genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  78  of  202  ( 24201 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23080604--23080679	13	5.7	13	70	21	59	73	0	5	21	1.02
23086047--23086197	42	3.5	42	80	4	133	25	17	26	30	1.97
23086049--23086205	43	3.7	43	76	9	151	25	16	26	31	1.97
23090296--23090433	72	1.9	73	92	1	233	28	20	18	31	1.96
23090580--23090782	106	1.9	107	88	3	311	29	15	19	35	1.93
23092382--23092429	25	1.9	25	83	8	62	20	20	10	47	1.79
23092380--23092435	25	2.2	25	78	6	60	19	21	14	44	1.86
23092429--23092616	49	3.9	48	75	11	152	17	27	20	35	1.95
23092429--23092616	25	7.7	24	72	10	132	17	27	20	35	1.95
23095979--23096019	18	2.3	18	84	12	57	63	14	4	17	1.47
23096179--23096205	14	1.9	14	100	0	54	59	0	7	33	1.25
23098105--23098264	50	3.2	49	65	16	130	25	20	19	35	1.96
23098139--23098314	50	3.5	50	67	13	137	25	18	19	35	1.95
23097966--23098342	100	3.8	97	81	5	373	27	20	19	32	1.97
23098460--23098800	132	2.6	132	92	0	538	29	24	19	26	1.98
23098788--23099014	88	2.6	88	90	1	348	22	26	25	25	2.00
23098862--23098999	44	3.1	43	67	8	116	21	25	28	23	1.99
23101197--23101253	30	1.9	30	85	7	80	12	10	10	66	1.45
23102018--23102083	25	2.6	25	83	9	71	57	6	15	21	1.59
23105835--23105875	18	2.3	18	84	12	57	65	14	2	17	1.37
23106035--23106061	14	1.9	14	100	0	54	59	0	7	33	1.25
23107209--23107234	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23116293--23116326	5	6.8	5	87	12	52	79	0	0	20	0.73
23118227--23118285	20	3.0	20	75	9	66	11	25	20	42	1.86
23122430--23122582	22	7.0	22	90	0	225	26	26	14	32	1.94
23129470--23129507	19	2.0	19	90	10	60	28	2	0	68	1.03
23131603--23131660	14	4.3	14	85	10	68	18	12	6	62	1.52
23131626--23131665	11	3.4	11	89	10	53	27	7	10	55	1.60
23131714--23131747	12	2.8	12	90	0	50	26	11	2	58	1.47
23139060--23139087	12	2.3	12	100	0	56	53	0	0	46	1.00
23145061--23145102	14	3.1	14	89	3	68	38	14	0	47	1.44
23150879--23150944	33	2.0	33	100	0	132	21	15	18	45	1.85
23153476--23153537	31	2.0	32	90	9	101	46	19	9	24	1.79
23159434--23159553	9	13.0	9	72	11	82	30	1	2	65	1.16
23159430--23159519	17	5.1	17	75	11	74	34	2	1	62	1.15
23159442--23159537	36	2.6	36	83	5	111	32	2	2	63	1.18
23159434--23159553	19	6.5	18	75	14	84	30	1	2	65	1.16
23159479--23159548	29	2.4	29	77	11	81	30	0	2	67	1.05
23166057--23166127	31	2.3	30	72	11	72	71	0	22	5	1.06
23171583--23171660	22	3.5	22	85	0	111	30	14	25	29	1.94
23180305--23180342	19	2.0	19	90	10	60	13	42	31	13	1.82
23180322--23180404	33	2.5	33	90	1	132	13	38	28	19	1.89
23183603--23183699	34	2.8	36	78	9	114	19	20	28	30	1.97
23183687--23183725	13	3.0	13	78	14	53	17	28	33	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23186482--23186576	29	3.4	27	76	17	79	61	5	2	31	1.30
23186482--23186576	9	10.2	9	74	15	86	61	5	2	31	1.30
23187116--23187154	20	2.1	19	85	9	53	38	2	2	56	1.27
23187130--23187204	29	2.8	28	78	11	77	33	1	1	64	1.11
23187159--23187200	17	2.5	17	82	14	52	28	0	2	69	1.01
23203295--23203340	24	2.0	23	83	12	58	30	0	17	52	1.45
23211556--23211601	20	2.3	20	88	3	67	58	2	2	36	1.22
23222062--23222105	3	15.0	3	81	13	56	63	2	0	34	1.07
23222061--23222105	18	2.4	18	88	7	63	62	2	0	35	1.08
23222061--23222108	11	4.5	11	76	23	57	62	2	0	35	1.07
23222065--23222105	14	2.9	14	89	10	57	63	2	0	34	1.08
23223297--23223580	44	6.5	44	70	8	161	28	23	19	28	1.98
23223622--23223906	50	5.7	50	68	6	191	22	26	22	28	1.99
23223598--23223900	100	3.0	100	92	0	482	23	25	22	28	1.99
23224792--23224824	16	2.1	16	100	0	66	18	24	6	51	1.68
23225494--23225543	23	2.2	23	89	7	75	12	2	12	74	1.17
