genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21916730--21916772	21	2.0	21	86	0	59	39	41	0	18	1.51
21916757--21916930	88	2.0	89	93	1	296	44	29	0	25	1.59
21916958--21917001	7	6.3	7	83	0	52	27	50	0	22	1.50
21917032--21917065	15	2.3	15	90	5	52	35	29	0	35	1.58
21917113--21917156	20	2.1	21	91	4	72	47	25	0	27	1.52
21917473--21917746	41	6.7	41	85	1	370	29	22	21	26	1.99
21917814--21917920	40	2.7	39	85	1	142	20	20	23	35	1.96
21917926--21917951	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
21918447--21918479	16	2.0	17	88	5	50	39	6	0	54	1.25
21923252--21923413	87	1.9	86	83	6	211	24	14	20	40	1.90
21923983--21924016	6	5.5	6	89	3	50	14	2	17	64	1.40
21932358--21932511	77	2.0	77	94	0	272	35	3	17	44	1.65
21932740--21932786	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
21936930--21936964	16	2.2	16	100	0	70	22	0	5	71	1.07
21944145--21944194	21	2.5	19	78	15	55	66	2	4	28	1.21
21944277--21944327	20	2.4	21	87	6	68	50	3	3	41	1.39
21944272--21944346	21	3.7	20	79	13	82	50	2	4	42	1.35
21944297--21944387	10	9.1	10	67	13	53	51	2	5	40	1.37
21944300--21944363	19	3.3	19	84	6	67	51	1	4	42	1.32
21953799--21953908	47	2.3	47	90	0	166	22	25	17	34	1.96
21953842--21954036	90	2.1	90	82	1	228	27	23	16	32	1.96
21954962--21955032	19	3.7	19	74	5	63	43	4	2	49	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21955039--21955120	9	8.7	9	70	12	58	31	3	3	60	1.31
21955016--21955091	19	3.9	19	75	13	66	32	5	2	59	1.34
21955040--21955131	10	9.5	10	70	11	50	30	4	3	61	1.31
21961095--21961227	48	2.8	48	88	2	196	28	18	18	33	1.95
21963939--21963996	26	2.3	26	82	11	68	41	13	13	31	1.84
21967397--21967439	21	2.0	21	100	0	86	32	37	0	30	1.58
21971651--21971691	20	2.0	20	90	0	64	0	12	17	70	1.16
21982441--21982531	26	3.6	26	79	7	100	16	24	23	36	1.94
21982564--21982642	24	3.3	24	77	19	85	17	22	20	39	1.92
21985604--21986170	44	12.9	42	72	9	348	26	19	21	32	1.97
21985603--21986164	91	6.4	90	76	9	333	26	19	20	32	1.97
21985603--21986164	85	6.4	87	73	10	308	26	19	20	32	1.97
21985788--21986183	129	3.0	128	89	4	578	25	20	21	32	1.98
21986204--21986687	99	4.9	99	90	0	734	26	22	20	30	1.98
21987584--21987633	19	2.6	19	81	12	57	0	16	2	82	0.77
21987600--21987632	15	2.1	16	94	5	59	0	15	0	84	0.61
21990143--21990195	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
21993844--21993872	13	2.1	14	93	6	51	6	62	0	31	1.22
22002575--22002621	23	2.0	24	91	4	78	29	6	14	48	1.69
22003658--22003691	5	6.8	5	100	0	68	41	0	0	58	0.98
22003658--22003697	15	2.7	15	92	0	53	37	5	0	57	1.21
22003843--22003910	31	2.3	31	82	5	77	39	17	13	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22008511--22008602	37	2.4	36	84	13	107	41	2	4	52	1.33
22008530--22008659	67	2.0	65	86	8	183	40	3	4	51	1.38
22008592--22008649	28	2.0	29	86	3	82	37	5	1	55	1.33
22012902--22013075	87	2.0	87	89	2	269	39	16	8	36	1.78
22014866--22014907	21	2.0	22	95	4	77	14	9	4	71	1.28
22014870--22014911	11	3.9	11	75	6	50	11	11	7	69	1.37
22015546--22015600	24	2.2	25	83	3	67	54	3	0	41	1.18
22018937--22018970	1	34.0	1	100	0	68	0	0	0	100	0.00
22021376--22021402	10	2.7	10	100	0	54	0	0	11	88	0.50
22041739--22041782	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
22046054--22046088	16	2.2	16	100	0	70	14	0	42	42	1.45
22050661--22050702	6	6.8	6	88	2	57	54	0	26	19	1.44
22061849--22062188	104	3.3	104	94	1	576	19	20	28	31	1.97
22064704--22064776	33	2.1	34	82	10	85	10	12	12	64	1.50
22077202--22077258	26	2.4	22	77	16	60	38	0	3	57	1.16
22080069--22080095	13	2.1	13	100	0	54	37	22	25	14	1.93
22082287--22082377	44	2.1	42	84	11	114	65	4	7	21	1.36
