genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59953847--59953881	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
59957415--59957447	12	2.8	12	100	0	66	30	15	36	18	1.91
59958956--59958998	22	2.0	22	85	0	59	25	4	9	60	1.47
59962712--59962768	26	2.2	26	78	6	62	61	7	3	28	1.39
59962754--59962817	30	2.1	31	85	8	87	60	3	1	34	1.22
59963542--59963590	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
59973233--59973301	36	1.9	36	87	0	102	31	21	11	34	1.89
59978884--59978930	25	1.9	25	86	4	69	29	8	6	55	1.55
59978878--59978936	25	2.4	25	75	18	68	32	6	5	55	1.48
59981404--59981448	25	1.9	24	82	13	58	51	0	4	44	1.21
59984582--59984650	34	2.0	34	100	0	138	49	23	5	21	1.71
59984921--59984974	28	2.0	28	85	10	76	55	5	1	37	1.34
59990856--59990943	28	3.0	29	63	11	72	44	14	15	25	1.85
59990852--59991168	59	5.4	59	78	2	334	42	14	18	24	1.88
59990852--59991168	117	2.7	117	82	4	370	42	14	18	24	1.88
60017723--60017775	19	2.7	19	78	18	56	56	5	1	35	1.34
60018276--60018795	182	2.9	180	85	2	684	44	13	10	31	1.78
60025058--60025144	21	4.1	21	83	12	115	37	25	19	17	1.93
60025058--60025144	44	2.0	41	85	10	113	37	25	19	17	1.93
60026300--60026337	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
60026317--60026355	12	3.4	11	80	13	51	46	2	0	51	1.14
60026329--60026378	21	2.5	20	76	3	55	52	2	0	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60031317--60031421	54	1.9	54	92	0	174	22	24	20	31	1.98
60038510--60038578	28	2.4	28	81	9	77	34	4	2	57	1.33
60045041--60045079	19	2.1	19	100	0	78	51	15	15	17	1.77
60057262--60057289	11	2.5	11	100	0	56	0	7	0	92	0.37
60057909--60057981	20	3.5	20	75	3	65	12	9	1	76	1.07
60074022--60074208	36	5.2	36	80	5	191	16	13	53	16	1.73
60074168--60074233	25	2.7	23	86	11	80	12	6	62	19	1.50
60074182--60074247	25	2.7	25	76	2	71	13	6	62	18	1.51
60074133--60074269	59	2.2	61	87	8	190	13	7	59	19	1.57
60074168--60074214	24	2.0	24	88	12	71	10	8	59	21	1.57
60074124--60074306	96	1.9	96	86	6	264	13	7	60	19	1.56
60074192--60074304	36	3.2	36	90	8	164	13	6	61	19	1.53
60074435--60074460	12	2.2	12	100	0	52	7	7	69	15	1.35
60074501--60074543	12	3.6	12	80	0	50	16	4	65	13	1.43
60074831--60074860	3	10.0	3	92	0	51	0	3	66	30	1.07
60081423--60081497	29	2.5	29	84	4	87	48	16	12	24	1.79
60088442--60088666	110	2.0	110	97	0	423	24	15	19	41	1.89
60097305--60097655	192	1.8	193	85	3	501	18	11	22	47	1.81
60098927--60098972	22	2.1	22	100	0	92	34	13	19	32	1.90
60099172--60099237	13	5.1	13	83	0	87	33	7	22	36	1.83
60104058--60104085	14	2.0	14	100	0	56	64	14	7	14	1.48
60110685--60110722	6	6.2	6	96	3	67	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60122974--60123013	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
60123482--60123531	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
60124099--60124146	17	2.7	18	83	6	62	58	0	2	39	1.10
60130819--60130873	4	13.8	4	96	0	101	47	25	0	27	1.52
60133398--60133432	18	1.9	18	94	0	61	48	0	2	48	1.16
60140788--60140874	39	2.2	40	83	6	115	28	27	24	19	1.98
60146361--60146388	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
60149052--60149084	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
60149340--60149461	57	2.1	57	100	0	244	35	9	24	31	1.87
60153659--60153719	16	3.7	16	72	21	54	45	1	1	50	1.21
60154067--60154198	40	3.3	40	77	7	153	27	18	24	30	1.98
60160780--60160839	29	2.0	30	84	9	79	31	0	8	60	1.27
60161578--60161613	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
60163249--60163750	251	2.0	251	99	0	995	29	19	12	38	1.88
60178371--60178416	21	2.3	21	85	14	62	47	0	4	47	1.21
60181424--60181461	2	19.0	2	89	10	60	50	0	2	47	1.15
