genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  126  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39025979--39026076	42	2.3	43	85	1	126	35	26	13	24	1.92
39044262--39044298	9	4.2	9	83	16	51	83	0	16	0	0.64
39044265--39044298	16	2.1	17	94	5	61	85	0	14	0	0.60
39059560--39059619	29	2.1	29	100	0	120	30	15	31	23	1.95
39061888--39061934	22	2.1	23	84	11	62	8	17	0	74	1.05
39077492--39077574	28	2.9	27	81	11	103	27	27	22	21	1.99
39077496--39077573	30	2.7	29	83	11	97	25	28	23	23	1.99
39077667--39077742	26	2.9	26	82	0	89	36	21	23	18	1.95
39077915--39078141	27	8.4	27	80	5	226	19	18	18	43	1.89
39077915--39078141	81	2.8	81	84	3	269	19	18	18	43	1.89
39081778--39081821	23	1.9	23	95	0	79	38	25	11	25	1.89
39081780--39081829	23	2.2	23	88	0	73	42	22	12	24	1.87
39084455--39084514	20	2.9	20	80	14	61	48	15	21	15	1.81
39084487--39084554	20	3.4	20	80	6	75	44	16	23	16	1.86
39091890--39091914	12	2.1	12	100	0	50	32	16	32	20	1.94
39096858--39096900	22	2.0	22	100	0	86	23	9	23	44	1.82
39103504--39103565	25	2.5	25	83	0	88	33	25	19	20	1.96
39107674--39107796	40	3.1	40	87	0	165	35	22	27	13	1.92
39107708--39107769	20	3.1	20	75	9	72	37	24	29	9	1.87
39119278--39119578	152	2.0	152	92	1	496	34	15	22	27	1.95
39125807--39125927	27	4.4	27	79	9	113	47	16	0	35	1.47
39125996--39126126	47	2.7	47	87	4	174	48	19	0	31	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39126050--39126128	29	2.7	29	76	5	88	49	20	0	30	1.49
39125974--39126405	165	2.6	163	88	5	626	45	18	1	34	1.58
39125850--39126394	9	59.1	9	69	15	219	46	17	1	34	1.59
39126109--39126289	47	3.7	47	80	8	179	43	20	2	33	1.64
39129038--39129147	21	5.2	21	85	0	139	38	15	42	3	1.64
39129038--39129147	42	2.6	42	92	0	175	38	15	42	3	1.64
39129449--39129731	42	6.7	43	86	2	349	24	18	24	32	1.97
39129424--39129731	85	3.7	84	84	3	361	24	17	24	33	1.96
39129449--39129715	127	2.1	127	85	1	347	25	18	23	32	1.97
39130051--39130103	18	2.9	18	80	2	61	39	45	3	11	1.58
39130207--39130325	9	13.2	9	81	7	134	30	10	18	40	1.85
39136263--39136287	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
39137775--39137812	3	13.0	3	94	5	69	31	0	0	68	0.90
39138071--39138107	2	18.5	2	88	0	56	45	5	0	48	1.25
39138141--39138179	13	2.9	14	85	11	55	41	0	2	56	1.13
39138143--39138184	21	2.0	21	85	0	57	42	0	2	54	1.13
39138149--39138184	11	3.0	12	92	8	56	44	0	0	55	0.99
39142349--39142408	6	10.3	6	82	12	63	85	10	0	5	0.75
39142349--39142408	24	2.6	22	87	10	84	85	10	0	5	0.75
39144375--39145015	170	3.7	169	91	2	980	30	20	21	27	1.98
39144554--39145059	90	5.9	88	70	13	277	29	20	22	27	1.98
39144372--39145321	44	21.9	44	69	13	372	30	19	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39144766--39145337	219	2.6	219	88	2	789	30	20	21	27	1.98
39147318--39147376	3	19.3	3	89	3	91	32	1	1	64	1.13
39147621--39147675	6	9.2	6	89	0	83	47	3	1	47	1.30
39147621--39147675	8	6.9	8	91	0	83	47	3	1	47	1.30
39147711--39147754	2	22.5	2	83	4	54	40	0	4	54	1.21
39149264--39149292	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
39149298--39149381	3	28.0	3	100	0	168	33	0	0	66	0.92
39150555--39150609	27	2.0	27	92	0	92	40	7	14	38	1.74
39152108--39152173	33	2.0	33	82	11	82	57	1	3	37	1.23
39152770--39152841	27	2.6	27	78	18	78	56	1	2	38	1.22
39152774--39152846	29	2.7	26	74	19	69	57	1	2	38	1.22
39152956--39153016	19	3.2	19	77	11	61	67	1	3	27	1.16
39153320--39153359	19	2.1	19	85	0	53	47	0	12	40	1.41
39155468--39155530	24	2.5	25	82	7	65	23	6	7	61	1.46
39156384--39156409	10	2.6	10	100	0	52	23	30	0	46	1.53
39156988--39157018	3	10.3	3	92	0	53	35	3	32	29	1.73
