genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  2  of  202  ( 24201 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
487510--487542	17	1.9	17	93	0	57	30	6	15	48	1.69
488981--489006	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
490962--490992	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
491796--491839	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
493586--493616	16	1.9	16	93	0	53	38	3	32	25	1.72
493602--493689	44	2.0	45	86	6	126	31	4	26	37	1.76
497266--497327	3	20.7	3	93	0	106	32	1	1	64	1.13
497391--497440	26	1.9	26	87	0	73	26	6	8	60	1.48
516587--516631	21	2.1	22	87	4	65	40	2	8	48	1.47
527095--527134	21	1.9	21	89	0	62	15	17	7	60	1.57
528717--528760	21	2.1	21	87	8	63	43	2	9	45	1.48
532996--533210	83	2.6	81	80	12	208	35	6	12	46	1.66
537669--537747	31	2.5	31	78	8	81	26	3	11	58	1.50
545309--545351	22	2.0	21	82	13	52	60	2	2	34	1.22
545326--545360	16	2.2	16	89	0	52	57	0	2	40	1.14
552645--552793	75	2.0	75	100	0	298	30	9	14	44	1.77
552775--552812	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
554911--554951	2	21.0	2	90	5	66	51	0	0	48	1.00
568319--568416	29	3.3	30	77	7	110	36	4	26	32	1.75
568316--568416	30	3.4	30	78	6	107	37	3	26	31	1.75
576730--576767	2	19.0	2	88	0	58	50	5	0	44	1.24
580756--580793	17	2.2	17	95	0	67	39	13	0	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
584176--584208	16	2.1	16	100	0	66	36	12	6	45	1.66
585062--585089	6	4.7	6	100	0	56	17	0	0	82	0.68
585270--585344	39	1.9	39	88	0	114	30	5	8	56	1.51
602270--602339	11	6.4	11	73	6	61	54	5	22	17	1.64
604283--604439	77	2.0	77	93	0	269	31	19	20	29	1.97
605049--605090	21	2.0	21	85	0	57	35	23	9	30	1.87
606797--606851	26	2.1	26	83	6	67	52	25	1	20	1.56
609695--609731	17	2.1	18	85	14	51	37	2	5	54	1.38
609737--609762	7	3.7	7	100	0	52	23	0	15	61	1.33
609918--609995	39	2.0	40	87	7	115	35	11	3	48	1.58
610928--610961	2	17.0	2	88	11	52	50	2	0	47	1.16
615325--615393	31	2.3	30	85	12	88	20	11	17	50	1.76
615340--615405	31	2.2	30	86	2	87	21	13	21	43	1.86
619573--619604	9	3.4	9	95	4	55	71	0	0	28	0.86
619638--619677	21	1.9	22	85	10	57	45	0	0	55	0.99
619638--619694	29	2.0	28	83	13	71	45	0	0	54	0.99
620797--620821	9	2.8	9	100	0	50	48	0	32	20	1.50
623311--623384	19	4.0	18	74	10	69	41	2	2	52	1.29
623311--623384	9	8.0	9	76	11	69	41	2	2	52	1.29
625497--625529	16	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
626501--626554	21	2.8	18	79	15	72	25	24	14	35	1.94
630067--630096	14	2.1	14	93	0	51	0	10	0	90	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
633699--633771	31	2.4	31	88	4	103	34	16	10	38	1.84
641980--642019	12	3.3	12	89	0	62	7	40	12	40	1.71
642004--642072	21	3.3	21	83	0	84	4	43	17	34	1.69
646551--646602	21	2.4	22	87	9	72	34	1	15	48	1.56
646591--646847	16	16.8	16	76	16	215	29	0	17	51	1.51
646602--646725	9	14.8	9	69	24	67	29	0	18	52	1.46
646718--646769	21	2.4	22	87	9	72	34	1	15	48	1.56
646607--646806	75	2.6	76	89	5	307	30	0	18	51	1.50
646683--646871	91	2.0	96	86	10	273	31	1	16	50	1.52
646768--646837	7	9.0	8	76	17	60	30	1	17	51	1.54
646544--646871	167	1.9	168	94	4	577	31	0	16	50	1.51
646839--646908	21	3.4	21	79	15	92	34	0	14	51	1.42
646829--646919	40	2.3	40	94	3	157	32	0	14	52	1.42
647497--647587	18	4.9	18	82	13	114	42	0	12	45	1.41
647497--647587	39	2.5	35	86	12	128	42	0	12	45	1.41
