genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  92  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27670985--27671078	25	3.8	24	78	13	93	28	19	26	25	1.98
27678017--27678090	25	3.0	25	81	13	89	36	18	20	24	1.95
27678128--27678211	22	3.8	22	88	0	114	27	27	13	32	1.93
27682109--27682350	121	2.0	121	90	1	387	34	19	14	31	1.92
27685521--27685555	16	2.2	16	89	0	52	11	42	20	25	1.85
27691915--27691971	17	3.4	16	81	11	60	80	5	1	12	0.95
27695502--27695862	88	4.1	88	84	5	453	26	25	25	21	2.00
27695502--27695837	176	1.9	176	88	1	512	26	26	25	22	2.00
27695520--27695838	44	7.2	44	66	6	171	25	26	25	22	2.00
27695951--27696042	44	2.1	45	85	2	123	28	22	28	20	1.99
27696189--27696332	41	3.4	41	73	7	137	28	19	19	32	1.96
27696148--27696369	85	2.6	85	90	2	329	30	18	21	30	1.96
27696218--27696347	41	3.1	41	70	10	118	27	20	22	29	1.99
27696315--27696432	44	2.6	45	85	2	148	28	22	23	25	1.99
27696384--27696778	173	2.3	172	90	0	610	31	18	22	27	1.97
27696557--27697171	218	2.8	217	92	1	966	30	19	23	26	1.98
27696233--27697001	390	2.0	392	90	2	1224	30	19	23	27	1.98
27696729--27696825	44	2.2	44	86	1	131	32	20	25	20	1.97
27696923--27697047	44	2.8	44	84	4	144	30	18	24	26	1.98
27696923--27697116	44	4.4	45	76	8	139	30	18	22	27	1.97
27696233--27697175	390	2.4	388	83	5	1026	30	19	23	26	1.98
27702709--27702804	49	2.0	49	95	0	174	27	18	12	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27707333--27707542	101	2.1	102	83	4	273	32	21	11	33	1.90
27717481--27717541	16	3.9	16	79	16	74	49	0	0	50	1.00
27717486--27717547	30	2.1	30	87	0	88	46	0	1	51	1.10
27717490--27717538	17	2.9	17	85	8	57	46	0	0	53	1.00
27717626--27717682	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
27719138--27719188	26	2.0	26	88	0	75	47	11	11	29	1.76
27719805--27719891	37	2.4	37	94	3	140	27	18	13	40	1.88
27722398--27722422	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
27723768--27723806	18	2.2	18	86	9	53	35	0	0	64	0.94
27723772--27723810	14	2.9	14	88	3	53	33	0	0	66	0.92
27729196--27729299	22	4.7	22	87	0	136	31	14	26	26	1.95
27730078--27730105	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
27733023--27733207	67	2.7	67	89	1	280	21	22	17	38	1.93
27740012--27740058	17	2.9	16	80	17	53	14	4	2	78	0.99
27742607--27742649	20	2.3	19	84	8	52	34	9	0	55	1.32
27743224--27743274	25	2.1	24	82	13	61	41	3	0	54	1.19
27751424--27751611	24	7.6	24	72	12	121	35	22	24	17	1.95
27751480--27751604	26	4.9	26	75	11	82	36	22	23	18	1.95
27753291--27753321	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
27754517--27754742	43	5.3	42	74	6	147	21	20	21	37	1.95
27760411--27760473	22	2.9	21	71	15	56	42	22	23	11	1.85
27760644--27760699	27	2.2	25	83	6	67	19	19	19	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27762786--27762816	16	1.9	16	93	0	53	25	25	12	35	1.92
27768549--27768814	86	3.1	87	83	4	292	28	27	19	25	1.98
27768551--27768814	43	6.2	42	83	6	264	28	27	19	25	1.99
27772151--27772252	41	2.5	40	95	3	186	21	22	19	36	1.95
27772263--27772581	106	3.0	104	90	4	487	28	11	11	48	1.73
27772856--27772935	41	2.0	41	92	0	133	27	36	18	17	1.94
27772971--27773348	115	3.4	104	81	7	337	26	25	20	28	1.99
27773071--27773348	115	2.4	113	84	5	355	26	24	20	28	1.99
27773249--27773404	72	2.2	72	88	2	224	23	26	21	29	1.99
27776221--27776269	23	2.1	23	100	0	98	16	8	30	44	1.76
27780030--27780077	24	2.0	24	84	8	62	77	6	2	14	1.06
27781716--27781825	45	2.4	45	89	3	168	39	17	19	24	1.92
27790506--27790625	46	2.6	46	85	3	145	47	14	18	20	1.82
27795626--27795832	42	4.9	42	83	2	175	34	22	20	22	1.97
27795614--27795878	43	6.2	41	82	5	219	31	23	21	23	1.98
27795614--27795878	85	3.1	83	80	8	250	31	23	21	23	1.98
