	4	281	35	19	28	16	1.94
28535380--28535418	21	1.9	20	89	5	60	35	10	23	30	1.88
28535554--28535578	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
28535582--28535629	11	4.6	11	80	12	57	60	0	0	39	0.97
28535574--28535631	14	4.4	14	73	22	54	60	0	0	39	0.97
28535586--28535623	20	2.0	20	94	5	69	60	0	0	39	0.97
28544222--28544297	29	2.7	29	89	2	109	36	19	19	23	1.95
28546330--28546401	23	3.0	24	78	15	78	55	1	0	43	1.08
28550296--28550343	19	2.5	20	86	6	71	64	2	2	31	1.16
28550282--28550369	9	9.4	9	74	16	81	67	1	1	30	1.06
28551482--28551506	12	2.1	12	100	0	50	16	8	32	44	1.76
28554305--28554375	28	2.5	28	86	2	106	33	1	0	64	1.02
28555888--28555956	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28556259--28556334	36	2.1	36	80	11	84	51	1	9	38	1.42
28556624--28556668	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
28556871--28556915	22	2.0	23	86	4	65	37	17	6	37	1.76
28557195--28557243	21	2.5	20	83	12	57	59	2	4	34	1.28
28559250--28559291	19	2.2	18	84	16	50	35	4	2	57	1.33
28560909--28560972	22	2.9	22	92	0	101	31	28	15	25	1.96
28564533--28564594	21	3.0	21	65	0	52	37	16	29	17	1.92
28564535--28564690	42	3.7	41	77	6	143	41	16	25	16	1.89
28567497--28567535	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
28567654--28567682	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
28567769--28567821	23	2.3	23	100	0	106	22	20	26	30	1.98
28576283--28576321	19	2.1	19	85	9	53	58	2	0	38	1.12
28576566--28576621	19	2.8	19	89	5	85	41	10	12	35	1.78
28577624--28577674	25	2.2	24	86	13	72	41	1	5	50	1.37
28591184--28591256	35	2.0	37	89	5	114	27	13	8	50	1.70
28591180--28591258	37	2.4	33	73	20	83	27	16	7	48	1.73
28591330--28591393	27	2.4	27	84	2	76	50	4	4	40	1.44
28596283--28596316	18	1.9	18	94	5	61	8	41	32	17	1.80
28606743--28606927	78	2.4	78	85	3	248	32	9	12	44	1.76
28615440--28615494	20	2.8	20	97	0	101	23	21	18	36	1.95
28615742--28615775	10	3.3	10	84	8	50	8	11	11	67	1.42
28617565--28617605	12	3.2	13	86	10	57	75	0	14	9	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28619613--28619685	36	2.0	36	100	0	146	32	2	10	53	1.50
28619663--28619809	6	26.0	6	70	21	95	44	0	3	51	1.23
28619733--28619796	16	3.8	16	75	20	67	45	0	3	51	1.17
28619728--28619796	21	3.5	21	75	18	85	46	0	2	50	1.16
28619717--28619806	37	2.4	37	98	1	171	46	0	2	51	1.13
28620865--28620906	2	21.0	2	100	0	84	50	50	0	0	1.00
28626251--28626350	42	2.4	42	93	0	164	25	28	11	36	1.90
28635833--28635936	43	2.4	43	90	1	165	22	25	32	19	1.97
28637861--28637899	13	2.9	14	81	18	55	64	7	5	23	1.40
28637861--28637912	27	2.0	26	85	11	70	69	7	3	19	1.29
28638216--28638262	17	2.8	17	68	12	51	63	2	2	31	1.18
28638250--28638304	24	2.3	24	78	6	58	54	7	1	36	1.39
28638273--28638336	34	1.9	33	84	9	85	56	4	3	35	1.36
28638501--28638544	17	2.6	17	82	3	54	45	2	11	40	1.53
28638566--28638598	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
28638468--28638600	60	2.2	59	76	7	135	49	2	9	38	1.48
28639020--28639096	19	3.8	19	87	6	100	41	15	6	36	1.73
28639510--28639584	15	4.9	16	93	6	74	29	1	2	66	1.13
28639528--28639609	3	27.0	3	90	7	130	32	0	3	63	1.12
28641164--28641226	6	10.5	6	81	6	65	15	0	7	76	1.01
28641997--28642021	13	1.9	13	100	0	50	32	12	24	32	1.91
28643875--28644031	78	2.0	78	100	0	314	29	15	35	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28653729--28653976	101	2.5	100	87	3	336	31	14	26	27	1.95
28653727--28653980	33	7.6	32	69	10	125	31	14	26	27	1.95
28658176--28658218	4	11.0	4	95	5	79	51	0	0	48	1.00
28659174--28659204	16	1.9	16	93	0	53	45	0	29	25	1.54
28659556--28659592	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
28665647--28665678	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
28665906--28666096	51	3.8	51	80	8	246	29	27	18	25	1.98
28669030--28669054	13	1.9	13	100	0	50	32	32	20	16	1.94
28677885--28677964	38	2.1	38	88	6	119	25	15	30	30	1.95
28679365--28679412	22	2.2	22	88	0	69	45	16	6	31	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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