650554--651108	114	4.9	114	93	2	877	25	28	21	23	1.99
662125--662178	27	2.0	27	88	0	81	27	22	9	40	1.84
665439--665478	19	2.1	19	86	9	55	57	2	0	40	1.12
665447--665498	27	1.9	27	84	7	70	63	1	0	34	1.06
667246--667285	22	1.9	20	85	10	53	40	2	12	45	1.56
668653--668718	34	1.9	34	84	3	87	34	0	15	50	1.44
671993--672054	30	2.1	30	90	3	99	29	3	9	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672184--672214	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
672701--672741	19	2.2	19	91	4	66	36	2	4	56	1.34
672700--672753	18	2.8	19	81	13	65	37	1	5	55	1.34
679494--679544	26	2.0	26	84	7	68	29	0	7	62	1.23
679493--679556	26	2.4	26	79	7	67	28	3	6	62	1.34
679961--680013	15	3.5	14	80	12	52	41	5	0	52	1.25
679973--680021	15	3.2	15	80	11	55	32	6	0	61	1.21
688699--688732	14	2.3	15	90	5	52	38	0	2	58	1.13
704593--704647	27	2.0	28	85	3	76	49	5	1	43	1.36
719535--719575	21	1.9	22	85	14	59	24	2	4	68	1.22
719973--720026	26	2.1	25	86	6	72	38	3	5	51	1.43
720491--720668	4	44.5	4	93	2	277	47	23	3	25	1.67
723299--723370	31	2.2	32	80	4	83	38	4	4	52	1.40
732138--732203	32	2.0	32	82	8	80	33	10	6	50	1.62
736779--736818	20	2.0	20	100	0	80	50	10	10	30	1.69
736868--736948	29	2.7	30	82	5	92	45	14	9	29	1.77
743226--743260	6	5.8	6	86	0	52	2	17	2	77	1.02
743226--743260	18	1.9	18	94	0	61	2	17	2	77	1.02
744613--744670	24	2.3	26	85	11	77	37	0	5	56	1.21
745753--745790	11	3.5	11	96	0	67	52	0	5	42	1.24
746535--746590	28	2.0	28	96	0	103	62	10	0	26	1.28
747410--747474	29	2.2	29	81	10	80	47	9	1	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749032--749079	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
750222--750270	22	2.2	23	88	3	73	40	2	0	57	1.10
750228--750280	22	2.4	21	81	9	61	39	3	0	56	1.17
750223--750308	22	4.1	19	76	13	55	40	2	0	56	1.12
758567--758614	24	2.0	24	100	0	96	20	20	33	25	1.97
759923--759961	21	1.9	21	94	5	71	58	12	10	17	1.61
764903--764954	27	1.9	27	84	7	70	55	0	5	38	1.24
767486--767516	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
768212--768251	18	2.3	18	86	4	55	45	0	5	50	1.23
769543--769575	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
769760--769806	23	2.0	23	100	0	94	36	0	25	38	1.56
769766--769811	23	2.2	20	84	11	56	39	0	23	36	1.55
771921--772004	25	3.4	25	68	11	66	19	21	21	38	1.94
774978--775068	45	2.0	45	97	0	173	25	17	25	31	1.97
779325--779376	24	2.1	25	82	10	63	50	0	3	46	1.20
779545--779587	21	2.0	23	86	9	63	55	6	0	37	1.27
779690--779724	18	1.9	18	100	0	70	34	0	0	65	0.93
779686--779731	18	2.5	18	82	3	65	36	0	0	63	0.95
782039--782497	219	2.1	220	96	0	848	32	11	16	38	1.86
788502--788986	207	2.3	202	79	9	516	31	24	17	27	1.97
789850--789981	60	2.2	60	83	4	169	27	21	12	37	1.90
794508--794996	183	2.8	173	85	9	672	47	13	14	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794847--795120	140	2.0	140	90	5	439	46	16	15	21	1.84
798912--798966	29	1.9	28	81	3	65	25	16	16	41	1.88
799327--799764	125	3.5	123	85	4	576	29	17	23	29	1.97
799935--800052	51	2.3	51	92	1	191	47	1	20	30	1.60
801770--801829	30	2.0	30	83	3	75	26	1	5	66	1.21
808178--808263	31	2.7	31	77	7	84	31	12	8	47	1.71
808178--808266	33	2.8	31	77	11	83	32	12	7	47	1.70
809709--809746	20	2.0	20	85	10	53	34	5	2	57	1.35
809876--809954	3	26.0	3	97	2	149	34	0	0	65	0.93
811609--811679	29	2.4	28	82	13	81	57	2	7	32	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202