genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  94  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28352008--28352045	20	1.9	20	88	0	58	10	0	13	76	1.02
28363040--28363234	98	2.0	98	93	2	338	36	24	11	27	1.90
28372305--28372499	98	2.0	98	92	0	327	35	25	10	28	1.89
28374325--28374376	20	2.8	18	73	21	54	50	3	3	42	1.39
28374280--28374416	68	2.0	71	88	5	208	49	5	5	40	1.47
28374289--28374436	68	2.1	71	81	7	169	52	4	4	38	1.41
28377123--28377156	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
28378593--28378674	42	2.0	42	90	0	128	20	20	29	29	1.98
28378679--28379058	43	8.8	43	70	13	212	29	27	17	25	1.98
28378679--28379035	129	2.8	128	83	5	414	29	26	18	25	1.98
28382301--28382457	86	1.9	83	90	4	251	33	31	17	17	1.93
28382366--28382595	124	1.9	124	88	3	356	36	29	18	16	1.93
28382881--28382957	40	2.0	40	94	2	138	20	16	20	41	1.90
28382892--28382976	40	2.1	40	80	8	93	22	18	22	36	1.95
28383947--28384032	18	4.6	18	72	13	50	63	1	1	33	1.09
28383943--28384020	17	4.4	17	68	16	50	57	1	1	39	1.15
28386115--28386173	19	3.1	19	85	11	68	55	10	0	33	1.33
28386115--28386168	20	2.7	20	86	13	76	57	11	0	31	1.34
28386147--28386195	25	1.9	26	87	4	73	48	4	0	46	1.20
28386115--28386212	21	4.6	20	75	16	63	53	7	0	39	1.29
28387154--28387195	19	2.2	19	91	0	66	28	11	2	57	1.47
28387801--28387848	25	1.9	25	83	8	62	43	4	4	47	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28387842--28387883	21	2.0	21	86	4	59	64	0	0	35	0.94
28390770--28390812	18	2.4	16	82	17	50	41	13	0	44	1.44
28402473--28402806	59	5.7	59	84	1	368	27	26	12	33	1.93
28402575--28402774	28	6.9	29	65	20	87	26	29	12	33	1.92
28402652--28402832	28	6.3	27	70	12	130	26	27	14	31	1.95
28402622--28402774	28	5.2	30	67	12	102	26	30	13	30	1.94
28403600--28403632	16	2.1	16	94	0	57	39	12	9	39	1.74
28403662--28403688	14	1.9	14	100	0	54	29	14	11	44	1.80
28408576--28408660	40	2.1	41	82	10	104	32	9	10	47	1.70
28408585--28408661	20	3.8	20	74	6	68	33	9	11	45	1.72
28415410--28415459	20	2.5	20	83	0	55	32	12	8	48	1.69
28419615--28419658	20	2.2	20	100	0	88	38	9	25	27	1.86
28424441--28424473	15	2.2	15	94	0	57	69	0	15	15	1.19
28427393--28427444	24	2.2	24	82	0	59	36	13	17	32	1.89
28428009--28428107	52	1.9	52	87	4	146	47	14	17	21	1.82
28429068--28429150	42	2.0	42	85	4	114	26	24	24	25	2.00
28435046--28435107	31	2.0	31	93	3	108	58	20	6	14	1.59
28439170--28439208	21	1.9	19	85	10	51	35	10	23	30	1.88
28440713--28440769	15	3.9	15	73	11	55	43	7	19	29	1.77
28440705--28440791	30	2.9	30	89	0	120	48	6	18	26	1.73
28444790--28444875	44	2.0	44	86	2	120	24	22	4	48	1.69
28449643--28449677	11	3.1	11	88	8	52	68	8	2	20	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28450454--28450573	55	2.1	57	82	11	142	28	16	6	48	1.71
28455922--28456086	26	6.2	26	80	3	159	49	21	14	15	1.80
28455933--28456088	53	2.9	54	80	5	183	48	21	15	14	1.80
28456403--28456463	28	2.2	28	93	0	104	24	24	21	29	1.99
28457591--28457702	27	4.1	27	91	2	172	41	20	16	21	1.89
28458040--28458099	28	2.2	27	87	3	84	21	23	26	28	1.99
28460388--28460412	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28462871--28462916	20	2.3	20	92	3	76	76	6	17	0	1.00
28463168--28463214	24	2.0	24	100	0	94	46	12	27	12	1.78
28468201--28468248	18	2.7	18	75	15	55	75	4	18	2	1.07
28469586--28469635	24	2.1	23	85	3	64	22	14	8	56	1.64
28469620--28469655	18	1.9	19	88	5	56	16	2	5	75	1.12
28470392--28470460	29	2.3	30	85	5	86	18	13	14	53	1.72
28478868--28478949	41	2.0	41	90	0	128	30	6	14	48	1.68
28486330--28486454	44	2.7	47	82	6	157	28	15	23	33	1.95
28491151--28491175	12	2.1	12	100	0	50	32	0	24	44	1.54
28491238--28491310	32	2.3	30	84	9	92	56	2	19	21	1.55
