genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23191940--23192010	17	3.9	19	74	10	58	61	0	1	36	1.05
23200913--23200942	15	2.0	15	93	0	51	36	0	30	33	1.58
23200993--23201039	20	2.4	21	82	10	55	55	6	4	34	1.45
23205801--23205842	22	1.9	22	95	0	75	30	19	2	47	1.62
23206257--23206281	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23207246--23207327	40	2.0	40	100	0	164	40	14	20	24	1.90
23211990--23212024	16	2.2	16	94	0	61	48	5	25	20	1.71
23212212--23212246	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23213191--23213339	41	3.6	41	92	2	246	24	27	20	28	1.99
23213908--23213949	2	21.0	2	87	0	57	42	2	2	52	1.27
23215349--23215382	18	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
23215297--23215517	120	1.9	117	93	2	379	51	2	3	42	1.33
23215305--23215503	59	3.3	59	71	12	199	50	2	4	42	1.34
23215467--23215503	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
23215511--23215723	88	2.4	90	90	3	333	45	3	4	46	1.40
23215567--23215708	44	3.2	44	67	21	107	47	4	2	45	1.36
23216245--23216343	43	2.3	43	84	3	137	40	16	15	28	1.88
23220226--23220268	22	2.0	22	81	9	52	20	4	4	69	1.25
23225524--23225750	118	1.9	119	82	2	287	38	16	7	38	1.76
23227130--23227154	13	1.9	13	100	0	50	44	24	0	32	1.54
23227838--23227890	17	3.1	17	75	0	61	33	35	5	24	1.79
23229399--23229795	199	2.0	199	98	0	767	36	13	17	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23230252--23230421	41	4.2	40	73	3	133	14	22	27	35	1.93
23230600--23230690	44	2.1	44	100	0	182	37	16	6	39	1.75
23231299--23231335	10	3.9	10	93	6	60	43	0	13	43	1.44
23232769--23232820	27	1.9	27	84	0	68	42	0	9	48	1.36
23234447--23234484	13	2.9	13	100	0	76	23	0	13	63	1.30
23234963--23235015	21	2.5	21	84	9	72	39	1	1	56	1.21
23235088--23235112	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
23235086--23235152	21	3.0	21	72	18	55	49	13	1	35	1.51
23235172--23235257	13	7.2	13	67	19	53	52	18	0	29	1.46
23235140--23235264	62	2.0	61	82	10	148	52	16	0	30	1.44
23235347--23235697	9	40.8	9	72	13	240	46	19	1	31	1.60
23235376--23235684	25	12.4	25	72	16	191	46	20	1	31	1.60
23235353--23235708	34	10.1	34	72	13	217	46	19	1	32	1.59
23235444--23235674	61	3.8	62	79	12	153	45	19	1	32	1.61
23240569--23240660	42	2.2	42	86	2	121	25	21	23	29	1.99
23240583--23240874	42	6.9	40	81	8	198	25	21	20	32	1.98
23240582--23240875	85	3.5	83	86	5	369	25	21	20	32	1.97
23243849--23243925	27	3.0	26	75	15	81	27	7	2	62	1.36
23244463--23244502	16	2.3	17	87	12	55	67	7	0	25	1.16
23244470--23244503	16	2.1	17	94	5	61	67	5	0	26	1.13
23245047--23245084	14	2.5	16	83	12	53	44	2	2	50	1.30
23248920--23248974	26	2.2	25	80	9	58	27	9	12	50	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23248996--23249044	13	3.6	13	83	8	62	32	4	14	48	1.62
23266150--23266292	42	3.3	42	67	17	112	22	20	26	30	1.99
23266106--23266388	87	3.3	87	88	1	397	25	22	23	28	1.99
23268580--23268611	9	3.4	9	95	4	55	3	0	9	87	0.64
23268550--23268589	6	6.7	6	100	0	80	15	0	15	70	1.18
23276694--23276726	12	2.8	12	95	0	57	3	45	24	27	1.68
23278517--23278549	9	3.8	9	88	8	50	39	30	0	30	1.57
23289015--23289063	26	2.0	24	84	8	62	46	16	12	24	1.81
23290910--23290959	25	2.0	25	96	0	91	52	16	2	30	1.55
23290976--23291020	18	2.3	20	81	14	58	66	0	6	26	1.16
23297125--23297241	40	2.9	40	96	0	207	32	16	29	21	1.95
23299791--23299991	84	2.4	84	93	0	330	32	20	17	28	1.96
23302188--23302338	57	2.6	57	95	2	268	45	11	1	42	1.48
23302197--23302296	17	5.5	17	79	18	103	47	13	1	39	1.49
23302708--23302929	73	3.1	73	98	1	437	50	1	6	41	1.37
23302712--23302929	72	3.0	72	99	0	427	50	1	6	41	1.38
23302985--23303252	18	14.4	18	66	28	111	46	19	0	34	1.53
