genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7562608--7562666	23	2.6	23	88	0	82	33	22	25	18	1.96
7562608--7562676	23	3.0	22	81	12	77	34	21	24	18	1.96
7569562--7569593	7	4.6	7	100	0	64	56	12	0	31	1.37
7572494--7572714	106	2.1	107	84	2	284	34	14	23	27	1.94
7578617--7578642	7	3.7	7	100	0	52	42	30	0	26	1.56
7578609--7578643	14	2.5	15	86	13	56	40	28	0	31	1.57
7580418--7580449	15	2.0	17	88	11	50	68	3	21	6	1.26
7581180--7581279	28	3.6	28	93	0	146	35	13	24	28	1.92
7582059--7582611	23	23.6	23	72	8	382	26	16	16	41	1.89
7582044--7582630	70	8.3	70	88	3	779	26	16	16	41	1.88
7582222--7582580	47	7.6	47	72	12	218	25	16	16	40	1.89
7582126--7582680	141	3.9	141	84	5	437	27	15	17	40	1.90
7588297--7588328	15	2.0	17	88	11	50	68	3	21	6	1.26
7589064--7589161	28	3.5	28	88	0	142	29	13	27	29	1.94
7589882--7590001	23	5.2	23	74	6	89	28	16	15	39	1.90
7590139--7590186	25	1.9	25	82	0	60	27	14	18	39	1.90
7590120--7590265	23	6.2	23	72	7	105	28	17	17	36	1.92
7590135--7590300	70	2.3	72	84	9	232	26	14	18	40	1.89
7602302--7602330	15	1.9	15	100	0	58	34	34	6	24	1.82
7607919--7607954	18	2.0	18	89	10	56	13	11	2	72	1.23
7608188--7608238	25	2.0	25	100	0	102	39	15	7	37	1.77
7613001--7613254	123	2.1	124	89	2	386	30	16	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7614387--7615095	28	26.8	28	80	13	788	32	0	21	45	1.59
7614410--7615095	51	13.1	51	81	12	750	32	1	21	45	1.59
7617220--7617253	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
7617449--7617490	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
7617462--7617520	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
7617440--7617542	52	2.0	51	84	5	136	33	0	32	33	1.65
7617491--7617561	22	3.2	22	90	7	108	36	1	28	33	1.66
7624298--7624341	23	2.0	22	90	4	70	22	0	2	75	0.92
7624304--7624379	35	2.2	35	79	11	84	25	2	2	69	1.14
7624499--7624542	23	1.9	23	86	9	63	13	6	2	77	1.07
7640918--7640968	19	2.6	20	82	14	70	23	21	11	43	1.85
7641413--7641457	16	2.9	15	84	12	56	42	22	0	35	1.54
7643101--7643153	26	2.0	27	88	3	81	32	26	18	22	1.97
7646471--7646529	26	2.3	27	82	8	77	0	23	3	72	0.99
7649052--7649077	12	2.2	12	100	0	52	0	0	7	92	0.39
7649865--7649890	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
7650385--7650421	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
7656479--7656513	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
7657095--7657167	24	3.0	24	82	7	94	13	43	4	38	1.63
7657958--7657990	8	4.1	8	100	0	66	0	15	24	60	1.35
7662258--7662327	29	2.4	29	92	2	115	35	14	10	40	1.79
7673000--7673035	5	7.2	5	100	0	72	41	19	19	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7674038--7674074	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
7674128--7674158	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
7677318--7677415	27	3.6	27	82	5	94	41	18	21	18	1.90
7677368--7677464	27	3.6	27	72	14	92	42	19	22	15	1.89
7681303--7681530	8	26.4	8	63	19	50	24	3	3	68	1.21
7681315--7681429	19	6.4	17	68	16	56	22	5	3	68	1.25
7681361--7681430	27	2.6	26	78	14	79	21	4	4	70	1.23
7681315--7681452	73	1.9	70	92	7	233	22	5	2	69	1.21
7682142--7682181	19	2.0	19	85	9	53	65	5	0	30	1.14
7696247--7696284	18	2.1	18	85	9	51	15	15	7	60	1.57
7696322--7696404	12	6.8	12	70	8	60	27	14	8	49	1.72
7696331--7696399	24	2.9	23	82	8	68	27	14	10	47	1.76
7697714--7697744	11	2.8	11	95	0	53	25	3	6	64	1.33
7698584--7698657	22	3.3	22	67	29	66	52	2	0	44	1.15
7700763--7700915	39	3.9	39	88	0	216	30	2	21	45	1.66
7700807--7700887	22	3.9	21	65	31	50	29	1	19	49	1.56
