genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18104937--18105193	127	2.0	127	90	3	401	29	13	27	29	1.94
18113656--18113756	50	2.0	50	100	0	202	43	15	13	26	1.85
18115809--18115990	27	5.6	33	72	22	129	18	20	28	32	1.96
18115804--18116034	102	2.3	102	95	2	412	19	20	28	31	1.97
18120833--18120869	18	2.0	19	89	5	58	45	10	10	32	1.74
18121809--18121858	25	2.0	25	84	0	64	24	16	2	58	1.49
18129010--18129206	49	4.0	49	77	0	205	34	27	15	22	1.95
18129008--18129205	98	2.0	99	86	1	272	33	27	15	22	1.95
18129171--18129360	50	3.8	49	74	10	170	32	25	17	25	1.97
18129023--18129334	25	12.6	25	71	10	201	33	26	16	23	1.96
18129199--18129382	100	1.8	100	85	6	257	33	25	17	23	1.96
18130625--18130710	41	2.1	41	95	0	154	38	23	12	25	1.90
18135841--18135866	13	2.0	13	100	0	52	76	7	0	15	0.99
18140434--18140612	42	4.8	36	76	18	163	31	27	18	21	1.97
18140473--18140615	42	3.6	41	76	19	169	31	27	17	23	1.97
18140436--18140612	75	2.4	75	94	3	304	31	27	19	21	1.97
18140640--18140818	51	3.5	51	82	3	200	29	26	15	28	1.96
18145949--18145984	13	2.8	13	86	0	54	38	22	2	36	1.69
18169780--18169887	41	2.6	41	97	0	198	35	17	17	29	1.93
18171701--18171736	16	2.2	16	100	0	72	30	8	8	52	1.61
18173759--18173784	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
18177194--18177221	12	2.3	12	100	0	56	57	7	17	17	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18182027--18182120	41	2.3	41	96	1	170	34	20	6	39	1.78
18187288--18187364	36	2.1	37	97	2	147	25	16	27	29	1.97
18193875--18193912	17	2.2	17	100	0	76	44	7	15	31	1.75
18197382--18197430	22	2.2	22	100	0	98	28	22	8	40	1.82
18203572--18203615	19	2.3	20	81	18	58	25	2	6	65	1.28
18204064--18204123	17	3.5	17	69	0	57	23	40	20	16	1.91
18204055--18204119	34	1.9	34	93	0	112	18	40	21	20	1.92
18205769--18205895	35	3.6	35	90	2	175	18	10	29	42	1.83
18209625--18209912	29	9.9	29	81	3	265	21	25	15	37	1.93
18209622--18209912	87	3.3	87	82	2	327	22	25	15	37	1.93
18209625--18209912	58	4.9	58	79	2	299	21	25	15	37	1.93
18213059--18213104	19	2.4	19	82	7	58	13	30	2	54	1.50
18222555--18222590	18	2.1	16	90	10	54	72	0	8	19	1.10
18224749--18224780	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
18228418--18228445	14	2.0	14	100	0	56	42	0	28	28	1.56
18229640--18229688	20	2.5	20	93	6	82	55	2	20	22	1.54
18233940--18233978	12	3.2	12	85	0	51	17	20	7	53	1.68
18234170--18234341	50	3.5	49	77	10	145	22	26	22	28	1.99
18234250--18234356	50	2.1	50	84	0	142	21	29	21	27	1.98
18242846--18242879	18	2.0	18	88	11	54	70	0	8	20	1.13
18245833--18245861	14	2.0	15	93	6	51	58	0	41	0	0.98
18252356--18252381	12	2.2	12	100	0	52	0	26	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18277413--18277462	23	2.2	23	92	0	82	16	20	6	58	1.59
18278047--18278071	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
18279049--18279090	21	2.0	21	95	0	75	30	9	11	47	1.72
18279717--18279803	41	2.1	41	82	4	104	26	21	25	26	2.00
18287453--18287555	41	2.5	41	85	0	125	26	20	27	26	1.99
18294366--18294407	21	2.0	21	95	0	75	30	9	11	47	1.72
18295034--18295125	41	2.2	41	86	0	121	27	19	25	28	1.99
18303799--18303845	22	2.1	22	96	0	85	25	34	0	40	1.56
18303799--18303897	52	1.9	52	95	0	180	29	32	0	38	1.58
18303850--18303900	22	2.3	22	90	6	77	31	33	0	35	1.58
18304867--18304905	20	2.0	20	85	10	53	28	2	12	56	1.50
18306045--18306086	21	2.0	21	90	0	66	47	33	16	2	1.60
18306049--18306094	21	2.2	21	84	0	56	47	30	19	2	1.61
18306327--18306645	23	12.3	23	77	17	224	45	24	0	30	1.54
18306325--18306713	86	4.7	85	79	14	419	44	25	0	30	1.55
18306680--18306787	23	4.7	23	92	0	171	45	22	0	32	1.53
18306322--18306780	158	2.9	155	85	6	537	44	24	0	30	1.54
