genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14328910--14328949	20	2.0	20	100	0	80	45	10	10	35	1.71
14328900--14328964	34	1.9	33	82	14	80	44	7	9	38	1.65
14330664--14330721	22	2.6	22	81	10	57	29	0	20	50	1.49
14330687--14330745	10	5.7	10	82	7	73	28	0	18	52	1.46
14330685--14330756	32	2.2	32	78	11	85	30	0	18	51	1.46
14333864--14333921	20	2.9	21	76	7	66	46	18	25	8	1.78
14337055--14337100	23	2.1	22	88	8	67	28	8	4	58	1.47
14337520--14337561	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
14349497--14349616	45	2.7	44	78	15	122	26	19	26	27	1.99
14358331--14358451	44	2.7	45	81	13	151	27	22	26	23	2.00
14358337--14358451	45	2.6	44	80	14	137	27	22	26	22	1.99
14358028--14358584	217	2.6	217	90	1	864	28	20	23	28	1.99
14360056--14360098	23	2.0	22	86	9	61	32	6	4	55	1.47
14373274--14373339	28	2.4	27	80	7	78	34	22	22	19	1.96
14373494--14373558	22	3.0	22	76	0	67	44	18	20	16	1.87
14373550--14373720	32	5.4	32	87	0	218	37	19	20	22	1.94
14373881--14373947	24	2.8	24	75	8	64	43	23	8	23	1.82
14373994--14374050	27	2.1	27	80	6	62	24	24	22	28	2.00
14378643--14378699	24	2.4	24	69	0	60	21	15	10	52	1.72
14379088--14379137	23	2.1	24	85	3	66	18	10	6	66	1.42
14379388--14379414	13	2.1	13	100	0	54	22	22	14	40	1.90
14385238--14385325	39	2.3	38	86	9	124	45	20	3	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14385260--14385338	39	2.0	39	87	4	115	45	21	6	26	1.75
14397321--14397584	50	5.3	49	84	4	280	21	30	20	26	1.98
14397313--14397577	100	2.7	100	81	5	313	21	30	21	26	1.98
14397313--14397584	150	1.8	149	83	4	359	22	30	20	26	1.99
14398232--14398275	11	3.9	11	82	5	52	63	2	0	34	1.07
14401240--14401281	16	2.4	18	76	15	52	26	0	28	45	1.54
14401559--14401598	21	1.9	21	85	10	55	27	27	25	20	1.99
14401558--14401604	21	2.2	21	77	7	51	29	25	23	21	1.99
14406356--14406536	90	2.0	90	100	0	362	25	19	12	42	1.86
14412480--14412576	37	2.6	37	86	1	133	41	26	11	20	1.86
14414436--14414479	22	2.0	21	86	4	61	61	11	0	27	1.30
14414985--14415018	15	2.3	15	89	0	50	8	50	0	41	1.34
14419582--14419678	39	2.5	39	84	0	122	40	20	8	30	1.82
14428993--14429283	143	2.0	144	93	0	494	42	14	16	26	1.86
14433744--14433768	12	2.1	12	100	0	50	64	36	0	0	0.94
14434580--14434616	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
14436967--14437172	108	1.9	109	81	7	251	40	19	7	31	1.80
14437136--14437169	16	2.2	16	89	5	52	47	20	0	32	1.51
14439511--14439541	11	2.8	11	95	0	53	9	29	9	51	1.66
14452014--14452047	18	1.9	18	94	5	61	8	41	26	23	1.83
14466820--14466848	14	2.1	14	100	0	58	51	13	6	27	1.66
14471473--14471525	23	2.3	23	90	0	79	30	9	18	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14480984--14481021	17	2.3	17	83	16	53	81	2	10	5	0.94
14480985--14481020	16	2.2	16	90	9	56	80	2	11	5	0.98
14493117--14493163	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
14493119--14493160	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
14495117--14495313	98	2.0	98	93	2	333	37	23	10	28	1.87
14499767--14499803	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
14506414--14506570	27	5.8	27	77	10	124	24	11	18	45	1.82
14506414--14506571	54	2.9	55	78	6	180	24	11	18	46	1.82
14523149--14523411	135	1.9	135	89	0	409	44	11	16	26	1.83
14523904--14523933	15	1.9	16	93	6	53	56	10	0	33	1.32
14529978--14530017	20	2.0	20	90	0	62	62	5	5	27	1.37
14533234--14533310	36	2.1	38	83	13	99	55	1	7	35	1.37
14533234--14533310	38	2.1	36	83	13	95	55	1	7	35	1.37
14533472--14533517	18	2.6	18	89	0	65	63	0	6	30	1.20
14533874--14533940	33	2.1	33	88	5	102	29	32	22	14	1.94
14534912--14534995	44	1.9	44	85	4	116	30	21	13	34	1.91
14535116--14535219	44	2.4	44	83	3	122	25	24	20	30	1.98
