genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  86  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27643641--27643701	6	10.2	6	85	7	88	67	1	31	0	1.01
27643641--27643697	25	2.3	25	90	3	89	68	1	29	0	1.00
27650391--27650432	20	2.1	20	82	8	50	28	7	7	57	1.52
27669463--27669521	28	2.1	28	100	0	118	32	16	16	33	1.92
27671817--27671871	27	2.0	27	86	6	76	47	0	1	50	1.11
27672839--27672909	35	2.1	34	86	7	99	25	22	25	26	2.00
27672910--27672979	35	2.0	35	83	5	88	30	15	24	30	1.96
27673723--27673762	18	2.2	18	86	8	55	7	40	5	47	1.54
27680727--27680812	32	2.6	34	82	7	99	31	6	16	45	1.74
27680807--27680946	48	2.9	49	91	3	221	30	17	22	30	1.97
27680871--27681029	42	3.6	41	82	9	156	28	15	24	30	1.96
27680919--27681029	43	2.6	41	76	17	109	28	17	25	28	1.97
27682899--27682931	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
27684134--27684182	22	2.2	22	89	7	73	28	26	12	32	1.92
27685722--27685758	17	2.1	18	90	10	58	67	10	0	21	1.21
27704604--27705172	194	2.9	194	92	2	948	28	15	21	33	1.94
27706391--27706501	25	4.4	25	80	2	107	34	24	14	27	1.94
27707849--27707897	16	3.1	16	91	5	73	12	22	18	46	1.82
27716136--27716186	14	3.3	15	79	17	52	39	29	3	27	1.74
27717940--27717969	12	2.5	12	94	0	51	50	23	0	26	1.50
27719370--27719398	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
27720000--27720042	19	2.3	18	80	11	52	32	2	2	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27723458--27723506	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
27723457--27723506	22	2.3	22	83	10	66	22	2	2	74	1.03
27731264--27734442	194	16.4	194	92	1	5268	29	16	21	33	1.95
27734705--27735251	194	2.8	194	90	0	844	29	15	21	34	1.94
27735352--27739645	194	22.1	194	83	0	4971	27	15	20	31	1.92
27741258--27742129	194	4.5	194	92	0	1406	28	15	21	33	1.95
27742230--27742729	194	2.6	193	94	1	874	29	16	21	32	1.95
27744640--27745733	194	5.6	193	93	1	1816	28	16	21	33	1.95
27745834--27750456	194	23.8	194	84	0	5890	27	15	20	32	1.93
27750557--27753144	194	13.3	194	93	0	4199	28	16	21	34	1.94
27754154--27754797	194	3.3	195	92	1	1051	28	17	20	33	1.95
27756552--27757819	194	6.5	194	92	0	2049	28	17	20	33	1.95
27758239--27760266	194	10.5	194	94	0	3490	28	16	20	33	1.95
27758239--27764735	388	16.5	388	72	5	4624	26	15	19	31	1.90
27758239--27764735	582	11.0	582	71	5	4710	26	15	19	31	1.90
27760370--27762223	194	9.5	194	90	1	2879	28	16	21	34	1.95
27762644--27764735	194	10.7	193	90	2	3218	28	16	21	33	1.95
27764903--27765264	194	1.9	194	90	2	584	28	17	20	33	1.95
27767736--27769134	194	7.2	194	93	0	2395	28	16	20	33	1.95
27770575--27772451	194	9.6	194	75	1	1625	26	15	18	30	1.90
27784987--27785037	14	3.3	15	79	17	52	39	29	3	27	1.74
27786791--27786820	12	2.5	12	94	0	51	50	23	0	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27788224--27788252	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
27788855--27788897	19	2.3	18	80	11	52	32	2	2	62	1.20
27792309--27792357	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
27792308--27792357	22	2.3	22	83	10	66	22	2	2	74	1.03
27808014--27808835	194	4.2	194	95	0	1455	29	16	20	33	1.95
27809586--27810323	194	3.8	194	93	0	1217	28	15	21	34	1.95
27812521--27813258	194	3.8	194	93	0	1244	28	15	21	34	1.94
27814801--27815959	194	6.0	194	91	1	1935	28	16	20	33	1.95
27816060--27819729	194	18.9	194	84	0	4672	27	15	20	32	1.93
27820937--27823957	194	15.6	194	92	1	4903	28	16	21	33	1.95
27833173--27834418	194	6.4	194	89	2	1861	29	16	20	33	1.95
27847373--27850224	194	14.7	194	92	0	4754	28	16	20	34	1.94
27851580--27851640	27	2.3	27	97	2	115	37	13	19	29	1.90
27852759--27852791	7	4.7	7	100	0	66	39	0	0	60	0.97
27858476--27858589	62	1.9	59	83	8	149	44	3	3	48	1.37
