genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8449619--8449656	20	2.0	20	89	5	60	10	0	39	50	1.37
8450266--8450415	44	3.4	43	82	5	151	27	21	21	30	1.98
8450303--8450645	44	7.7	44	73	12	225	28	23	18	29	1.98
8450030--8450597	181	3.1	179	73	13	557	29	22	17	30	1.97
8451939--8451963	13	1.9	13	100	0	50	4	0	8	88	0.64
8452571--8452643	31	2.4	31	81	6	87	53	2	15	28	1.55
8457057--8457115	23	2.5	24	71	13	59	61	6	6	25	1.46
8457653--8457690	20	2.0	20	89	5	60	10	0	39	50	1.37
8459052--8459081	13	2.3	13	94	0	51	33	0	16	50	1.46
8459001--8459157	56	2.8	56	86	5	237	31	5	16	46	1.70
8465956--8465995	20	2.0	20	85	0	53	22	7	12	57	1.60
8466314--8466371	22	2.6	22	75	20	66	22	36	15	25	1.94
8466581--8466634	25	2.2	26	80	6	67	12	11	9	66	1.44
8469516--8469552	19	1.9	19	88	0	56	21	40	21	16	1.91
8471513--8471582	28	2.4	28	83	9	79	61	7	1	30	1.31
8474122--8474193	29	2.4	29	86	4	90	50	15	13	20	1.78
8477942--8477977	16	2.1	18	90	10	58	50	0	0	50	1.00
8479363--8479395	16	2.0	17	88	5	50	63	9	3	24	1.38
8489948--8489987	20	2.0	21	85	5	55	57	5	17	20	1.58
8492807--8492837	13	2.3	14	94	5	55	58	6	0	35	1.24
8500471--8500537	33	2.0	33	100	0	134	28	8	23	38	1.85
8514697--8514838	9	16.0	9	85	5	191	34	0	20	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8514815--8514917	38	2.6	39	92	4	163	44	0	11	43	1.40
8514959--8515034	27	2.9	27	92	2	118	43	9	5	42	1.59
8514910--8515097	90	2.1	90	95	1	342	43	7	6	42	1.59
8514985--8515188	63	3.2	63	90	5	286	42	7	8	41	1.64
8515165--8515216	13	4.0	13	77	5	52	44	1	9	44	1.48
8516763--8516791	11	2.7	11	94	5	51	68	0	3	27	1.05
8517221--8517262	19	2.2	19	86	0	57	19	2	50	28	1.60
8517702--8518087	73	5.3	73	64	14	211	38	23	12	25	1.90
8517755--8517984	74	3.1	74	65	13	193	37	23	13	25	1.91
8517687--8518082	147	2.7	147	93	0	659	36	23	13	26	1.92
8519177--8519439	73	3.6	71	73	10	219	27	24	21	26	1.99
8526735--8526787	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
8534150--8534183	17	1.9	18	88	5	52	29	8	23	38	1.85
8536640--8536714	19	4.0	19	72	20	77	37	26	0	36	1.57
8537744--8537798	8	6.8	8	76	12	58	61	1	0	36	1.06
8540213--8540281	19	3.6	19	77	11	61	24	26	21	27	1.99
8540194--8540281	19	4.6	19	71	2	59	23	25	21	29	1.99
8551878--8552173	103	2.9	104	90	3	454	30	28	21	19	1.97
8552120--8552171	27	1.9	27	100	0	104	26	32	25	15	1.95
8552864--8552892	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
8559500--8559558	30	2.0	31	93	6	104	33	0	45	20	1.51
8565849--8565915	31	2.2	31	80	15	77	46	8	1	43	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8587683--8587751	22	3.1	23	85	4	90	17	23	17	42	1.89
8590311--8590346	8	4.5	8	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8594941--8594982	21	2.0	21	95	0	75	30	9	21	38	1.85
8598497--8598611	21	5.5	21	66	8	81	17	20	18	44	1.87
8598642--8598695	21	2.7	21	80	5	58	9	20	25	44	1.81
8598497--8598674	42	4.2	42	84	0	212	16	23	17	42	1.89
8601860--8601893	6	5.7	6	90	10	52	32	2	11	52	1.53
8605482--8605525	20	2.2	20	84	8	54	79	0	13	6	0.92
8607027--8607348	85	3.8	85	92	4	517	25	23	22	27	2.00
8607027--8607348	172	1.9	168	91	3	529	25	23	22	27	2.00
8609521--8609565	13	3.4	13	80	14	56	13	0	11	75	1.05
8609526--8609563	14	2.5	15	91	8	60	10	0	7	81	0.87
8613119--8613172	3	18.0	3	96	0	99	64	0	1	33	1.04
8621694--8621730	19	1.9	20	88	5	58	43	0	0	56	0.99
8621695--8621778	9	9.2	9	75	12	73	44	0	0	55	0.99
8621722--8621787	26	2.4	28	82	10	82	45	0	0	54	0.99
8621723--8621780	17	3.4	17	85	7	73	44	0	0	55	0.99
