genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62178258

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   

This is table  70  of  198  ( 23681 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21798539--21798617	22	3.6	22	72	6	70	21	0	31	46	1.51
21798539--21798616	7	10.7	7	77	13	59	21	0	30	47	1.51
21798795--21799324	195	2.8	185	86	3	621	27	13	18	39	1.89
21798855--21799324	195	2.4	195	89	0	697	27	14	18	39	1.90
21799240--21799414	83	2.1	83	92	0	296	23	17	22	36	1.95
21799487--21799559	23	3.2	23	74	14	78	15	39	4	41	1.66
21799615--21799650	16	2.2	16	90	0	54	5	50	11	33	1.61
21803387--21803516	39	3.2	40	65	15	106	28	17	24	29	1.97
21803382--21803542	82	2.0	82	98	0	313	27	18	24	30	1.97
21803415--21803546	43	3.2	43	66	12	130	26	18	25	30	1.98
21813709--21813820	55	2.0	55	100	0	224	31	13	14	41	1.84
21823265--21823372	43	2.4	43	80	4	117	46	15	5	32	1.69
21825901--21825984	35	2.4	34	86	6	114	28	21	21	28	1.99
21825938--21826086	76	2.0	75	81	5	174	24	19	21	34	1.96
21827197--21827252	16	3.5	16	82	0	76	39	7	23	30	1.81
21827234--21827326	44	2.1	44	92	6	152	33	4	25	36	1.76
21827481--21827527	18	2.7	18	90	3	69	57	0	0	42	0.98
21827435--21827551	55	2.1	54	82	7	137	52	2	1	43	1.25
21850277--21850301	8	3.1	8	100	0	50	16	0	0	84	0.63
21854144--21854334	27	7.2	27	83	5	237	21	18	19	39	1.92
21860743--21860775	17	1.9	17	100	0	66	21	6	42	30	1.77
21861355--21861396	22	2.1	19	86	13	57	50	0	4	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21870363--21870400	20	1.9	20	88	0	58	50	2	36	10	1.51
21873052--21873114	31	2.0	31	84	0	81	44	28	6	20	1.76
21874221--21874297	30	2.6	30	91	2	120	18	16	24	40	1.91
21880483--21880599	61	2.0	60	84	5	157	50	5	4	40	1.44
21880541--21880679	68	2.0	70	81	9	162	51	4	4	39	1.41
21885701--21885765	29	2.2	29	91	0	103	44	26	13	15	1.84
21888175--21888212	11	3.5	11	78	7	51	39	2	5	52	1.38
21888171--21888212	21	2.0	21	95	0	75	40	2	4	52	1.35
21899200--21899276	36	2.2	35	86	6	102	11	3	24	59	1.49
21899633--21899692	32	1.9	32	83	6	79	46	15	21	16	1.83
21900725--21900760	13	2.8	13	95	0	63	16	16	0	66	1.25
21908056--21908111	25	2.2	25	93	0	94	25	26	12	35	1.91
21910990--21911033	16	2.8	16	86	6	63	27	0	25	47	1.52
21916195--21916222	6	4.7	6	100	0	56	71	0	28	0	0.86
21917120--21917145	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21943849--21943873	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
21943865--21944067	56	3.6	56	86	7	306	45	5	12	35	1.66
21943856--21944067	110	1.9	113	94	2	376	46	5	12	35	1.65
21944069--21944164	29	3.3	29	91	0	156	22	0	31	45	1.53
21944638--21944688	22	2.3	22	100	0	102	39	0	33	27	1.57
21950734--21950771	18	2.1	18	100	0	76	34	15	15	34	1.90
21972415--21972459	22	2.0	22	95	0	81	28	0	31	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21973712--21973770	27	2.2	27	93	0	100	22	23	11	42	1.86
21975730--21975771	21	2.0	21	90	0	66	33	9	16	40	1.81
21976330--21976380	24	2.1	24	92	0	84	33	17	15	33	1.92
21979332--21979588	8	29.1	9	74	15	145	24	2	19	54	1.55
21979340--21979592	20	13.2	19	77	14	177	24	2	18	54	1.55
21979397--21979588	4	46.8	4	77	17	164	24	1	19	54	1.53
21979459--21979601	9	14.9	9	71	17	65	24	2	16	56	1.53
21979360--21979613	59	4.4	59	78	9	193	25	2	18	53	1.58
21979423--21979599	29	6.0	30	75	16	142	24	2	18	55	1.54
21987254--21987284	14	2.2	14	100	0	62	6	19	29	45	1.75
21989689--21989740	26	2.0	26	100	0	104	26	38	7	26	1.83
21990648--21990782	67	2.0	67	92	0	225	22	4	22	49	1.68
21990643--21990767	36	3.6	34	73	18	107	24	4	20	51	1.65
21990748--21990795	14	3.5	13	77	5	51	14	2	25	58	1.48
21991623--21991730	51	2.2	49	85	11	141	51	6	31	10	1.61
