genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   

This is table  24  of  198  ( 23681 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7088290--7088335	20	2.3	20	100	0	92	36	10	13	39	1.79
7089440--7089482	23	1.9	23	90	4	70	23	0	16	60	1.35
7104192--7104220	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7107066--7107208	73	2.0	73	87	2	207	33	10	9	46	1.70
7110548--7110595	20	2.5	18	78	21	53	60	2	2	35	1.20
7110547--7110595	9	5.0	10	79	13	50	59	2	2	36	1.21
7114813--7114859	22	2.1	22	84	11	60	42	0	0	57	0.98
7114817--7114856	20	2.0	20	90	4	64	45	0	0	55	0.99
7121246--7121294	27	1.9	25	84	12	64	48	2	4	44	1.33
7121251--7121303	26	2.0	27	81	3	63	49	1	1	47	1.23
7121277--7121353	31	2.5	32	83	8	97	53	0	2	44	1.14
7121295--7121354	31	1.9	31	93	0	102	51	0	3	45	1.17
7122264--7122326	31	2.0	31	90	0	99	41	7	12	38	1.73
7124560--7124627	33	2.1	33	100	0	136	41	11	20	26	1.87
7129903--7129967	32	2.0	32	100	0	130	18	24	18	38	1.93
7136397--7136518	43	2.8	43	79	9	140	30	29	20	19	1.97
7138746--7138837	41	2.2	41	98	0	175	26	23	20	29	1.99
7138817--7138963	42	3.5	42	91	0	231	28	23	17	30	1.97
7139619--7139652	2	17.0	2	90	0	50	44	2	0	52	1.16
7141864--7141911	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
7156949--7156974	7	3.7	7	100	0	52	30	0	15	53	1.42
7158007--7158049	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7159313--7159338	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7160422--7160490	32	2.2	32	100	0	138	46	2	5	44	1.42
7164734--7165055	170	1.9	170	86	0	464	17	15	19	47	1.82
7168151--7168199	25	1.9	26	83	4	64	36	20	0	42	1.52
7175033--7175149	40	2.9	41	77	7	116	32	23	25	17	1.97
7180033--7180203	66	2.6	65	84	4	200	38	19	28	13	1.90
7180175--7180246	21	3.4	21	86	0	72	33	18	43	5	1.73
7180185--7180286	21	4.9	21	86	0	123	34	15	44	5	1.71
7181383--7181461	7	10.4	7	79	15	86	44	24	0	31	1.54
7181378--7181818	9	53.6	9	70	22	137	45	15	3	36	1.62
7181383--7181473	23	4.0	23	84	11	123	45	24	0	30	1.54
7181378--7181459	16	5.2	16	91	5	132	43	23	0	32	1.54
7181464--7181928	31	14.6	31	73	16	314	45	12	3	38	1.60
7181604--7181713	22	5.1	22	71	19	88	43	11	5	39	1.64
7181464--7181733	63	4.4	61	89	6	343	45	10	4	39	1.59
7181614--7181762	63	2.2	70	87	10	213	44	13	4	37	1.65
7181743--7181797	7	7.3	7	84	15	74	43	25	0	30	1.55
7181743--7181817	23	3.2	23	94	3	123	45	24	0	30	1.53
7181734--7181818	16	5.3	16	82	13	88	44	23	1	30	1.61
7181933--7181978	16	2.9	16	100	0	92	45	23	0	30	1.53
7181933--7182081	9	17.7	9	67	15	68	42	19	2	36	1.63
7182029--7182059	16	1.9	16	93	0	53	45	22	3	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7181932--7182079	34	4.4	33	66	14	88	42	19	2	35	1.63
7182116--7182148	16	2.1	16	94	0	57	51	18	0	30	1.46
7183080--7183227	43	3.4	43	89	3	244	35	29	17	18	1.94
7183080--7183293	43	5.0	43	84	4	186	30	28	18	22	1.97
7183080--7183257	86	2.1	86	88	4	261	33	28	17	20	1.96
7183394--7183436	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
7185571--7185616	20	2.2	21	80	3	58	36	6	0	56	1.25
7186196--7186225	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7187973--7188000	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7194364--7194404	21	2.0	21	85	0	55	75	2	4	17	1.08
7200628--7200696	6	11.5	6	83	13	81	78	0	4	17	0.91
7211504--7211600	50	1.9	50	100	0	194	31	13	12	42	1.81
7211795--7211824	13	2.4	12	94	5	51	90	3	0	6	0.56
7214974--7215134	33	4.8	32	72	11	135	28	26	14	30	1.95
7214962--7215202	101	2.4	101	92	0	392	28	26	14	30	1.95
