genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  85  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25206629--25206685	26	2.0	27	83	12	71	43	3	5	47	1.43
25208212--25208283	37	1.9	37	94	0	126	54	2	23	19	1.57
25235708--25235770	33	1.9	33	87	6	92	58	0	1	39	1.07
25235760--25235806	22	2.1	22	88	4	67	68	6	6	19	1.34
25235803--25235859	27	2.1	27	86	0	78	66	0	7	26	1.17
25235864--25235949	27	3.3	25	73	9	64	65	5	6	22	1.39
25244250--25244338	15	5.7	15	69	21	51	23	1	5	69	1.16
25244246--25244338	27	3.4	26	72	20	82	23	1	5	69	1.15
25244246--25244372	55	2.3	55	91	1	200	23	3	5	67	1.26
25244268--25244366	28	3.6	27	73	18	89	22	4	6	67	1.30
25252954--25253029	33	2.3	33	77	4	82	35	15	21	27	1.94
25260403--25260559	33	4.7	33	67	12	95	33	17	22	26	1.96
25260367--25260594	101	2.3	101	87	0	321	31	17	24	27	1.97
25260502--25260575	33	2.2	32	79	11	78	32	18	24	24	1.97
25260564--25261001	215	2.0	216	94	0	770	34	13	21	30	1.92
25264186--25264286	41	2.5	41	96	0	184	21	30	20	26	1.98
25264268--25264412	41	3.5	41	85	1	175	29	25	17	26	1.98
25264308--25264426	41	2.9	41	87	0	139	31	24	18	26	1.98
25273549--25273621	32	2.4	31	77	6	76	36	9	12	41	1.75
25274390--25274469	38	2.1	38	83	4	99	55	6	5	33	1.47
25286586--25286610	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54
25289885--25289950	25	2.7	25	79	6	73	34	16	27	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25289958--25290071	25	4.5	25	76	10	81	36	19	22	21	1.95
25289980--25290077	27	3.7	26	79	5	108	37	17	23	21	1.94
25289969--25290091	52	2.4	52	86	8	178	34	17	26	21	1.95
25290164--25290210	25	1.9	25	91	4	78	38	19	25	17	1.92
25293288--25293364	13	5.9	13	74	17	70	35	5	23	36	1.77
25293289--25293364	26	2.9	26	94	3	127	35	3	23	36	1.74
25305469--25305530	27	2.3	27	78	18	74	53	0	3	43	1.17
25305492--25305544	16	3.5	15	76	10	54	54	0	5	39	1.24
25305554--25305594	16	2.3	18	84	12	50	48	0	4	46	1.23
25306020--25306050	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
25309767--25309803	7	5.3	7	100	0	74	40	16	13	29	1.86
25325287--25325320	18	1.9	18	88	5	52	47	2	2	47	1.32
25328833--25328948	28	4.1	27	77	10	92	28	14	18	38	1.90
25328932--25329035	30	3.5	30	72	7	104	30	17	14	37	1.89
25332528--25332567	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
25332536--25332602	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
25332551--25332590	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
25337570--25337623	24	2.2	24	90	0	81	66	20	11	1	1.32
25344182--25344214	17	1.9	17	88	11	50	60	12	0	27	1.32
25345073--25345201	50	2.6	50	83	0	150	19	27	24	29	1.98
25349695--25349790	23	4.2	23	84	5	124	14	1	38	45	1.52
25349695--25349790	45	2.1	46	86	5	133	14	1	38	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25350330--25350601	135	2.0	135	97	0	508	34	19	19	26	1.96
25354906--25354953	17	2.8	17	74	0	51	64	8	2	25	1.32
25363005--25363062	29	2.0	29	96	0	107	13	8	27	50	1.71
25366571--25366628	31	1.9	29	83	13	73	53	6	5	34	1.50
25366635--25366665	12	2.6	12	94	0	53	61	3	0	35	1.12
25379580--25379623	21	2.1	21	83	8	54	29	9	15	45	1.77
25380747--25380846	36	2.7	36	89	6	148	46	3	17	34	1.63
25390423--25390456	12	2.8	12	90	0	50	0	8	50	41	1.34
25391786--25391823	5	7.6	5	93	0	58	55	0	5	39	1.23
25394772--25394810	18	2.1	19	90	4	62	46	10	12	30	1.75
25406079--25406201	50	2.5	49	84	6	151	22	24	21	30	1.99
25406066--25406201	49	2.8	49	82	5	159	22	25	22	29	1.99
25406545--25406601	30	1.9	30	92	0	96	29	22	7	40	1.80
25407754--25407801	23	2.1	23	88	7	71	37	18	10	33	1.85
25415737--25415795	25	2.4	25	78	16	68	23	16	22	37	1.94
25428689--25428725	17	2.2	17	100	0	74	10	16	21	51	1.74
