genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  65  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19129672--19129704	14	2.4	14	94	0	57	48	12	6	33	1.65
19140470--19140502	17	1.9	17	88	11	50	30	21	0	48	1.50
19140782--19140814	17	2.0	17	88	5	50	6	21	0	72	1.05
19146565--19146613	18	2.7	18	75	9	55	61	0	0	38	0.96
19147445--19147486	20	2.1	20	90	0	66	42	7	2	47	1.43
19153945--19153982	1	38.0	1	89	0	58	2	2	0	94	0.35
19154759--19154791	15	2.1	16	88	5	50	0	15	6	78	0.93
19170769--19170906	69	2.0	69	97	0	258	50	8	7	32	1.62
19177917--19177951	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
19180994--19181024	11	2.8	11	95	0	53	54	0	3	41	1.16
19185222--19185250	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
19190648--19191333	140	5.0	140	76	10	626	27	19	21	31	1.97
19190939--19191333	126	3.0	126	81	8	364	27	19	21	31	1.98
19190844--19191331	266	1.8	265	89	1	762	27	19	21	31	1.98
19193054--19193130	13	5.9	13	81	0	82	28	10	25	35	1.89
19195714--19196154	36	12.0	36	79	10	389	25	21	14	37	1.92
19195727--19196154	73	5.8	73	83	4	520	26	21	14	37	1.92
19196711--19196767	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
19201045--19201098	27	2.0	27	96	0	99	29	14	9	46	1.76
19208502--19208616	42	2.7	42	89	5	160	17	36	24	21	1.94
19210584--19210642	28	2.1	28	87	3	82	40	11	18	28	1.86
19216985--19217031	9	5.2	9	84	0	67	44	19	10	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19231645--19231715	36	2.0	36	91	0	115	38	9	12	39	1.77
19233062--19233133	30	2.4	30	84	6	94	52	2	9	34	1.49
19239842--19240036	99	2.0	100	91	3	322	43	6	2	48	1.39
19256287--19256332	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
19259185--19259248	28	2.2	29	83	5	85	45	18	6	29	1.74
19260293--19260342	3	16.7	3	100	0	100	34	0	34	32	1.58
19266567--19266608	21	2.0	21	86	13	59	40	4	4	50	1.45
19268250--19268363	27	4.2	26	79	4	111	31	24	11	32	1.91
19268230--19268363	54	2.5	53	83	3	151	29	23	11	35	1.89
19268240--19268373	27	5.0	26	77	7	90	30	24	11	33	1.90
19269535--19269654	42	2.8	43	86	8	142	50	7	7	34	1.59
19278936--19279020	22	3.7	22	85	6	80	60	2	5	31	1.34
19278957--19279024	22	3.1	22	91	2	102	66	2	4	26	1.25
19279083--19279145	26	2.4	27	81	5	76	46	1	11	41	1.49
19279119--19279155	18	2.2	17	90	9	58	56	0	8	35	1.29
19279218--19279269	3	17.0	3	96	4	95	65	0	1	32	1.04
19280008--19280045	5	7.8	5	82	5	51	78	2	2	15	0.97
19280008--19280034	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
19282395--19282439	13	3.7	13	77	17	51	48	8	0	42	1.34
19282397--19282446	23	2.2	23	92	0	82	52	10	0	38	1.35
19293450--19293692	128	1.9	128	99	0	477	31	11	25	31	1.91
19294839--19294925	2	43.5	2	100	0	174	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19295056--19295132	24	3.2	24	69	20	61	18	27	20	33	1.96
19295263--19295311	25	2.0	25	84	8	64	20	22	22	34	1.97
19295196--19295369	74	2.4	75	78	6	178	18	24	21	35	1.96
19300036--19300061	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
19302418--19302442	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19303734--19303773	20	2.0	21	90	5	64	50	0	7	42	1.30
19303740--19303782	20	2.3	19	84	8	52	53	2	4	39	1.34
19305260--19305302	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
19309383--19309426	17	2.5	17	82	13	54	61	0	2	36	1.09
19311026--19311564	83	6.4	84	72	12	325	27	23	21	28	1.99
19310898--19311564	127	5.3	127	96	0	1190	27	23	21	27	1.99
19312734--19312769	13	2.7	13	86	4	54	0	16	0	83	0.65
19316286--19316347	25	2.5	25	84	7	74	64	3	14	17	1.41
19316305--19316359	25	2.2	25	90	0	83	63	9	10	16	1.51
19323756--19323799	17	2.5	17	82	13	54	61	0	2	36	1.09
