genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  73  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21633866--21634156	102	2.8	102	88	4	413	33	28	17	19	1.95
21635330--21635385	25	2.2	25	96	0	103	53	7	10	28	1.62
21642941--21643044	41	2.4	41	81	9	111	28	27	19	24	1.98
21653307--21653358	25	2.0	26	85	3	70	42	13	3	40	1.62
21653467--21653667	62	3.2	59	74	17	172	50	4	3	41	1.41
21653629--21653661	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
21654892--21654923	15	2.1	15	94	0	55	62	9	12	15	1.54
21664897--21665039	47	3.1	47	69	17	136	43	3	3	49	1.36
21664861--21665086	91	2.5	91	95	0	400	46	3	3	46	1.35
21664911--21665061	44	3.3	46	68	21	120	44	2	2	50	1.30
21665105--21665399	120	2.5	120	92	2	477	43	2	5	49	1.37
21665175--21665362	61	3.1	60	65	23	151	43	2	6	48	1.40
21665090--21665301	59	3.6	57	67	23	138	42	2	4	50	1.36
21665176--21665359	66	3.1	58	65	23	139	42	2	6	48	1.41
21665356--21665397	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21665347--21665388	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21665611--21665643	16	2.1	16	94	0	57	21	33	6	39	1.78
21667158--21667198	19	2.2	18	91	4	64	24	9	24	41	1.85
21667150--21667198	9	5.2	9	80	7	53	22	10	26	40	1.86
21668837--21668883	24	2.0	24	83	8	60	34	31	8	25	1.86
21680075--21680102	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21680655--21680688	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21683394--21683435	6	7.0	6	81	7	50	45	2	19	33	1.63
21683834--21684011	23	8.1	23	75	8	138	20	20	21	37	1.94
21683879--21683996	21	5.5	21	75	9	103	17	23	22	35	1.95
21683834--21684009	66	2.7	66	84	4	223	20	20	21	37	1.94
21688920--21689090	45	3.8	45	84	1	193	28	15	22	32	1.95
21688918--21689090	90	1.9	88	87	2	247	28	15	22	32	1.95
21693302--21693360	15	3.8	16	72	16	52	37	3	18	40	1.68
21694240--21694267	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
21695298--21695350	23	2.2	25	83	6	65	13	30	20	35	1.91
21695428--21695510	25	3.3	25	80	6	105	20	22	19	37	1.94
21701722--21701753	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
21705323--21705388	33	2.0	33	91	2	107	33	6	22	37	1.79
21706527--21706995	238	2.0	236	86	2	663	29	12	18	39	1.87
21713767--21713806	21	2.0	20	85	9	55	45	0	0	55	0.99
21714034--21714081	5	9.4	5	83	2	51	54	22	16	6	1.65
21714039--21714081	15	2.9	15	89	0	68	53	20	18	6	1.67
21715265--21715326	24	2.6	24	92	0	97	22	11	24	41	1.86
21716259--21716289	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
21720360--21720393	18	1.9	18	88	5	52	47	14	5	32	1.69
21721604--21721673	33	2.2	33	82	7	90	54	4	20	21	1.61
21725378--21725419	16	2.7	16	88	3	59	45	11	7	35	1.69
21732178--21732217	18	2.2	19	91	8	66	25	5	0	70	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21732180--21732218	17	2.3	17	86	8	53	28	5	0	66	1.12
21754231--21754294	17	3.8	17	71	17	53	39	0	3	57	1.14
21755777--21755809	16	2.1	16	94	0	57	36	6	33	24	1.80
21759396--21759461	33	2.0	33	96	0	123	36	7	15	40	1.75
21759676--21759762	37	2.4	37	94	0	147	35	8	14	41	1.76
21760935--21760997	23	2.7	24	79	16	87	52	22	7	17	1.70
21760911--21761194	107	2.7	106	86	3	398	44	23	7	25	1.79
21765053--21765083	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
21769674--21769715	14	3.0	14	80	19	52	35	0	2	61	1.09
21774584--21774703	25	4.8	26	73	13	85	32	19	26	21	1.97
21774585--21774703	50	2.4	49	82	10	127	32	18	26	21	1.97
21774638--21774703	24	2.7	25	79	11	82	33	21	27	18	1.96
21774637--21774714	24	3.2	24	76	8	77	33	19	29	17	1.95
21774701--21774764	25	2.6	25	84	0	83	39	20	23	17	1.92
21782553--21782619	25	2.7	26	88	2	93	32	20	20	25	1.97
21782565--21782644	25	3.2	25	87	0	106	30	22	25	22	1.99
