genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  75  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22229485--22229608	49	2.5	49	89	0	185	22	13	31	32	1.93
22234732--22234847	50	2.3	50	81	0	151	27	25	26	19	1.99
22237128--22237177	25	2.0	25	84	7	66	32	0	4	64	1.12
22238083--22238122	18	2.2	18	86	8	55	65	12	2	20	1.38
22238206--22238264	30	2.0	30	89	0	91	57	8	3	30	1.45
22239691--22239737	23	2.0	24	87	4	69	27	6	2	63	1.30
22242391--22242434	21	2.1	21	95	0	79	56	9	29	4	1.50
22255214--22255401	51	3.7	50	80	4	225	31	27	17	23	1.97
22255212--22255397	101	1.8	99	86	5	257	31	27	17	23	1.97
22267832--22268103	138	2.0	138	97	0	517	28	6	22	42	1.79
22269416--22269445	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
22297151--22297201	25	2.1	24	81	3	57	66	3	0	29	1.09
22297158--22297293	71	1.9	70	90	1	218	58	10	0	30	1.36
22305818--22305866	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
22308461--22308514	19	3.0	17	75	5	54	70	3	18	7	1.26
22317095--22317380	39	7.5	39	81	7	302	33	17	32	16	1.93
22317200--22317324	19	6.4	20	71	17	95	31	19	36	13	1.90
22317089--22317380	77	3.8	77	85	4	342	33	18	31	16	1.93
22320031--22320080	24	2.2	22	82	7	55	64	6	0	30	1.18
22323519--22323552	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
22323992--22324586	295	2.0	295	99	0	1163	29	19	16	34	1.94
22331485--22331532	10	4.6	10	82	10	51	64	2	0	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22334826--22334914	47	1.9	46	93	2	151	30	12	28	29	1.93
22335308--22335371	26	2.5	26	84	0	74	40	12	10	35	1.78
22336377--22336451	25	3.0	25	90	0	123	36	14	12	37	1.83
22340417--22340473	25	2.3	25	84	3	71	28	24	22	24	2.00
22345859--22345932	26	2.9	26	84	6	89	36	8	18	36	1.81
22345871--22345932	26	2.4	26	86	2	90	35	8	20	35	1.83
22350219--22350247	15	1.9	15	100	0	58	62	6	10	20	1.50
22351695--22351736	18	2.3	18	100	0	84	50	26	0	23	1.50
22351669--22351769	51	2.0	51	84	3	132	49	16	5	27	1.69
22351713--22351822	33	3.3	33	83	3	159	46	14	7	31	1.72
22354988--22355834	120	7.1	120	98	0	1631	44	2	5	47	1.40
22355663--22355697	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22355783--22355817	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22355982--22356073	45	2.1	44	83	2	112	35	28	5	30	1.80
22356053--22356104	16	3.2	16	91	0	86	40	32	0	26	1.57
22368683--22368740	25	2.2	25	87	6	80	53	1	3	41	1.28
22368680--22368727	25	1.9	25	95	0	87	52	2	4	41	1.32
22378890--22379048	41	3.9	40	92	5	248	0	28	0	70	0.92
22378884--22379079	17	12.0	16	70	23	76	0	29	0	70	0.91
22378881--22379079	46	4.1	48	76	18	155	0	29	0	70	0.91
22378890--22379048	83	1.9	82	91	6	259	0	28	0	70	0.92
22378911--22379077	29	6.1	27	73	21	91	0	29	0	70	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22379124--22379194	27	2.6	27	90	0	115	16	32	23	26	1.96
22380737--22380820	30	3.0	28	76	20	86	39	7	1	52	1.37
22380877--22380907	7	4.6	7	96	4	55	77	0	0	22	0.77
22380876--22380912	14	2.6	14	86	4	56	72	0	0	27	0.84
22383497--22383560	31	2.1	30	82	8	76	62	1	0	35	1.05
22394284--22394308	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22394247--22394350	51	2.1	49	80	8	111	41	0	2	55	1.14
22400199--22400347	41	3.3	41	65	25	102	41	5	3	49	1.42
22400240--22400402	55	3.2	55	65	25	158	39	6	4	50	1.47
22400115--22400454	96	3.6	96	96	1	616	40	6	4	48	1.48
22400504--22400891	9	44.0	9	65	15	114	46	19	3	30	1.68
22400515--22400725	37	5.7	37	96	0	386	49	18	3	29	1.63
22400710--22400831	16	8.0	16	67	20	64	45	18	6	30	1.74
22400726--22400901	25	7.0	25	67	8	97	41	19	5	33	1.74
22406346--22406414	21	3.3	21	83	0	84	37	20	40	1	1.61
22406403--22406438	12	3.0	12	91	0	54	44	16	36	2	1.63
22406811--22407124	42	7.4	42	87	5	352	26	20	21	31	1.98