19325949--19325983	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
19326124--19326168	19	2.4	19	92	0	72	26	15	11	46	1.79
19326965--19327014	27	2.0	26	84	11	68	56	0	14	30	1.39
19329683--19329728	16	2.6	17	80	19	51	45	0	32	21	1.52
19329973--19330033	30	2.0	31	90	3	97	36	0	44	19	1.51
19330082--19330118	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19330172--19330202	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19334605--19334994	207	1.9	207	80	3	462	35	19	22	21	1.96
19334633--19335166	69	7.8	69	79	3	389	37	20	20	20	1.94
19341822--19341858	16	2.3	16	100	0	74	37	5	0	56	1.22
19344132--19344169	15	2.4	16	82	4	51	71	2	0	26	1.00
19344918--19345040	60	2.0	60	98	0	237	21	18	29	30	1.97
19351518--19351586	25	2.8	25	90	0	120	20	30	15	33	1.94
19359237--19359331	35	2.7	35	91	4	156	17	18	26	36	1.94
19361821--19362289	35	12.9	36	75	7	333	24	21	15	38	1.92
19361821--19362341	73	7.2	73	75	8	368	25	21	14	38	1.91
19362001--19362289	148	2.0	148	85	1	400	25	21	14	38	1.92
19362001--19362346	148	2.3	147	82	3	392	26	21	14	38	1.91
19364016--19364048	12	2.8	12	90	0	57	24	42	0	33	1.55
19372253--19372294	16	2.6	17	85	7	52	57	4	2	35	1.33
19375493--19375523	12	2.6	12	94	0	53	41	0	51	6	1.27
19377514--19377553	20	2.0	20	100	0	80	35	5	10	50	1.58
19381511--19381538	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
19381697--19381740	21	2.1	21	87	8	63	50	0	6	43	1.29
19381730--19381811	3	27.3	3	100	0	164	67	0	0	32	0.91
19383348--19383401	6	8.8	6	81	2	54	57	0	22	20	1.41
19383348--19383402	18	3.0	18	83	2	74	58	0	21	20	1.40
19383348--19383394	12	3.9	12	83	5	60	57	0	21	21	1.41
19386756--19386811	27	2.1	27	93	0	94	28	7	16	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19396075--19396103	11	2.6	11	100	0	58	27	20	10	41	1.85
19402697--19402768	36	2.0	36	91	0	117	41	1	1	55	1.17
19402725--19402775	26	1.9	27	84	11	70	43	0	1	54	1.11
19403303--19403364	16	3.9	16	89	0	97	40	1	30	27	1.66
19403303--19403372	32	2.2	32	92	0	113	38	2	31	27	1.71
19403304--19403372	16	4.3	16	88	0	93	39	2	31	26	1.71
19403354--19403442	44	2.0	44	88	4	133	28	5	30	35	1.80
19403517--19403578	16	3.9	16	89	0	88	40	1	29	29	1.66
19403517--19403586	32	2.2	32	89	0	104	38	2	30	28	1.71
19403518--19403586	16	4.3	16	88	0	84	39	2	30	27	1.71
19403568--19403656	44	2.0	46	86	4	128	28	5	29	37	1.80
19403293--19403722	214	2.0	212	98	0	824	34	7	25	32	1.83
19403568--19403673	44	2.5	41	75	18	117	30	4	29	35	1.78
19403820--19403872	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
19415323--19415516	51	3.8	50	78	3	219	29	26	18	25	1.98
19415330--19415514	101	1.8	101	88	3	282	30	25	17	25	1.98
19423423--19423471	21	2.5	19	76	6	53	32	2	20	44	1.63
19423764--19423847	26	3.3	26	80	12	95	14	21	21	42	1.88
19423864--19423914	24	2.1	24	88	0	75	19	23	23	33	1.97
19429123--19429152	14	2.1	14	100	0	60	43	13	30	13	1.82
19430489--19430527	20	1.9	21	89	5	62	25	0	17	56	1.41
19432872--19432955	26	3.2	26	87	1	114	21	29	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19437319--19437433	48	2.4	47	88	2	167	17	18	26	38	1.92
19437819--19437847	14	2.0	15	93	6	51	20	6	13	58	1.58
19441437--19441495	30	1.9	31	86	10	86	28	25	27	18	1.98
19441853--19441995	27	5.3	27	88	0	198	19	18	20	41	1.91
19442914--19442953	18	2.2	19	86	8	57	70	2	25	2	1.13
19444658--19444698	21	2.0	21	90	0	64	60	0	2	36	1.10
19447067--19447106	18	2.2	19	86	8	57	70	2	25	2	1.13
19451100--19451160	25	2.5	25	91	2	106	34	24	21	19	1.96
19456031--19456060	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
19461555--19461608	5	10.8	5	100	0	108	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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