genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8112163--8112265	40	2.6	41	87	7	151	34	18	22	24	1.96
8112299--8112420	41	2.9	40	84	7	145	18	19	32	29	1.95
8115667--8115720	24	2.3	24	80	3	65	20	14	18	46	1.84
8116842--8116891	23	2.2	23	86	10	68	60	2	2	36	1.20
8116914--8117050	43	3.2	43	91	4	222	21	16	33	28	1.95
8118121--8118145	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
8119227--8119314	45	2.0	45	88	4	133	37	0	11	51	1.38
8119282--8119339	25	2.3	25	93	0	98	41	0	13	44	1.44
8119237--8119367	70	1.9	70	93	3	228	38	0	12	49	1.40
8122634--8122690	30	1.9	30	88	0	87	42	3	21	33	1.70
8125225--8125597	125	3.0	123	86	4	514	30	21	17	30	1.96
8139698--8139745	12	4.1	12	74	15	55	47	2	2	47	1.25
8139704--8139749	23	2.0	24	91	4	76	50	2	2	45	1.26
8139703--8139754	23	2.3	21	81	15	68	50	1	1	46	1.23
8150332--8150636	109	2.8	106	81	9	337	30	16	17	35	1.92
8159160--8159211	28	1.9	27	85	14	72	75	5	3	15	1.14
8160427--8160451	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8173179--8173338	44	3.6	43	78	9	128	26	19	26	27	1.99
8181875--8181953	39	2.0	39	97	0	149	44	6	1	48	1.36
8184161--8184221	26	2.3	26	83	5	70	32	16	14	36	1.89
8185975--8186024	22	2.3	22	80	13	59	48	18	2	32	1.59
8188384--8188454	37	1.9	37	85	0	97	21	19	19	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8188379--8188461	37	2.3	37	78	2	96	24	21	16	37	1.94
8188586--8188667	42	2.0	42	85	0	110	32	14	10	41	1.81
8188636--8188737	28	3.6	28	73	5	89	37	15	10	36	1.83
8188623--8188751	56	2.3	56	82	2	161	34	13	10	40	1.80
8188720--8188780	28	2.2	28	81	0	68	36	6	6	50	1.54
8188735--8188780	14	3.3	14	75	0	56	30	6	8	54	1.56
8188623--8188780	56	2.8	56	77	7	142	34	12	10	42	1.78
8188732--8188797	28	2.4	28	89	0	96	28	7	12	51	1.66
8189959--8189999	17	2.5	17	80	11	50	36	4	0	58	1.20
8193695--8193740	24	2.0	22	87	8	65	50	4	8	36	1.53
8213868--8214123	71	3.6	71	78	4	246	30	16	23	30	1.96
8215446--8215578	71	1.9	71	96	0	248	45	21	5	27	1.73
8217362--8217456	13	7.2	13	68	7	57	38	17	3	40	1.66
8220335--8220671	46	7.6	46	89	7	509	28	22	15	33	1.95
8220563--8220635	36	2.0	36	94	0	128	27	20	15	36	1.92
8220517--8220669	82	1.9	82	98	0	297	28	22	13	35	1.91
8225747--8225780	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
8241613--8241798	93	2.0	93	97	0	354	29	16	25	29	1.96
8245743--8245820	24	3.2	24	81	0	93	57	10	2	29	1.45
8254123--8254317	98	2.0	98	95	0	354	28	10	23	36	1.89
8265764--8266539	45	17.7	42	71	18	327	28	20	23	27	1.99
8265766--8266628	44	19.7	44	71	13	396	29	20	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8265757--8266628	218	4.0	219	92	1	1396	29	20	22	27	1.99
8268774--8268968	98	2.0	98	96	0	363	29	10	23	36	1.88
8270167--8270202	17	2.1	17	89	0	54	72	2	22	2	1.11
8272408--8272486	38	2.0	40	82	4	99	39	3	5	51	1.42
8281302--8281326	12	2.1	12	100	0	50	16	8	8	68	1.38
8283783--8283822	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
8286677--8286720	14	3.1	14	78	12	54	63	2	18	15	1.41
8286677--8286717	21	2.0	21	85	9	57	65	2	17	14	1.37
8288055--8289313	132	9.5	132	87	3	1592	27	19	24	27	1.99
8293941--8293974	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
8294939--8295006	3	21.3	3	85	11	91	33	1	2	61	1.20
8307491--8307522	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
8307715--8308163	44	10.3	44	68	11	206	30	20	21	27	1.98
8307715--8307998	87	3.3	85	78	7	347	29	19	22	28	1.98
8307666--8308098	44	9.9	43	71	13	214	29	21	22	26	1.99
8307666--8308053	174	2.2	174	94	0	677	29	20	22	27	1.99