7217091--7217124	12	2.7	13	86	9	52	17	0	41	41	1.50
7217311--7217723	125	3.3	125	90	0	637	32	16	20	30	1.95
7220756--7220876	49	2.5	49	97	0	224	42	9	1	45	1.47
7221016--7221055	21	1.9	21	85	10	55	12	17	37	32	1.87
7221297--7221339	18	2.4	18	80	0	50	44	9	25	20	1.81
7223162--7223248	11	8.3	11	65	19	51	43	2	29	24	1.66
7223199--7223261	22	2.8	22	83	11	76	44	1	30	23	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7224757--7224812	28	2.0	28	89	0	85	44	17	16	21	1.86
7237850--7237882	18	1.9	17	88	11	50	54	0	0	45	0.99
7237900--7237949	16	3.0	16	79	5	55	64	4	0	32	1.12
7238647--7238683	20	1.9	20	88	5	58	43	8	0	48	1.32
7239298--7239341	19	2.5	17	85	7	52	45	2	0	52	1.13
7239501--7239533	16	2.2	15	89	10	50	42	0	6	51	1.26
7241575--7241659	41	2.0	43	86	4	120	27	24	2	45	1.65
7244618--7244648	13	2.4	13	94	0	53	54	0	3	41	1.16
7245609--7245875	107	2.4	108	82	6	290	26	21	21	30	1.98
7248613--7248652	21	1.9	21	100	0	80	42	0	7	50	1.30
7248549--7248695	78	1.9	78	100	0	294	44	2	7	44	1.46
7249053--7249095	11	3.9	11	82	11	61	20	20	0	58	1.40
7249050--7249095	5	8.6	5	83	9	56	19	19	0	60	1.36
7249044--7249095	22	2.4	21	90	3	77	19	17	0	63	1.31
7249111--7249154	17	2.5	18	81	3	54	18	13	6	61	1.54
7249179--7249261	5	15.6	5	73	20	53	30	19	0	50	1.48
7249200--7249249	11	4.5	11	80	9	66	30	18	0	52	1.46
7249254--7249293	20	2.1	20	90	9	66	22	5	0	72	1.04
7249226--7249279	23	2.3	23	75	6	56	24	12	0	62	1.30
7249425--7249466	22	2.0	22	86	13	61	33	7	0	59	1.25
7249669--7249711	17	2.5	17	88	0	59	18	23	4	53	1.63
7249681--7249712	11	2.8	12	90	9	50	18	25	0	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7249681--7249712	6	5.7	6	89	10	50	18	25	0	56	1.42
7249699--7249774	28	2.9	28	66	24	74	23	14	0	61	1.32
7249708--7249822	23	4.9	23	65	27	71	22	13	0	62	1.36
7249789--7249876	26	3.5	26	68	24	71	21	11	2	64	1.36
7249703--7249882	92	1.9	94	93	3	310	23	13	1	62	1.38
7249699--7249883	48	3.9	48	80	9	227	23	13	1	62	1.38
7249732--7249921	92	2.1	92	83	6	233	24	12	1	61	1.40
7252857--7253120	109	2.4	108	80	8	284	28	20	19	31	1.97
7254304--7255016	113	6.3	113	86	4	981	21	21	25	31	1.98
7254304--7255016	227	3.1	225	87	5	1015	21	21	25	31	1.98
7255630--7255824	89	2.2	89	93	0	336	24	2	29	43	1.66
7258841--7258899	9	6.8	9	75	11	52	50	10	0	38	1.36
7258816--7259525	43	17.0	43	64	21	244	45	11	2	41	1.53
7258850--7259241	65	5.9	65	89	5	554	45	10	2	42	1.50
7259087--7259552	81	5.8	80	93	4	752	44	12	2	40	1.56
7259225--7259257	16	2.1	16	94	0	57	45	21	0	33	1.52
7259220--7259501	9	31.6	9	69	20	112	44	14	2	39	1.57
7259309--7259500	16	11.9	15	68	25	67	44	15	2	38	1.58
7259301--7259501	34	6.2	33	68	21	97	44	15	1	38	1.58
7259661--7259696	18	2.0	18	94	0	63	52	13	0	33	1.41
7263929--7264001	21	3.5	21	75	7	67	38	19	38	4	1.71
7263948--7264019	21	3.4	21	76	0	72	38	15	41	4	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7264323--7264448	46	2.9	42	73	11	126	23	17	28	30	1.97
7269604--7270025	211	2.0	210	95	1	756	41	29	7	21	1.80
7281674--7281709	6	6.0	6	100	0	72	0	50	16	33	1.46
7286601--7286714	3	36.7	3	69	22	51	28	3	6	62	1.36
7288265--7288312	17	2.6	19	83	12	73	58	4	0	37	1.18
7289147--7289222	40	1.9	40	86	5	109	28	25	28	17	1.97
7289302--7289538	41	5.8	40	81	4	258	17	24	23	35	1.95
7289301--7289538	123	1.9	123	86	3	336	17	23	23	35	1.95
7289302--7289499	82	2.4	82	94	0	342	17	23	23	35	1.95
7293561--7293613	21	2.5	21	84	9	72	39	1	1	56	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198