genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7856971--7857047	25	3.1	25	100	0	154	63	7	7	20	1.46
7888352--7888401	26	1.9	26	84	8	66	54	2	2	42	1.23
7893070--7893095	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
7893851--7893910	30	2.1	29	81	6	68	43	0	36	20	1.52
7894117--7894153	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
7894207--7894237	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
7897914--7897971	20	2.9	20	80	10	73	8	27	22	41	1.83
7910239--7910328	23	4.1	23	71	11	98	45	6	26	21	1.76
7910258--7910341	42	2.0	42	95	0	150	45	8	22	23	1.79
7914783--7914872	23	4.1	23	71	11	98	45	6	26	21	1.76
7914802--7914885	42	2.0	42	92	0	141	46	8	21	23	1.78
7915782--7915850	34	2.0	34	100	0	138	26	17	23	33	1.96
7922119--7922234	61	1.9	60	87	6	173	50	3	3	42	1.36
7927326--7927527	41	4.9	41	88	1	271	18	22	24	33	1.97
7932674--7932744	8	8.6	8	74	11	54	47	1	2	47	1.25
7934271--7934324	19	2.7	21	75	11	60	61	5	0	33	1.19
7934271--7934324	20	2.8	19	75	11	56	61	5	0	33	1.19
7936653--7936732	31	2.7	30	80	5	90	46	21	7	25	1.77
7936734--7936806	31	2.4	31	83	0	92	36	16	16	30	1.91
7947323--7947403	21	3.9	21	85	0	99	50	16	20	12	1.77
7952493--7952541	25	2.0	25	95	0	89	18	22	16	42	1.88
7955037--7955450	27	15.3	26	85	5	456	44	19	18	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7955037--7955450	81	5.1	81	86	1	535	44	19	18	18	1.87
7955625--7955701	26	3.0	26	82	0	100	14	23	24	37	1.92
7955804--7955866	33	1.9	33	86	0	90	20	23	23	31	1.98
7963232--7963288	26	2.2	25	81	9	62	17	26	17	38	1.92
7964234--7965538	649	2.0	650	98	0	2504	25	18	25	30	1.98
7979654--7979701	19	2.6	18	83	9	60	25	20	10	43	1.83
7986991--7987090	42	2.4	42	88	3	139	30	12	29	29	1.92
7988163--7988499	44	7.8	43	70	11	224	30	18	22	29	1.97
7988152--7988524	175	2.1	175	96	0	683	30	18	21	29	1.97
7988526--7988775	50	5.0	50	70	6	193	30	23	22	23	1.99
7988516--7988780	100	2.7	99	86	1	368	30	24	21	24	1.99
7991756--7991840	28	3.0	28	78	10	84	34	17	20	28	1.95
7994989--7995039	27	2.0	27	92	7	88	50	0	5	43	1.26
7995902--7995985	43	2.0	43	90	9	136	16	20	29	33	1.95
8002407--8002564	81	2.0	81	92	2	264	37	25	14	22	1.92
8002688--8002762	27	2.8	27	75	15	82	42	18	17	21	1.89
8006632--8006685	15	3.4	16	78	12	58	62	0	16	20	1.32
8011772--8011810	19	2.1	19	100	0	78	28	20	15	35	1.93
8013081--8013166	37	2.3	37	91	0	136	23	15	22	39	1.91
8013312--8013368	27	2.1	27	83	0	69	35	14	19	31	1.91
8013356--8013422	27	2.5	27	82	0	80	31	17	26	23	1.97
8029500--8029576	41	1.9	39	86	5	109	59	3	1	35	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8029502--8029577	19	3.8	19	70	10	71	61	3	1	32	1.22
8029747--8029792	20	2.2	20	84	7	56	28	4	8	58	1.47
8029781--8029928	10	15.3	10	68	18	57	28	4	3	64	1.28
8029759--8029826	19	3.5	20	84	6	95	30	5	2	60	1.35
8029761--8029842	39	2.1	39	86	4	112	28	4	3	63	1.32
8029761--8029900	19	7.3	19	69	14	81	27	5	3	63	1.32
8029877--8029948	29	2.4	30	77	11	85	34	0	1	63	1.03
8033048--8033336	147	2.0	147	96	0	533	38	24	11	26	1.89
8034324--8034371	22	2.2	22	88	0	69	12	6	18	62	1.50
8044755--8044825	35	2.2	33	82	10	83	15	32	14	38	1.87
8049900--8049929	13	2.3	13	94	0	51	23	10	16	50	1.75
8065581--8065618	18	2.1	18	95	0	67	47	7	15	28	1.74
8074224--8074267	11	3.8	11	80	11	52	31	0	4	63	1.14
8074672--8074746	39	1.9	39	97	0	141	41	0	33	25	1.56
8075741--8076334	44	13.7	43	78	9	516	27	18	25	28	1.98
8075914--8075978	34	1.9	34	93	0	112	23	23	24	29	1.99
8075788--8076110	166	1.9	166	91	2	524	24	18	27	28	1.98
