genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  7  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327159--2327206	22	2.1	22	84	7	60	33	0	2	64	1.05
2333037--2333161	29	4.2	28	76	11	99	44	19	13	23	1.86
2341008--2341072	6	10.7	6	87	9	78	56	0	0	43	0.99
2340997--2341065	17	3.9	17	76	12	68	57	0	0	42	0.98
2340999--2341077	29	2.6	31	80	13	92	59	0	0	40	0.97
2342903--2342972	29	2.4	28	75	17	70	31	8	5	54	1.54
2346024--2346076	20	2.8	19	78	13	56	28	0	9	62	1.26
2351617--2351650	2	16.5	2	93	6	59	50	0	2	47	1.16
2370138--2370178	20	2.0	20	86	9	57	63	0	4	31	1.15
2373297--2373321	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2373321--2373351	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
2377602--2377626	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
2377645--2377680	18	2.0	18	100	0	72	38	33	0	27	1.57
2383928--2383993	26	2.6	26	72	13	66	43	1	4	50	1.32
2386134--2386178	23	2.0	23	95	0	81	11	33	24	31	1.90
2389084--2389115	15	2.1	15	100	0	64	25	15	18	40	1.90
2391368--2391394	14	1.9	14	100	0	54	37	7	14	40	1.74
2398956--2399017	24	2.6	24	82	5	72	17	30	16	35	1.92
2400467--2400584	41	2.9	41	81	3	114	41	15	25	17	1.89
2401021--2401089	33	2.1	33	100	0	138	27	15	8	47	1.75
2402087--2402277	92	2.1	92	90	0	301	37	18	22	21	1.94
2408515--2408682	85	2.0	85	95	0	300	26	20	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2415009--2415072	17	3.6	17	74	15	58	26	10	14	48	1.76
2415001--2415071	36	2.0	36	94	0	124	25	11	15	47	1.78
2415265--2415359	48	2.0	48	97	0	181	20	14	23	42	1.89
2415900--2415952	21	2.5	21	84	0	70	28	5	33	32	1.81
2419462--2419610	30	4.9	30	94	3	255	36	8	0	54	1.36
2419462--2419610	61	2.5	60	93	3	255	36	8	0	54	1.36
2422110--2422175	21	3.1	21	78	6	71	54	18	27	0	1.44
2422645--2422700	24	2.3	24	81	6	69	35	1	0	62	1.06
2423124--2423168	22	2.1	21	83	4	54	71	4	0	24	1.05
2429834--2430019	83	2.2	83	85	3	259	41	8	15	33	1.78
2443111--2443160	22	2.1	25	89	10	79	20	0	4	76	0.95
2443132--2443179	19	2.5	20	79	6	62	25	0	2	72	0.95
2444909--2444978	28	2.5	28	93	4	115	38	10	1	50	1.45
2445016--2445094	27	2.9	27	90	7	117	27	26	29	16	1.97
2445141--2445294	18	8.9	18	65	24	66	66	0	31	1	1.00
2445143--2445214	10	6.6	10	73	17	54	68	0	30	1	0.99
2445143--2445244	24	4.3	23	71	11	73	66	0	32	0	0.98
2445155--2445318	38	4.3	38	82	8	174	66	0	32	1	1.00
2445146--2445225	34	2.8	28	72	24	76	67	0	31	1	0.99
2445163--2445263	10	10.5	10	72	16	79	65	0	32	1	1.04
2445161--2445312	34	4.4	33	77	15	128	66	0	32	1	1.00
2447251--2447345	27	3.5	27	92	0	154	18	29	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447408--2447478	28	2.5	29	90	4	110	47	1	9	40	1.45
2452053--2452091	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2454872--2454896	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2456125--2456155	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2460073--2460106	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2460173--2460751	288	2.0	288	96	0	1077	42	17	10	29	1.83
2463792--2463828	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
2464458--2464530	30	2.5	30	77	8	87	52	1	2	43	1.24
2464603--2464666	29	2.1	33	82	11	82	40	0	4	54	1.21
2464601--2464652	26	2.1	25	82	13	63	42	0	3	53	1.19
2465165--2465191	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2477229--2477260	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
2477552--2477577	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2483784--2483852	31	2.2	31	89	5	104	39	7	7	46	1.59
2493634--2493673	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
2495573--2495618	23	2.0	23	86	0	65	10	15	4	69	1.32
