genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  82  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24128591--24128667	38	2.0	38	97	0	145	27	18	9	45	1.79
24134511--24134543	16	2.0	17	88	5	50	57	9	3	30	1.45
24135866--24136172	43	7.2	43	84	2	359	24	31	17	26	1.97
24136258--24136286	14	2.1	14	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24136463--24136553	43	2.1	43	83	2	112	42	8	12	36	1.73
24141105--24141347	83	2.9	81	83	4	279	30	14	14	40	1.86
24143446--24143487	21	2.0	21	100	0	84	19	33	14	33	1.91
24150458--24150586	54	2.4	54	80	6	145	39	0	4	55	1.26
24150563--24150618	26	2.2	25	81	6	67	44	1	0	53	1.11
24150577--24150629	26	2.1	26	85	3	72	49	3	0	47	1.19
24154832--24154867	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24157121--24157180	30	2.0	30	83	3	75	43	0	36	20	1.52
24159467--24159529	26	2.5	25	80	7	74	23	15	12	47	1.80
24160639--24160674	15	2.3	17	86	13	51	22	16	5	55	1.62
24161538--24161564	8	3.4	8	100	0	54	77	0	0	22	0.76
24163138--24163311	68	2.6	68	94	0	303	43	6	15	35	1.72
24166340--24166401	22	2.8	21	75	4	52	45	16	19	19	1.86
24166393--24166500	32	3.4	32	83	1	128	37	19	20	22	1.94
24166501--24166554	26	2.1	26	85	0	72	38	25	18	16	1.92
24166542--24166598	27	2.1	27	84	12	73	31	24	24	19	1.98
24166670--24166730	24	2.5	24	86	0	86	49	19	9	21	1.77
24166909--24167373	27	17.3	27	85	5	423	24	16	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24166928--24167373	54	8.3	54	85	5	505	24	16	18	40	1.91
24166909--24167373	81	5.8	81	80	8	472	24	16	18	39	1.91
24173231--24173264	11	3.2	11	87	4	52	82	11	0	5	0.83
24174152--24174190	6	6.0	6	85	14	51	66	0	17	15	1.25
24174152--24174200	7	7.3	7	82	15	59	65	0	18	16	1.28
24174152--24174200	20	2.5	19	86	6	62	65	0	18	16	1.28
24174152--24174191	13	3.0	13	96	3	71	67	0	17	15	1.23
24175418--24175897	88	5.5	88	87	1	615	27	24	25	22	2.00
24175418--24175897	263	1.8	261	85	3	658	27	24	25	22	2.00
24176026--24176163	73	1.9	74	95	1	251	23	21	24	31	1.98
24176182--24176391	50	4.2	50	73	3	188	36	22	16	24	1.94
24176173--24176358	100	1.9	101	90	1	302	36	22	18	23	1.95
24176173--24176391	100	2.2	100	84	4	271	36	22	17	23	1.95
24185189--24185236	13	3.8	13	83	5	62	25	4	0	70	1.04
24188187--24188220	6	5.7	6	96	0	59	0	14	11	73	1.10
24207864--24207904	4	10.5	4	80	15	50	78	0	2	19	0.87
24207864--24207904	13	3.5	12	80	16	50	78	0	2	19	0.87
24209501--24209550	13	3.6	14	78	8	50	40	0	2	58	1.10
24209508--24209545	13	2.9	13	84	0	58	36	0	0	63	0.95
24211731--24211842	32	3.5	32	81	7	129	38	8	7	45	1.63
24217626--24217707	19	4.4	19	90	3	87	36	8	14	40	1.77
24217637--24217732	19	4.8	19	87	8	138	36	6	16	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24217698--24217742	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
24218198--24218250	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
24218529--24218576	8	5.8	8	85	5	51	39	0	4	56	1.19
24219108--24219268	79	2.0	79	97	0	304	39	12	16	32	1.85
24222600--24222624	13	1.9	13	100	0	50	64	28	8	0	1.22
24224152--24224200	22	2.2	22	96	0	89	12	28	18	40	1.86
24225405--24225502	46	2.1	46	88	3	144	14	3	37	44	1.60
24225770--24225842	30	2.4	30	83	0	101	23	28	26	21	1.99
24238497--24238588	46	2.0	46	97	0	175	41	27	8	22	1.83
24242989--24243015	10	2.7	10	100	0	54	22	0	22	55	1.44
24263726--24263799	5	14.8	5	100	0	148	40	0	0	59	0.97
24267311--24267340	14	2.1	14	93	0	51	73	0	16	10	1.09
24267667--24267714	19	2.6	19	90	9	73	12	4	6	77	1.11
24268343--24268517	7	24.6	7	74	12	88	42	34	0	21	1.57
24268661--24268715	14	3.9	14	76	4	56	45	34	0	20	1.51
24268661--24268734	21	3.5	21	77	5	69	47	29	0	22	1.52
24268735--24269278	40	14.0	39	68	12	235	26	22	20	30	1.98
