genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  72  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21260451--21260508	26	2.2	26	78	0	62	27	5	12	55	1.58
21263265--21263342	38	2.1	38	92	4	131	33	11	17	37	1.86
21267882--21268167	155	1.8	155	83	1	376	40	11	9	38	1.74
21276713--21276954	50	4.7	50	78	4	200	28	20	26	24	1.99
21278973--21279056	39	2.2	39	97	0	159	25	7	27	40	1.81
21280534--21280581	19	2.5	19	83	9	62	39	4	0	56	1.19
21280639--21280717	32	2.5	31	81	10	79	31	8	2	56	1.43
21280908--21280987	29	2.7	29	72	12	83	32	7	1	58	1.34
21281153--21281197	7	6.4	7	92	0	72	33	8	0	57	1.30
21281153--21281197	14	3.2	14	96	0	81	33	8	0	57	1.30
21286462--21286672	17	12.5	17	81	2	201	45	22	8	23	1.79
21289861--21290002	74	1.9	75	85	1	196	34	21	26	17	1.95
21289836--21290010	25	7.0	25	73	11	119	36	20	25	18	1.95
21289938--21290027	25	3.6	25	79	5	83	34	21	25	18	1.96
21296518--21296562	23	2.0	23	95	0	81	28	8	22	40	1.84
21296757--21296908	76	2.0	76	100	0	304	28	19	18	32	1.96
21298003--21299160	4	289.5	4	89	0	1454	25	5	25	42	1.77
21313440--21313507	34	2.0	34	85	5	93	20	26	23	29	1.99
21318552--21318630	36	2.2	35	81	4	104	25	27	25	21	1.99
21319793--21320213	127	3.3	127	77	4	447	22	19	23	34	1.97
21319702--21319926	86	2.7	83	76	6	227	21	20	23	35	1.96
21320090--21320421	40	7.9	42	73	12	270	23	20	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21320091--21320295	82	2.5	82	95	0	374	23	20	23	32	1.98
21320214--21320461	130	1.9	130	96	0	460	23	20	23	31	1.98
21320479--21321241	100	7.7	100	88	0	951	25	21	22	30	1.99
21320479--21321241	50	15.3	50	69	1	438	25	21	22	30	1.99
21321522--21321578	23	2.4	24	91	2	89	31	24	10	33	1.89
21322470--21322510	18	2.3	18	86	0	55	0	17	2	80	0.82
21331921--21332157	43	5.6	43	85	6	272	34	26	18	20	1.96
21331921--21332157	127	1.9	128	88	4	363	34	26	18	20	1.96
21342054--21342103	25	2.1	24	88	7	75	48	8	12	32	1.69
21355218--21355495	79	3.5	79	77	4	301	30	16	11	41	1.83
21356278--21356372	37	2.5	37	81	1	100	30	17	15	35	1.92
21370200--21370264	21	3.3	19	72	20	53	72	1	23	3	1.07
21370208--21370252	22	2.0	24	86	8	67	75	2	17	4	1.07
21374195--21374221	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
21374378--21374431	20	2.8	19	86	5	65	37	1	3	57	1.27
21374375--21374433	19	3.1	19	82	7	75	38	1	5	54	1.33
21379700--21379750	25	2.1	24	85	3	66	68	0	0	31	0.90
21382389--21382424	11	3.3	11	92	0	63	44	8	8	38	1.65
21387241--21387295	24	2.3	24	82	11	69	52	7	1	38	1.40
21387874--21387941	34	2.0	35	94	2	120	45	11	8	33	1.72
21388748--21388786	19	2.2	18	90	9	62	48	0	2	48	1.15
21390442--21390592	35	4.3	35	84	6	180	35	17	23	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21397020--21397093	37	2.0	37	94	0	130	31	16	18	33	1.93
21400245--21400275	15	2.1	15	93	0	53	22	25	22	29	1.99
21400529--21400604	38	2.0	38	94	0	134	35	14	17	32	1.90
21404058--21404094	16	2.3	16	90	0	56	24	5	0	70	1.08
21414298--21414341	5	8.8	5	100	0	88	40	0	0	59	0.98
21415303--21415379	25	3.1	25	94	0	127	16	23	22	37	1.94
21415312--21415426	25	4.9	23	81	9	92	16	25	20	37	1.93
21434578--21435236	331	2.0	331	87	2	966	21	15	17	45	1.85
21435555--21435586	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
21439052--21439218	63	2.7	63	82	1	183	27	19	26	25	1.99
21443022--21443063	14	3.1	15	83	16	56	64	0	0	35	0.94
21443995--21444058	3	21.3	3	100	0	128	65	0	0	34	0.93
21444344--21444378	12	2.8	13	86	8	54	8	31	2	57	1.44
21446671--21446783	56	2.0	56	91	0	181	35	15	9	38	1.81
21450045--21450075	13	2.4	13	88	0	53	32	0	29	38	1.57
21454694--21454749	18	3.0	18	79	10	51	28	0	12	58	1.34
