genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7891728--7891778	14	3.7	14	70	15	52	74	0	1	23	0.92
7893458--7893535	19	4.1	19	66	18	63	52	0	2	44	1.14
7894654--7894684	13	2.4	13	94	0	53	48	6	3	41	1.45
7896140--7896368	90	2.5	90	82	5	275	28	24	15	31	1.96
7897656--7897712	28	2.2	25	81	9	60	52	3	0	43	1.18
7897643--7897831	91	2.1	91	88	4	274	46	4	4	44	1.44
7897677--7897815	47	3.0	46	67	17	117	48	4	3	43	1.40
7898614--7898638	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7899083--7899119	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
7899189--7899236	21	2.3	20	80	13	53	56	2	8	33	1.41
7899244--7899272	12	2.3	13	94	5	51	51	17	17	13	1.76
7905309--7905355	18	2.5	19	83	16	62	38	4	0	57	1.18
7906150--7906180	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
7910739--7910858	19	6.3	19	74	14	68	29	24	25	21	1.99
7914039--7914103	2	32.5	2	100	0	130	0	0	49	50	1.00
7917569--7917641	29	2.6	29	83	14	82	42	2	1	53	1.23
7917970--7918043	30	2.4	30	82	6	78	25	6	1	66	1.24
7918082--7918157	19	4.1	18	78	10	73	36	0	5	57	1.21
7918090--7918147	18	3.2	18	80	9	73	37	0	1	60	1.07
7918108--7918223	49	2.3	51	79	10	132	38	1	4	55	1.30
7918095--7918252	9	15.7	10	64	25	50	37	1	4	56	1.27
7918265--7918301	18	2.0	19	94	5	67	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7929069--7929130	24	2.7	23	87	9	65	20	12	14	51	1.75
7929081--7929130	24	2.1	24	100	0	100	20	12	18	50	1.78
7930214--7930328	55	2.1	55	96	0	212	43	27	2	26	1.68
7930241--7930325	28	3.1	27	66	27	70	44	24	2	28	1.66
7941299--7941338	22	1.9	20	90	10	62	47	5	5	42	1.47
7941458--7941495	16	2.6	15	88	12	53	18	0	7	73	1.06
7950678--7950706	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7955969--7955993	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
7957673--7957760	41	2.1	41	81	4	106	23	15	27	32	1.95
7962848--7962929	29	2.9	28	83	5	94	40	19	28	12	1.87
7962849--7962935	28	3.1	28	80	8	95	39	19	27	13	1.90
7966329--7966428	51	1.9	52	87	2	148	47	19	3	31	1.64
7969951--7970003	26	2.1	25	82	10	63	18	0	20	60	1.36
7970648--7970761	44	2.6	44	75	9	117	26	17	28	28	1.98
7971698--7971821	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
7971698--7971958	37	6.6	45	84	11	214	26	22	14	35	1.93
7971783--7971958	37	4.8	37	90	4	284	27	22	13	36	1.91
7971783--7971958	73	2.4	74	93	0	300	27	22	13	36	1.91
7974818--7974855	10	3.8	10	92	0	67	52	7	18	21	1.70
7977788--7977934	76	1.9	75	95	1	267	34	19	12	34	1.89
7981285--7981572	97	3.0	97	89	3	429	40	17	2	39	1.62
7981599--7981640	16	2.6	16	88	0	57	54	26	0	19	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7984112--7984137	9	2.9	9	100	0	52	46	23	0	30	1.53
7987008--7987039	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
7987673--7987718	22	2.1	22	95	0	83	32	28	8	30	1.87
7991169--7991217	17	2.8	18	81	9	66	32	2	22	42	1.65
7992821--7992874	24	2.2	24	81	15	58	40	14	7	37	1.74
7993638--7993685	15	3.1	15	88	11	62	25	0	2	72	0.95
8006845--8006870	12	2.2	12	100	0	52	26	0	42	30	1.56
8017226--8017272	16	2.8	16	81	12	51	8	6	12	72	1.27
8021775--8021931	79	2.0	78	95	3	280	36	12	7	43	1.70
8023667--8023712	23	2.1	23	84	8	60	43	15	4	36	1.66
8023667--8023725	22	2.7	22	82	7	66	40	16	5	37	1.71
8024374--8024556	44	4.2	44	67	13	124	24	25	20	29	1.99
8024178--8024569	131	3.0	132	91	1	626	25	25	20	28	1.99
8024566--8025031	89	5.2	89	81	2	524	26	24	23	25	2.00
8024566--8025034	178	2.6	178	86	0	625	26	24	23	26	2.00
8025090--8025222	45	3.0	45	84	4	180	22	26	19	31	1.98
8025499--8025554	24	2.3	24	90	0	85	28	25	12	33	1.92
