genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  76  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22546238--22546383	41	3.6	40	75	12	129	28	27	19	23	1.99
22554532--22554594	30	2.1	30	96	0	117	26	28	3	41	1.71
22554561--22554601	21	2.0	21	85	0	55	24	24	2	48	1.63
22556028--22556091	30	2.1	30	85	5	85	37	1	25	35	1.65
22556481--22556592	50	2.3	46	74	11	116	24	23	31	21	1.98
22556497--22556600	50	2.1	50	85	0	136	25	24	29	20	1.99
22556504--22556613	50	2.2	50	83	0	130	26	21	31	20	1.98
22562174--22562819	126	5.1	126	87	2	888	27	17	17	37	1.92
22562884--22562992	34	3.3	34	76	11	100	46	14	0	38	1.45
22563098--22563136	15	2.6	15	87	0	51	56	33	0	10	1.33
22563028--22563118	42	2.1	42	84	6	121	46	28	1	24	1.60
22571414--22571486	30	2.4	30	93	0	128	49	13	8	28	1.71
22572985--22573106	60	2.0	60	85	3	165	54	11	1	32	1.46
22573097--22573344	19	12.4	19	70	21	145	55	13	0	30	1.44
22573095--22573240	40	3.7	40	71	18	133	56	13	0	30	1.38
22573118--22573319	80	2.5	80	93	3	343	55	13	0	30	1.38
22593291--22593329	6	6.5	6	87	0	60	35	0	64	0	0.94
22593295--22593331	12	3.1	12	100	0	74	43	0	56	0	0.99
22598869--22598911	2	21.5	2	95	0	77	51	0	0	48	1.00
22599116--22599154	3	12.7	3	83	5	51	69	0	2	28	1.02
22599633--22599686	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
22599610--22599686	38	1.9	40	87	10	113	38	16	7	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22600235--22600702	44	10.7	45	73	13	257	26	23	20	29	1.99
22600282--22600397	45	2.7	43	85	6	139	25	26	23	25	2.00
22600282--22600702	173	2.4	173	77	8	383	27	23	20	28	1.99
22600185--22600719	217	2.5	218	85	4	681	26	22	20	30	1.98
22601018--22601137	44	2.7	44	80	10	147	31	26	15	25	1.96
22601310--22601786	88	5.4	88	89	1	722	21	23	26	28	1.99
22601594--22601729	44	3.1	44	62	8	105	22	27	25	25	2.00
22601310--22601785	264	1.8	264	92	0	808	21	23	26	28	1.99
22603112--22603144	14	2.3	15	89	5	50	27	33	12	27	1.92
22608279--22608316	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
22608536--22608575	15	2.7	15	96	0	71	62	15	0	22	1.32
22608551--22608595	23	2.0	23	86	0	63	62	13	0	24	1.31
22608804--22608852	19	2.6	19	86	0	80	36	14	12	36	1.83
22611332--22611389	26	2.2	26	84	3	71	43	25	6	24	1.79
22612053--22612119	33	2.0	33	100	0	134	52	8	11	26	1.68
22613235--22613305	32	2.3	31	85	7	90	22	21	22	33	1.97
22615087--22615133	24	2.0	24	91	0	76	40	8	4	46	1.54
22615353--22615396	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
22620729--22620759	2	15.5	2	93	0	53	48	0	48	3	1.17
22622134--22622193	30	2.0	29	87	12	86	30	3	15	51	1.59
22622135--22622201	30	2.2	30	84	10	84	31	2	11	53	1.52
22622385--22622445	31	2.0	30	87	6	88	44	11	8	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22633551--22633780	116	2.0	113	91	2	370	35	12	18	33	1.88
22637588--22637720	39	3.4	38	81	4	149	30	15	19	34	1.92
22637588--22637747	78	2.1	78	82	4	189	28	15	20	35	1.93
22639549--22639588	20	2.0	20	90	4	64	37	10	35	17	1.83
22646491--22646669	89	2.0	89	97	0	340	45	16	7	30	1.76
22647530--22647599	35	2.0	35	94	0	122	47	11	5	35	1.64
22651457--22651486	12	2.5	12	100	0	60	20	0	63	16	1.31
22651670--22651710	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
22651748--22651784	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
22651836--22651866	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
22653410--22653475	19	3.4	20	77	10	66	36	1	1	60	1.15
22653740--22653786	23	2.0	24	88	12	71	59	6	0	34	1.23
22653763--22653816	9	5.9	9	80	2	63	61	5	0	33	1.19
22654525--22654562	20	1.9	20	88	0	58	57	0	2	39	1.12
22655169--22655400	9	25.1	9	65	20	70	30	3	4	61	1.31
22655372--22655411	19	2.1	19	85	4	53	27	5	7	60	1.45