21992161--21992199	17	2.3	18	86	8	55	61	0	0	38	0.96
22001957--22002008	24	2.2	24	85	0	68	50	9	5	34	1.59
22002670--22002704	17	2.1	17	89	10	54	68	2	0	28	1.04
22010329--22010372	11	3.9	11	82	5	52	34	0	2	63	1.07
22012704--22012751	23	2.1	23	81	11	55	60	27	0	12	1.32
22015494--22015549	28	1.9	30	82	7	71	42	1	1	53	1.21
22015809--22015852	23	1.9	23	86	9	63	70	4	6	18	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22015822--22015860	17	2.2	18	86	4	53	69	5	10	15	1.34
22016265--22016308	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
22017720--22017762	19	2.3	19	95	0	77	18	25	39	16	1.91
22029434--22029473	18	2.2	18	86	0	53	65	2	25	7	1.32
22041669--22041698	5	6.0	5	96	0	51	63	0	0	36	0.95
22042116--22042164	23	2.1	23	96	0	89	59	18	10	12	1.60
22042360--22042506	44	3.4	44	96	0	269	44	28	6	19	1.76
22042404--22042478	26	3.2	26	61	28	67	46	30	5	17	1.70
22042945--22042978	14	2.4	14	90	0	50	17	8	55	17	1.66
22043066--22043118	7	7.9	7	87	8	83	62	13	0	24	1.31
22043060--22043118	20	3.0	20	90	2	84	62	13	0	23	1.31
22043060--22043121	27	2.4	26	89	5	99	64	12	0	22	1.27
22052837--22052874	18	2.1	18	85	9	51	47	2	0	50	1.15
22058529--22058586	14	4.1	14	76	8	64	24	13	8	53	1.68
22058544--22058610	28	2.4	28	79	2	71	26	19	5	47	1.72
22062632--22062843	24	8.8	24	69	17	136	38	21	24	16	1.93
22062619--22062866	73	3.4	74	77	9	172	39	20	23	16	1.92
22067286--22067332	23	2.0	23	91	0	76	44	6	8	40	1.60
22068474--22068542	22	3.1	22	79	8	86	43	15	20	20	1.88
22083042--22083081	14	2.6	16	81	18	50	22	5	0	72	1.04
22083620--22083663	7	5.9	7	85	15	61	25	0	0	75	0.81
22083609--22083665	17	3.6	16	83	11	73	24	1	1	71	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22083615--22083690	6	12.3	6	86	10	57	21	0	6	72	1.07
22083657--22083727	6	12.0	6	95	1	90	9	0	22	67	1.20
22083663--22083761	18	5.6	18	80	14	84	5	1	25	68	1.16
22083658--22083761	6	17.8	5	89	9	64	5	0	24	69	1.16
22084717--22084749	14	2.5	13	90	9	50	81	0	12	6	0.85
22084718--22084762	23	1.9	24	86	4	65	84	0	13	2	0.72
22088093--22088140	25	1.9	25	95	0	87	18	39	12	29	1.88
22091511--22091566	10	6.0	9	74	14	51	28	0	0	71	0.86
22091509--22091593	23	3.6	22	80	13	91	27	2	0	70	0.99
22097083--22097203	60	2.0	60	96	0	224	27	20	17	34	1.95
22104135--22104196	13	4.6	14	75	2	56	74	9	1	14	1.15
22110303--22110795	252	2.0	252	85	1	675	27	24	18	29	1.98
22114171--22114377	48	4.3	48	85	1	245	23	28	20	27	1.99
22114185--22114367	95	1.9	96	85	3	253	22	29	20	27	1.98
22119745--22119788	21	2.1	21	95	0	79	40	25	13	20	1.89
22121155--22121267	56	2.0	56	98	1	217	24	21	38	15	1.93
22129696--22129988	98	3.0	98	94	0	523	35	23	10	30	1.88
22130265--22130289	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
22131336--22131467	19	6.8	19	91	3	219	36	15	10	37	1.82
22131329--22131466	59	2.4	59	91	4	221	36	14	10	38	1.80
22134688--22134735	25	1.9	25	82	0	60	20	4	2	72	1.11
22138594--22138645	20	2.5	21	76	17	56	23	7	3	65	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22140871--22140965	45	2.1	45	92	0	163	26	18	24	30	1.98
22153493--22153588	48	2.0	48	93	0	165	37	19	16	26	1.93
22160127--22160201	40	1.9	40	83	2	98	45	14	2	37	1.59
22160527--22160654	40	3.2	40	78	10	131	35	23	19	21	1.96
22160685--22160909	41	5.5	41	92	2	355	17	22	29	30	1.96
22165269--22165312	23	2.0	22	86	4	61	27	13	9	50	1.72
22166804--22166829	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
22167048--22167316	43	6.3	43	90	0	385	20	18	32	28	1.96
22168698--22168965	95	2.8	95	77	8	292	39	2	16	40	1.64
22169010--22169426	126	3.3	126	93	0	708	32	19	23	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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