genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  65  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20092828--20092933	20	5.3	20	68	0	59	23	18	19	37	1.94
20092755--20092853	40	2.5	40	89	0	144	23	25	19	32	1.97
20092797--20092947	60	2.5	60	87	0	212	22	21	19	36	1.95
20093295--20093488	27	7.2	27	77	11	141	44	19	16	19	1.86
20093316--20093488	80	2.2	81	86	2	233	42	19	16	21	1.89
20094496--20094633	27	5.1	27	91	3	224	37	18	10	34	1.84
20094499--20094683	81	2.3	81	82	9	225	39	18	9	32	1.82
20094639--20094765	27	4.7	27	76	11	109	41	20	7	29	1.80
20094498--20094764	54	5.0	53	79	5	216	39	19	9	31	1.83
20094609--20094764	53	2.9	53	81	8	183	41	20	8	30	1.82
20095222--20095275	27	2.0	27	82	7	65	18	22	24	35	1.96
20096888--20096928	20	2.0	20	86	9	57	48	12	4	34	1.62
20097512--20097567	27	2.1	27	93	0	94	33	25	23	17	1.96
20097988--20098159	27	6.4	28	73	10	99	29	12	19	38	1.89
20098008--20098159	54	2.8	54	80	2	153	28	11	20	39	1.88
20098010--20098166	81	1.9	81	82	5	192	29	12	19	38	1.89
20098144--20098228	27	3.2	27	83	5	102	40	9	14	36	1.78
20098009--20098213	81	2.5	80	76	6	182	31	11	18	38	1.87
20098369--20098403	17	2.1	17	94	0	61	14	37	28	20	1.91
20101056--20101111	27	2.1	27	89	0	85	33	23	23	19	1.97
20101667--20101733	27	2.5	27	77	0	71	32	4	19	43	1.71
20101612--20101760	81	1.8	81	81	2	183	30	7	21	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20101710--20101764	27	2.0	27	100	0	110	34	7	18	40	1.78
20101574--20101755	54	3.4	54	75	0	148	29	8	21	40	1.82
20103821--20104002	27	6.7	27	76	9	120	38	21	12	28	1.89
20103843--20104001	54	3.0	53	84	3	185	37	22	11	27	1.89
20103896--20104004	27	4.0	27	81	0	128	38	21	11	29	1.87
20104219--20104286	26	2.6	26	79	6	66	16	22	22	39	1.92
20104447--20104502	27	2.1	27	89	0	85	19	23	23	33	1.97
20105246--20105368	27	4.6	27	89	4	185	39	21	19	19	1.92
20107134--20107248	57	2.0	57	93	0	194	30	10	15	43	1.80
20107535--20107559	13	1.9	13	100	0	50	24	16	8	52	1.70
20116314--20116554	50	4.8	50	88	2	349	21	31	22	24	1.99
20127816--20127856	20	2.0	20	100	0	82	31	9	19	39	1.84
20129064--20129096	17	1.9	17	88	11	50	27	27	12	33	1.92
20132730--20132814	27	3.2	26	73	18	75	41	17	20	21	1.91
20132807--20133030	27	8.3	27	82	6	267	39	16	17	26	1.91
20132749--20133035	54	5.3	54	80	9	257	39	17	18	24	1.92
20132967--20133062	27	3.6	27	76	12	81	40	15	18	25	1.90
20132779--20133062	81	3.5	80	80	6	236	39	17	17	25	1.91
20132846--20133057	54	3.9	54	83	8	175	40	17	16	25	1.91
20133267--20133347	26	3.1	26	73	3	74	20	22	23	33	1.97
20135259--20135297	17	2.1	20	86	13	57	25	12	10	51	1.71
20137343--20137451	40	2.7	40	81	5	105	31	14	33	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20137393--20137451	20	3.0	20	66	0	55	37	11	32	18	1.87
20143090--20143204	40	2.9	39	84	7	142	31	14	33	20	1.93
20143139--20143207	20	3.5	20	73	0	75	34	14	33	17	1.90
20148193--20148334	51	2.8	50	81	1	167	30	22	18	28	1.97
20157328--20157514	27	7.0	26	83	7	216	44	20	17	18	1.87
20157328--20157512	54	3.5	54	87	2	250	44	20	17	17	1.87
20157328--20157514	81	2.3	78	86	4	248	44	20	17	18	1.87
20158291--20158320	14	2.2	14	94	5	53	16	16	6	60	1.56
20160713--20160758	11	4.3	11	78	10	51	26	6	8	58	1.52
20169663--20169764	35	2.9	34	79	4	114	20	12	28	38	1.89
20176903--20176945	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
20190540--20190633	44	2.1	44	84	0	116	47	13	20	18	1.82
20191880--20192094	44	4.9	44	86	2	288	29	20	24	25	1.99
20192179--20192324	45	3.3	45	68	5	116	28	25	26	20	1.99
20192157--20192350	89	2.2	89	87	0	280	25	28	24	22	1.99
20195424--20195729	153	2.0	153	95	0	549	34	20	10	33	1.88
20198779--20198832	13	4.2	13	87	0	81	50	18	9	22	1.75
