genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  108  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33116347--33116537	43	4.5	43	75	10	180	21	18	24	35	1.96
33116347--33116537	85	2.3	84	91	0	310	21	18	24	35	1.96
33119460--33119544	27	3.1	27	82	1	107	24	25	9	40	1.85
33127072--33127195	47	2.6	47	83	3	160	35	26	13	24	1.93
33128446--33128514	22	3.1	22	76	12	70	43	13	21	21	1.86
33128509--33128545	19	1.9	19	88	0	56	37	16	24	21	1.93
33128526--33128646	25	4.8	25	94	0	215	36	19	24	19	1.95
33133117--33133170	27	2.0	27	100	0	108	44	11	14	29	1.80
33133519--33133566	6	7.8	6	92	2	60	58	0	25	16	1.38
33133518--33133567	12	4.1	12	86	2	73	60	0	24	16	1.36
33137813--33137847	18	1.9	18	88	0	52	14	17	0	68	1.21
33137842--33137901	15	4.0	15	91	0	102	0	23	0	76	0.78
33137842--33137934	9	10.7	9	70	25	51	3	23	2	70	1.12
33137834--33137898	30	2.2	30	88	0	94	1	23	0	75	0.89
33145659--33145699	22	1.9	21	95	5	73	31	34	14	19	1.92
33147220--33147368	39	3.7	40	85	8	203	61	0	2	34	1.15
33150145--33150342	28	7.3	27	66	22	60	60	2	2	35	1.22
33150145--33150200	19	2.9	19	89	7	78	58	3	0	37	1.15
33150136--33150264	19	6.9	19	69	17	67	62	2	0	34	1.14
33150140--33150342	9	21.5	10	71	19	93	60	2	1	34	1.21
33150846--33150901	20	2.8	19	82	15	69	37	1	1	58	1.19
33150846--33150903	10	5.6	11	76	12	61	36	1	1	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33154491--33154545	28	2.0	28	96	0	101	40	29	10	20	1.86
33156467--33156529	33	1.9	33	90	0	99	36	25	17	20	1.94
33161331--33161516	37	5.1	37	80	8	202	40	26	12	19	1.88
33161331--33161516	74	2.5	73	80	6	232	40	26	12	19	1.88
33161973--33162124	37	4.2	33	75	17	103	40	25	13	21	1.89
33161994--33162155	37	4.4	37	82	3	186	40	25	13	20	1.89
33174785--33174947	30	5.5	30	81	7	156	38	13	23	24	1.91
33174869--33174944	29	2.6	30	89	2	118	44	11	22	21	1.84
33174754--33174944	60	3.2	57	76	8	186	38	13	24	24	1.91
33174738--33175004	119	2.2	118	80	7	283	37	13	23	26	1.91
33174935--33175007	30	2.4	30	83	0	92	39	9	23	27	1.85
33186331--33186622	51	5.7	51	77	6	263	29	26	15	29	1.96
33186386--33186622	102	2.3	102	95	0	420	29	27	13	29	1.95
33186338--33186621	153	1.9	151	81	5	347	29	26	15	28	1.96
33188145--33188228	27	3.1	26	79	8	71	29	28	7	34	1.84
33192904--33193349	31	14.5	31	78	8	392	44	17	5	32	1.70
33192873--33193318	61	7.3	61	72	12	245	44	17	5	32	1.72
33192873--33193355	92	5.2	92	87	0	660	44	17	5	32	1.73
33195451--33195506	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
33198837--33198868	12	2.6	13	85	14	50	25	28	25	21	1.99
33201336--33201372	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
33204159--33204235	13	5.9	13	89	0	109	38	25	5	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33205013--33205042	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
33205368--33205431	22	2.9	21	81	9	67	37	3	3	56	1.31
33207279--33207329	23	2.2	23	82	6	59	66	5	0	27	1.14
33214593--33214656	19	3.4	19	82	0	83	43	32	3	20	1.67
33216359--33216439	43	2.0	40	85	7	108	25	24	2	46	1.65
33217672--33217711	20	2.0	20	100	0	80	35	10	10	45	1.71
33219916--33220072	33	4.7	32	69	23	117	19	20	26	33	1.97
33219989--33220041	27	2.0	27	96	0	97	20	24	28	26	1.99
33219914--33220223	103	3.0	103	91	0	496	21	20	26	32	1.97
33237524--33237618	25	3.8	24	73	6	91	24	18	26	30	1.98
33240254--33240690	39	11.2	39	83	0	496	16	32	18	32	1.93
33240283--33240458	20	9.1	19	66	11	79	15	30	19	35	1.92
33263536--33263677	75	1.9	75	94	0	248	28	12	20	38	1.89
33263872--33264498	35	17.4	35	76	10	479	25	21	15	37	1.93
33264024--33264404	37	10.5	38	71	13	105	25	20	15	37	1.93
33263872--33264493	73	8.6	74	75	11	431	25	21	15	37	1.93
33264163--33264486	110	2.9	110	80	10	349	24	20	16	37	1.93