27796328--27796396	21	3.3	21	81	4	68	4	42	17	36	1.69
27804705--27804774	35	2.0	35	85	2	95	34	11	11	42	1.77
27805852--27805900	20	2.5	20	89	0	71	30	6	8	55	1.54
27806343--27806380	19	2.0	20	89	5	60	34	0	0	65	0.93
27806346--27806391	23	2.0	24	86	4	67	30	0	0	69	0.89
27808899--27808932	17	2.0	17	100	0	68	64	5	0	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27810347--27810675	44	7.5	44	75	12	188	29	22	18	29	1.97
27810279--27810703	217	2.0	217	90	2	676	28	23	18	29	1.98
27810389--27810673	84	3.3	86	76	11	260	29	22	20	28	1.98
27810391--27810703	173	1.8	173	82	6	411	27	23	19	29	1.98
27812203--27812233	9	3.4	9	100	0	62	0	0	9	90	0.46
27816812--27816844	17	1.9	17	100	0	66	63	6	0	30	1.18
27817306--27817340	11	3.2	11	87	0	52	11	40	28	20	1.87
27830129--27830195	33	2.0	33	100	0	134	29	2	23	43	1.69
27830176--27830244	19	3.6	19	65	7	59	43	4	21	30	1.72
27839415--27839535	60	2.1	58	79	4	136	40	8	14	37	1.75
27842717--27842801	41	2.1	41	84	8	111	24	22	20	32	1.97
27842726--27842815	41	2.2	41	80	4	101	27	20	20	32	1.97
27844718--27844773	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
27850899--27850930	16	2.0	16	93	0	55	46	3	43	6	1.44
27853411--27853447	8	4.6	8	89	0	56	40	0	5	54	1.24
27853411--27853449	16	2.4	16	100	0	78	38	0	5	56	1.22
27853411--27853511	16	6.2	16	75	10	53	42	1	3	51	1.31
27860218--27860248	16	1.9	16	100	0	62	38	19	25	16	1.92
27862385--27862461	27	2.9	27	80	5	93	32	28	16	22	1.96
27862301--27862643	171	2.0	171	96	0	632	36	25	17	20	1.95
27862556--27862692	27	5.1	27	74	7	125	34	27	16	21	1.95
27866691--27866715	7	3.6	7	100	0	50	16	12	32	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27874459--27874485	11	2.5	11	100	0	54	18	29	22	29	1.97
27875472--27875500	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
27878464--27878488	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
27881176--27881212	16	2.3	16	90	9	58	75	5	13	5	1.15
27884956--27885351	199	2.0	196	90	1	621	28	12	25	33	1.92
27885602--27885679	41	1.9	41	94	0	138	29	12	7	50	1.68
27885693--27885762	36	2.0	35	88	2	104	38	1	21	38	1.62
27885914--27886076	74	2.2	76	83	2	204	20	20	26	31	1.98
27889627--27890062	216	2.0	216	93	0	748	34	19	13	32	1.90
27900738--27900807	12	5.8	12	89	0	59	70	0	2	27	1.02
27900761--27900808	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
27904999--27905073	37	2.0	37	92	0	123	33	10	22	33	1.89
27905798--27905842	22	2.0	23	87	8	67	82	8	2	6	0.93
27907169--27907218	17	2.9	17	93	0	91	24	26	6	44	1.76
27911808--27911857	17	2.9	17	87	0	82	26	24	6	44	1.76
27919225--27919250	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71
27921180--27921253	24	3.2	24	64	21	68	37	4	4	54	1.39
27921176--27921266	44	2.1	44	95	0	164	37	5	3	53	1.40
27921192--27921264	24	3.2	24	64	33	61	35	6	4	53	1.47
27923753--27923784	16	2.0	16	100	0	64	25	25	18	31	1.98
27925002--27925036	16	2.2	16	100	0	70	57	5	0	37	1.23
27929780--27929823	17	2.6	17	92	0	70	36	38	11	13	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27930300--27930373	24	3.0	24	67	11	60	35	18	21	24	1.96
27937204--27937239	17	2.1	17	100	0	72	25	11	16	47	1.79
27940283--27940348	28	2.4	28	84	0	78	24	28	24	22	1.99
27940713--27941314	27	22.5	27	80	3	484	18	19	19	41	1.91
27943656--27944347	359	1.9	359	94	0	1222	37	22	11	28	1.89
27944095--27945675	528	3.0	524	86	3	2082	41	19	13	25	1.88
27952020--27952057	18	2.1	18	90	9	60	7	10	2	78	1.04
27955788--27955906	41	2.9	42	93	3	206	42	17	8	31	1.79
27969677--27969756	22	3.7	22	75	13	76	28	13	5	52	1.61
27973988--27974033	23	2.0	23	95	0	83	30	23	4	41	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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