22082331--22083503	159	7.4	158	90	3	1829	54	8	8	28	1.60
22082324--22083503	321	3.7	318	91	3	1856	54	8	8	28	1.60
22092065--22092114	9	5.4	9	77	13	57	42	26	10	22	1.84
22095376--22095430	25	2.2	25	81	18	71	7	18	0	74	1.04
22095390--22095429	19	2.0	20	90	4	64	5	17	0	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22104179--22104219	19	2.2	18	86	4	55	34	17	0	48	1.47
22106744--22106805	20	3.3	20	63	28	55	35	16	1	46	1.56
22106742--22106812	35	2.0	35	97	0	133	36	16	1	45	1.57
22107354--22107422	18	4.0	18	70	14	56	33	20	0	46	1.51
22107379--22107456	41	1.9	40	86	2	111	37	25	0	37	1.56
22108538--22108566	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
22110287--22110471	91	2.0	91	96	0	343	41	23	7	27	1.80
22113490--22113631	62	2.3	63	86	1	187	19	18	30	31	1.96
22125365--22125409	22	2.0	22	86	0	63	46	15	20	17	1.84
22127887--22127935	16	3.1	15	82	8	62	53	12	10	24	1.69
22133503--22133685	50	3.7	49	80	5	174	22	26	21	28	1.99
22134485--22134518	17	2.0	17	100	0	68	35	17	23	23	1.95
22141086--22141283	50	3.8	50	84	4	225	23	28	20	27	1.99
22143480--22143760	138	2.0	138	88	1	411	46	5	7	40	1.56
22143778--22143948	75	2.3	75	87	2	236	33	14	8	42	1.77
22146399--22146447	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
22146702--22146844	50	2.9	50	80	0	160	23	27	21	27	1.99
22152691--22152735	22	2.0	22	100	0	90	37	22	8	31	1.85
22153255--22153293	16	2.4	16	86	4	51	58	7	2	30	1.39
22155905--22155961	20	2.7	21	84	13	73	28	5	15	50	1.65
22155908--22155961	10	5.2	10	86	8	65	27	3	16	51	1.61
22163733--22164086	50	6.8	50	86	6	386	22	29	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22163933--22164086	56	2.8	56	92	0	254	25	27	18	27	1.98
22163883--22164086	112	1.9	108	85	6	286	24	29	19	26	1.98
22174073--22174117	21	2.3	19	85	11	56	37	4	33	24	1.76
22174083--22174122	21	2.1	19	86	13	55	45	5	30	20	1.72
22174552--22174585	17	2.0	17	88	0	50	17	20	8	52	1.71
22186268--22186366	42	2.4	42	84	0	135	31	23	22	23	1.99
22189006--22189034	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22190450--22190486	19	1.9	19	100	0	74	40	5	16	37	1.71
22197737--22197793	20	2.8	20	83	0	69	31	15	21	31	1.94
22200633--22200672	20	2.0	20	85	0	53	35	2	0	62	1.09
22200639--22200677	19	2.1	19	85	9	53	33	0	0	66	0.92
22201251--22201288	2	19.0	2	88	0	58	47	5	0	47	1.24
22203295--22203503	88	2.4	90	82	2	253	38	20	7	33	1.81
22203519--22203614	46	2.1	45	81	11	106	65	1	2	31	1.11
22203528--22203620	10	10.1	9	74	12	64	62	1	2	34	1.14
22203995--22204204	68	3.1	68	95	1	370	46	8	4	40	1.54
22204093--22204120	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
22204193--22204234	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
22204208--22204268	22	2.8	22	84	0	77	47	1	1	49	1.21
22204564--22204618	19	2.8	20	78	8	60	36	3	0	60	1.15
22204520--22204651	45	2.9	45	75	10	133	40	3	0	54	1.24
22208839--22208875	3	12.3	3	94	0	65	67	2	0	29	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22209962--22210507	183	2.9	184	91	3	887	42	20	11	25	1.85
22213493--22213559	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
22218640--22218671	16	1.9	16	93	6	55	87	6	0	6	0.67
22218639--22218673	9	3.9	9	88	0	52	88	5	0	5	0.63
22220010--22220256	132	1.9	132	90	1	397	27	20	24	27	1.99
22220256--22220445	44	4.3	44	75	1	182	28	14	25	31	1.95
22220264--22220428	89	1.9	88	83	1	213	30	13	26	29	1.94
22220262--22220517	133	1.9	133	83	1	334	28	15	25	30	1.96
22222196--22222268	3	24.3	3	91	5	121	31	1	1	65	1.09
22224994--22225035	16	2.6	17	77	11	52	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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