18306322--18306712	29	14.3	29	80	13	424	44	25	0	29	1.55
18306493--18306787	46	5.8	46	74	17	205	45	23	0	31	1.53
18306781--18306905	56	2.2	56	88	2	180	36	14	8	40	1.75
18312474--18312513	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
18319879--18320042	45	3.7	45	66	12	122	25	21	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18319901--18320311	88	4.7	87	88	1	534	27	21	26	24	2.00
18320056--18320282	44	5.2	44	66	8	156	24	22	26	26	2.00
18319851--18320311	176	2.6	175	83	3	539	27	22	25	24	2.00
18321728--18321802	3	24.7	3	86	2	105	28	1	4	66	1.17
18321756--18321832	18	4.4	18	86	4	68	25	2	2	68	1.15
18321819--18321859	22	1.9	21	90	5	64	29	7	4	58	1.46
18322215--18322244	9	3.2	9	95	4	51	13	0	0	86	0.57
18325210--18325285	2	38.0	2	94	0	125	1	51	0	47	1.09
18329988--18330018	16	1.9	16	93	0	53	35	35	0	29	1.58
18343383--18343457	19	3.8	19	93	6	132	37	10	16	36	1.83
18343383--18343480	19	4.7	22	80	14	95	36	9	16	37	1.80
18343680--18343728	23	2.1	23	84	0	62	18	0	18	63	1.32
18344255--18344298	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
18353863--18353896	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
18356251--18356297	24	2.0	24	87	8	69	10	10	4	74	1.20
18361169--18361244	37	2.1	37	97	0	143	36	38	2	22	1.68
18364113--18364153	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
18365480--18365515	2	18.5	2	88	5	56	50	2	0	47	1.15
18366516--18366562	21	2.3	21	88	3	69	27	36	4	31	1.76
18366482--18366549	32	2.1	34	88	5	104	26	36	4	32	1.76
18367221--18367378	84	1.9	84	95	0	289	17	15	31	36	1.91
18367221--18367404	84	2.2	84	89	1	262	17	15	32	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18368200--18368243	21	2.1	21	82	0	52	13	2	52	31	1.53
18368228--18368262	13	2.7	13	90	0	61	14	8	48	28	1.73
18368197--18368269	13	5.5	13	76	9	51	15	4	47	32	1.64
18368214--18368343	14	9.4	14	69	12	54	10	3	49	36	1.53
18368278--18368346	21	3.3	21	80	8	77	5	0	50	43	1.26
18368278--18368346	14	4.9	14	74	13	70	5	0	50	43	1.26
18368348--18368390	15	2.9	15	82	3	52	23	2	37	37	1.68
18369233--18369289	23	2.4	24	85	8	73	33	43	1	21	1.63
18369755--18369794	12	3.3	12	83	13	55	22	7	12	57	1.60
18369970--18369996	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
18371685--18372026	16	21.3	16	67	20	107	45	16	3	35	1.64
18371829--18372018	9	21.3	9	67	21	89	45	16	3	34	1.64
18371834--18371884	25	2.1	24	88	3	75	49	17	0	33	1.47
18371950--18372026	25	3.0	25	82	12	86	46	18	1	33	1.57
18371950--18372026	34	2.3	34	88	2	111	46	18	1	33	1.57
18372974--18373008	10	3.7	9	88	11	52	31	0	2	65	1.07
18372971--18373020	19	2.3	21	74	22	50	34	2	2	62	1.18
18373194--18373397	43	4.8	42	72	7	146	24	18	29	28	1.98
18373493--18373536	22	2.0	22	90	0	70	40	29	18	11	1.85
18374702--18374752	20	2.5	22	81	15	72	52	1	0	45	1.12
18374694--18374766	29	2.4	32	77	18	77	49	1	0	49	1.09
18378845--18378890	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18380467--18380492	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18385778--18385852	37	2.0	37	86	0	105	30	9	6	53	1.59
18394507--18394656	36	3.9	36	76	16	138	28	20	12	38	1.89
18394543--18394683	46	3.3	46	74	19	167	27	21	13	37	1.91
18394463--18394683	82	2.7	82	90	2	331	28	21	13	37	1.90
18399091--18399125	16	2.3	15	90	9	54	42	0	0	57	0.99
18399068--18399243	91	1.9	91	93	1	300	46	2	3	47	1.34
18399158--18399218	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
18399368--18399419	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
18399713--18399803	45	2.0	44	87	2	128	34	28	5	31	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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