8026476--8026571	49	2.0	49	87	0	138	14	20	17	46	1.83
8027507--8027584	6	13.7	6	78	14	67	8	20	0	70	1.14
8027512--8027573	23	2.7	23	82	9	74	8	22	0	69	1.14
8027593--8027618	9	2.9	9	100	0	52	11	0	7	80	0.89
8032454--8032491	13	2.9	14	88	11	55	18	7	0	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8038142--8038195	28	2.0	27	82	10	65	79	1	14	3	0.95
8039040--8039251	44	4.8	44	68	12	130	30	17	24	26	1.97
8039038--8039341	131	2.3	131	89	1	448	30	17	24	27	1.97
8039336--8039518	50	3.7	50	80	0	231	28	22	23	25	1.99
8039335--8039526	100	1.9	100	92	0	321	29	22	23	25	1.99
8039555--8039650	44	2.2	44	82	0	111	26	20	25	28	1.99
8039641--8039956	131	2.4	132	89	1	474	30	20	23	25	1.99
8039644--8039853	44	4.8	44	67	12	110	31	20	23	24	1.98
8040181--8040545	129	2.8	128	93	0	606	31	24	20	24	1.98
8040183--8040484	44	7.0	42	71	7	221	31	23	20	24	1.98
8040603--8040699	44	2.2	45	78	9	110	37	21	18	22	1.95
8040456--8040675	87	2.6	86	70	16	204	31	22	20	25	1.98
8041460--8041497	13	2.9	14	88	11	55	18	7	0	73	1.06
8042489--8042568	26	3.0	26	77	14	74	41	5	3	50	1.42
8046451--8046553	37	2.8	36	79	5	109	45	12	14	27	1.81
8048010--8048042	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8049955--8049991	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8051104--8051176	19	3.8	19	90	0	119	39	9	13	36	1.78
8051104--8051176	38	1.9	38	97	0	137	39	9	13	36	1.78
8051942--8051990	25	2.0	25	91	0	80	28	8	6	57	1.52
8053523--8053547	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
8054286--8054685	125	3.2	125	94	2	694	25	18	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8055696--8055721	13	2.0	13	100	0	52	30	30	0	38	1.58
8056161--8056207	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
8056292--8056326	7	5.0	7	86	13	54	14	14	0	71	1.15
8057166--8057210	6	7.3	6	95	5	81	0	20	0	80	0.72
8057223--8057279	16	3.6	16	83	9	64	14	0	12	73	1.09
8057232--8057273	15	2.7	15	88	3	57	9	0	11	78	0.96
8057412--8057929	273	1.9	273	92	0	874	31	20	19	28	1.97
8059586--8059634	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
8061304--8061367	4	16.0	4	80	9	53	71	6	3	18	1.20
8061512--8061554	12	3.7	11	84	9	50	60	0	0	39	0.97
8061565--8061598	17	2.0	17	88	0	50	50	2	8	38	1.49
8062003--8062114	3	37.3	3	79	10	113	63	0	6	30	1.19
8062791--8062815	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
8064086--8064134	25	2.0	25	95	0	89	30	8	4	57	1.47
8064808--8065004	98	2.0	98	94	0	349	27	9	24	38	1.86
8071046--8071242	98	2.0	98	93	0	340	27	9	24	37	1.87
8078478--8078524	19	2.5	18	86	6	58	68	4	12	14	1.36
8079437--8079464	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
8079623--8079647	12	2.1	12	100	0	50	48	0	28	24	1.52
8081346--8081400	20	2.8	20	91	0	92	23	20	16	40	1.91
8095117--8095194	26	3.1	26	78	12	74	25	1	6	66	1.23
8095133--8095198	26	2.5	27	76	16	75	28	1	6	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8095410--8095461	23	2.5	20	77	19	61	26	3	7	61	1.41
8096099--8096141	20	2.2	19	84	12	52	20	0	6	72	1.08
8096247--8096472	92	2.4	94	80	7	237	42	11	11	34	1.78
8097689--8097726	17	2.4	16	87	12	53	26	0	2	71	1.00
8107702--8107853	54	2.8	54	79	4	146	23	21	14	40	1.90
8107785--8107897	27	4.2	27	82	0	100	26	26	8	38	1.86
8107975--8108103	45	2.9	45	78	2	143	21	22	13	42	1.87
8111750--8111804	23	2.4	23	80	19	71	25	30	1	41	1.66
8111750--8111804	22	2.5	21	83	16	67	25	30	1	41	1.66
8111750--8111804	11	4.9	11	77	16	60	25	30	1	41	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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