genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  45  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13501963--13502019	25	2.3	24	84	3	69	33	12	31	22	1.91
13505546--13505597	25	2.1	25	82	7	61	53	19	3	23	1.61
13513393--13513726	50	6.7	50	87	1	186	21	29	21	28	1.98
13513443--13513734	50	5.8	50	90	0	404	20	30	21	27	1.98
13514046--13514103	30	1.9	30	85	0	80	34	24	5	36	1.78
13515994--13516156	43	3.8	43	79	4	186	31	27	20	20	1.97
13515994--13516156	86	1.9	86	83	2	211	31	27	20	20	1.97
13522946--13522986	20	2.0	20	86	13	57	53	0	7	39	1.29
13524650--13524718	28	2.5	28	85	0	93	26	17	23	33	1.96
13525894--13525942	7	7.0	7	95	0	89	44	0	55	0	0.99
13534887--13534992	21	5.1	21	65	13	67	31	16	29	22	1.96
13534821--13534992	41	4.2	41	84	2	222	32	16	28	22	1.95
13534825--13534993	81	2.1	81	90	1	275	33	15	27	22	1.95
13543273--13543340	20	3.3	20	83	6	84	55	1	16	26	1.49
13543801--13543846	21	2.2	21	88	7	67	65	8	8	17	1.45
13543857--13543906	20	2.5	21	80	6	59	52	8	18	22	1.71
13543946--13544041	20	4.9	20	65	22	60	58	5	15	20	1.57
13543947--13544068	38	3.1	39	79	11	140	59	6	16	18	1.58
13544052--13544090	21	1.9	20	84	5	51	46	12	23	17	1.83
13546835--13546868	16	2.1	16	88	5	50	50	0	0	50	1.00
13554213--13554256	3	14.7	3	85	0	61	31	2	4	61	1.28
13554342--13554378	20	1.9	18	89	10	56	32	0	2	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13567431--13568354	44	21.3	43	69	11	329	31	19	19	28	1.97
13567432--13567671	128	1.9	130	85	6	344	32	20	17	30	1.96
13567474--13568188	172	4.2	172	83	5	847	31	20	19	28	1.97
13567474--13568187	344	2.1	345	89	1	1092	31	20	18	28	1.97
13568122--13568236	45	2.6	45	77	5	124	29	20	24	26	1.99
13568210--13568384	88	2.0	88	82	2	217	32	18	22	27	1.97
13568708--13568738	16	1.9	16	93	0	53	48	16	9	25	1.76
13569765--13569835	3	23.7	3	91	0	115	30	1	2	64	1.16
13572587--13572655	20	3.6	19	78	7	68	46	1	1	50	1.19
13573449--13573491	22	2.0	22	85	0	59	11	18	25	44	1.84
13573510--13573865	43	8.3	43	81	4	371	28	29	17	25	1.97
13573518--13573865	129	2.7	129	83	3	416	27	29	17	25	1.97
13573881--13573912	16	2.0	17	88	11	50	37	6	0	56	1.25
13573984--13574072	42	2.0	44	83	10	112	55	7	1	35	1.37
13574080--13574133	27	2.1	25	82	6	63	61	9	5	24	1.48
13574148--13574238	43	2.1	43	87	2	130	45	9	10	34	1.73
13576259--13576340	35	2.3	35	80	2	92	36	41	0	21	1.54
13576292--13576337	7	6.6	7	79	0	56	34	47	0	17	1.48
13576292--13576343	21	2.5	21	80	0	59	34	46	0	19	1.50
13576318--13576475	82	1.9	81	86	6	221	42	29	1	27	1.63
13576895--13577105	41	5.2	40	87	6	257	27	26	23	22	1.99
13577919--13578378	228	2.0	228	99	0	902	33	26	11	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13578510--13578586	38	2.0	38	94	0	136	37	9	9	44	1.68
13578879--13578959	33	2.4	34	82	12	87	45	19	2	32	1.64
13583187--13583216	15	2.0	15	93	0	51	56	6	16	20	1.62
13583876--13583905	15	2.0	15	93	0	51	20	16	6	56	1.62
13589338--13589393	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
13605986--13606031	21	2.2	21	84	0	56	32	23	15	28	1.95
13606147--13606257	50	2.2	50	93	3	188	37	24	12	25	1.90
13606197--13606349	71	2.2	72	84	2	202	32	26	14	27	1.95
13608349--13608381	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
13612928--13613084	47	3.3	47	81	0	188	16	15	22	45	1.85
13642060--13642101	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
13643159--13643204	20	2.3	20	80	0	56	45	4	23	26	1.71
13646964--13647003	17	2.5	16	88	8	55	55	0	0	45	0.99
13661814--13661923	11	9.4	11	75	14	96	37	0	23	39	1.55
13661814--13661923	23	4.7	23	75	10	114	37	0	23	39	1.55
13670830--13670910	26	3.1	26	76	0	81	30	25	23	19	1.98
13671091--13671349	27	9.6	26	80	6	232	15	19	20	44	1.87