8307754--8308038	87	3.3	87	76	7	335	28	21	22	28	1.99
8307792--8308220	218	2.0	218	86	3	603	29	20	21	27	1.98
8307673--8308124	174	2.6	173	89	2	568	29	21	22	26	1.99
8308906--8308936	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
8309797--8309867	3	23.3	3	88	8	99	33	1	1	63	1.12
8311703--8311737	15	2.2	16	90	5	54	80	5	0	14	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8311919--8311960	15	2.5	17	77	18	52	69	4	2	23	1.20
8313493--8313522	15	1.9	16	93	6	53	30	0	6	63	1.20
8313484--8313552	23	2.9	24	80	14	81	34	0	2	62	1.10
8314165--8314226	29	2.1	31	84	6	83	37	4	6	51	1.49
8315015--8315057	17	2.5	17	84	3	50	23	0	4	72	1.04
8316571--8316711	46	3.1	46	75	10	128	30	17	22	29	1.97
8318057--8318118	31	2.0	31	100	0	124	32	16	12	38	1.86
8319282--8319326	23	2.0	22	91	4	72	55	4	6	33	1.46
8319419--8319490	34	2.1	35	84	7	94	50	2	6	40	1.44
8321176--8321339	44	3.7	46	79	4	160	29	18	20	31	1.96
8321172--8321371	44	4.6	43	77	5	147	30	20	18	31	1.96
8321401--8321831	50	8.6	50	77	4	411	25	20	22	30	1.98
8321397--8321831	100	4.3	100	89	0	636	25	20	22	31	1.98
8321415--8321866	150	3.0	150	79	2	514	26	21	21	30	1.98
8323089--8323153	6	10.8	6	77	19	57	0	18	1	80	0.80
8323090--8323155	31	2.1	31	88	5	98	0	18	1	80	0.79
8323089--8323154	25	2.6	25	88	7	89	0	18	1	80	0.79
8323090--8323155	16	4.2	16	79	11	75	0	18	1	80	0.79
8323232--8323264	14	2.3	15	89	5	50	24	33	15	27	1.95
8328405--8328461	30	1.9	29	92	3	96	56	1	7	35	1.37
8328419--8328489	34	2.1	34	84	5	90	56	1	9	32	1.41
8328409--8328489	34	2.5	31	72	16	76	59	1	8	30	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8334572--8334638	35	1.9	35	93	6	118	11	13	4	70	1.31
8337495--8337533	19	1.9	19	85	10	51	64	5	0	30	1.15
8337801--8337843	19	2.3	18	84	8	59	55	2	0	41	1.12
8357444--8357483	11	3.6	11	80	12	55	75	0	15	10	1.05
8357441--8357486	22	2.1	22	100	0	92	69	0	13	17	1.19
8357446--8357485	12	3.5	12	80	13	57	75	0	12	12	1.06
8357915--8357962	2	24.5	2	87	4	71	50	0	0	50	1.00
8361105--8361174	24	3.1	24	70	16	67	68	1	12	17	1.28
8361388--8361417	15	2.0	15	100	0	60	33	40	6	20	1.78
8382913--8382950	11	3.5	11	96	0	67	0	10	21	68	1.19
8383524--8383588	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
8385131--8385185	22	2.5	22	87	0	83	40	23	10	25	1.87
8387794--8387978	43	4.3	43	86	4	223	29	30	15	24	1.96
8387994--8388046	20	2.6	21	80	11	58	41	3	1	52	1.30
8391749--8391980	113	2.0	116	94	4	416	47	20	12	20	1.81
8392522--8392588	7	9.1	7	75	8	53	31	44	1	22	1.62
8392532--8392591	22	2.7	22	84	0	75	31	46	0	21	1.52
8392580--8392660	21	3.8	21	69	16	60	40	32	0	27	1.56
8392878--8393121	41	6.0	41	86	0	335	34	25	20	19	1.96
8393156--8393290	39	3.4	38	81	5	162	20	20	20	39	1.93
8393177--8393291	40	3.0	37	76	9	124	21	21	19	37	1.94
8403696--8403816	62	2.0	62	84	0	161	42	28	4	23	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8406472--8406506	14	2.5	14	85	0	52	60	17	0	22	1.37
8408138--8408207	27	2.5	27	80	15	79	62	0	1	35	1.04
8410068--8410098	10	3.1	10	95	0	53	54	3	0	41	1.16
8415753--8415781	13	2.3	13	94	5	51	48	10	0	41	1.37
8431110--8431207	46	2.2	46	94	1	171	33	3	19	43	1.66
8435687--8435784	46	2.2	46	94	1	171	33	3	19	43	1.66
8437760--8437811	15	3.2	15	73	19	50	44	0	0	55	0.99
8444604--8444653	26	1.9	26	83	0	64	52	0	4	44	1.20
8444895--8444958	31	2.1	31	83	11	80	37	12	0	50	1.41
8448405--8448471	3	22.7	3	76	14	68	65	0	4	29	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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