33263872--33264493	148	4.3	148	77	11	393	25	21	15	37	1.93
33264151--33264498	38	9.4	38	78	9	344	24	22	15	37	1.93
33265469--33265508	16	2.4	17	83	8	55	30	37	0	32	1.58
33266396--33266425	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
33266827--33266865	21	1.9	20	84	5	51	43	25	15	15	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33283422--33283477	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
33284276--33284505	120	1.9	120	96	0	424	14	21	25	38	1.91
33286366--33286418	22	2.4	23	78	15	58	26	5	11	56	1.56
33287430--33287473	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
33291402--33291426	12	2.1	12	100	0	50	52	0	24	24	1.48
33307558--33307745	51	3.7	50	86	3	243	30	28	17	24	1.97
33315179--33315320	51	2.8	50	81	7	162	30	29	16	23	1.96
33315234--33315266	14	2.5	13	90	9	50	39	27	9	24	1.85
33344816--33344840	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
33348591--33348655	27	2.4	27	84	5	78	23	26	16	33	1.96
33354114--33354167	18	3.0	18	81	8	65	11	35	11	42	1.76
33360077--33360109	4	8.2	4	100	0	66	0	0	24	75	0.80
33360107--33360155	4	12.2	4	100	0	98	24	0	24	51	1.49
33385788--33385906	46	2.6	45	75	1	121	21	25	13	39	1.90
33390847--33390879	13	2.4	14	85	5	50	81	3	3	12	0.91
33393934--33393997	27	2.3	28	81	7	69	28	10	10	50	1.71
33395310--33395376	33	2.0	33	97	0	125	22	17	19	40	1.92
33397023--33397248	90	2.5	88	80	5	256	38	19	7	33	1.81
33397612--33397682	28	2.5	30	81	9	85	25	5	2	66	1.27
33397686--33397719	13	2.4	14	90	9	52	44	0	0	55	0.99
33403645--33403692	15	3.2	15	93	0	87	52	20	0	27	1.47
33408861--33408943	21	4.0	21	77	12	62	57	28	0	13	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33408862--33408937	19	3.7	20	81	12	73	56	30	0	13	1.37
33409258--33409315	30	2.0	30	82	3	73	27	13	10	48	1.75
33410205--33410229	4	6.2	4	100	0	50	0	0	76	24	0.80
33411448--33411493	20	2.2	22	85	14	62	58	4	4	32	1.37
33416120--33416174	19	2.9	19	67	20	51	45	9	1	43	1.46
33416443--33416491	25	2.0	25	87	0	71	28	32	24	14	1.94
33422989--33423020	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
33426081--33426307	41	5.6	41	87	4	309	25	18	22	33	1.97
33426081--33426287	81	2.5	82	88	3	310	25	17	22	34	1.96
33427796--33427828	16	2.0	17	88	5	50	45	3	12	39	1.57
33432878--33433365	51	9.6	51	77	4	484	29	14	27	29	1.95
33432874--33433359	102	4.8	102	95	0	839	29	14	26	29	1.95
33433564--33433635	37	1.9	38	88	2	110	44	2	22	30	1.67
33433624--33433655	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
33436932--33436968	19	1.9	19	88	0	56	72	5	5	16	1.21
33440363--33440411	22	2.2	22	92	0	80	40	2	10	46	1.49
33451046--33451354	108	2.8	112	89	3	461	32	20	17	29	1.95
33452638--33452679	18	2.3	19	84	12	52	78	2	14	4	1.01
33453131--33453211	41	2.0	41	100	0	162	14	7	35	41	1.74
33458373--33458404	16	2.0	16	100	0	64	31	6	12	50	1.65
33469801--33469837	16	2.3	16	100	0	74	59	18	5	16	1.55
33471518--33471556	17	2.2	18	86	4	53	7	25	2	64	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33471565--33471604	20	2.0	21	90	5	64	5	22	0	72	1.04
33483776--33483819	23	1.9	23	90	9	72	56	25	0	18	1.41
33483776--33483830	23	2.4	23	85	11	69	49	29	1	20	1.59
33484455--33484506	23	2.2	23	80	10	61	44	1	5	48	1.38
33485121--33485186	29	2.2	31	78	10	75	34	9	12	43	1.73
33485502--33485551	7	7.6	7	76	10	52	68	0	0	32	0.90
33485499--33485567	20	3.4	20	80	6	77	63	0	0	36	0.94
33485501--33485567	21	3.3	21	78	17	70	64	0	0	35	0.94
33485498--33485567	27	2.5	28	75	13	74	62	0	0	37	0.95
33485937--33485984	25	1.9	25	87	8	71	39	0	2	58	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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