genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  176  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54687781--54687828	15	3.6	14	71	28	50	56	0	12	31	1.37
54687777--54687827	25	2.0	25	96	0	93	58	0	11	29	1.33
54688079--54688135	19	2.7	22	76	15	66	40	17	7	35	1.77
54688069--54688126	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
54688687--54689026	45	7.7	45	71	11	186	26	24	20	29	1.99
54688828--54688939	44	2.5	44	85	0	143	30	21	19	28	1.98
54688778--54689171	217	1.8	217	89	0	617	27	23	19	29	1.98
54689520--54689641	44	2.8	43	88	5	165	28	26	18	26	1.98
54689641--54690129	88	5.6	88	89	0	710	20	23	28	28	1.99
54696419--54696459	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
54697172--54697225	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
54697149--54697225	38	1.9	40	87	10	113	38	16	7	36	1.78
54699608--54700130	23	22.6	23	75	4	453	26	14	18	40	1.89
54699608--54700130	70	7.5	70	89	2	795	26	14	18	40	1.89
54706564--54706678	44	2.6	44	82	16	141	23	20	29	26	1.98
54707476--54707691	24	9.3	24	72	9	128	28	12	17	42	1.85
54707516--54707568	23	2.3	23	90	0	79	22	18	16	41	1.90
54707591--54707623	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
54708768--54708964	98	2.0	98	95	0	358	37	23	9	28	1.87
54710103--54710138	12	3.0	12	95	0	63	13	58	27	0	1.36
54710114--54710157	19	2.3	18	81	11	52	11	52	34	2	1.50
54711565--54711623	26	2.2	28	82	11	70	55	1	3	38	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54716815--54716845	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
54716897--54716930	9	3.8	9	88	0	50	44	11	11	32	1.77
54718143--54718179	12	3.1	12	96	0	65	43	24	13	18	1.86
54718433--54718675	84	3.0	82	83	4	303	45	11	13	29	1.78
54718616--54718937	87	3.7	89	78	10	263	41	9	13	35	1.78
54719818--54719855	19	2.0	19	100	0	76	47	21	15	15	1.82
54722734--54722799	35	2.0	33	85	11	91	40	3	0	56	1.15
54722723--54722808	32	2.7	30	74	22	70	41	3	1	53	1.25
54724292--54724339	25	1.9	25	86	0	69	56	2	10	31	1.45
54731063--54731377	44	7.3	44	70	13	208	26	21	22	29	1.99
54731044--54731382	128	2.6	128	92	0	554	25	20	23	30	1.99
54731353--54731512	44	3.6	45	77	5	162	25	25	19	30	1.98
54731557--54731728	50	3.5	50	69	10	136	26	22	19	30	1.98
54731524--54731946	100	4.2	100	81	3	476	25	22	19	31	1.98
54731719--54731882	50	3.3	49	74	5	157	25	25	20	29	1.99
54731543--54731939	201	2.0	199	84	2	517	26	23	19	30	1.98
54732219--54732366	45	3.3	45	68	3	111	29	25	17	28	1.97
54732127--54732388	88	3.0	87	82	4	285	29	24	19	27	1.98
54734009--54734098	45	2.0	45	97	0	171	37	4	10	47	1.57
54735205--54735246	14	3.1	14	82	3	50	4	11	7	76	1.15
54738746--54738779	12	2.8	12	90	0	50	50	11	2	35	1.54
54750440--54750470	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54755006--54755201	45	4.4	45	83	1	205	25	19	15	39	1.91
54755173--54755230	29	2.0	29	96	0	107	25	20	15	37	1.92
54755368--54755407	20	2.0	21	85	14	57	52	0	10	37	1.35
54755906--54755940	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
54760730--54760772	21	2.0	21	90	0	68	41	2	13	41	1.57
54770559--54770678	35	3.4	35	92	1	195	40	30	13	15	1.86
54786984--54787013	6	5.0	6	100	0	60	16	83	0	0	0.65
54793275--54793315	2	20.5	2	90	9	66	51	2	0	46	1.14
54793708--54793759	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
54796198--54797222	510	2.0	511	95	0	1847	30	23	14	31	1.94
54798613--54798669	24	2.4	24	85	5	71	47	10	5	36	1.61
54798625--54798676	24	2.2	24	89	0	77	50	5	3	40	1.45
54800793--54800822	12	2.5	12	94	0	51	26	33	23	16	1.96
54802989--54803125	41	3.5	39	73	8	100	27	18	22	31	1.97
54805155--54805204	22	2.4	21	80	9	57	72	4	20	4	1.18
54805520--54805554	18	1.9	18	94	0	61	62	0	0	37	0.95
