genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28041792--28042107	44	7.2	44	63	11	146	30	21	23	25	1.99
28043952--28044006	18	3.2	18	82	5	69	27	1	5	65	1.25
28043962--28044014	26	2.0	26	85	0	70	30	1	7	60	1.35
28044045--28044105	22	2.6	23	79	7	70	42	0	4	52	1.23
28047664--28047694	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
28047660--28047693	14	2.5	14	95	4	61	32	0	0	67	0.91
28052004--28052043	8	4.8	8	88	11	62	80	10	0	10	0.92
28052004--28052043	18	2.4	16	91	8	62	80	10	0	10	0.92
28052001--28052060	18	3.2	18	76	21	61	78	10	1	10	1.04
28052065--28052105	6	7.2	6	88	5	59	85	0	14	0	0.60
28052056--28052111	14	3.7	16	75	24	59	78	0	19	1	0.84
28052067--28052107	7	5.9	7	83	11	57	85	0	14	0	0.60
28052067--28052099	15	2.1	16	94	5	59	87	0	12	0	0.53
28052065--28052106	21	2.0	21	95	4	75	85	0	14	0	0.59
28052947--28053010	9	7.3	9	70	29	50	75	0	12	12	1.06
28052947--28053012	14	4.4	16	80	19	81	72	0	13	13	1.12
28054543--28055135	44	13.6	44	70	11	290	30	18	22	28	1.97
28054543--28054857	129	2.4	129	87	1	425	30	17	21	30	1.96
28054654--28055081	174	2.5	175	91	0	696	29	19	21	28	1.98
28054967--28055165	90	2.2	90	90	3	305	30	21	22	26	1.98
28054834--28055219	131	3.0	128	73	13	309	31	19	22	27	1.98
28056814--28056844	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28056810--28056843	14	2.5	14	95	4	61	32	0	0	67	0.91
28059905--28059960	13	4.5	13	86	13	91	48	16	0	35	1.46
28059903--28059947	23	2.0	23	100	0	90	46	17	0	35	1.49
28068277--28068327	3	17.0	3	95	0	93	33	0	1	64	1.05
28076411--28076441	13	2.3	14	88	11	55	29	0	19	51	1.47
28079342--28079387	12	3.5	14	74	17	53	60	0	0	39	0.97
28089660--28089728	35	2.0	35	97	0	129	31	8	17	42	1.80
28102926--28102988	24	2.6	24	76	2	72	26	20	20	31	1.98
28104463--28104507	23	2.0	23	86	0	63	24	22	22	31	1.99
28107811--28107907	27	3.6	27	77	1	95	19	31	17	30	1.95
28110956--28111073	45	2.6	45	83	2	139	22	22	15	38	1.92
28111000--28111086	45	1.9	45	88	0	129	24	18	13	43	1.86
28114921--28114990	24	2.9	24	71	2	77	27	20	20	32	1.97
28120037--28120080	20	2.2	19	84	8	52	34	0	13	52	1.41
28120650--28120806	43	3.7	42	79	8	165	28	15	26	29	1.96
28134717--28134890	57	3.1	57	92	1	269	35	21	3	39	1.70
28139585--28139654	24	2.9	24	81	8	72	28	21	27	22	1.99
28139615--28139665	25	2.0	25	84	0	66	29	15	29	25	1.96
28148199--28148867	333	2.0	333	98	0	1293	31	14	22	31	1.94
28152025--28152129	20	5.2	20	77	8	124	13	34	19	33	1.90
28152041--28152140	20	5.0	20	75	8	105	13	32	19	36	1.89
28152025--28152156	40	3.3	40	88	4	203	15	33	17	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28152025--28152178	80	1.9	80	86	5	222	15	33	16	34	1.91
28154175--28154205	16	2.0	16	93	6	55	25	6	19	48	1.72
28155165--28155200	18	2.0	18	89	10	56	36	8	5	50	1.56
28155166--28155212	24	2.0	24	87	4	69	42	6	4	46	1.48
28161306--28161420	57	2.0	57	86	6	162	39	20	3	37	1.69
28163477--28163511	4	9.0	4	87	6	54	74	0	0	25	0.82
28163528--28163858	164	2.0	164	92	2	549	38	12	9	39	1.76
28165796--28165972	78	2.3	75	88	2	255	26	16	21	35	1.94
28165796--28165972	25	7.0	25	83	3	219	26	16	21	35	1.94
28173713--28173782	35	2.0	35	94	0	122	32	27	18	21	1.97
28176842--28176921	38	2.1	38	100	0	160	22	12	21	43	1.86
28179038--28179063	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
28179295--28179352	3	19.3	3	85	0	53	58	0	6	34	1.25
28179969--28180034	33	2.0	33	96	0	123	25	18	0	56	1.42
28182588--28182641	28	1.9	28	81	7	65	24	42	0	33	1.55
28183531--28183573	21	2.0	21	100	0	86	48	0	0	51	1.00
28183562--28183613	26	2.0	26	84	0	68	38	0	0	61	0.96
