genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  54  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16261390--16261936	261	2.1	261	82	2	607	29	22	23	24	1.99
16261855--16261998	44	3.3	44	75	12	129	36	18	21	23	1.95
16263636--16263834	104	1.9	102	88	4	301	20	20	25	33	1.97
16263770--16263936	74	2.2	74	89	5	264	22	19	25	31	1.98
16263735--16263936	75	2.7	75	86	3	282	22	19	25	33	1.97
16270117--16270322	75	2.8	76	89	3	319	22	20	25	30	1.98
16290596--16290782	32	5.8	32	86	2	232	39	20	17	22	1.92
16290596--16290782	64	2.9	64	87	0	257	39	20	17	22	1.92
16290596--16290782	96	1.9	96	85	2	259	39	20	17	22	1.92
16290788--16290841	26	2.1	26	92	0	90	37	27	20	14	1.92
16290979--16291040	24	2.6	24	82	5	81	37	25	8	29	1.85
16291059--16291240	27	6.8	27	75	15	121	25	21	19	33	1.97
16291059--16291207	54	2.8	54	76	12	162	26	22	17	32	1.96
16291059--16291302	54	4.5	55	77	10	148	24	20	19	36	1.95
16291183--16291410	81	2.8	82	78	7	257	22	17	20	39	1.92
16291166--16291409	27	9.0	27	79	6	228	22	18	18	39	1.92
16298069--16298126	20	2.9	20	70	10	55	44	22	25	6	1.77
16303041--16303071	16	1.9	16	93	0	53	29	12	0	58	1.35
16316025--16316252	50	4.6	49	75	4	165	22	25	21	29	1.99
16322183--16322243	25	2.4	25	91	0	95	24	24	22	27	2.00
16323911--16324029	44	2.7	44	82	3	141	40	21	14	23	1.90
16329654--16329775	60	2.1	59	85	4	165	18	24	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16329654--16329768	30	3.9	29	80	7	133	19	26	15	39	1.91
16329653--16329917	89	3.0	90	80	5	234	23	24	12	39	1.90
16329692--16329951	119	2.2	119	86	0	358	25	23	11	40	1.88
16329667--16329955	30	9.7	30	73	6	160	24	23	12	39	1.89
16340409--16340530	61	2.0	61	98	0	235	40	9	22	27	1.86
16344783--16344932	41	3.6	41	87	4	203	26	28	17	28	1.97
16347603--16347842	50	4.7	50	84	5	266	27	20	28	23	1.99
16347603--16347845	100	2.4	103	83	5	305	27	20	28	23	1.99
16348093--16348131	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
16352725--16352768	21	2.0	21	82	4	52	72	4	20	2	1.13
16352834--16352917	42	2.0	42	86	4	116	32	13	28	26	1.93
16353988--16354297	88	3.5	88	87	1	442	28	28	23	20	1.98
16354123--16354270	44	3.4	43	69	8	127	25	28	23	22	1.99
16354305--16354768	44	10.7	44	71	14	231	27	21	22	28	1.99
16354295--16354768	217	2.2	217	91	1	770	27	21	22	28	1.99
16354861--16354959	44	2.2	44	77	10	103	30	19	18	32	1.95
16356559--16356601	20	2.1	21	86	4	61	25	2	4	67	1.22
16368207--16368231	7	3.6	7	100	0	50	64	12	0	24	1.27
16374203--16374233	14	2.2	14	94	0	53	45	0	12	41	1.42
16374550--16374599	24	2.1	24	100	0	100	52	0	36	12	1.39
16375844--16375873	15	1.9	16	93	6	53	66	16	6	10	1.41
16375899--16375958	27	2.2	26	83	13	77	30	21	30	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16375908--16375964	27	2.1	27	93	6	98	31	24	26	17	1.97
16376632--16376694	19	3.3	19	68	0	63	41	9	3	46	1.52
16376729--16376763	17	2.0	17	88	5	52	48	0	17	34	1.47
16377121--16377180	27	2.2	27	94	5	104	15	31	21	31	1.94
16377206--16377237	16	1.9	17	93	6	57	6	6	18	68	1.32
16377243--16377305	28	2.4	26	89	7	92	50	1	9	38	1.44
16386539--16386610	16	4.7	15	71	8	65	62	2	2	31	1.24
16386539--16386610	29	2.4	29	88	11	101	62	2	2	31	1.24
16388405--16388512	44	2.5	44	81	3	119	33	17	18	30	1.94
16388530--16388720	100	1.9	100	90	0	301	24	23	23	29	1.99
16388545--16388706	50	3.2	50	64	3	128	24	24	22	29	1.99
16399436--16399469	15	2.3	15	94	0	59	64	17	0	17	1.29
16399849--16399919	32	2.4	30	88	9	101	61	2	4	30	1.29
16414921--16414952	14	2.1	16	88	11	50	40	0	3	56	1.15
16418186--16418301	32	3.6	32	90	0	169	42	10	8	38	1.70
16423163--16423218	26	2.2	24	93	6	94	41	5	1	51	1.35
16423461--16423501	14	2.6	16	81	18	50	56	0	4	39	1.21