23302966--23303462	25	20.1	25	88	8	689	46	20	0	33	1.53
23302966--23303462	101	5.0	100	86	9	689	46	20	0	33	1.53
23303454--23303507	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
23303428--23303493	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
23302976--23303507	18	31.0	18	64	31	84	45	20	0	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23309064--23309131	21	3.2	21	85	0	91	30	17	47	4	1.68
23309407--23309654	42	5.9	41	86	3	298	26	20	20	32	1.97
23309407--23309654	85	3.0	84	84	5	304	26	20	20	32	1.97
23317915--23317963	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
23318925--23318971	15	2.9	16	78	9	51	51	0	0	48	1.00
23320093--23320131	19	2.1	19	90	0	60	28	10	12	48	1.74
23321156--23321189	9	3.7	9	96	4	59	58	0	2	38	1.13
23321269--23321373	54	1.9	55	83	9	135	29	25	20	23	1.99
23321268--23321384	54	2.1	55	80	10	134	29	24	22	23	1.99
23323800--23324190	198	2.0	197	91	0	638	37	17	10	33	1.85
23325910--23326095	73	2.5	73	82	1	212	61	3	8	26	1.39
23325976--23326020	11	3.8	12	85	8	56	68	0	8	22	1.16
23327782--23328019	89	2.7	88	77	5	223	28	23	17	31	1.97
23327802--23328019	44	4.9	44	78	5	199	27	23	16	32	1.96
23327984--23328219	96	2.5	96	81	3	296	26	21	17	34	1.95
23329639--23330722	541	2.0	541	99	0	2150	28	20	18	32	1.96
23331777--23331839	31	2.0	32	96	3	119	42	15	9	31	1.79
23337695--23337748	19	2.8	20	83	5	67	44	9	18	27	1.80
23346132--23346179	2	25.5	2	87	12	75	45	0	0	54	0.99
23346368--23346404	19	1.9	19	88	0	56	59	5	2	32	1.34
23350091--23350342	73	3.6	70	79	7	208	60	3	7	28	1.40
23350169--23350348	73	2.5	73	84	0	236	61	2	7	28	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23365651--23365693	12	3.5	12	81	6	59	60	0	0	39	0.97
23365648--23365708	25	2.6	24	87	12	83	54	0	0	45	1.00
23371343--23371413	22	3.2	22	73	15	58	52	1	5	40	1.34
23374011--23374105	49	2.0	48	87	2	136	46	8	20	25	1.78
23379485--23379514	12	2.5	12	94	0	51	80	0	20	0	0.72
23379485--23379517	15	2.1	16	88	5	50	78	0	21	0	0.75
23383224--23383299	35	2.1	36	87	2	109	27	3	15	52	1.60
23385383--23385423	21	2.0	21	90	0	64	21	19	14	43	1.87
23386389--23386415	12	2.2	12	100	0	54	29	33	22	14	1.94
23389776--23389857	38	2.1	39	86	2	112	34	9	12	43	1.75
23389768--23389912	39	3.8	38	78	10	134	33	8	11	45	1.72
23395971--23396023	23	2.2	23	86	10	70	73	0	15	11	1.09
23395990--23396024	18	1.9	18	88	11	54	74	0	17	8	1.06
23399119--23399208	38	2.3	39	84	1	119	36	10	10	43	1.72
23405541--23405566	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
23406109--23406181	31	2.4	31	83	0	83	42	8	17	31	1.79
23407132--23407237	27	3.8	27	81	3	113	22	21	10	45	1.82
23407296--23407372	25	3.0	25	64	19	59	31	23	12	32	1.92
23410170--23410213	23	1.9	23	90	0	70	45	25	2	27	1.65
23412645--23412691	22	2.1	22	84	7	60	36	2	4	57	1.30
23414262--23414288	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
23415723--23415767	8	5.6	8	97	0	81	73	0	11	15	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23419734--23419810	37	2.1	37	90	0	118	29	6	3	59	1.40
23420710--23420773	29	2.3	28	89	7	96	35	1	12	50	1.50
23424880--23424985	37	2.9	37	75	2	97	45	16	5	32	1.71
23425986--23426065	29	2.8	29	81	9	101	47	8	17	26	1.76
23427508--23427639	70	1.9	69	85	1	183	22	21	25	30	1.99
23434767--23434948	70	2.5	73	82	7	192	24	19	24	31	1.98
23436767--23436801	18	2.0	18	88	5	54	25	5	8	60	1.49
23438357--23438409	27	2.0	27	100	0	106	22	15	26	35	1.93
23444172--23444223	22	2.3	23	86	3	70	78	1	11	7	1.02
23445000--23445092	43	2.2	43	84	0	123	48	2	23	25	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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