28504121--28504154	18	1.9	17	88	5	50	44	5	2	47	1.42
28504123--28504159	17	2.1	18	90	5	58	45	8	2	43	1.47
28507561--28507634	33	2.2	33	85	0	112	13	12	33	40	1.82
28513710--28513763	21	2.6	21	78	0	63	18	31	22	27	1.97
28520050--28520097	18	2.7	17	76	20	53	16	4	2	77	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28524381--28524414	15	2.3	15	100	0	68	44	23	5	26	1.76
28526966--28526997	14	2.3	14	100	0	64	43	12	0	43	1.42
28528729--28528757	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
28536446--28536501	24	2.4	24	78	3	60	46	16	12	25	1.81
28540125--28540149	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28541446--28541551	43	2.5	43	80	9	117	30	27	17	24	1.98
28548440--28548495	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
28549586--28549612	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28551473--28551529	28	2.0	29	82	3	71	28	17	3	50	1.62
28558381--28558446	32	2.1	32	100	0	132	50	12	9	28	1.70
28561323--28561422	23	4.3	23	85	0	110	20	17	19	44	1.88
28566727--28566793	33	2.0	33	97	0	125	40	11	25	22	1.88
28580780--28580850	25	2.8	25	87	4	99	26	19	19	33	1.96
28588710--28588851	39	3.6	39	83	6	153	26	14	24	34	1.94
28588740--28588860	41	3.0	42	83	6	151	26	14	26	32	1.95
28589537--28589688	23	6.5	23	83	6	137	26	14	19	39	1.90
28589582--28589661	24	3.4	24	89	5	110	23	16	17	42	1.88
28592081--28592130	21	2.4	21	80	6	57	70	8	2	20	1.23
28603520--28603678	43	3.7	43	78	7	146	32	26	14	26	1.95
28603557--28603689	42	3.1	43	80	6	153	34	26	12	26	1.92
28603572--28603679	44	2.5	42	85	4	135	35	28	12	23	1.92
28611217--28611328	23	4.8	23	78	3	100	39	25	19	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28611270--28611349	23	3.4	23	79	3	70	41	26	17	15	1.88
28612905--28612957	20	2.7	20	84	0	70	41	16	16	24	1.89
28612891--28613009	40	3.0	40	72	4	114	37	17	21	22	1.94
28616094--28616145	25	2.1	25	85	0	68	36	15	25	23	1.93
28629566--28629617	22	2.4	22	90	0	77	23	28	15	32	1.95
28629578--28629620	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
28630357--28630404	23	2.0	26	84	12	66	41	8	2	47	1.45
28630356--28630404	24	2.0	26	84	15	68	40	8	2	48	1.44
28631382--28631416	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
28636120--28636146	14	1.9	14	100	0	54	59	7	7	25	1.51
28638433--28638501	30	2.3	30	97	0	129	47	11	18	21	1.80
28642517--28642550	17	2.0	17	94	0	59	5	17	26	50	1.69
28643859--28643947	44	2.0	44	91	0	142	47	3	10	39	1.54
28645599--28645732	20	6.6	20	68	14	78	39	5	11	44	1.63
28647146--28647355	33	5.7	34	69	20	138	32	26	19	22	1.97
28647147--28647359	75	2.8	76	91	2	338	31	26	18	22	1.97
28647259--28647458	102	2.0	102	90	3	314	31	27	20	21	1.98
28650022--28650095	33	2.2	33	83	4	87	17	17	16	48	1.81
28651539--28651765	30	7.6	30	78	10	241	25	22	12	39	1.90
28651539--28651785	60	4.1	60	84	8	297	25	24	12	38	1.90
28651539--28651785	89	2.8	90	79	8	281	25	24	12	38	1.90
28656609--28656719	51	2.2	52	83	8	147	44	5	20	29	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28658646--28658675	7	4.3	7	91	0	51	70	0	30	0	0.88
28667853--28667936	42	2.0	42	95	0	150	29	7	13	50	1.68
28672084--28672113	12	2.5	12	94	0	51	26	23	0	50	1.50
28674084--28674128	22	2.0	22	87	8	65	42	2	0	55	1.12
28679091--28679120	12	2.5	12	94	0	51	26	23	0	50	1.50
28680086--28680110	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28694836--28695510	44	15.6	43	70	15	245	28	20	22	28	1.98
28694644--28696054	217	6.6	217	87	4	1835	29	20	22	27	1.98
28695486--28695535	25	2.0	25	96	0	91	24	26	16	34	1.95
28695595--28695715	44	2.7	44	79	13	131	28	21	25	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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