24268895--24269278	80	4.8	80	71	6	278	27	22	20	29	1.99
24279832--24279876	6	7.5	6	82	9	56	80	0	2	17	0.82
24289378--24289476	41	2.4	41	84	3	128	21	25	7	46	1.76
24291433--24291462	14	2.1	14	100	0	60	33	13	16	36	1.88
24291634--24291715	29	2.7	30	84	5	103	46	14	8	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24297271--24297305	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
24297453--24297505	21	2.5	21	84	0	70	30	7	32	30	1.85
24302189--24302239	9	5.7	9	85	0	66	31	11	19	37	1.88
24302189--24302239	18	2.8	18	96	0	93	31	11	19	37	1.88
24319115--24319142	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
24319197--24319227	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24319947--24320046	19	5.2	20	69	8	64	63	2	4	31	1.24
24319956--24320046	38	2.4	39	81	1	94	63	2	4	29	1.25
24326231--24326300	27	2.5	28	75	6	72	25	2	18	52	1.59
24327683--24327724	14	3.0	14	82	0	57	42	16	9	30	1.80
24333124--24333380	45	5.7	45	85	1	300	36	13	21	28	1.91
24333124--24333379	135	1.9	133	83	4	334	37	13	21	28	1.91
24333590--24333623	13	2.6	13	100	0	68	38	29	8	23	1.85
24339956--24339994	12	3.3	12	89	7	53	56	0	10	33	1.33
24341141--24341185	23	2.0	23	100	0	90	20	4	40	35	1.72
24341263--24341290	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24346763--24346954	98	2.0	98	95	0	348	35	25	11	27	1.90
24347824--24347868	22	2.0	22	91	0	72	46	17	0	35	1.49
24348394--24348425	5	6.4	5	92	0	55	15	0	21	62	1.32
24352264--24352323	17	3.4	17	80	13	68	66	0	28	5	1.12
24352280--24352339	25	2.4	25	88	0	84	63	0	33	3	1.11
24352274--24352344	28	2.6	26	82	14	74	64	0	32	2	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24367655--24367887	114	2.0	114	100	0	466	30	18	7	42	1.79
24379057--24379093	18	2.1	18	94	0	65	45	8	10	35	1.69
24379307--24379366	30	2.0	31	83	9	79	20	35	0	45	1.51
24391238--24391279	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
24391381--24391595	45	4.8	45	85	1	306	45	15	17	21	1.85
24392435--24392525	35	2.6	35	87	5	112	17	10	31	39	1.85
24398238--24398285	21	2.3	21	78	7	53	27	20	29	22	1.99
24401846--24401894	21	2.3	21	85	0	62	18	14	40	26	1.89
24409335--24409364	14	2.1	15	93	6	53	26	0	10	63	1.26
24410318--24410358	19	2.2	20	82	8	50	29	0	29	41	1.56
24411781--24411815	17	1.9	18	88	11	54	54	0	28	17	1.43
24415611--24415685	34	2.2	34	83	4	89	20	14	32	33	1.92
24425617--24426542	4	233.2	4	94	1	1416	25	3	25	45	1.70
24427307--24427373	18	3.8	18	71	13	59	43	7	14	34	1.74
24430179--24430225	20	2.3	20	79	13	60	14	25	21	38	1.92
24430882--24430924	20	2.1	21	95	4	79	34	9	4	51	1.55
24434585--24434686	51	2.0	51	92	0	168	30	22	26	20	1.98
24437700--24437741	20	2.1	20	95	0	75	33	19	4	42	1.72
24440688--24440728	20	2.0	20	95	0	73	31	19	19	29	1.96
24440881--24440971	36	2.6	36	87	3	132	36	18	18	26	1.94
24444109--24444154	22	2.1	22	87	0	65	67	8	2	21	1.29
24452054--24452131	23	3.4	23	75	18	81	19	16	3	60	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24452029--24452131	47	2.2	48	87	1	154	17	18	3	60	1.51
24464000--24464090	28	3.3	27	78	3	83	35	4	18	41	1.71
24466374--24466416	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
24468727--24468914	36	4.9	36	81	12	214	38	13	19	28	1.90
24468691--24468881	82	2.3	82	92	0	310	37	12	20	29	1.89
24473075--24473187	56	2.0	57	89	1	174	44	8	12	34	1.73
24473139--24473206	34	1.9	35	94	5	120	42	13	14	29	1.84
24473086--24473257	90	2.0	88	84	12	230	44	11	13	31	1.78
24473615--24473669	21	2.6	22	88	8	87	10	20	41	27	1.85
24475733--24475773	13	3.1	14	82	10	59	48	14	17	19	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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