21782654--21782715	25	2.5	24	82	7	70	43	16	19	20	1.88
21785581--21785657	40	1.9	41	81	7	95	45	9	2	42	1.49
21798077--21798106	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
21800131--21800163	13	2.5	13	90	0	57	15	48	24	12	1.78
21801055--21801263	41	5.1	41	77	4	208	34	15	26	22	1.94
21801055--21801264	81	2.6	82	78	7	221	35	15	26	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21805440--21805835	198	2.0	198	98	0	765	26	23	21	28	1.99
21810590--21810790	100	2.0	100	86	0	276	28	9	22	38	1.86
21817673--21817697	13	1.9	13	100	0	50	24	52	8	16	1.70
21821030--21821084	26	2.1	26	93	0	92	40	14	29	16	1.88
21825064--21825118	26	2.1	27	89	3	85	56	36	0	7	1.27
21829649--21829710	26	2.4	26	94	0	106	29	11	16	43	1.82
21829855--21829895	6	6.8	6	88	0	55	17	24	0	58	1.38
21829857--21829896	18	2.2	18	90	4	62	15	22	0	62	1.32
21836486--21836624	32	4.4	32	81	0	154	38	19	20	21	1.94
21836782--21836878	48	2.0	48	88	4	142	48	21	6	23	1.73
21836770--21836878	24	4.5	24	83	0	110	47	22	6	23	1.74
21836923--21837163	27	8.9	26	76	10	166	21	18	19	40	1.91
21836896--21837107	54	3.9	54	82	5	227	22	18	20	38	1.93
21836916--21837108	81	2.4	81	83	6	248	21	17	20	39	1.92
21836916--21837146	81	2.9	81	82	5	218	22	17	19	41	1.91
21837114--21837324	27	7.8	27	83	6	239	25	18	16	39	1.91
21837087--21837324	54	4.4	54	84	2	273	24	18	16	39	1.91
21837087--21837324	81	2.9	80	77	5	239	24	18	16	39	1.91
21837085--21837333	27	9.2	27	79	6	213	24	18	16	39	1.91
21840137--21840172	18	1.9	19	88	5	56	75	2	2	19	1.06
21852444--21852526	41	2.0	41	90	0	130	42	20	8	28	1.81
21853761--21853792	15	2.1	15	94	0	55	50	0	12	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21854442--21854558	24	4.8	23	73	12	74	17	22	23	36	1.94
21854432--21854521	24	3.6	25	76	5	85	15	23	24	36	1.94
21854442--21854581	73	1.9	72	83	9	178	17	22	24	36	1.94
21866352--21866380	13	2.2	13	100	0	58	34	13	0	51	1.42
21871237--21871483	50	4.8	50	79	4	219	23	27	21	27	1.99
21873116--21873153	19	2.0	19	100	0	76	42	21	0	36	1.53
21878826--21878974	50	2.8	51	84	9	167	26	30	19	23	1.98
21888342--21888413	36	2.0	36	91	0	117	23	22	19	34	1.96
21889718--21889775	29	2.0	29	100	0	116	41	13	13	31	1.84
21894445--21894480	13	2.9	12	88	8	54	16	2	2	77	1.00
21895468--21895506	20	2.0	20	94	0	69	30	10	7	51	1.64
21895472--21895520	20	2.5	20	86	3	64	26	12	12	48	1.75
21900892--21900923	12	2.7	12	95	0	55	46	3	0	50	1.17
21903412--21903479	25	2.7	26	86	9	95	42	8	2	45	1.50
21904098--21904137	14	2.6	16	80	11	57	42	7	5	45	1.54
21904559--21904610	19	2.7	19	84	3	59	44	9	1	44	1.48
21904829--21904889	29	2.1	28	81	3	68	24	14	16	44	1.85
21905081--21905131	22	2.3	22	96	0	93	27	31	0	41	1.56
21905176--21905239	31	2.2	30	88	8	96	37	0	0	62	0.95
21906318--21906342	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
21906994--21907028	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
21907547--21907922	29	12.3	32	72	18	115	48	25	0	26	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21907570--21908115	28	18.6	28	82	8	606	50	24	0	24	1.51
21907560--21908115	119	4.7	116	87	7	707	50	24	0	24	1.51
21907570--21908115	85	6.2	85	84	7	628	50	24	0	24	1.51
21910003--21910338	125	2.7	124	94	0	575	32	21	15	31	1.94
21911707--21911748	22	1.9	22	95	0	75	9	21	28	40	1.84
21911832--21912039	43	4.8	43	88	2	283	24	32	19	24	1.98
21912078--21912125	20	2.2	21	82	14	62	43	0	4	52	1.20
21915577--21915625	22	2.3	21	89	3	71	24	0	51	24	1.49
21915804--21915892	41	2.2	40	74	4	90	31	14	14	39	1.87
21915634--21915925	148	2.0	143	87	5	417	31	13	14	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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