genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  67  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20912303--20912923	88	7.0	87	79	4	528	28	24	18	28	1.98
20912344--20912978	45	14.2	45	77	2	537	29	24	17	28	1.97
20914179--20914303	46	2.7	45	81	4	126	12	24	20	43	1.86
20921825--20922121	50	5.8	50	82	4	301	24	27	20	27	1.99
20924094--20924171	41	2.0	38	87	7	111	55	1	7	35	1.37
20926963--20927017	21	2.7	19	76	15	56	58	5	7	29	1.48
20926951--20927016	23	3.3	21	74	18	61	57	4	6	31	1.43
20928966--20929118	22	7.0	22	90	0	225	26	26	14	32	1.94
20935393--20935419	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
20937320--20937363	18	2.4	18	92	0	70	29	22	27	20	1.99
20940486--20940514	11	2.5	12	88	11	51	68	6	0	24	1.13
20941849--20941925	6	12.7	6	80	2	55	22	6	1	70	1.18
20941886--20941922	11	3.3	11	88	7	56	29	2	0	67	1.04
20942382--20942414	17	1.9	17	93	0	57	15	60	9	15	1.58
20947404--20947526	28	4.4	28	80	2	129	24	22	17	35	1.95
20947396--20947522	56	2.2	57	87	1	175	27	22	16	33	1.96
20949625--20949655	12	2.6	12	89	0	53	16	32	6	45	1.72
20949842--20950010	50	3.4	49	80	4	144	22	28	21	26	1.99
20949884--20950028	50	2.9	50	83	1	175	22	30	22	25	1.99
20955419--20955624	103	2.0	103	94	0	358	36	13	19	30	1.90
20957786--20957812	10	2.7	10	100	0	54	51	18	29	0	1.46
20958219--20958364	65	2.2	65	92	0	238	15	10	27	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20970821--20970862	21	2.0	21	86	9	59	61	4	9	23	1.45
20974515--20974580	28	2.4	28	87	7	91	21	31	15	31	1.94
20974586--20974685	28	3.6	28	78	8	96	19	21	22	38	1.94
20975183--20975279	35	2.8	34	77	12	106	27	23	17	30	1.97
20982349--20982427	38	2.0	38	85	4	104	32	18	6	41	1.76
20984531--20984907	50	7.5	50	74	1	333	22	21	22	33	1.97
20984529--20985028	100	5.1	100	80	6	542	22	21	24	31	1.98
20984527--20985028	200	2.5	199	83	6	639	22	21	24	31	1.98
20985054--20985872	44	17.5	44	67	16	238	28	20	18	32	1.96
20985054--20985843	142	5.6	142	93	1	1280	27	20	18	33	1.96
21003968--21004108	50	2.8	50	88	5	212	30	29	15	24	1.96
21005985--21006074	25	3.6	25	82	5	110	23	18	26	31	1.98
21006705--21006749	20	2.2	20	88	8	63	53	6	6	33	1.53
21006789--21006847	9	6.6	9	80	7	66	47	18	0	33	1.49
21010228--21010301	17	4.2	17	73	13	78	43	8	21	27	1.80
21014472--21014496	11	2.3	11	100	0	50	28	12	0	60	1.32
21017363--21017447	38	2.2	40	87	4	129	45	14	9	30	1.76
21017410--21017513	38	2.7	39	80	3	111	43	13	9	33	1.77
21024961--21025006	6	7.7	6	90	0	65	73	13	0	13	1.09
21025943--21025974	14	2.2	14	94	5	55	71	0	12	15	1.14
21027216--21027691	50	9.5	50	68	3	303	32	24	20	21	1.97
21027212--21027674	100	4.6	99	83	2	579	33	24	20	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21027200--21027674	200	2.4	200	89	0	743	32	24	21	21	1.98
21028182--21028224	19	2.3	19	84	8	52	4	48	30	16	1.66
21036899--21037012	16	6.9	16	66	22	58	64	3	5	27	1.32
21036923--21037015	49	1.9	48	85	8	127	63	3	5	27	1.32
21036951--21036995	21	2.2	21	88	4	65	68	6	4	20	1.29
21036951--21037003	21	2.6	22	80	14	60	67	5	3	22	1.28
21037278--21037334	8	6.6	8	77	16	53	35	1	0	63	1.05
21037275--21037333	27	2.2	26	77	11	66	35	1	0	62	1.05
21037278--21037334	17	3.3	17	77	17	55	35	1	0	63	1.05
21044243--21044346	22	4.7	22	87	0	136	26	26	14	31	1.95
21050233--21050291	3	19.7	3	100	0	118	0	33	0	66	0.92
21052076--21052104	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21052732--21052807	31	2.5	31	95	0	134	42	10	18	28	1.83
21053015--21053052	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
21053871--21053914	24	1.9	22	86	9	61	59	11	11	18	1.61
21069900--21069934	5	7.0	5	100	0	70	20	0	0	80	0.72
21075920--21075957	18	2.1	18	90	9	60	60	2	10	26	1.43