25432509--25432586	25	3.1	25	71	14	70	21	21	17	38	1.93
25437543--25437601	11	5.3	11	72	24	52	32	1	5	61	1.28
25437904--25437957	21	2.6	21	90	0	90	35	16	25	22	1.95
25442355--25442409	19	2.8	19	83	8	67	60	3	12	23	1.49
25442886--25443006	22	5.5	22	75	0	107	9	23	22	44	1.82
25442912--25443006	44	2.2	44	86	0	127	11	22	22	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25445836--25445890	24	2.3	24	87	6	85	49	5	5	40	1.49
25460641--25460670	14	2.1	15	93	6	53	3	20	0	76	0.92
25462385--25462414	13	2.3	13	94	0	51	73	0	3	23	0.98
25463490--25463515	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
25464271--25465205	50	18.7	49	68	5	317	23	20	23	32	1.98
25464244--25465201	100	9.6	100	83	2	1034	23	19	23	32	1.97
25465218--25465325	46	2.3	46	91	0	180	28	17	24	29	1.97
25466723--25466757	15	2.4	15	90	4	54	14	14	0	71	1.15
25472264--25472324	31	2.0	31	96	3	115	40	22	16	19	1.90
25474635--25474690	28	1.9	29	85	7	78	60	3	3	32	1.31
25475184--25475218	14	2.5	14	90	0	61	0	5	42	51	1.25
25478566--25478606	21	2.0	21	90	0	64	26	12	9	51	1.70
25481548--25481622	6	12.7	6	85	2	62	81	9	2	6	0.96
25481572--25481617	12	3.8	12	97	0	83	84	13	2	0	0.71
25481572--25481617	18	2.6	18	96	0	83	84	13	2	0	0.71
25494262--25494289	9	3.1	9	100	0	56	35	0	10	53	1.36
25494274--25494345	35	2.1	35	97	0	135	41	5	11	41	1.64
25494700--25494725	13	2.0	13	100	0	52	61	7	15	15	1.55
25495260--25495361	21	4.9	21	98	0	195	24	27	23	24	2.00
25499573--25499610	13	2.9	13	100	0	76	23	7	28	39	1.83
25499788--25499847	24	2.6	23	76	7	68	43	1	1	53	1.20
25500224--25500249	12	2.2	12	100	0	52	30	42	0	26	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25501677--25501813	72	1.9	72	93	0	238	55	15	6	22	1.63
25503689--25503779	45	2.0	45	97	2	175	47	6	8	37	1.61
25508140--25508186	16	2.8	17	90	3	69	17	4	2	76	1.04
25512310--25512566	138	1.9	137	80	4	302	33	26	21	18	1.96
25518859--25518894	5	7.0	5	93	6	63	80	0	0	19	0.71
25520325--25520362	11	3.5	11	92	3	60	57	0	0	42	0.98
25527661--25527907	50	4.8	50	77	4	192	27	21	27	23	1.99
25532281--25532317	18	2.1	18	100	0	74	32	27	5	35	1.79
25534844--25534944	52	1.9	52	89	0	157	33	24	9	31	1.88
25535650--25535692	18	2.4	18	80	7	52	60	0	0	39	0.97
25535798--25535837	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
25535786--25535852	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
25539477--25539509	16	2.1	16	94	0	57	21	30	24	24	1.99
25539668--25539754	25	3.4	25	81	9	86	17	27	20	34	1.95
25539668--25539755	26	3.5	26	81	10	101	17	27	20	35	1.94
25539838--25539959	65	1.9	65	94	0	217	16	18	16	48	1.82
25540672--25540708	4	9.2	4	100	0	74	24	0	24	51	1.49
25542749--25542823	34	2.2	34	87	0	105	24	0	29	46	1.53
25545917--25546042	25	5.1	25	69	8	64	28	22	19	30	1.98
25549347--25549371	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
25550898--25551073	76	2.3	78	84	2	221	38	4	15	40	1.68
25552276--25552331	24	2.3	24	79	11	62	55	3	5	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25552373--25552431	23	2.6	24	82	15	72	64	3	1	30	1.20
25552918--25552966	21	2.4	21	96	3	91	8	22	4	65	1.37
25553097--25553172	21	3.7	21	89	3	111	38	11	10	39	1.77
25553110--25553173	19	3.3	19	84	4	83	39	14	9	37	1.78
25553444--25553675	66	3.5	66	87	3	308	29	8	18	43	1.79
25553459--25553648	31	5.9	30	73	16	141	28	8	18	43	1.80
25559041--25559079	18	2.1	19	85	4	53	53	5	2	38	1.37
25561947--25561987	4	10.2	4	100	0	82	48	26	0	24	1.51
25563193--25563228	11	3.2	11	96	4	63	16	36	0	47	1.47
25564419--25564444	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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