13673259--13673288	13	2.2	14	94	5	53	46	6	13	33	1.69
13674956--13675000	24	1.9	24	86	4	65	26	48	2	22	1.62
13679852--13679906	25	2.2	25	86	0	74	32	18	10	38	1.85
13679867--13679917	25	2.0	25	85	7	68	37	15	11	35	1.84
13680197--13680236	18	2.2	19	90	4	64	32	12	5	50	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13686557--13686596	2	21.0	2	80	19	50	50	2	0	47	1.14
13686556--13686598	12	3.6	12	84	9	61	48	2	0	48	1.14
13688232--13688286	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
13691433--13691457	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
13691508--13691542	18	1.9	18	88	0	52	48	5	0	45	1.26
13692701--13692743	20	2.2	20	95	0	77	44	11	11	32	1.77
13697030--13697139	11	9.9	11	76	18	79	55	0	2	41	1.14
13697030--13697146	38	3.0	38	82	9	121	55	0	2	41	1.13
13697083--13697127	14	3.0	16	84	12	60	57	0	2	40	1.11
13697030--13697115	27	3.4	27	72	21	96	56	0	1	41	1.06
13697074--13697158	40	2.2	38	83	12	109	61	0	2	36	1.09
13704423--13704658	63	3.7	63	83	1	276	28	30	18	22	1.97
13704483--13704628	64	2.3	64	87	1	213	25	33	19	21	1.97
13707872--13707913	20	2.1	20	86	8	59	26	0	2	71	0.98
13707937--13707972	19	1.9	19	88	5	56	38	2	5	52	1.39
13707937--13707985	19	2.7	18	84	9	55	40	2	4	53	1.32
13713841--13714112	43	6.3	43	86	1	350	29	29	16	24	1.97
13714077--13714149	36	2.0	36	83	0	92	27	31	16	24	1.96
13714451--13714537	41	2.1	41	87	4	122	47	10	8	34	1.67
13715701--13715755	25	2.2	26	80	9	69	50	16	3	29	1.62
13721842--13722123	41	6.9	41	92	1	440	31	27	22	18	1.97
13726259--13726304	22	2.1	21	84	4	56	17	4	19	58	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13726290--13726373	23	3.7	23	88	0	132	20	7	28	44	1.78
13730680--13730849	71	2.3	73	83	6	195	45	3	5	45	1.45
13730851--13730923	28	2.7	26	71	24	62	38	2	1	57	1.22
13730883--13730915	16	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
13730902--13731112	66	3.4	63	68	21	183	41	3	6	48	1.45
13730864--13731150	120	2.4	120	91	5	449	41	2	5	50	1.39
13730989--13731030	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
13731109--13731150	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
13731291--13731325	16	2.2	16	100	0	70	57	11	0	31	1.34
13731362--13731396	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13731542--13731651	45	2.7	40	78	8	105	34	29	4	31	1.78
13731632--13731664	16	2.1	16	94	0	57	39	33	0	27	1.57
13734654--13734782	63	2.0	64	82	8	156	41	1	3	54	1.25
13736103--13736135	8	4.2	8	96	3	59	54	0	9	36	1.32
13738559--13738632	29	2.5	29	82	4	85	24	13	14	47	1.81
13741262--13741483	39	5.7	39	88	4	295	28	4	21	45	1.71
13743706--13743782	9	8.4	9	81	8	93	40	25	10	23	1.86
13756895--13756924	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
13757985--13758024	20	2.0	20	85	14	55	12	10	42	35	1.76
13762760--13762990	89	2.6	89	83	3	268	35	16	22	25	1.94
13771575--13771819	88	2.8	89	81	7	268	33	13	24	28	1.94
13771584--13771850	90	3.0	90	79	3	218	33	13	23	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13773486--13773522	20	1.9	18	89	10	56	40	0	5	54	1.24
13787402--13788474	44	23.9	44	68	11	325	30	18	22	27	1.98
13787404--13788377	89	10.9	89	71	10	494	30	18	23	27	1.98
13787367--13788378	134	7.5	133	73	9	589	31	18	23	27	1.97
13787446--13788346	134	6.7	134	76	7	630	30	18	23	27	1.98
13787713--13788346	178	3.5	178	79	6	546	30	18	23	28	1.97
13787393--13788138	312	2.4	312	82	4	914	30	19	23	26	1.98
13788208--13788609	88	4.5	88	69	16	162	30	19	22	27	1.98
13788541--13789001	45	10.3	45	63	13	134	28	21	23	26	1.99
13788571--13789219	89	7.3	89	85	0	803	28	23	22	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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