8623243--8623274	6	5.3	6	100	0	64	15	15	50	18	1.79
8626966--8627000	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
8626966--8627002	17	2.1	17	90	5	56	43	0	0	56	0.99
8629458--8629503	17	2.7	18	83	6	60	19	30	0	50	1.48
8634519--8634581	18	3.8	18	76	23	84	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8634514--8634581	30	2.2	31	94	2	120	41	0	0	58	0.98
8634524--8634571	15	3.2	15	72	21	55	39	0	0	60	0.97
8636623--8636818	49	4.1	49	83	10	271	32	7	10	49	1.66
8636623--8636814	92	2.1	92	97	0	357	32	7	10	48	1.67
8639006--8639051	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
8639138--8639172	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
8641872--8641903	16	2.0	16	93	0	55	15	18	15	50	1.79
8642738--8642777	9	4.4	9	87	0	53	37	25	12	25	1.91
8642900--8642943	18	2.4	18	81	7	54	13	2	40	43	1.57
8644929--8645004	11	6.8	11	73	21	61	40	2	2	53	1.28
8649235--8649267	15	2.2	15	100	0	66	48	24	0	27	1.51
8649624--8649665	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
8650581--8650624	18	2.4	18	100	0	88	15	18	54	11	1.70
8651264--8651834	89	6.4	89	89	3	785	25	24	18	30	1.98
8663445--8663477	15	2.2	15	100	0	66	48	24	0	27	1.51
8663834--8663875	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
8666078--8666167	44	2.0	44	93	0	153	40	11	6	42	1.67
8669089--8669367	42	6.6	42	86	3	364	35	18	21	23	1.95
8669089--8669367	127	2.2	125	86	5	373	35	18	21	23	1.95
8669813--8669883	21	3.4	21	90	1	108	4	42	16	36	1.68
8672657--8672900	34	7.3	34	74	18	192	35	2	17	44	1.62
8672680--8672832	67	2.4	64	77	17	167	35	1	16	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8672615--8673123	25	20.4	25	66	20	178	35	1	17	45	1.58
8672845--8672959	12	9.9	12	66	19	57	36	2	16	44	1.62
8672615--8672856	9	27.1	9	71	15	157	37	1	16	44	1.56
8672681--8672948	110	2.4	111	81	9	284	36	2	16	44	1.61
8672937--8673066	12	10.1	13	69	16	67	31	1	17	49	1.56
8672941--8673064	52	2.4	52	97	1	232	32	1	16	49	1.56
8672939--8673031	28	3.5	29	68	19	85	29	2	19	49	1.60
8673053--8673133	9	9.4	9	76	10	71	32	1	18	48	1.56
8673200--8673235	17	2.1	17	100	0	72	44	11	5	38	1.63
8673251--8673340	15	6.1	14	71	15	58	50	1	4	44	1.29
8673322--8673370	22	2.2	23	92	3	82	44	4	4	46	1.41
8673262--8673777	133	4.0	133	91	4	794	46	6	6	40	1.55
8673455--8673503	22	2.2	23	92	3	82	44	4	4	46	1.41
8673541--8673573	13	2.5	13	100	0	66	57	0	0	42	0.98
8673559--8673618	28	2.1	29	81	9	79	50	5	3	41	1.41
8673588--8673636	22	2.2	23	88	3	73	42	4	4	48	1.40
8673564--8673631	28	2.5	26	75	13	73	47	5	2	44	1.42
8675167--8675407	82	2.9	81	83	5	257	32	20	17	29	1.95
8675203--8675407	82	2.5	82	87	2	268	31	22	15	30	1.95
8676189--8676272	7	12.0	7	74	9	64	46	39	0	14	1.44
8676189--8676238	15	3.6	14	84	10	66	42	42	0	16	1.47
8676206--8676515	166	1.9	166	81	9	382	48	25	1	24	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8676879--8677073	100	2.0	98	87	4	284	26	21	18	33	1.96
8676979--8677306	114	2.9	114	83	2	453	25	22	17	33	1.96
8677274--8677331	24	2.4	24	91	2	89	15	12	20	51	1.75
8678696--8678741	21	2.3	20	85	10	60	21	2	13	63	1.40
8680612--8680791	96	1.9	96	83	0	234	33	10	22	33	1.88
8680759--8680950	49	3.9	49	85	0	240	31	16	22	29	1.96
8684181--8684216	16	2.2	16	95	0	63	33	5	19	41	1.75
8688197--8688243	5	9.2	5	80	13	51	23	25	14	36	1.93
8700864--8701086	62	3.6	62	82	1	232	22	27	24	25	2.00
8705825--8705869	23	2.0	23	100	0	90	6	35	13	44	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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