genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
478648--478719	23	3.2	23	67	25	71	51	8	9	30	1.64
481932--482050	41	2.9	41	87	0	166	21	25	17	36	1.95
488849--488925	24	3.2	24	88	0	109	32	19	27	20	1.97
493396--493591	99	2.0	99	100	0	392	41	25	9	24	1.84
496751--496796	24	1.9	24	81	0	56	36	19	23	19	1.95
496854--496920	26	2.6	26	81	6	75	37	19	22	20	1.95
502654--502912	101	2.6	101	85	2	326	27	24	16	32	1.96
503619--503648	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
520933--520994	3	21.0	3	93	3	108	66	0	1	32	1.02
521353--521417	30	2.2	30	94	0	112	26	30	4	38	1.76
523417--523457	21	2.0	20	90	4	64	34	41	14	9	1.79
526726--526903	98	1.8	96	90	2	284	29	18	19	33	1.95
527006--527119	34	3.4	32	76	8	111	43	12	0	42	1.48
527161--527233	21	3.5	20	66	5	56	46	24	0	28	1.53
527797--527858	3	20.7	3	83	0	70	56	1	35	6	1.35
527797--527859	21	3.0	21	85	0	81	55	1	36	6	1.35
536417--536464	20	2.3	20	86	10	62	29	2	0	68	1.01
536479--536522	22	2.0	22	87	12	65	50	2	2	45	1.27
536676--536713	19	2.0	20	89	5	60	36	2	0	60	1.11
536877--536905	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
552348--552387	2	20.5	2	89	5	64	47	0	0	52	1.00
554926--554974	24	2.1	24	81	11	57	28	8	0	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
559518--559576	30	2.0	30	86	3	84	35	11	11	40	1.79
562265--562333	31	2.2	32	80	12	81	36	11	11	40	1.78
567738--567776	21	1.9	20	84	5	51	43	12	5	38	1.65
570362--570425	32	2.0	32	100	0	128	40	12	31	15	1.85
585374--585405	10	3.1	11	86	13	50	37	0	0	62	0.95
586741--586766	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
590423--590526	52	2.0	52	96	0	190	44	9	7	38	1.66
590422--590508	24	3.4	25	69	23	74	44	8	6	40	1.61
600232--600296	21	3.1	21	86	2	96	20	24	13	41	1.88
606563--606587	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
607037--607066	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
607951--608006	12	4.7	12	76	14	53	80	3	3	12	0.97
608813--608975	84	1.9	85	82	1	202	28	20	20	30	1.97
625995--626036	21	2.0	21	85	0	57	42	0	16	40	1.48
629406--629444	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
633548--633736	51	3.8	49	84	4	243	31	26	14	27	1.95
633548--633736	101	1.9	101	86	3	272	31	26	14	27	1.95
637435--637483	21	2.3	21	82	6	55	46	6	4	42	1.47
640164--640219	29	1.9	29	81	0	67	51	7	1	39	1.40
649586--649622	15	2.5	15	86	0	56	32	16	0	51	1.45
649831--649966	60	2.3	60	81	2	166	37	10	21	30	1.87
650523--650554	15	2.1	16	94	5	57	53	6	0	40	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
661769--661805	13	2.8	13	87	0	56	27	13	24	35	1.93
665334--665530	85	2.3	87	84	5	265	38	22	9	29	1.86
665537--665567	10	3.1	10	95	0	53	64	0	0	35	0.94
665621--665663	10	4.7	9	83	13	52	69	2	4	23	1.18
665627--665670	10	4.5	10	85	2	54	68	2	4	25	1.20
665627--665676	20	2.6	19	78	6	55	66	2	4	28	1.21
665895--665943	19	2.5	20	80	3	55	44	4	0	51	1.20
665910--665947	19	2.0	20	89	5	60	42	2	0	55	1.14
665929--665994	10	6.4	10	72	11	53	34	3	0	62	1.11
666804--666903	34	2.9	34	93	0	173	24	7	32	37	1.82
666991--667060	34	2.1	34	91	0	113	32	7	22	37	1.82
668698--668774	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
668714--668753	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
668702--668768	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
669407--669434	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
670598--670634	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
671970--672059	46	2.0	44	91	6	146	32	11	25	31	1.91