60181980--60182117	41	3.4	40	79	6	120	39	26	21	13	1.90
60184849--60185070	76	2.8	77	82	5	232	36	20	9	33	1.86
60197810--60197952	67	2.1	68	81	7	164	37	6	11	43	1.69
60198449--60198492	18	2.3	18	84	11	52	50	6	0	43	1.29
60202541--60202595	27	2.0	27	85	0	74	38	10	16	34	1.84
60206915--60206956	19	2.2	20	83	12	52	38	2	0	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60222507--60222546	21	1.9	21	85	10	55	57	15	0	27	1.38
60225590--60225616	10	2.7	10	100	0	54	33	18	7	40	1.78
60227219--60227283	32	2.0	32	100	0	130	56	6	15	21	1.60
60227779--60227815	18	2.1	18	90	5	58	37	8	10	43	1.69
60230395--60230447	13	4.1	13	80	0	61	33	22	7	35	1.83
60230647--60230705	28	2.1	28	81	12	68	40	3	0	55	1.16
60233282--60233344	17	3.4	17	72	19	63	38	1	1	58	1.17
60233264--60233344	39	2.0	40	95	2	146	41	4	2	50	1.37
60242159--60242196	18	2.1	19	85	14	53	68	2	0	28	1.03
60243608--60243689	30	2.7	31	75	11	87	50	12	4	32	1.61
60243608--60243707	31	3.3	30	72	13	96	46	13	5	36	1.64
60256512--60256545	16	2.1	16	94	0	59	61	2	0	35	1.11
60259621--60259645	11	2.3	11	100	0	50	76	0	16	8	1.02
60260145--60260193	22	2.3	21	96	3	89	44	4	2	48	1.33
60260168--60260284	33	3.7	31	76	15	96	40	4	0	54	1.26
60262330--60262388	29	2.0	29	96	0	109	37	33	15	13	1.86
60267211--60267271	29	2.1	28	96	3	113	22	14	13	49	1.78
60277771--60277816	3	15.3	3	95	0	83	30	0	34	34	1.58
60278716--60279249	178	3.0	175	84	7	654	24	15	20	38	1.91
60281342--60281983	132	5.0	132	84	6	760	17	27	27	27	1.98
60281486--60281983	252	2.0	252	87	3	716	17	28	27	27	1.98
60281281--60281975	384	1.8	384	86	1	1025	17	28	26	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60286528--60286573	21	2.2	21	100	0	92	26	19	15	39	1.91
60291855--60291912	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
60292526--60292592	31	2.2	31	88	0	98	37	16	17	28	1.92
60300032--60300073	21	2.0	22	86	13	61	28	0	2	69	1.01
60300122--60300176	25	2.2	26	84	12	71	36	5	0	58	1.21
60302700--60302738	19	2.1	19	100	0	78	35	15	5	43	1.69
60313600--60313660	31	2.0	31	86	0	86	44	18	14	22	1.86
60313441--60313819	191	2.0	188	86	5	521	40	18	12	27	1.87
60316853--60316883	16	1.9	16	93	0	53	70	3	0	25	1.02
60317228--60317306	31	2.6	30	76	21	85	51	7	1	39	1.38
60318122--60318158	12	3.0	12	92	4	56	40	0	0	59	0.97
60323953--60324004	14	3.6	14	86	5	68	36	1	13	48	1.54
60323953--60324009	16	3.4	16	86	9	87	38	1	12	47	1.51
60327501--60327549	9	5.4	9	82	0	62	28	8	18	44	1.78
60333551--60333592	16	2.6	16	84	0	57	52	16	7	23	1.68
60344640--60344668	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
60353841--60353881	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
60354543--60354635	46	2.0	46	100	0	186	32	23	12	31	1.92
60365989--60366048	29	2.0	30	83	3	77	51	3	5	40	1.40
60365987--60366054	29	2.4	28	75	5	64	55	2	5	35	1.39
60370320--60370434	57	2.0	57	87	0	167	34	18	21	25	1.96
60371317--60371368	24	2.2	24	85	0	68	50	11	3	34	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60375727--60375783	24	2.4	24	85	5	71	47	10	5	36	1.61
60375739--60375790	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
60383438--60383498	27	2.3	27	94	0	104	42	4	4	47	1.46
60383456--60383514	27	2.2	27	81	0	64	47	1	3	47	1.29
60395301--60395327	14	1.9	14	100	0	54	18	29	7	44	1.77
60402606--60402655	21	2.4	22	80	6	59	58	4	8	30	1.45
60409118--60409165	21	2.2	21	79	13	53	54	4	0	41	1.20
60411796--60411865	29	2.4	29	100	0	140	30	5	17	47	1.70
60412759--60412784	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
60412778--60412806	14	2.1	14	93	6	51	44	10	0	44	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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