8075995--8076500	220	2.3	220	91	3	815	29	19	24	26	1.98
8076288--8076556	88	3.1	88	68	11	219	30	18	25	25	1.98
8075951--8076510	44	12.7	44	73	11	217	29	18	24	26	1.98
8076432--8076531	44	2.3	44	84	3	130	25	21	25	29	1.99
8076609--8076770	44	3.7	45	76	4	143	29	17	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8076259--8076677	176	2.4	176	85	3	540	29	18	25	26	1.98
8076589--8076770	87	2.1	88	80	5	199	30	18	22	29	1.97
8076259--8076726	176	2.7	175	83	5	500	29	19	25	26	1.98
8077322--8077397	21	3.7	21	96	3	138	38	10	14	36	1.81
8077321--8077420	21	4.7	22	85	10	88	37	9	16	38	1.80
8077708--8077752	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
8078200--8078243	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
8078174--8078239	27	2.6	25	80	17	73	33	7	1	57	1.36
8080300--8080444	49	3.0	48	84	2	173	28	26	20	24	1.99
8080878--8080932	28	2.0	28	81	0	65	18	20	16	45	1.86
8081756--8081822	34	1.9	35	84	3	91	32	8	13	44	1.75
8083463--8083487	8	3.1	8	100	0	50	12	0	36	52	1.39
8083625--8083672	23	2.0	24	84	4	62	66	6	6	20	1.36
8092762--8092813	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
8093006--8093048	11	3.9	11	75	0	50	16	13	11	58	1.64
8103941--8103986	7	6.6	7	84	0	56	36	23	4	34	1.75
8104043--8104093	7	7.4	7	78	10	52	29	29	11	29	1.92
8104147--8104203	29	2.0	29	89	0	87	31	7	22	38	1.81
8104151--8104222	29	2.5	28	78	10	74	31	9	22	36	1.87
8104196--8104236	21	2.0	21	90	0	64	26	12	26	34	1.92
8109221--8109285	32	2.0	32	100	0	130	24	15	9	50	1.73
8115288--8115313	13	2.0	13	100	0	52	7	7	7	76	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8115498--8115547	21	2.4	21	83	12	59	30	8	0	62	1.24
8125690--8125732	20	2.2	20	86	0	59	48	0	6	44	1.29
8126197--8126225	14	2.0	15	93	6	51	0	0	10	89	0.48
8126439--8126481	22	2.0	22	81	9	52	6	44	0	48	1.29
8129731--8129765	3	11.7	3	93	0	52	28	0	5	65	1.15
8136056--8136271	108	2.0	108	95	1	389	41	24	4	29	1.75
8139151--8139206	18	2.9	19	73	26	55	48	0	0	51	1.00
8139216--8139257	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
8139220--8139256	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
8147061--8147107	24	2.0	24	83	8	60	63	10	2	23	1.37
8147139--8147208	27	2.6	27	88	0	104	27	11	24	37	1.89
8147139--8147212	9	8.2	9	82	5	87	28	10	22	37	1.88
8154477--8154509	17	1.9	17	93	0	57	45	0	3	51	1.16
8156851--8157002	47	3.3	47	92	0	252	39	15	18	26	1.91
8156966--8157249	46	6.1	47	90	2	443	38	13	19	28	1.89
8156988--8157249	93	2.8	93	99	0	515	38	13	19	29	1.90
8156872--8157114	115	2.1	116	93	0	416	39	14	18	26	1.90
8163595--8164058	37	11.4	40	81	15	439	27	21	15	35	1.93
8163627--8164022	82	5.0	79	88	8	519	27	21	14	36	1.93
8163831--8164022	36	5.0	36	82	13	240	27	20	14	36	1.92
8166465--8166507	21	2.0	21	86	0	59	55	18	11	13	1.68
8166472--8166626	21	7.4	21	76	0	112	47	13	21	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8166496--8166626	42	3.1	42	87	0	172	45	12	23	17	1.83
8168101--8168183	25	3.3	25	76	3	69	36	19	22	21	1.95
8168178--8168315	72	1.9	73	82	4	172	31	23	26	18	1.98
8168209--8168341	25	5.4	25	75	8	105	30	24	26	18	1.98
8168294--8168349	26	2.2	26	90	6	87	39	21	21	17	1.93
8174914--8174970	23	2.5	23	79	0	60	61	3	8	26	1.42
8176532--8176661	44	3.0	43	82	8	147	30	20	16	33	1.94
8176658--8177795	88	13.2	88	74	10	634	30	24	14	29	1.95
8177063--8177398	134	2.6	126	83	6	372	30	24	15	28	1.96
8176648--8177795	44	26.6	43	75	11	561	31	24	14	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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