22655798--22655828	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
22661635--22661708	39	1.9	39	91	2	123	60	0	1	37	1.05
22673092--22673140	23	2.1	22	79	17	55	34	8	6	51	1.57
22674529--22674559	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
22675604--22675628	6	4.2	6	100	0	50	16	32	0	52	1.44
22684218--22684252	18	1.9	18	88	0	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22685048--22685097	22	2.3	22	82	6	57	36	4	10	50	1.55
22700601--22700716	38	3.1	38	81	1	144	35	30	18	15	1.92
22707201--22707447	50	4.8	50	77	7	178	28	20	26	23	1.99
22708861--22709083	37	6.0	37	96	0	374	38	14	20	26	1.92
22709046--22709169	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
22717711--22717784	25	3.0	25	79	0	76	33	21	22	21	1.97
22721844--22721882	19	2.1	19	100	0	78	56	15	7	20	1.63
22724024--22724082	17	3.6	17	71	17	52	57	1	1	38	1.19
22724977--22725159	61	3.0	61	76	7	149	41	16	5	36	1.72
22725524--22725659	60	2.2	60	77	2	139	33	5	16	45	1.69
22728442--22728524	3	30.0	3	76	13	72	2	28	1	67	1.11
22728439--22728524	8	10.5	8	74	17	70	2	29	1	67	1.10
22728437--22728524	14	6.1	14	73	19	65	2	28	1	68	1.09
22728442--22728510	11	6.1	11	79	12	77	2	28	0	68	1.04
22731595--22731714	59	2.0	59	93	0	204	26	21	11	40	1.88
22732593--22732625	16	2.1	16	100	0	66	24	12	6	57	1.57
22733429--22733643	42	5.1	42	80	3	200	24	19	16	39	1.91
22742066--22742106	19	2.2	18	95	4	73	58	0	2	39	1.11
22742085--22742141	25	2.2	27	87	6	82	61	1	1	35	1.17
22742275--22742324	19	2.4	22	77	12	61	32	2	0	66	1.03
22742275--22742324	20	2.4	21	80	3	66	32	2	0	66	1.03
22742186--22742308	48	2.5	48	73	16	110	34	1	2	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22742334--22742503	89	1.9	89	85	2	234	35	7	17	39	1.78
22742333--22742526	89	2.2	88	80	2	217	36	7	15	40	1.77
22743716--22744351	241	2.6	241	82	8	735	28	11	14	46	1.78
22755755--22756305	276	2.0	276	96	0	1021	27	16	16	38	1.91
22756407--22756470	31	2.1	31	84	0	83	43	7	7	40	1.62
22763222--22763267	4	11.5	4	95	0	83	52	21	0	26	1.47
22766372--22766403	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
22768828--22768881	24	2.3	24	78	12	58	51	7	3	37	1.48
22769937--22770302	183	2.0	183	88	0	543	20	15	25	38	1.92
22783695--22783807	54	2.1	54	96	0	208	44	1	8	45	1.45
22783710--22783795	28	3.1	27	65	24	63	46	2	8	43	1.46
22783806--22783847	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22783797--22783838	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22783783--22784096	156	2.0	157	94	0	549	47	5	3	43	1.43
22783949--22783983	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22783949--22784006	16	3.6	16	78	21	52	44	0	1	53	1.10
22784219--22784271	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
22784500--22784548	20	2.5	20	83	9	57	36	14	6	42	1.70
22784948--22784994	12	4.0	12	75	5	51	59	0	0	40	0.97
22784996--22785077	36	2.3	37	91	4	132	50	1	3	45	1.27
22785011--22785089	11	6.8	11	81	13	88	49	1	5	44	1.32
22785011--22785102	48	2.0	47	89	8	143	53	1	4	41	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22789561--22789593	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
22789994--22790018	7	3.6	7	100	0	50	44	0	56	0	0.99
22802157--22802222	21	3.0	23	77	22	79	25	4	0	69	1.07
22802159--22802233	23	3.2	24	73	24	72	26	5	1	66	1.21
22802326--22802389	23	2.9	22	73	17	60	14	6	1	78	1.02
22807149--22807287	40	3.5	40	73	8	133	31	25	17	25	1.97
22807716--22807761	23	2.0	23	95	4	83	0	26	0	73	0.83
22807713--22807787	4	18.2	4	74	15	55	2	24	1	72	1.06
22808772--22808800	15	1.9	15	100	0	58	55	0	10	34	1.34
22813447--22813472	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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