22406813--22407105	84	3.5	83	87	5	394	25	20	21	32	1.98
22406813--22407124	126	2.4	127	86	5	418	26	20	21	31	1.98
22407196--22407238	22	2.0	22	90	0	68	48	27	13	9	1.73
22407396--22407452	18	3.1	18	73	9	51	24	14	14	47	1.80
22424577--22424746	85	2.0	85	89	0	259	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22427067--22427096	12	2.5	12	94	0	51	23	20	13	43	1.86
22429470--22429500	16	1.9	16	93	0	53	35	6	12	45	1.68
22432651--22432698	25	1.9	25	83	8	62	18	4	14	62	1.47
22437076--22437204	63	2.0	63	94	2	224	34	14	13	37	1.85
22438818--22438846	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
22441173--22441206	17	2.1	17	88	5	52	41	5	8	44	1.60
22444123--22444170	24	2.0	24	83	0	60	54	14	0	31	1.41
22446843--22446869	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
22447291--22447346	20	2.9	20	94	5	98	14	17	19	48	1.81
22448840--22448922	35	2.3	36	79	4	96	45	30	13	10	1.77
22457264--22457368	20	5.3	19	71	6	84	33	16	34	16	1.91
22457244--22457423	79	2.2	81	87	1	247	32	16	31	20	1.94
22457244--22457426	40	4.6	41	88	3	248	32	16	31	20	1.94
22457494--22457538	22	2.0	22	100	0	90	44	13	8	33	1.75
22460195--22460306	34	3.3	33	80	5	107	33	9	14	41	1.78
22463247--22463282	12	3.0	12	95	0	63	33	27	5	33	1.80
22466600--22466633	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
22466753--22466821	30	2.3	30	97	0	129	62	8	0	28	1.25
22470287--22470314	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
22470411--22470436	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
22474737--22474804	33	2.1	33	100	0	136	48	11	26	13	1.76
22481129--22481202	29	2.3	30	80	19	80	60	4	2	32	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22481153--22481223	29	2.5	28	76	21	67	67	4	4	23	1.26
22481998--22482250	123	2.1	122	90	1	389	30	15	22	31	1.95
22484393--22484426	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
22484525--22484580	28	2.0	29	92	3	96	60	1	0	37	1.07
22484622--22484663	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
22484635--22484693	30	2.0	30	86	6	84	33	0	35	30	1.58
22484665--22484734	22	3.2	22	93	4	115	38	0	30	31	1.58
22488609--22488640	16	2.1	16	94	5	57	56	3	0	40	1.15
22491368--22491394	4	6.8	4	100	0	54	25	0	25	48	1.52
22492031--22492067	2	18.0	2	88	5	56	48	5	0	45	1.25
22492883--22493028	76	1.9	76	94	2	258	36	17	19	27	1.94
22497527--22497600	20	3.8	19	76	16	80	37	14	5	41	1.69
22497530--22497607	39	2.0	41	92	5	133	37	14	5	43	1.67
22497527--22497612	20	4.4	19	76	16	77	37	13	6	41	1.72
22504608--22504752	68	2.1	71	81	10	165	52	3	4	39	1.40
22505130--22505172	19	2.3	19	87	0	59	39	2	4	53	1.34
22506608--22506671	25	2.8	22	77	13	74	39	18	20	21	1.93
22506621--22506679	25	2.4	25	88	0	91	40	16	20	22	1.91
22511981--22512046	25	2.6	25	88	9	89	19	16	6	57	1.60
22513108--22513154	12	3.9	12	81	15	53	85	2	10	2	0.78
22513109--22513156	7	6.7	7	81	11	53	85	2	10	2	0.77
22513106--22513222	13	8.8	13	71	18	55	80	3	10	5	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22513104--22513197	20	4.7	20	75	7	75	79	4	7	8	1.04
22514049--22514163	61	1.9	59	85	7	160	50	15	15	18	1.78
22515769--22515868	44	2.3	44	82	3	121	25	21	22	32	1.98
22515970--22516232	44	6.0	44	69	14	168	30	17	25	27	1.97
22515480--22516237	175	4.3	175	87	2	1110	30	18	25	25	1.98
22524268--22524301	17	2.0	17	94	0	59	32	29	5	32	1.81
22533201--22533266	28	2.4	27	78	12	71	24	4	4	66	1.29
22538463--22538505	16	2.6	16	81	7	50	72	0	20	6	1.08
22539311--22539395	44	1.9	44	97	0	161	41	14	14	30	1.85
22542015--22542219	102	2.0	102	99	0	401	35	12	18	33	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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