genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   

This is table  33  of  198  ( 23681 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9488890--9488937	24	2.0	25	84	12	64	58	8	2	31	1.39
9492457--9492668	106	2.0	106	96	0	388	29	22	14	33	1.93
9493373--9493417	18	2.5	18	89	7	65	28	8	0	62	1.25
9495835--9495886	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
9505207--9505301	44	2.1	44	90	1	145	28	18	8	44	1.79
9510399--9510443	3	15.0	3	85	0	63	64	0	31	4	1.13
9511172--9511211	20	2.0	20	85	4	55	37	15	12	35	1.85
9515807--9515852	20	2.2	20	84	3	56	47	4	2	45	1.34
9522210--9522323	17	6.6	17	78	10	90	14	15	31	37	1.89
9531461--9531707	50	4.8	51	80	5	216	28	19	27	24	1.99
9533320--9533354	6	5.8	6	100	0	70	17	0	14	68	1.21
9538847--9538886	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
9538819--9538871	22	2.4	22	87	0	70	52	1	1	43	1.23
9538875--9539084	68	3.1	67	94	1	359	40	5	8	45	1.57
9539027--9539054	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
9540289--9540340	22	2.4	22	90	0	86	55	23	0	21	1.43
9540457--9540523	29	2.5	27	80	9	66	37	7	8	46	1.64
9546188--9546228	20	2.0	20	95	0	73	26	21	19	31	1.97
9549812--9549845	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
9556311--9556356	23	2.0	23	100	0	92	26	17	21	34	1.95
9558417--9558477	21	3.0	20	81	13	70	45	1	1	50	1.21
9569010--9569051	22	1.9	22	95	0	75	42	14	7	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9569164--9569196	17	1.9	17	88	11	50	39	0	9	51	1.34
9573785--9573836	23	2.3	23	77	9	63	50	0	0	50	1.00
9582350--9582408	20	3.0	20	78	11	68	54	3	3	38	1.34
9583695--9583735	16	2.6	16	96	0	73	46	14	9	29	1.77
9584074--9584104	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
9589688--9589875	50	3.8	49	77	7	200	25	16	27	30	1.97
9589694--9589877	101	1.8	101	88	4	282	25	16	27	30	1.97
9590103--9590134	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
9592746--9592784	16	2.4	16	87	8	53	25	38	0	35	1.56
9593479--9593631	72	2.1	72	87	0	216	28	11	15	45	1.80
9602664--9602690	14	1.9	14	100	0	54	40	29	14	14	1.86
9603649--9603693	20	2.3	19	82	14	56	66	2	0	31	1.04
9606073--9606164	47	1.9	49	86	4	134	14	11	16	57	1.65
9615431--9615529	45	2.2	45	98	0	189	43	7	22	27	1.79
9616561--9616618	22	2.7	21	86	10	73	32	18	27	20	1.97
9620477--9620519	21	2.0	22	86	13	63	51	0	2	46	1.13
9623297--9623332	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
9625269--9625302	3	11.3	3	87	0	50	38	0	35	26	1.57
9625272--9625313	9	4.7	9	87	0	57	40	0	33	26	1.56
9626482--9626529	4	12.0	4	95	0	69	43	25	6	25	1.77
9626802--9626846	3	15.0	3	95	0	81	0	33	2	64	1.06
9640925--9641085	45	3.6	46	79	5	177	20	20	19	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9644461--9644490	12	2.5	12	88	0	51	56	0	26	16	1.40
9653215--9653290	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
9653233--9653370	72	2.0	71	84	8	185	39	3	6	50	1.46
9658485--9658726	50	4.7	50	77	4	182	27	19	27	25	1.99
9660874--9660905	17	1.9	16	93	6	55	28	31	18	21	1.97
9661898--9662170	138	2.0	137	82	5	327	33	25	21	19	1.97
9662209--9662287	38	2.1	38	97	0	149	20	25	24	30	1.98
9664672--9664720	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
9665216--9665258	22	2.0	22	85	0	59	41	16	27	13	1.86
9686932--9687014	40	2.1	40	90	0	130	40	18	6	34	1.75
9708991--9709040	26	1.9	26	88	8	75	58	2	32	8	1.39
9716130--9716419	32	9.2	31	71	17	181	32	9	15	42	1.80
9716176--9716452	64	4.4	64	94	1	495	32	11	15	40	1.83
9716176--9716465	127	2.3	127	93	2	494	32	10	15	41	1.82
9716602--9716718	41	2.8	43	79	7	132	29	17	27	26	1.97
