genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  87  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26017541--26017603	25	2.6	25	76	16	69	17	25	20	36	1.94
26024593--26024633	17	2.4	17	91	0	64	26	4	14	53	1.61
26025286--26025349	26	2.5	26	80	10	78	10	23	23	42	1.86
26025751--26025781	11	2.8	11	100	0	62	38	6	16	38	1.74
26028042--26028129	15	5.6	16	74	18	78	28	2	0	69	1.01
26028042--26028143	33	3.4	31	76	20	101	27	2	0	69	1.03
26028081--26028138	25	2.3	25	90	0	89	27	1	0	70	0.97
26029261--26029290	15	1.9	16	93	6	53	46	6	0	46	1.29
26039995--26040086	48	1.9	47	82	6	114	45	15	27	11	1.81
26041357--26041939	44	13.2	44	87	1	810	28	21	24	25	1.99
26046460--26046551	47	1.9	48	82	4	114	23	16	19	40	1.91
26048186--26048225	20	2.0	20	85	9	55	45	12	15	27	1.82
26050421--26050464	19	2.4	19	85	11	56	29	2	0	68	1.02
26059435--26059473	20	2.0	20	94	0	69	38	28	0	33	1.57
26060462--26060505	21	2.1	21	91	0	70	22	36	27	13	1.92
26062804--26062843	20	2.0	20	85	5	53	42	0	7	50	1.30
26063065--26063093	14	2.0	15	93	6	51	65	13	0	20	1.26
26063590--26063619	14	2.1	14	93	0	51	0	13	3	83	0.77
26064237--26064288	3	17.3	3	85	0	59	32	3	5	57	1.40
26064237--26064277	18	2.3	18	95	0	73	34	4	2	58	1.32
26064338--26064392	20	2.5	24	77	22	66	30	5	5	58	1.44
26068571--26068604	14	2.4	14	90	0	50	29	11	29	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26068669--26068720	16	3.4	14	82	17	59	82	7	9	0	0.84
26068669--26068720	15	3.3	15	86	5	68	82	7	9	0	0.84
26070532--26070735	88	2.3	87	88	3	284	29	20	23	27	1.98
26070834--26071185	44	8.0	44	75	6	302	28	16	26	28	1.97
26070707--26071287	220	2.6	220	90	0	883	29	17	25	27	1.98
26071054--26071225	88	2.0	88	79	6	188	30	16	25	27	1.97
26071983--26072017	18	1.9	18	88	0	52	71	17	11	0	1.14
26072876--26072924	3	16.3	3	84	0	62	32	4	4	59	1.35
26072876--26072922	18	2.6	18	93	0	76	34	4	4	57	1.38
26080237--26080292	20	2.8	20	80	0	76	33	8	5	51	1.56
26094854--26094898	4	11.2	4	80	0	54	24	8	24	42	1.83
26094857--26094895	8	4.9	8	100	0	78	25	10	25	38	1.87
26103456--26103572	39	3.0	39	80	5	119	28	28	11	31	1.92
26110194--26110251	30	2.0	29	96	3	107	37	17	10	34	1.84
26114920--26114972	3	17.7	3	88	0	79	60	0	3	35	1.15
26122411--26122449	18	2.2	18	95	0	69	53	10	12	23	1.69
26129097--26129135	18	2.2	18	95	0	69	38	12	10	38	1.78
26144279--26144500	114	1.9	114	97	0	417	41	3	14	40	1.63
26144985--26145131	41	3.6	41	85	1	197	28	17	28	25	1.98
26146600--26146665	18	3.6	18	85	2	87	18	3	19	59	1.51
26151263--26151306	23	1.9	23	86	9	63	54	0	0	45	0.99
26152401--26152429	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26153602--26153632	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
26157307--26157351	22	2.0	22	100	0	90	44	0	13	42	1.43
26157883--26157924	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
26157874--26157915	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
26158069--26158158	45	2.0	44	87	6	128	33	27	6	32	1.83
26158138--26158202	16	4.1	16	91	0	103	23	35	6	35	1.80
26158136--26158197	32	1.9	32	96	0	115	22	35	6	35	1.80
26166082--26166107	6	4.3	6	100	0	52	30	0	15	53	1.42
26180657--26180684	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
26183018--26183189	27	6.4	27	84	4	188	43	16	20	18	1.88
26183018--26183187	81	2.1	81	84	2	216	44	16	21	18	1.87
26183553--26183613	28	2.2	28	87	0	86	21	22	26	29	1.99
26186049--26186297	27	9.3	27	83	6	276	44	16	20	18	1.87
26186049--26186297	81	3.1	80	85	6	324	44	16	20	18	1.87
26186049--26186280	107	2.2	108	85	5	301	44	16	19	18	1.86
26186645--26186709	28	2.3	28	86	5	87	23	27	24	24	2.00