39158933--39158968	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
39164573--39164646	37	2.0	37	97	0	139	25	13	31	29	1.94
39171409--39171437	14	2.0	15	93	6	51	20	0	3	75	0.94
39180393--39180434	20	2.1	20	100	0	84	30	14	19	35	1.91
39182635--39182673	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
39182899--39183043	23	6.3	23	81	0	182	23	19	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39182900--39183043	46	3.1	46	90	4	218	22	19	25	32	1.97
39184801--39185007	42	4.9	43	81	3	233	28	25	17	28	1.97
39184801--39185001	85	2.4	85	82	5	246	28	24	17	28	1.97
39188736--39188787	3	17.3	3	84	15	72	34	0	0	65	0.93
39191805--39191833	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
39192023--39192067	23	1.9	24	90	4	74	26	6	8	57	1.54
39192804--39192999	14	13.8	14	73	9	128	46	31	1	21	1.58
39192775--39192994	7	30.9	7	71	8	95	44	32	0	21	1.59
39193130--39193173	7	6.1	7	92	5	70	52	29	0	18	1.46
39193197--39193245	14	3.5	14	82	0	62	46	34	0	18	1.49
39193544--39193778	41	5.7	41	78	5	242	29	27	20	22	1.99
39193795--39193878	40	2.1	40	82	4	98	20	21	19	39	1.93
39193815--39193930	39	2.9	39	85	8	155	23	19	18	37	1.94
39219546--39219665	39	3.1	39	92	0	195	32	33	19	15	1.92
39224212--39224280	27	2.6	26	75	13	68	39	2	23	34	1.70
39228996--39229055	27	2.2	27	96	0	111	13	8	35	43	1.74
39234668--39234947	43	6.5	43	91	0	434	24	21	22	31	1.99
39234668--39234994	129	2.5	129	88	2	379	25	22	21	30	1.99
39247978--39248498	84	6.2	83	80	3	524	35	17	17	30	1.93
39249051--39249125	7	10.6	7	72	7	53	41	34	0	24	1.55
39249034--39249125	21	4.3	21	79	9	89	39	35	1	23	1.62
39249073--39249125	14	3.8	14	80	5	63	45	30	0	24	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39249524--39249584	19	3.1	19	66	25	54	27	14	19	37	1.91
39249495--39249604	40	2.7	41	84	5	143	27	20	21	30	1.98
39249661--39249776	40	2.9	39	84	2	151	27	23	20	28	1.99
39252137--39252187	12	4.4	11	78	11	57	45	7	19	27	1.78
39252131--39252188	24	2.4	24	80	5	73	44	6	18	29	1.76
39252194--39252219	12	2.2	12	100	0	52	38	7	15	38	1.76
39252721--39252777	26	2.1	27	83	3	71	29	1	5	63	1.27
39255085--39255850	97	7.8	97	76	13	647	30	0	15	53	1.48
39255231--39255385	81	1.9	80	85	6	215	29	0	15	54	1.46
39255311--39255849	100	5.3	96	78	11	469	31	0	14	53	1.48
39255301--39255851	198	2.7	204	84	6	663	31	0	15	52	1.48
39260938--39261069	41	3.2	41	90	2	219	20	25	26	27	1.99
39260941--39261069	42	3.1	42	90	1	215	20	25	25	27	1.99
39261691--39261720	14	2.1	15	93	6	53	13	6	53	26	1.64
39261885--39261946	21	2.9	21	77	13	65	24	0	37	38	1.56
39262698--39262730	12	2.9	12	86	13	52	51	0	6	42	1.26
39262693--39262763	29	2.4	29	83	6	90	49	1	4	45	1.30
39262699--39262757	10	5.8	10	80	11	59	52	0	5	42	1.23
39264281--39264397	57	2.0	58	98	1	227	20	19	10	49	1.77
39267515--39267850	43	7.8	43	85	4	423	20	17	31	30	1.96
39270774--39270832	20	3.0	20	82	7	68	35	8	10	45	1.68
39273248--39273323	21	3.5	21	82	7	89	38	21	23	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39276374--39276454	40	2.0	41	85	7	112	29	23	20	25	1.99
39277686--39277766	40	2.0	41	85	7	112	25	20	23	29	1.99
39281672--39281945	137	2.0	137	99	0	539	40	14	6	37	1.73
39288446--39288776	114	2.9	115	88	1	488	25	19	29	25	1.99
39288700--39288840	73	1.9	72	88	1	210	24	19	30	25	1.98
39289033--39289072	14	2.9	14	84	0	53	17	0	32	50	1.47
39289091--39289138	22	2.2	21	77	3	51	22	0	29	47	1.51
39289177--39289220	7	6.3	7	82	10	54	15	0	36	47	1.46
39289179--39289220	20	2.0	20	95	4	75	14	0	35	50	1.43
39289177--39289220	13	3.2	13	83	9	52	15	0	36	47	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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