23226318--23226383	25	2.6	25	83	9	71	59	6	15	19	1.57
23230500--23230566	3	22.0	3	80	17	68	61	1	2	34	1.20
23230486--23230539	23	2.3	23	100	0	108	57	0	7	35	1.27
23230500--23230566	14	4.6	14	78	21	68	61	1	2	34	1.20
23235150--23235186	11	3.2	12	85	11	51	67	0	2	29	1.04
23235409--23235449	22	1.9	22	85	5	57	56	4	2	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23235381--23235490	17	5.9	17	70	22	62	64	3	2	29	1.24
23244153--23244264	41	2.7	41	86	2	136	27	18	23	30	1.98
23244388--23244607	63	3.2	67	82	9	268	30	10	16	43	1.81
23244428--23244531	31	3.3	30	70	17	86	29	9	16	44	1.79
23248396--23248492	14	6.0	16	70	18	51	34	3	1	61	1.18
23248472--23248541	17	3.9	18	77	7	63	37	1	0	61	1.05
23248599--23248639	19	2.1	20	90	4	66	29	4	2	63	1.28
23249420--23249906	169	2.9	169	86	1	688	26	26	18	27	1.98
23250137--23250277	45	3.1	45	72	9	126	29	24	15	31	1.96
23251551--23251581	6	5.2	6	100	0	62	16	16	0	67	1.23
23254163--23254197	16	2.2	16	89	0	52	42	22	17	17	1.88
23255683--23255727	23	2.0	23	90	0	72	57	4	6	31	1.44
23255776--23256027	24	10.8	24	68	15	134	54	4	5	34	1.45
23255865--23256052	70	2.7	68	75	8	164	55	5	6	32	1.49
23257829--23257885	20	2.8	20	74	10	53	43	10	12	33	1.76
23258044--23258090	21	2.2	22	78	17	55	17	0	17	65	1.27
23265004--23265093	32	2.8	32	96	0	162	54	16	3	25	1.57
23265001--23265106	32	3.5	30	89	6	128	52	17	2	26	1.58
23265066--23265120	27	2.0	27	86	6	76	50	18	3	27	1.63
23264999--23265138	59	2.3	62	80	8	162	52	17	2	26	1.58
23268334--23268386	17	3.4	17	67	20	51	54	16	11	16	1.70
23268888--23269015	55	2.3	54	82	7	161	64	4	3	27	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23268970--23269031	9	7.1	9	70	18	51	70	3	0	25	1.02
23268968--23269017	18	2.7	18	90	3	73	72	4	0	24	1.02
23268969--23269028	18	3.6	16	80	13	68	70	3	0	26	1.03
23273680--23273729	21	2.4	21	75	0	55	28	34	10	28	1.89
23273982--23274087	18	5.5	19	72	18	76	32	0	7	60	1.25
23274039--23274087	9	5.1	9	78	11	53	30	0	8	61	1.25
23273982--23274083	30	3.5	28	74	18	93	31	0	6	61	1.22
23274034--23274151	18	6.2	19	69	16	66	36	1	4	57	1.28
23273999--23274137	29	4.8	29	69	15	83	35	0	3	59	1.20
23292023--23292066	19	2.3	19	80	0	52	6	31	2	59	1.36
23292908--23292932	13	1.9	13	100	0	50	28	8	8	56	1.57
23297467--23297516	25	2.0	25	100	0	100	40	8	16	36	1.77
23300217--23300255	21	1.9	20	89	5	60	28	23	23	25	1.99
23301053--23301165	30	4.2	27	76	12	99	48	16	14	20	1.80
23301053--23301165	28	4.2	28	78	10	103	48	16	14	20	1.80
23303882--23303911	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
23306836--23306872	4	9.2	4	93	0	65	72	0	27	0	0.84
23307525--23307577	28	1.9	28	84	3	72	43	7	1	47	1.42
23310622--23310665	18	2.4	18	78	10	54	40	15	2	40	1.60
23311180--23311224	23	1.9	24	81	4	56	24	51	2	22	1.60
23313168--23313231	33	1.9	33	83	0	83	29	26	21	21	1.99
23313196--23313253	28	2.1	27	87	3	80	31	25	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23313584--23313773	27	7.2	26	77	11	165	22	13	19	44	1.86
23313584--23313775	79	2.4	80	83	8	250	22	13	19	44	1.86
23323486--23323545	30	2.0	30	96	0	111	45	13	20	21	1.85
23324899--23324929	16	1.9	16	93	0	53	41	3	16	38	1.64
23329006--23329120	43	2.7	43	83	4	153	23	18	26	32	1.97
23335500--23335671	27	6.4	27	86	4	186	22	16	18	42	1.89
23335497--23335671	81	2.2	81	83	2	217	22	17	18	41	1.90
23336794--23336822	13	2.1	14	93	6	51	27	41	0	31	1.56
23338718--23338889	27	6.4	27	87	0	247	18	16	21	43	1.88
23344411--23344550	41	3.4	41	90	3	219	25	19	24	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202