14535530--14535686	44	3.6	43	78	9	156	28	24	21	26	1.99
14535911--14536128	89	2.4	89	91	0	337	24	25	22	27	2.00
14536520--14536577	24	2.4	24	80	5	73	31	22	13	32	1.93
14537521--14537586	9	6.9	9	78	14	62	1	12	1	84	0.75
14537520--14537588	30	2.3	29	83	11	86	1	11	1	85	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14541628--14541760	69	1.9	69	92	0	221	30	21	21	27	1.98
14542341--14542448	38	2.9	38	81	10	107	56	2	7	33	1.42
14542610--14542655	18	2.6	18	82	0	56	60	0	6	32	1.22
14555148--14555298	53	2.9	51	79	12	146	23	9	31	35	1.88
14563118--14563161	22	2.0	21	83	12	54	43	0	0	56	0.99
14569350--14569413	4	16.0	4	93	0	110	26	23	0	50	1.50
14573488--14573539	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
14575363--14575414	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
14585780--14585837	20	3.2	19	75	25	70	70	0	12	17	1.16
14585737--14585850	37	3.1	36	75	15	110	70	0	7	21	1.17
14585766--14585858	35	2.8	31	74	16	80	72	0	8	19	1.10
14585781--14585850	35	1.9	35	88	11	106	71	0	10	18	1.13
14585823--14585867	13	3.4	13	84	12	56	71	0	4	24	1.05
14590550--14590614	30	2.2	30	82	0	76	36	7	24	30	1.84
14590944--14590994	27	1.9	26	92	4	84	15	21	31	31	1.95
14590973--14591270	33	8.4	33	66	23	133	20	19	27	33	1.96
14591006--14591141	42	3.5	42	72	17	146	21	18	26	33	1.96
14590971--14591141	75	2.3	75	93	0	288	19	18	26	35	1.95
14591046--14591248	102	2.0	101	91	2	327	20	20	28	30	1.98
14591121--14591173	27	2.0	26	96	3	97	15	22	33	28	1.94
14590944--14591270	177	1.8	177	89	1	512	19	19	27	33	1.96
14596306--14596356	22	2.3	22	89	0	75	23	27	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14596317--14596359	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
14598028--14598092	30	2.2	30	82	0	76	36	7	24	30	1.84
14598424--14598747	33	9.4	33	67	22	152	20	19	27	33	1.96
14598484--14598619	42	3.5	42	72	17	146	21	18	26	33	1.96
14598449--14598619	75	2.3	75	93	0	288	19	18	26	35	1.95
14598524--14598721	102	1.9	102	93	2	344	20	19	28	31	1.97
14598422--14598759	177	1.9	177	90	0	532	20	19	27	32	1.97
14609674--14609701	14	2.0	14	100	0	56	42	28	14	14	1.84
14618191--14618247	29	2.0	28	89	3	87	33	17	22	26	1.96
14627338--14627415	25	3.1	26	74	20	76	19	20	21	38	1.94
14627351--14627430	25	3.2	23	77	13	70	22	21	22	33	1.97
14627331--14627446	50	2.3	50	79	5	126	23	22	21	32	1.98
14627377--14627450	25	3.0	25	80	7	87	27	24	20	28	1.99
14634373--14634414	23	1.9	22	85	9	59	26	14	2	57	1.50
14641855--14641904	26	1.9	26	100	0	100	34	16	8	42	1.77
14648719--14648754	10	3.7	10	88	7	56	44	0	11	44	1.39
14648698--14648753	15	3.4	16	82	12	60	44	0	8	46	1.34
14649051--14649091	22	1.9	22	85	5	57	43	2	17	36	1.62
14652792--14652842	24	2.1	24	92	0	84	35	17	9	37	1.83
14658080--14658129	26	2.0	26	88	11	77	42	14	0	44	1.44
14668996--14669053	29	1.9	30	83	13	75	36	5	6	51	1.51
14674603--14674631	15	1.9	15	100	0	58	37	13	0	48	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14680961--14680985	6	4.2	6	100	0	50	48	36	0	16	1.46
14693638--14693689	18	2.6	21	71	22	58	15	17	42	25	1.88
14698038--14698075	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
14699049--14699101	24	2.2	24	93	6	90	30	30	7	32	1.85
14701571--14701640	36	1.9	36	100	0	140	27	2	12	57	1.50
14703166--14703313	73	2.0	73	98	0	287	33	15	14	36	1.88
14705681--14705709	14	2.0	15	93	6	51	55	0	37	6	1.27
14711828--14711967	51	2.7	51	84	1	172	29	17	24	29	1.97
14716136--14716166	15	2.1	15	100	0	62	35	12	19	32	1.90
14719607--14719638	16	1.9	17	93	6	57	34	0	21	43	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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