27878165--27878293	67	1.9	66	81	9	154	22	27	19	31	1.98
27878198--27878369	68	2.6	67	80	5	186	25	25	17	32	1.97
27881609--27881644	17	2.1	17	94	0	63	50	19	5	25	1.69
27884126--27884199	26	2.9	26	83	2	87	25	27	20	27	1.99
27884158--27884226	25	2.8	25	88	4	95	28	18	20	31	1.96
27891442--27891501	30	2.0	30	83	6	77	46	10	8	35	1.67
27896045--27896112	33	2.1	33	100	0	136	26	23	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27901516--27901581	20	3.3	20	71	12	55	36	21	24	18	1.95
27912517--27912544	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27912548--27912578	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
27912747--27912861	57	2.0	58	86	1	160	37	13	17	32	1.88
27918816--27918882	24	2.8	24	74	2	62	40	17	31	10	1.84
27922462--27922575	22	5.1	22	66	8	77	29	4	31	34	1.77
27922462--27922575	45	2.5	45	84	0	138	29	4	31	34	1.77
27923213--27923257	20	2.2	20	88	0	63	53	11	6	28	1.61
27926566--27926616	26	1.9	27	88	4	77	11	15	1	70	1.25
27928977--27929090	22	5.1	22	72	4	102	28	6	33	32	1.82
27928977--27929095	45	2.6	45	87	1	157	28	5	33	31	1.81
27929981--27930025	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
27933522--27933587	32	2.1	32	100	0	132	27	21	21	30	1.98
27937226--27937747	172	3.0	172	97	0	972	28	12	21	37	1.90
27942168--27942232	25	2.6	25	77	0	67	27	9	21	41	1.83
27942935--27942963	14	2.1	14	100	0	58	44	41	0	13	1.44
27943716--27943765	20	2.4	21	83	3	57	58	2	2	38	1.21
27943748--27943785	16	2.3	16	95	4	67	65	0	0	34	0.93
27944021--27944101	37	2.2	37	86	0	108	34	9	14	40	1.80
27944455--27944497	19	2.4	19	84	7	54	39	6	0	53	1.28
27945128--27945204	28	2.6	30	85	8	122	48	0	3	48	1.20
27945390--27945452	28	2.2	28	78	10	74	36	7	14	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27946181--27946216	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
27946215--27946270	11	5.4	11	72	12	55	46	1	1	50	1.22
27946212--27946270	21	2.9	21	89	2	84	45	1	3	49	1.28
27946603--27946662	29	2.1	29	87	0	84	53	6	3	36	1.44
27962071--27962206	41	3.3	41	81	5	141	22	19	30	28	1.98
27962124--27962267	41	3.6	41	75	1	112	24	19	25	31	1.98
27962649--27962696	15	3.3	15	85	5	62	31	0	37	31	1.58
27962739--27962798	7	8.6	7	85	12	79	16	0	43	40	1.48
27963148--27963198	19	2.7	18	85	8	66	76	3	3	15	1.08
27965483--27965610	62	2.1	62	100	0	256	27	10	10	51	1.69
27966194--27966443	86	2.9	86	83	5	274	34	9	15	41	1.79
27966455--27966539	40	2.1	40	84	4	109	30	5	14	49	1.66
27967949--27968278	43	7.7	43	87	2	430	25	18	29	26	1.98
27967949--27968238	128	2.3	129	87	3	415	25	18	28	26	1.98
27977608--27977664	30	1.9	30	88	0	87	42	12	10	35	1.77
27977817--27977868	20	2.6	19	85	11	68	51	1	1	44	1.23
27981200--27981248	20	2.7	18	77	22	57	42	2	4	51	1.32
27981227--27981344	64	1.9	64	81	11	149	39	4	4	51	1.41
28001362--28001480	50	2.4	50	87	4	170	26	24	18	31	1.98
28001363--28001480	25	4.8	25	77	9	125	25	24	18	31	1.98
28001632--28001693	31	2.1	30	82	17	76	45	8	17	29	1.77
28005475--28005672	102	1.9	102	83	2	254	36	14	23	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28007296--28007697	198	2.0	197	92	0	669	38	15	19	27	1.91
28007724--28007756	16	2.0	17	88	5	50	15	0	12	72	1.12
28010039--28010112	25	3.0	23	86	3	85	40	22	20	16	1.91
28015795--28015833	19	2.1	19	95	0	69	69	17	0	12	1.19
28024842--28024888	23	2.0	23	87	0	67	44	27	6	21	1.76
28026351--28027039	353	2.0	351	90	1	1094	33	20	14	31	1.93
28041147--28041330	44	4.2	44	66	10	133	28	22	23	25	1.99
28040839--28042142	132	10.0	132	88	3	1950	30	21	24	23	1.99
28040843--28042136	257	5.0	261	91	2	1918	30	21	24	23	1.99
28040839--28042136	389	3.3	389	91	2	2067	30	21	24	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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