54805518--54805565	11	4.6	11	75	21	50	56	0	2	41	1.11
54805517--54805576	29	2.0	30	87	3	86	58	0	1	40	1.08
54811401--54811443	21	2.0	21	90	0	68	30	27	0	41	1.56
54811411--54811443	7	4.7	7	92	0	57	30	30	0	39	1.57
54811450--54811506	21	2.8	21	76	12	64	35	10	1	52	1.46
54820002--54820166	43	3.8	43	92	0	267	32	26	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54824845--54825011	43	3.9	43	94	0	289	31	25	16	26	1.97
54824823--54825011	86	2.2	87	90	3	294	30	24	16	28	1.97
54829281--54829386	41	2.6	41	82	5	117	32	24	16	27	1.96
54832662--54832710	22	2.2	23	78	10	57	40	18	10	30	1.84
54834855--54834906	21	2.5	21	84	9	70	63	5	0	30	1.18
54842139--54842182	23	1.9	23	85	0	61	13	4	11	70	1.31
54844380--54844485	36	2.9	35	83	8	115	26	9	51	12	1.69
54845846--54845933	25	3.6	24	74	15	74	45	13	11	29	1.79
54845834--54846177	47	7.3	47	79	6	342	40	16	13	28	1.87
54845873--54846128	23	11.0	22	68	18	137	41	16	13	28	1.86
54845870--54846152	93	3.0	93	90	0	440	42	16	13	28	1.85
54846349--54846391	22	2.0	22	85	0	59	16	20	27	34	1.94
54846427--54846716	43	6.8	43	81	4	293	28	31	17	22	1.96
54846427--54846716	85	3.4	83	79	5	294	28	31	17	22	1.96
54846962--54846999	18	2.1	18	90	0	58	15	34	0	50	1.45
54846962--54846990	6	4.8	6	100	0	58	17	34	0	48	1.47
54851587--54851685	40	2.5	39	78	6	110	24	25	13	37	1.91
54852292--54852330	7	5.6	7	87	0	60	33	48	0	17	1.48
54852292--54852449	74	2.1	75	87	5	221	43	30	0	25	1.55
54852630--54852666	14	2.6	14	95	0	65	45	29	0	24	1.53
54852926--54853032	41	2.6	42	82	7	130	32	25	18	23	1.97
54853070--54853210	40	3.5	40	82	8	171	20	18	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54853833--54853958	28	4.5	28	85	0	162	31	26	11	30	1.91
54858529--54858601	33	2.2	33	87	0	101	31	10	16	41	1.83
54876275--54876419	25	5.8	25	74	7	107	19	24	22	33	1.97
54894721--54894770	24	2.1	24	88	0	73	26	30	18	26	1.98
54895314--54895350	19	1.9	19	88	0	56	51	0	13	35	1.41
54895337--54895468	34	3.9	33	84	6	167	39	0	13	46	1.49
54895527--54895798	125	2.2	125	86	4	386	37	15	16	30	1.90
54895695--54895891	98	2.0	96	87	1	277	36	20	16	27	1.94
54897858--54897882	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
54898836--54898874	20	1.9	21	84	5	53	66	2	2	28	1.18
54898806--54898885	30	2.6	31	73	13	74	66	1	2	30	1.13
54902545--54902705	33	4.8	32	68	8	106	31	16	24	28	1.96
54902478--54902717	101	2.4	101	91	1	374	32	15	23	27	1.95
54917315--54917339	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
54919127--54919202	38	2.0	38	97	0	143	22	23	15	38	1.93
54925378--54925409	16	2.0	16	100	0	64	62	0	6	31	1.20
54935686--54935753	33	2.1	33	100	0	136	38	2	32	26	1.71
54945724--54945757	12	2.8	12	86	0	50	55	17	17	8	1.66
54947055--54947116	25	2.5	24	92	5	106	41	1	0	56	1.09
54947106--54947131	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
54948410--54948493	43	1.9	44	88	7	127	30	4	11	52	1.59
54964108--54964146	19	2.0	20	85	5	53	41	2	0	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54965920--54965964	16	2.8	16	83	10	56	44	0	0	55	0.99
54967303--54967361	25	2.4	24	83	11	66	23	3	5	67	1.26
54967345--54967373	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
54967921--54968052	4	32.0	4	71	22	80	68	1	29	0	1.04
54967929--54967983	18	2.9	18	79	15	67	65	0	34	0	0.93
54967921--54968083	39	4.2	39	81	14	187	68	1	30	0	1.02
54967997--54968066	16	5.0	15	75	21	55	68	0	30	1	0.98
54968021--54968088	22	3.1	22	77	8	77	69	0	30	0	0.89
54971522--54971577	11	5.0	11	74	20	53	39	10	14	35	1.81
54971508--54971577	34	2.1	34	97	0	131	38	11	11	38	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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