genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   

This is table  62  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18988389--18988415	14	1.9	14	100	0	54	33	0	22	44	1.53
18989995--18990093	41	2.4	41	93	0	171	32	22	19	26	1.97
18996926--18996954	14	2.1	14	100	0	58	13	20	13	51	1.75
19011944--19012041	33	3.2	32	76	16	116	14	22	29	33	1.93
19011940--19012025	27	2.9	29	81	11	104	16	24	29	30	1.96
19012181--19012303	33	3.4	33	72	23	113	19	19	27	33	1.96
19015516--19016225	155	4.9	151	77	13	611	41	4	9	44	1.57
19015760--19016158	138	2.9	132	82	9	462	41	4	8	45	1.53
19018293--19018329	18	2.0	19	89	5	58	48	13	0	37	1.43
19035326--19035385	30	2.0	31	83	9	79	20	40	1	38	1.62
19038106--19038158	3	17.7	3	96	0	97	33	35	0	30	1.58
19043559--19043596	20	1.9	20	100	0	76	36	7	36	18	1.80
19053024--19053066	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
19064393--19064553	78	2.1	78	91	1	261	30	16	19	33	1.94
19069266--19069382	20	5.5	22	72	19	86	49	0	1	47	1.17
19070346--19070373	13	2.2	13	100	0	56	28	21	14	35	1.92
19073881--19073913	11	3.0	11	87	12	50	60	27	0	12	1.32
19074235--19074277	9	4.3	10	83	16	54	74	2	2	20	1.04
19075219--19075354	68	2.0	68	100	0	272	33	25	17	23	1.96
19082772--19082821	21	2.4	21	80	3	57	24	20	18	38	1.93
19104822--19104867	9	5.1	9	87	10	67	32	10	13	43	1.78
19112926--19112973	24	2.0	24	91	0	78	52	10	4	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19114891--19114938	24	2.0	24	91	0	78	52	10	4	33	1.55
19115592--19115836	94	2.6	94	88	2	361	27	10	20	41	1.85
19115686--19115848	47	3.5	46	72	12	152	26	10	22	40	1.86
19116353--19116531	52	3.5	51	80	3	198	19	7	34	37	1.81
19118478--19119202	142	5.0	146	84	7	901	45	6	7	41	1.57
19119178--19119408	75	3.1	76	87	5	312	30	12	8	49	1.69
19123975--19124004	13	2.3	13	94	0	51	33	3	13	50	1.58
19124100--19124342	50	4.8	50	87	0	342	25	22	30	21	1.98
19137890--19137945	5	11.4	5	74	11	53	0	39	0	60	0.97
19138620--19138766	27	5.4	27	81	8	156	42	17	19	19	1.89
19138938--19139018	26	3.1	26	84	7	101	19	23	20	35	1.96
19145311--19145366	5	11.4	5	74	11	53	1	41	0	57	1.09
19145329--19145371	15	2.9	15	80	10	52	4	37	0	58	1.19
19146038--19146293	27	9.5	27	80	5	234	40	17	20	22	1.91
19146470--19146548	26	3.0	26	86	0	113	16	21	24	37	1.93
19154536--19154579	22	2.0	22	95	0	79	29	22	9	38	1.85
19158335--19158519	29	6.4	29	72	12	139	37	10	26	25	1.88
19158355--19158592	29	8.2	29	70	10	121	36	11	26	26	1.90
19160756--19160784	15	1.9	15	100	0	58	20	17	20	41	1.90
19168705--19168749	23	2.0	23	90	0	72	31	17	22	28	1.97
19189296--19189356	30	2.0	30	100	0	122	45	13	13	27	1.80
19189444--19189480	16	2.3	16	95	0	65	43	13	18	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19210055--19210083	12	2.4	12	100	0	58	48	37	0	13	1.43
19217413--19217526	48	2.4	48	87	0	156	28	21	25	25	1.99
19221129--19221158	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
19225795--19225843	20	2.5	20	93	0	80	12	24	4	59	1.50
19232522--19232546	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
19232616--19232744	29	4.4	29	79	3	127	39	8	27	24	1.84
19236599--19236624	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
19239520--19239545	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
19241127--19241174	19	2.4	20	86	6	62	62	2	2	33	1.18
19241475--19241510	18	1.9	18	88	5	54	66	0	0	33	0.92
19241483--19241550	16	4.1	17	76	17	63	58	0	2	38	1.13
19252824--19252849	13	2.0	13	100	0	52	15	46	30	7	1.74
19255518--19255556	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
19255757--19256003	50	4.8	50	76	7	194	25	26	19	28	1.99
19260198--19260229	17	1.9	16	93	6	55	18	18	34	28	1.95
19262839--19262941	20	4.7	20	68	20	64	50	5	2	40	1.41