20198904--20199319	205	2.0	205	92	1	683	40	17	12	29	1.87
20201186--20201311	48	2.6	48	82	0	135	26	19	30	23	1.98
20205292--20205473	51	3.6	51	84	2	188	25	15	26	31	1.96
20209585--20209706	48	2.5	48	94	0	217	27	21	27	22	1.99
20209585--20209766	48	3.8	48	88	0	202	27	19	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20212256--20212296	18	2.2	20	82	8	50	68	7	0	24	1.15
20212800--20212856	29	2.0	29	96	0	105	36	14	26	22	1.92
20213577--20213623	25	2.0	25	84	16	64	8	34	2	55	1.42
20217408--20217462	18	3.1	18	80	15	60	65	10	1	21	1.33
20220267--20220308	20	2.1	20	82	8	50	38	23	9	28	1.86
20242465--20242612	76	2.0	75	89	6	228	46	9	14	29	1.76
20242781--20242951	83	2.1	83	92	2	281	48	7	3	40	1.47
20242644--20243089	221	2.0	220	87	1	642	43	7	4	43	1.53
20242864--20243231	138	2.7	138	88	1	549	41	8	5	45	1.58
20246948--20247004	20	2.8	20	94	0	105	59	5	7	28	1.45
20259561--20259902	58	5.8	59	76	5	255	26	23	11	38	1.89
20259630--20259902	87	3.1	87	80	4	298	27	23	10	38	1.88
20259557--20259902	29	11.9	29	79	4	205	26	23	11	38	1.89
20259630--20259909	29	9.6	29	79	3	231	27	23	11	38	1.89
20264879--20264967	43	2.1	43	100	0	178	31	19	11	38	1.87
20281399--20281427	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
20291648--20291956	27	11.5	27	77	4	248	43	17	19	20	1.88
20291648--20291956	107	2.9	107	78	3	273	43	17	19	20	1.88
20291648--20291954	81	3.8	80	82	2	357	43	16	19	20	1.88
20292261--20292317	28	2.0	28	82	0	69	21	22	22	33	1.97
20313607--20313648	21	2.0	21	81	9	50	30	9	23	35	1.87
20327025--20327330	27	11.4	26	78	8	301	42	20	17	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20327025--20327331	107	2.9	107	82	7	356	42	20	17	19	1.90
20327026--20327329	134	2.3	133	82	4	360	42	20	17	19	1.89
20329418--20334673	877	6.0	878	93	0	8851	21	16	23	38	1.93
20335141--20335176	17	2.1	18	89	5	56	16	25	38	19	1.92
20335417--20335759	27	12.7	27	75	4	280	38	19	19	22	1.94
20335814--20335883	11	6.0	11	69	12	50	18	2	25	52	1.59
20335782--20335890	24	4.5	24	87	0	119	22	3	24	49	1.66
20335943--20335999	27	2.1	27	84	12	73	21	26	21	31	1.98
20336020--20336197	32	5.6	32	81	4	182	20	19	20	38	1.93
20336018--20336176	64	2.5	64	82	2	203	20	20	20	37	1.94
20339452--20339498	23	2.0	23	100	0	94	48	17	12	21	1.79
20343959--20344058	27	3.7	27	95	0	173	35	19	23	23	1.96
20343963--20344093	54	2.4	54	84	0	163	36	19	18	25	1.94
20347673--20348106	50	8.7	50	85	2	525	22	31	20	25	1.98
20352468--20352499	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
20363159--20363324	83	2.0	84	93	1	289	21	21	23	34	1.97
20366265--20367440	603	1.9	604	88	2	1783	39	17	9	33	1.82
20366839--20383333	662	25.0	661	84	2	20955	37	17	10	32	1.85
20372305--20372349	23	2.0	23	81	0	54	51	8	6	33	1.59
20384738--20384804	32	2.1	32	100	0	134	23	7	5	62	1.44
20384740--20384793	18	3.2	18	70	20	62	25	5	7	61	1.45
20385085--20385278	97	2.0	98	93	1	336	28	10	24	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20385901--20386671	393	2.0	385	85	2	1029	37	19	9	33	1.84
20386549--20387709	589	2.0	589	84	4	1543	37	17	10	34	1.84
20387124--20390901	655	5.8	654	83	4	4512	37	17	10	33	1.85
20387162--20390901	661	5.8	632	80	7	3704	38	17	10	33	1.84
20394964--20400111	661	7.9	659	85	4	6635	37	17	10	33	1.84
20400105--20402439	661	3.5	661	89	1	3463	38	17	10	33	1.84
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20404312--20405577	661	1.9	645	88	3	1869	38	17	10	33	1.85
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20410674--20426112	659	24.2	624	78	10	14140	37	17	10	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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