21086426--21086535	54	2.0	54	100	0	220	40	16	7	35	1.76
21098183--21098207	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
21098372--21098440	18	3.7	18	72	27	56	31	1	0	66	1.00
21104003--21104087	29	2.9	29	80	11	84	47	0	1	51	1.08
21104005--21104078	5	15.4	5	73	23	52	43	0	1	55	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21104207--21104240	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
21104684--21104727	23	1.9	23	86	9	63	59	2	18	20	1.49
21105277--21105818	115	4.7	114	91	1	798	24	21	24	28	1.99
21105277--21105818	229	2.4	229	90	0	825	24	21	24	28	1.99
21106369--21106401	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
21106481--21106647	89	1.9	88	87	5	246	28	1	28	42	1.63
21106534--21106713	96	1.9	97	86	1	263	28	1	27	41	1.66
21106740--21106793	21	2.6	21	72	21	51	50	1	5	42	1.36
21106788--21106836	9	5.4	9	83	9	64	63	0	8	28	1.23
21106783--21106816	8	4.2	8	89	10	52	55	0	8	35	1.31
21106855--21106953	47	2.1	48	88	1	146	45	9	1	44	1.42
21109554--21109695	32	4.7	29	70	22	112	47	16	0	34	1.52
21109646--21109729	8	10.5	8	73	14	59	48	16	0	34	1.47
21109646--21109729	17	4.7	17	70	21	64	48	16	0	34	1.47
21109673--21109729	9	6.8	8	80	7	60	49	17	0	33	1.47
21109677--21109726	25	2.0	26	88	4	75	48	20	0	32	1.50
21109646--21109729	34	2.3	36	88	8	118	48	16	0	34	1.47
21109673--21109729	17	3.4	17	78	9	71	49	17	0	33	1.47
21109833--21109896	25	2.5	26	84	2	85	42	14	3	40	1.61
21109968--21110048	28	2.9	28	96	0	144	22	8	9	59	1.56
21110229--21110267	20	2.0	20	85	10	53	33	0	2	64	1.08
21113948--21114017	28	2.5	28	90	0	104	31	22	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21119708--21119852	5	29.4	5	87	5	197	39	0	2	58	1.10
21119981--21120040	30	2.1	28	84	6	75	65	5	28	1	1.23
21120363--21120407	23	1.9	24	86	13	67	55	2	22	20	1.54
21122701--21122725	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21122727--21122814	31	2.6	34	79	17	94	51	4	4	39	1.43
21123116--21123140	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
21123191--21123228	14	2.7	14	88	12	60	39	0	0	60	0.97
21124830--21124888	22	2.7	22	94	0	109	28	13	16	40	1.87
21130092--21130404	43	7.3	43	87	2	398	28	32	19	20	1.97
21135073--21135117	7	6.4	7	81	0	54	33	44	0	22	1.53
21135065--21135113	21	2.3	21	85	0	62	30	44	0	24	1.54
21135638--21135684	22	2.1	22	100	0	94	63	4	0	31	1.13
21137085--21137269	101	1.8	102	89	3	293	24	16	27	31	1.96
21137081--21137267	51	3.7	50	76	4	205	24	16	27	31	1.96
21137278--21137364	45	1.9	45	90	0	138	26	17	21	34	1.95
21141847--21141933	5	17.4	5	72	17	56	18	3	1	77	0.98
21141902--21141948	12	3.9	12	76	17	53	23	6	0	70	1.10
21142094--21142152	21	2.7	22	89	2	84	23	50	10	15	1.74
21143266--21143310	20	2.3	19	85	14	56	75	2	0	22	0.91
21143260--21143314	27	2.0	28	82	10	69	72	5	0	21	1.04
21143270--21143314	23	1.9	23	90	4	72	75	2	0	22	0.91
21143266--21143314	14	3.4	14	79	17	55	75	2	0	22	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21143269--21143329	24	2.6	24	81	2	79	73	1	1	22	1.01
21147096--21147276	21	8.6	21	75	2	148	46	15	20	17	1.84
21147742--21147776	17	1.9	18	88	11	54	42	8	0	48	1.33
21148773--21148829	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
21149075--21149109	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21157328--21157355	11	2.5	11	100	0	56	0	0	7	92	0.37
21159346--21159426	37	2.2	36	80	12	94	56	4	3	34	1.38
21160062--21160092	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
21160791--21160850	22	2.8	21	72	16	59	56	10	15	18	1.66
21161218--21161262	11	3.9	11	77	11	54	35	2	2	60	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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