2496549--2496595	7	6.7	7	85	9	69	70	0	17	12	1.17
2496546--2496601	21	2.6	22	86	13	82	69	0	16	14	1.19
2497988--2498313	44	7.4	43	65	11	133	27	18	26	27	1.98
2497923--2500316	132	17.9	132	85	5	2710	28	18	24	28	1.98
2497953--2498315	88	4.1	88	65	10	229	27	17	26	28	1.98
2499507--2499698	44	4.4	44	68	7	120	26	21	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2499535--2500297	278	2.7	278	93	0	1294	28	19	25	27	1.99
2500117--2500297	44	4.1	44	63	16	104	28	20	22	28	1.99
2503834--2503860	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2507907--2507933	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2509565--2509609	22	2.0	22	83	8	56	55	2	2	40	1.24
2509783--2509807	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2509803--2509837	17	2.0	18	94	5	63	62	2	5	28	1.32
2510317--2510354	20	1.9	20	100	0	76	73	7	13	5	1.22
2511253--2511612	100	3.6	100	84	4	453	24	23	20	31	1.98
2511229--2511618	50	7.8	50	70	6	229	24	23	21	30	1.99
2511740--2511978	100	2.4	100	87	0	343	25	23	21	30	1.99
2511712--2511984	50	5.5	49	69	4	161	23	23	21	30	1.99
2512167--2512393	88	2.6	88	89	0	346	23	26	22	27	2.00
2513536--2513636	42	2.4	42	91	0	157	27	31	13	26	1.94
2519198--2519242	22	2.0	22	83	8	56	55	2	2	40	1.24
2519416--2519440	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2519436--2519470	17	2.0	18	94	5	63	62	2	5	28	1.32
2521887--2521919	15	2.1	16	94	5	59	57	6	18	18	1.60
2528741--2528777	18	2.0	19	89	5	58	56	2	5	35	1.36
2528957--2529027	3	25.3	3	75	11	62	67	2	1	28	1.13
2528957--2529028	31	2.4	31	86	6	103	68	2	1	27	1.12
2528957--2529027	22	3.2	23	78	6	74	67	2	1	28	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2530814--2530897	30	2.8	30	77	14	75	27	2	2	67	1.15
2530878--2530903	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
2530845--2530906	32	2.0	33	84	9	85	29	3	1	66	1.17
2530928--2530953	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2533340--2533380	19	2.2	19	86	8	57	60	12	9	17	1.57
2555634--2556156	260	2.0	259	94	2	915	34	22	10	32	1.89
2559823--2560858	535	1.9	535	95	0	1883	20	19	17	42	1.89
2563429--2564457	497	2.1	498	93	0	1754	25	16	20	37	1.93
2570760--2570786	14	1.9	14	100	0	54	25	14	14	44	1.84
2575598--2575633	18	1.9	19	88	5	56	52	0	0	47	1.00
2579430--2579465	18	1.9	18	88	5	54	25	8	0	66	1.19
2579615--2579653	19	2.0	20	85	5	53	38	0	2	58	1.12
2582982--2583010	14	2.1	14	100	0	58	27	0	13	58	1.36
2585649--2585685	17	2.0	20	85	15	53	67	0	5	27	1.12
2598736--2598783	25	1.9	25	87	8	71	22	2	4	70	1.15
2601984--2602048	30	2.2	30	83	5	78	52	6	9	32	1.58
2602971--2603003	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
2606416--2606442	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2606506--2606535	4	7.5	4	100	0	60	50	26	0	23	1.50
2606568--2606603	17	2.2	17	90	5	56	33	5	5	55	1.46
2607022--2607082	31	2.0	31	83	6	79	29	14	11	44	1.81
2609457--2609507	24	2.2	22	78	21	52	49	13	3	33	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2617251--2617327	40	1.9	40	89	5	120	29	7	14	48	1.72
2619140--2619189	21	2.5	20	80	3	55	38	6	6	50	1.52
2620669--2620720	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
2620774--2620809	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
2620798--2620862	25	2.7	24	77	17	71	49	1	3	46	1.27
2627565--2627633	30	2.3	31	82	7	79	47	2	21	27	1.65
2629740--2629805	35	1.9	34	84	6	89	46	10	7	34	1.67
2631622--2631652	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
2633386--2633447	30	2.1	30	100	0	124	32	12	16	38	1.86
2647057--2647093	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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