26186653--26186723	28	2.5	28	86	0	97	23	28	19	28	1.99
26188267--26188312	20	2.4	19	82	13	58	56	0	2	41	1.11
26188335--26188377	22	1.9	23	90	4	70	37	0	2	60	1.10
26198128--26198171	22	1.9	24	81	9	56	36	4	13	45	1.64
26198683--26198728	23	2.0	23	82	0	56	21	28	32	17	1.96
26200120--26200158	17	2.4	17	91	4	62	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26201528--26201579	25	2.0	26	82	10	63	19	1	5	73	1.14
26205607--26205659	25	2.1	25	92	0	88	28	1	16	52	1.54
26206781--26206879	44	2.2	44	96	0	189	24	30	10	35	1.88
26210866--26210892	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
26210848--26210894	22	2.2	21	81	11	51	78	2	0	19	0.85
26216424--26216470	24	2.0	24	86	0	67	48	12	4	34	1.61
26220849--26220900	24	2.2	24	85	0	68	48	9	3	38	1.54
26221233--26221264	7	4.6	7	100	0	64	46	28	12	12	1.78
26225019--26225062	4	11.2	4	87	4	54	31	0	2	65	1.05
26225491--26225523	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
26237313--26237866	89	6.4	88	68	16	296	28	19	24	28	1.98
26237226--26237997	217	3.5	217	91	1	1186	29	19	22	28	1.98
26237572--26237900	173	1.9	173	80	8	384	28	19	23	28	1.98
26237313--26237866	44	12.7	44	70	14	262	28	19	24	28	1.98
26238395--26238421	5	5.4	5	100	0	54	62	18	0	18	1.32
26239568--26239606	4	10.0	4	86	5	53	28	0	2	69	1.02
26239910--26239948	13	3.2	12	86	13	53	15	2	7	74	1.15
26239956--26239997	15	2.8	15	85	7	59	26	0	11	61	1.30
26250459--26250621	84	1.9	84	86	2	229	30	19	19	30	1.97
26250459--26250627	28	6.0	28	84	2	178	30	19	19	30	1.97
26253458--26253502	23	2.0	23	86	0	63	48	0	8	42	1.34
26253651--26253675	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26253631--26253932	149	2.0	152	96	3	556	37	6	10	45	1.65
26253938--26254040	51	2.0	51	98	0	197	47	4	5	41	1.49
26267924--26267990	29	2.3	29	77	7	75	28	13	8	49	1.72
26268133--26268162	12	2.5	12	94	0	51	26	3	16	53	1.59
26272040--26272102	16	3.6	17	75	16	58	30	3	4	61	1.32
26283592--26283640	25	1.9	26	88	12	75	16	14	10	59	1.61
26283935--26283977	22	2.0	21	82	13	52	34	6	32	25	1.83
26284455--26285129	44	15.6	43	68	14	327	28	19	23	28	1.98
26284447--26285129	217	3.1	217	92	0	1114	28	19	23	28	1.98
26284884--26285094	84	2.4	89	77	9	195	30	19	21	28	1.98
26286672--26286717	15	2.9	16	72	18	51	30	4	2	63	1.26
26290771--26291076	129	2.4	129	89	1	479	24	20	23	31	1.98
26290771--26291058	44	6.7	43	71	8	176	25	20	23	30	1.98
26290774--26291275	129	3.9	128	81	7	405	26	22	22	29	1.99
26291063--26291403	131	2.6	131	93	0	558	27	24	19	29	1.98
26291190--26291398	44	4.8	44	69	10	140	27	24	17	29	1.97
26292410--26292446	15	2.4	16	86	13	60	35	27	13	24	1.93
26301502--26301535	16	2.1	16	88	0	50	41	23	17	17	1.90
26302973--26303008	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
26304929--26304971	19	2.3	19	83	0	59	65	2	0	32	1.06
26305117--26305169	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
26309429--26309482	11	4.8	12	84	6	69	24	27	0	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26309429--26309482	22	2.4	23	87	12	85	24	27	0	48	1.52
26309791--26309845	22	2.4	23	82	11	69	23	34	0	41	1.55
26309790--26309845	12	5.0	11	72	20	53	23	33	0	42	1.54
26309202--26309933	363	2.0	366	92	0	1209	28	24	13	33	1.93
26311731--26311768	18	2.1	18	90	0	58	21	28	7	42	1.81
26312012--26312074	21	3.0	21	81	9	67	34	38	22	4	1.75
26312353--26312502	22	7.0	21	75	5	84	51	28	2	18	1.57
26312396--26312681	22	12.4	22	75	10	187	51	31	0	16	1.47
26312396--26312681	44	6.2	44	78	11	250	51	31	0	16	1.47
26312432--26312643	51	4.3	49	71	13	159	52	31	0	15	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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