685037--685380	104	3.3	104	88	2	483	38	26	6	28	1.82
684888--685380	208	2.5	194	86	5	637	38	25	6	29	1.81
711136--711186	8	6.2	8	88	4	66	9	3	39	47	1.55
715848--715888	19	2.3	17	91	8	64	39	0	2	58	1.11
720374--720440	18	3.7	18	80	4	64	7	46	0	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720386--720438	15	3.5	15	82	7	54	9	43	0	47	1.36
729596--729621	8	3.2	8	100	0	52	73	0	0	26	0.84
732101--732597	100	5.0	100	84	3	608	37	23	13	26	1.91
732122--732629	200	2.5	200	87	1	700	36	24	13	25	1.92
732162--732695	200	2.7	200	85	2	594	38	22	12	26	1.90
741588--741670	43	1.9	43	95	0	148	43	8	13	34	1.74
741744--741790	16	3.0	15	79	17	51	46	2	2	48	1.25
742402--742487	43	2.0	43	95	0	154	29	29	12	29	1.93
757232--757257	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
775404--775428	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
778036--778129	49	1.9	49	100	0	188	42	11	6	39	1.67
789506--789530	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
791822--791856	18	1.9	18	88	0	52	11	5	17	65	1.43
793402--793426	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
793840--794357	151	3.5	148	84	7	634	27	9	25	38	1.86
794107--794357	138	1.8	138	90	0	403	26	7	27	38	1.84
799006--799108	30	3.4	30	72	5	89	20	19	29	31	1.97
799150--799269	23	5.3	23	73	8	84	36	13	22	27	1.91
802759--802789	10	3.1	10	100	0	62	41	9	0	48	1.36
808479--808505	12	2.2	12	100	0	54	18	25	33	22	1.97
809609--809633	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
810229--810263	17	2.1	17	100	0	70	22	34	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811064--811121	3	19.3	3	96	0	107	65	0	1	32	1.03
813486--813530	10	4.8	10	86	10	60	40	0	13	46	1.43
815987--816038	25	2.1	25	82	3	61	32	21	21	25	1.98
819038--819095	28	2.1	28	84	9	75	20	20	5	53	1.64
835809--835857	18	2.6	19	84	12	66	36	0	0	63	0.95
835809--835858	19	2.7	19	79	14	59	38	0	0	62	0.96
838006--838043	19	2.0	19	100	0	76	36	21	10	31	1.87
841549--841598	17	3.0	16	79	5	55	62	0	4	34	1.14
842574--842655	36	2.2	37	91	4	130	28	12	28	31	1.92
843603--843635	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
851850--852014	78	2.1	77	89	3	251	22	6	25	46	1.75
852698--852761	32	2.0	32	96	3	121	28	18	23	29	1.98
855407--855431	13	1.9	13	100	0	50	20	8	16	56	1.65
863725--863757	16	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
865324--865356	15	2.2	15	100	0	66	12	6	18	63	1.48
867204--867233	8	3.6	8	91	8	51	53	23	0	23	1.46
867235--867271	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
868034--868072	15	2.6	15	91	0	60	51	7	5	35	1.53
869994--870223	120	1.9	118	86	5	329	30	15	13	40	1.86
870729--870767	20	2.0	20	94	0	69	35	7	12	43	1.72
873585--873629	23	1.9	24	86	4	65	44	0	4	51	1.21
874120--874181	31	2.0	31	84	9	81	38	8	4	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875665--876263	218	2.9	200	85	7	724	29	6	18	45	1.74
875901--876318	218	1.9	214	89	6	641	30	5	19	44	1.73
880058--880104	4	11.8	4	86	0	58	44	25	6	23	1.77
881734--881775	22	1.9	22	85	0	57	57	14	0	28	1.38
882180--882204	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
891061--891107	24	1.9	25	86	4	69	53	0	2	44	1.12
908107--908152	16	2.8	16	78	15	58	67	4	0	28	1.10
911713--911741	5	5.8	5	100	0	58	20	17	20	41	1.90
912800--912836	19	2.0	19	94	5	67	62	0	0	37	0.96
915535--915658	59	2.1	59	90	0	194	38	12	10	37	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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