16424562--16424592	16	2.0	15	93	6	53	35	6	6	51	1.53
16433568--16433649	36	2.3	36	97	0	155	34	34	17	14	1.90
16442479--16442546	27	2.5	27	82	0	91	41	26	13	19	1.88
16445394--16445725	162	2.0	161	92	1	556	41	19	8	30	1.81
16447716--16447788	36	2.0	36	89	0	110	35	13	4	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16454498--16454742	41	6.0	41	87	0	328	35	15	28	20	1.94
16454577--16454643	20	3.3	20	67	19	57	38	17	28	14	1.90
16454492--16454740	123	2.0	123	90	1	392	35	16	28	20	1.94
16457267--16457306	20	2.0	20	85	5	53	30	10	15	45	1.78
16464312--16464363	24	2.2	24	96	0	95	25	21	15	38	1.92
16466053--16466099	25	2.0	25	83	8	62	21	19	14	44	1.86
16469269--16469298	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
16478019--16478056	15	2.6	15	83	4	51	15	5	7	71	1.28
16481299--16481398	42	2.4	42	91	0	155	35	11	29	25	1.90
16486134--16486174	20	2.0	20	90	0	64	4	7	36	51	1.51
16494595--16494708	47	2.4	48	79	1	149	44	25	12	17	1.83
16496286--16496319	8	4.2	8	96	0	59	38	32	0	29	1.58
16507021--16507391	27	13.8	27	83	5	421	40	22	18	18	1.92
16510514--16510565	25	2.1	25	81	0	59	32	21	21	25	1.98
16512800--16512913	41	2.8	41	85	6	149	30	21	25	22	1.99
16514024--16514051	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
16517632--16517824	50	3.7	50	80	4	197	23	27	20	27	1.99
16517632--16517818	100	1.8	104	80	6	229	23	28	19	28	1.98
16519148--16519184	20	1.9	18	89	10	56	54	5	2	37	1.38
16519410--16519434	10	2.5	10	100	0	50	60	8	24	8	1.52
16527154--16527270	50	2.4	50	81	4	130	27	23	16	32	1.96
16527247--16527375	50	2.5	51	81	13	138	21	27	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16527245--16527382	56	2.6	50	80	6	150	22	26	23	27	1.99
16527725--16527781	30	1.9	30	85	0	78	35	22	5	36	1.77
16530966--16531169	102	2.0	102	99	0	399	38	16	13	31	1.87
16538788--16538822	18	1.9	18	100	0	70	37	28	5	28	1.80
16547978--16548128	33	4.5	33	80	1	140	17	8	35	39	1.80
16555954--16556167	27	7.9	27	78	8	193	44	19	15	20	1.86
16555968--16556169	81	2.5	81	77	9	214	44	18	16	20	1.87
16556314--16556410	26	3.7	26	83	2	106	16	22	22	38	1.93
16556340--16556415	26	2.9	26	88	0	107	15	23	22	38	1.93
16557060--16557102	20	2.2	20	91	0	68	46	13	16	23	1.83
16560422--16560464	10	4.1	10	77	11	50	39	0	2	58	1.11
16566154--16566179	12	2.2	12	100	0	52	69	7	7	15	1.35
16567656--16567733	24	3.2	24	71	7	86	29	8	24	37	1.86
16588833--16588938	50	2.1	50	80	0	122	24	22	31	21	1.98
16590608--16590721	20	5.7	20	76	4	86	35	24	23	15	1.94
16601609--16601659	20	2.5	20	90	0	75	39	23	9	27	1.86
16603701--16603785	36	2.4	36	84	9	104	35	2	5	56	1.36
16603717--16603796	36	2.2	36	82	8	92	36	1	8	53	1.40
16608797--16608851	20	2.8	20	80	0	56	12	34	18	34	1.89
16610533--16610574	20	2.0	20	86	4	57	26	21	11	40	1.88
16617994--16618092	39	2.5	39	91	0	153	43	22	6	28	1.77
16618319--16618412	28	3.4	28	98	1	181	27	27	15	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16619016--16619281	131	2.0	132	94	0	462	40	14	12	33	1.83
16621572--16621602	12	2.6	12	94	0	53	25	29	25	19	1.99
16627867--16627994	61	2.1	61	84	4	168	42	2	10	43	1.52
16630149--16630182	17	2.0	17	88	11	52	35	0	5	58	1.22
16633289--16633314	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
16633632--16633725	43	2.2	43	96	0	170	22	29	30	17	1.96
16638800--16639076	30	9.2	30	76	8	210	38	12	24	23	1.91
16638890--16638960	29	2.4	30	85	2	90	43	9	28	18	1.81
16638823--16639050	119	1.9	120	89	2	352	38	12	25	23	1.90
16642089--16642303	29	7.4	29	77	9	143	36	10	27	25	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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