9719353--9719496	57	2.5	57	89	3	211	22	18	15	43	1.88
9725979--9726067	44	2.0	44	100	0	178	34	11	17	35	1.86
9729485--9729534	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
9729614--9729641	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
9735621--9735686	34	1.9	34	88	11	100	45	9	7	37	1.64
9739460--9739567	49	2.2	49	94	0	189	30	19	17	32	1.95
9747211--9747242	10	3.2	10	95	0	55	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9747982--9748027	22	2.1	22	84	8	58	41	2	13	43	1.55
9749153--9749190	18	2.2	17	86	9	51	50	2	0	47	1.15
9749308--9749386	38	2.1	37	85	4	104	35	2	7	54	1.42
9751984--9752027	8	5.8	8	82	17	58	36	0	0	63	0.95
9755163--9755202	9	4.4	9	93	0	71	25	10	22	42	1.84
9759657--9760075	46	9.6	46	85	10	567	34	15	20	30	1.93
9759693--9759893	36	5.0	36	75	21	195	35	15	19	29	1.93
9759657--9760075	82	4.9	82	85	9	543	34	15	20	30	1.93
9759812--9760075	91	2.9	92	92	1	442	33	15	20	31	1.93
9759729--9760076	137	2.6	132	88	6	519	34	15	20	30	1.93
9762058--9762091	17	2.0	17	100	0	68	41	5	11	41	1.66
9763734--9763779	22	2.1	22	100	0	92	32	8	23	34	1.86
9764197--9764235	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
9764352--9764380	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
9764468--9764588	23	5.3	23	86	5	158	22	20	25	31	1.98
9764467--9764588	46	2.7	46	90	2	201	22	20	25	31	1.98
9769237--9769332	19	4.6	22	82	11	71	40	16	6	36	1.74
9769273--9769345	19	3.8	19	96	0	137	36	16	9	36	1.81
9772995--9773165	45	3.8	45	83	4	184	39	18	19	21	1.92
9773130--9773251	46	2.7	46	85	1	156	45	18	20	16	1.86
9774846--9774885	20	2.0	20	85	9	55	15	5	25	55	1.60
9788562--9788601	20	2.0	20	100	0	80	10	35	10	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9796052--9796125	27	2.8	26	76	10	69	21	24	14	39	1.91
9804019--9804166	57	2.5	61	84	9	198	21	27	21	29	1.99
9807299--9807445	49	3.0	49	89	4	215	32	28	13	25	1.94
9809206--9809313	57	1.9	57	92	1	182	25	25	19	29	1.98
9811641--9811700	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
9817348--9817391	23	1.9	23	86	9	63	52	4	15	27	1.63
9828169--9828217	20	2.5	20	78	15	57	12	22	8	57	1.61
9828419--9828660	50	4.7	50	76	9	188	24	28	20	26	1.99
9830365--9830395	16	1.9	16	93	0	53	0	25	0	74	0.82
9835904--9835934	16	1.9	16	100	0	62	54	0	0	45	0.99
9837598--9838033	217	2.0	217	92	0	721	38	15	19	25	1.92
9844785--9844825	21	2.0	21	85	0	55	43	31	7	17	1.76
9847431--9847479	18	2.7	18	77	0	62	36	20	14	28	1.92
9852439--9852490	24	2.2	23	80	6	59	36	7	1	53	1.41
9854941--9855137	98	2.0	98	98	0	385	37	25	9	27	1.87
9857177--9857662	132	3.7	132	91	1	794	24	24	19	31	1.98
9875556--9875646	26	3.5	26	86	1	121	21	20	19	37	1.95
9882340--9882386	18	2.7	18	80	9	53	4	17	2	76	1.04
9899082--9899175	45	2.1	45	89	0	143	30	24	19	25	1.98
9899181--9899366	51	3.7	50	72	9	162	32	26	16	24	1.96
9904744--9904787	23	1.9	22	82	17	54	38	25	0	36	1.56
9904877--9905072	51	3.9	51	80	3	225	29	28	17	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9904884--9905068	101	1.8	101	89	3	291	30	27	17	24	1.97
9908349--9908591	50	4.8	50	90	0	369	26	23	30	19	1.98
9908781--9908873	45	2.0	46	97	2	179	47	13	17	21	1.82
9910436--9910525	45	2.0	45	91	0	144	30	23	16	30	1.96
9911999--9912052	27	2.0	27	85	0	72	27	31	20	20	1.97
9913922--9913969	24	2.0	24	84	8	62	50	12	2	35	1.52
9917243--9917602	178	2.0	180	87	3	521	36	12	18	32	1.88
9918750--9918805	27	2.2	25	83	6	67	19	16	19	44	1.87
9920774--9920798	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
9927782--9927846	29	2.2	29	86	0	94	21	27	33	16	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198