21467046--21467094	18	2.7	18	83	3	62	67	2	0	30	1.02
21467046--21467094	9	5.3	9	78	4	53	67	2	0	30	1.02
21474427--21474470	22	2.0	22	91	4	72	40	13	4	40	1.65
21475050--21475082	13	2.5	13	95	0	57	48	24	9	18	1.76
21480387--21480454	28	2.5	28	82	2	93	58	1	0	39	1.07
21481515--21481555	20	2.0	21	90	4	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21482412--21482525	56	2.0	56	98	0	219	51	13	21	13	1.74
21484059--21484122	31	2.1	31	93	0	110	25	0	18	56	1.42
21486080--21486120	20	2.0	20	95	0	73	31	9	17	41	1.82
21486664--21486713	18	2.8	18	84	0	64	40	8	38	14	1.75
21489032--21489071	20	2.0	20	100	0	80	45	0	20	35	1.51
21496076--21496142	25	2.7	25	90	4	100	43	47	4	4	1.43
21500704--21500746	22	1.9	23	85	4	61	39	4	4	51	1.44
21503899--21503988	25	3.7	24	74	12	76	17	25	22	34	1.96
21506601--21506637	18	2.1	18	89	0	56	62	5	16	16	1.51
21507323--21507372	16	3.1	16	77	8	57	38	2	4	56	1.30
21510177--21510310	69	1.9	69	89	0	205	29	14	28	27	1.95
21516604--21516657	21	2.6	20	75	11	54	64	0	1	33	1.04
21516604--21516675	22	3.5	21	78	15	71	63	0	1	34	1.03
21518221--21518279	25	2.4	24	81	10	66	28	1	3	66	1.18
21520495--21520528	18	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
21527456--21527600	41	3.6	41	77	7	134	21	28	16	33	1.95
21532562--21532587	13	2.0	13	100	0	52	15	30	7	46	1.74
21541486--21541536	25	2.0	25	100	0	102	31	23	0	45	1.53
21541905--21541962	23	2.5	23	88	5	73	43	22	17	17	1.88
21541915--21541962	23	2.1	23	96	0	87	39	20	18	20	1.92
21542474--21542498	11	2.3	11	100	0	50	28	20	0	52	1.47
21546958--21547021	24	2.6	25	83	11	80	39	6	4	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21550823--21550910	6	14.7	6	100	0	176	15	17	0	67	1.24
21553484--21553526	22	2.0	22	86	8	63	34	4	13	46	1.65
21561647--21561718	31	2.4	29	80	13	76	38	2	12	45	1.56
21565349--21565416	31	2.2	31	82	10	77	38	1	11	48	1.49
21565599--21565645	21	2.3	21	85	10	62	36	0	8	55	1.31
21565662--21565707	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
21565903--21565957	16	3.4	16	85	9	76	29	23	7	40	1.81
21595764--21595803	19	2.1	19	85	0	53	35	2	7	55	1.42
21597563--21597600	18	2.1	19	90	5	60	55	0	23	21	1.44
21597565--21597632	19	3.6	19	78	2	66	52	0	22	25	1.47
21607171--21607314	45	3.3	42	72	12	137	30	18	17	34	1.94
21607188--21607343	45	3.5	45	80	3	188	28	17	19	33	1.95
21609158--21609323	91	1.8	91	81	0	206	36	19	10	32	1.87
21609838--21609874	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
21609910--21609952	21	2.0	21	82	8	52	23	37	0	39	1.55
21610086--21610145	30	2.0	31	86	3	86	20	36	0	43	1.52
21610231--21610287	19	3.1	17	74	18	53	22	29	0	47	1.52
21610405--21610451	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
21611425--21611478	23	2.3	23	74	0	54	38	1	9	50	1.45
21611461--21611545	44	2.0	43	90	4	136	34	11	8	45	1.70
21612020--21612060	14	2.9	15	78	10	50	31	0	4	63	1.15
21612078--21612115	20	1.9	20	88	0	58	23	0	2	73	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21612332--21612368	17	2.0	20	85	15	53	29	2	0	67	1.04
21614368--21614424	27	2.3	26	85	11	75	52	0	0	47	1.00
21614375--21614427	27	2.0	27	88	3	81	56	0	0	43	0.99
21615152--21615185	17	2.1	16	88	5	50	20	0	0	79	0.73
21617640--21617683	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
21630375--21630429	23	2.2	25	87	12	78	67	3	5	23	1.28
21631916--21632001	29	2.9	30	81	10	88	32	2	0	65	1.06
21631856--21632063	40	5.2	40	92	2	337	34	2	0	62	1.10
21632018--21632079	33	1.9	32	87	9	90	40	1	0	58	1.08
21633870--21634124	33	7.4	33	70	19	171	34	27	18	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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