7701786--7701852	30	2.2	30	92	7	109	25	8	20	44	1.80
7705214--7705307	42	2.2	42	83	7	111	15	24	15	43	1.86
7705278--7705333	21	2.7	21	85	0	85	12	25	17	44	1.84
7707509--7707575	27	2.5	26	85	7	82	53	13	2	29	1.54
7711842--7711914	26	2.8	26	83	6	96	16	26	23	34	1.95
7711835--7711980	26	5.8	25	67	16	61	17	23	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7711878--7712018	73	1.9	73	83	8	180	18	24	22	34	1.96
7711853--7712031	73	2.4	73	75	12	177	18	25	21	34	1.96
7711952--7712056	49	2.1	49	80	3	113	18	26	22	32	1.97
7715450--7715493	18	2.6	17	89	10	72	54	6	18	20	1.66
7715450--7715493	17	2.6	18	85	7	65	54	6	18	20	1.66
7716604--7716660	21	2.7	21	72	0	60	17	22	14	45	1.84
7716604--7716697	42	2.2	42	81	3	100	17	21	15	45	1.85
7718094--7718248	39	3.9	39	90	0	229	30	2	21	45	1.65
7718876--7719111	113	2.1	113	95	0	418	26	14	17	41	1.87
7724051--7724138	33	2.7	33	82	3	106	48	18	19	13	1.80
7729023--7729488	4	116.5	4	91	0	547	42	25	6	25	1.78
7730025--7730084	21	3.0	21	82	4	79	43	18	23	15	1.87
7731144--7731171	12	2.3	12	100	0	56	42	21	0	35	1.53
7747998--7748037	15	2.7	15	88	0	62	47	5	0	47	1.24
7748655--7748713	31	2.0	31	86	6	86	32	10	15	42	1.80
7748652--7748733	31	2.7	30	78	15	73	35	13	12	39	1.82
7748905--7748961	29	1.9	30	92	3	98	52	10	3	33	1.53
7749429--7749522	20	4.6	20	71	15	66	37	12	5	44	1.65
7751151--7751182	14	2.3	14	100	0	64	21	12	15	50	1.77
7755185--7755261	36	2.1	36	90	4	120	33	15	20	29	1.94
7755842--7755918	36	2.1	36	86	9	104	35	14	19	31	1.92
7754976--7756591	657	2.5	658	97	0	3000	27	14	21	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7756503--7756574	36	2.0	36	91	5	119	34	16	20	27	1.95
7756503--7756606	36	2.9	36	83	0	109	30	14	23	31	1.94
7756935--7757037	36	3.0	35	77	6	95	29	11	23	35	1.90
7761011--7761079	34	2.0	35	97	2	131	49	17	15	17	1.80
7778232--7778278	19	2.5	20	82	10	62	63	2	19	14	1.40
7782941--7783387	223	2.0	224	95	0	797	40	23	11	24	1.87
7784215--7784279	30	2.2	29	81	8	76	36	12	6	44	1.67
7784222--7784286	30	2.1	31	85	2	87	36	16	4	41	1.70
7792824--7792861	18	2.1	18	95	0	67	52	10	5	31	1.58
7798341--7798455	58	2.0	58	98	0	221	33	20	11	33	1.89
7799142--7799174	5	6.6	5	92	0	57	39	0	0	60	0.97
7800133--7800215	25	3.3	25	96	0	148	15	22	22	38	1.92
7800145--7800261	25	5.0	22	84	7	92	16	23	20	40	1.91
7805569--7805596	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
7813262--7813287	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7820395--7820430	16	2.2	16	95	0	63	27	0	30	41	1.56
7820666--7820700	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7820560--7820868	155	2.0	157	94	1	550	44	3	5	47	1.41
7820848--7821058	66	3.4	63	69	20	192	48	6	3	41	1.44
7820799--7821089	120	2.4	121	91	4	473	48	5	3	42	1.40
7820604--7820920	155	2.0	154	81	7	361	46	4	4	45	1.43
7820920--7820971	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7822528--7822671	72	2.0	72	100	0	288	48	9	11	30	1.71
7832329--7832472	79	1.9	77	91	4	236	46	14	7	31	1.73
7832700--7832757	17	3.5	16	84	15	66	39	5	0	55	1.22
7832694--7832777	15	5.3	15	81	9	78	39	3	1	55	1.25
7832684--7832730	20	2.3	20	75	7	51	51	0	2	46	1.13
7832699--7832768	33	2.2	31	84	5	86	38	4	1	55	1.28
7836046--7836095	24	2.1	24	92	3	84	28	22	16	34	1.95
7846732--7846780	20	2.4	21	82	3	64	63	0	2	34	1.06
7848826--7848888	31	2.0	31	84	6	83	38	14	12	34	1.84
7856115--7856222	54	2.0	54	100	0	216	44	11	14	29	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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