28190962--28190998	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
28191483--28191518	6	5.7	6	90	9	54	30	0	0	69	0.89
28191483--28191518	13	2.8	12	91	8	54	30	0	0	69	0.89
28191482--28191520	7	5.9	7	90	6	55	30	0	0	69	0.89
28196891--28196949	31	1.9	31	89	3	93	33	3	3	59	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28197814--28197879	31	2.2	31	83	2	80	39	4	10	45	1.59
28198185--28198228	21	2.1	21	83	8	54	63	0	0	36	0.95
28199874--28199922	17	2.8	18	71	22	50	36	6	0	57	1.24
28200430--28200482	9	6.4	8	79	10	54	35	1	0	62	1.06
28200430--28200484	17	3.2	16	82	12	74	36	1	0	61	1.06
28202595--28202628	5	6.8	5	100	0	68	41	20	0	38	1.53
28211083--28211130	19	2.5	20	82	6	62	0	27	2	70	0.98
28220809--28220838	8	3.8	8	95	0	51	46	3	26	23	1.68
28222019--28222061	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
28222894--28222938	13	3.5	13	78	0	54	20	26	40	13	1.89
28224097--28224171	31	2.5	29	85	8	96	40	12	22	25	1.88
28224099--28224321	30	7.4	30	76	9	123	38	12	25	24	1.90
28224190--28224350	60	2.7	60	71	10	159	36	11	28	23	1.89
28224302--28224380	29	2.7	30	90	4	124	44	10	26	18	1.82
28224103--28224425	149	2.2	150	84	5	420	37	13	26	23	1.91
28224190--28224435	119	2.1	120	82	5	293	36	13	27	23	1.92
28229930--28229954	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
28230116--28230209	9	10.4	9	91	0	134	42	25	8	23	1.82
28230116--28230209	27	3.5	27	94	0	152	42	25	8	23	1.82
28236649--28236693	4	11.5	4	92	4	74	73	0	2	24	0.95
28240000--28240024	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
28244395--28244439	21	2.1	22	83	4	56	17	20	13	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28262059--28262136	24	3.2	24	83	3	95	50	8	23	17	1.75
28264858--28264889	15	2.1	15	100	0	64	62	6	0	31	1.20
28271068--28271127	26	2.3	27	80	8	79	40	15	10	35	1.80
28281030--28281151	23	5.3	23	87	0	190	20	21	27	30	1.98
28281030--28281151	46	2.7	46	94	0	217	20	21	27	30	1.98
28282913--28283357	27	16.5	27	85	0	453	18	20	18	42	1.90
28282913--28283357	54	8.3	54	84	4	549	18	20	18	42	1.90
28282932--28283357	81	5.3	81	86	1	579	18	20	19	42	1.90
28285773--28285826	19	2.8	18	83	8	63	70	1	5	22	1.18
28287578--28287609	6	5.3	6	100	0	64	50	0	34	15	1.45
28312312--28312345	17	2.0	17	88	0	50	41	11	23	23	1.87
28321697--28321867	43	4.0	42	78	13	188	21	17	28	32	1.96
28321986--28322017	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
28331720--28332202	236	2.0	237	92	1	817	34	22	14	28	1.93
28344656--28344685	15	2.0	15	100	0	60	20	13	33	33	1.91
28350279--28350422	69	2.1	67	80	18	156	49	3	4	43	1.39
28354818--28354864	18	2.8	17	81	9	60	42	2	0	55	1.12
28354828--28354974	58	2.5	58	79	12	158	41	1	3	53	1.26
28358303--28358356	26	2.0	28	82	10	67	35	1	7	55	1.39
28358607--28358636	14	2.1	14	100	0	60	40	0	0	60	0.97
28363166--28363197	16	2.0	16	100	0	64	81	6	0	12	0.87
28364513--28365373	44	19.5	44	76	6	683	30	16	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28364516--28365350	133	6.3	133	92	0	1309	30	16	24	28	1.96
28364516--28365464	133	7.2	132	88	2	607	29	16	24	28	1.97
28365354--28365666	88	3.6	88	88	0	448	28	23	23	24	1.99
28365407--28365655	45	5.6	45	63	12	113	26	23	25	24	2.00
28367562--28367620	24	2.4	24	81	16	68	28	1	3	66	1.18
28367690--28367743	26	2.0	28	82	10	67	35	1	7	55	1.39
28371652--28371739	30	2.9	29	85	9	115	52	4	3	39	1.39
28371697--28371763	25	2.7	24	77	15	64	49	4	2	43	1.38
28374867--28374907	20	2.0	20	85	4	55	48	0	0	51	1.00
28377079--28377119	21	2.0	21	85	4	57	43	2	9	43	1.50

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