19262907--19262996	39	2.4	37	82	14	103	54	3	2	40	1.29
19262847--19262981	68	2.0	69	89	1	209	51	4	2	40	1.37
19262887--19262983	17	5.7	17	67	22	60	52	3	3	41	1.32
19262856--19262999	68	2.1	69	84	3	184	52	3	2	40	1.33
19264269--19264405	22	6.2	22	89	0	193	33	14	25	26	1.94
19271088--19271146	26	2.3	26	84	0	73	38	5	16	38	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19272100--19272157	29	2.0	29	100	0	116	27	3	10	58	1.47
19278850--19278886	19	1.9	19	88	0	56	56	8	10	24	1.60
19296936--19297045	57	1.9	57	85	3	150	20	27	12	39	1.89
19299208--19299328	40	3.0	40	95	3	208	63	0	11	24	1.27
19303875--19303970	25	3.8	24	83	5	111	22	25	19	32	1.98
19303874--19303994	50	2.4	49	80	10	138	24	24	19	31	1.98
19309085--19309144	15	3.7	16	75	22	54	36	0	11	51	1.38
19309085--19309132	21	2.3	22	79	13	57	37	0	10	52	1.36
19309265--19309404	40	3.5	40	78	6	133	27	20	23	28	1.99
19309588--19309639	16	3.2	16	78	10	61	34	3	25	36	1.74
19312288--19312314	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19324026--19324133	24	4.4	25	85	3	98	25	23	21	30	1.99
19324066--19324136	24	3.0	24	93	0	115	28	23	21	26	1.99
19338794--19338831	10	3.8	10	92	0	67	26	2	21	50	1.62
19342255--19342323	30	2.3	30	82	12	79	34	2	5	56	1.38
19342246--19342296	20	2.5	20	75	6	50	37	3	5	52	1.44
19342287--19342355	20	3.4	19	75	13	59	30	1	2	65	1.16
19343563--19343598	10	3.5	10	88	3	54	55	5	16	22	1.62
19344344--19344491	73	2.0	73	100	0	296	45	4	25	25	1.71
19344580--19344606	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
19346130--19346191	31	2.0	32	87	3	90	25	11	19	43	1.84
19348538--19348855	120	2.7	120	99	0	627	43	0	5	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19348620--19348807	61	3.1	61	69	14	199	41	1	6	50	1.36
19348791--19349098	157	2.0	157	96	0	562	47	4	3	44	1.40
19348958--19348992	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19349228--19349263	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
19351172--19351213	22	2.0	20	86	9	57	52	9	4	33	1.55
19351179--19351225	22	2.2	22	84	3	60	55	8	4	31	1.49
19362407--19362672	135	2.0	135	95	0	478	24	14	23	37	1.92
19365549--19365578	16	1.9	15	93	6	51	70	16	0	13	1.18
19372035--19372095	19	3.2	19	75	11	52	75	8	6	9	1.19
19372016--19372095	38	2.1	38	81	4	90	76	7	7	8	1.17
19372519--19372553	13	2.6	13	90	4	52	68	0	20	11	1.20
19373835--19373971	42	3.2	43	64	13	118	29	25	21	23	1.99
19373737--19374217	87	5.5	87	93	0	793	29	22	23	24	1.99
19373922--19374058	43	3.2	43	63	17	102	30	26	20	22	1.98
19374353--19374560	44	4.7	43	75	10	152	29	18	24	27	1.98
19380060--19380086	14	1.9	14	100	0	54	33	0	22	44	1.53
19380964--19381018	17	3.2	18	82	10	69	80	12	1	5	0.97
19382516--19382554	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
19383489--19383520	15	2.2	14	94	5	55	6	28	12	53	1.62
19384410--19384443	18	1.9	17	94	5	59	35	11	11	41	1.78
19384895--19385049	72	2.2	72	88	4	224	25	5	12	56	1.57
19387106--19387167	13	4.8	13	78	7	63	38	17	4	38	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19387106--19387167	26	2.4	26	78	10	81	38	17	4	38	1.71
19388091--19388142	20	2.4	22	84	12	72	36	0	1	61	1.07
19388095--19388134	19	2.0	20	90	4	64	32	0	2	65	1.06
19391036--19391068	17	1.9	17	93	0	57	24	24	6	45	1.75
19395890--19395915	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
19399346--19399383	20	1.9	20	100	0	76	55	0	23	21	1.44
19399351--19399400	25	2.0	25	88	0	73	54	0	26	20	1.45
19405796--19405910	44	2.6	44	76	6	108	33	16	20	30	1.94
19406260--19407288	133	7.7	133	91	0	1632	29	24	15	29	1.96
19422292--19422317	11	2.4	11	100	0	52	34	38	0	26	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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