Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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This is table  82  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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22
28
21
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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19
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21
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16
55
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10
10
38
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
T
Entropy
(0-2)
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2.6
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2.6
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1.98
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24
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17
34
0
48
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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5.4
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18
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16
16
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1.23
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58
16
16
0
66
1.25
26253172--26253215
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3.1
14
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54
15
15
0
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1.22
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0
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1.71
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1.73
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2.4
16
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42
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1.60
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9
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30
1.88
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14
20
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1.86
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41
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0
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13
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14
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20
50
41
12
9
36
1.76
26331162--26331200
17
2.3
17
90
0
60
28
33
17
20
1.96
26333649--26333802
54
2.8
55
79
1
168
38
17
10
33
1.84
26333650--26333809
27
5.9
27
77
4
126
37
18
10
33
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26333793--26333844
27
1.9
27
84
7
70
32
17
21
28
1.96
26334248--26334306
28
2.1
28
90
0
91
18
22
20
38
1.93
26340765--26340904
68
2.1
68
91
0
226
34
23
15
27
1.94
26342122--26342163
17
2.5
17
84
0
57
33
33
14
19
1.91
26348336--26348377
18
2.3
18
88
12
59
14
28
38
19
1.90
26351871--26352027
41
3.8
41
84
1
181
17
20
27
34
1.95
26354664--26354698
12
2.8
12
86
4
52
37
2
0
60
1.12
26355847--26355889
21
2.1
21
86
4
61
18
27
11
41
1.85
26355984--26356569
132
4.4
132
92
0
947
25
24
20
29
1.99
26356706--26356824
44
2.7
44
84
2
159
26
19
21
31
1.97
26358028--26358061
17
2.0
17
88
0
50
2
20
0
76
0.92
26358072--26358144
34
2.2
32
85
4
101
19
2
6
71
1.21
26358073--26358134
10
5.8
10
74
20
54
16
3
8
72
1.21
26364852--26364884
14
2.2
16
89
10
52
24
6
0
69
1.10
26372420--26372568
41
3.6
41
80
3
129
19
23
25
31
1.98
26399302--26399381
28
2.9
28
90
0
124
23
22
21
32
1.98
26404629--26404683
28
1.9
29
88
3
85
50
12
7
29
1.67
26416429--26416462
7
4.9
7
92
0
59
14
14
26
44
1.84
26422127--26422162
18
2.0
18
100
0
72
33
33
0
33
1.58
26423812--26423859
23
2.2
22
85
7
62
37
10
22
29
1.88
26425448--26425493
20
2.3
20
92
0
74
8
32
21
36
1.84
26428197--26428227
16
1.9
16
93
0
53
54
3
0
41
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26430286--26430323
11
3.5
11
82
3
51
44
0
0
55
0.99
26430260--26430323
24
2.7
24
79
11
60
42
1
0
56
1.09
26437041--26437093
25
2.1
25
96
0
97
35
9
9
45
1.69
26439652--26439723
28
2.6
28
84
0
90
23
20
16
38
1.92
26439708--26439752
21
2.1
21
84
8
56
24
24
11
40
1.87
26440855--26440911
15
3.7
15
76
4
69
45
10
10
33
1.73
26440856--26440927
31
2.4
30
86
4
99
45
11
11
31
1.75
26449349--26449416
12
5.3
13
78
8
68
83
1
7
7
0.86
26451506--26451805
123
2.4
125
85
6
418
29
19
25
26
1.98
26452160--26452654
50
9.9
50
76
3
449
32
23
18
25
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198