genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.138.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  138  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42890001--42890190	94	2.0	94	96	0	353	32	10	19	37	1.86
42892068--42892327	129	2.0	126	84	7	330	26	18	29	25	1.98
42894094--42894128	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
42894281--42894313	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
42894457--42894526	20	3.5	20	66	19	56	45	5	5	42	1.51
42898025--42898116	43	2.1	43	91	0	148	29	34	17	18	1.94
42918987--42919200	106	2.0	106	98	0	410	37	8	15	38	1.78
42923148--42923307	53	3.0	53	88	0	230	35	13	24	26	1.93
42923551--42923627	32	2.4	32	89	2	111	25	6	32	35	1.82
42923489--42923659	92	1.8	93	81	6	213	29	10	27	32	1.90
42934795--42934833	18	2.2	18	85	0	51	15	35	38	10	1.81
42945223--42945310	39	2.3	39	91	0	140	29	26	17	27	1.97
42947357--42947398	17	2.5	17	80	7	50	21	28	2	47	1.63
42963639--42963711	32	2.2	33	85	7	96	21	35	24	17	1.95
42965662--42965855	50	3.9	50	86	2	264	21	30	22	26	1.98
42971577--42971605	7	4.3	7	95	4	51	27	0	10	62	1.28
42971577--42971611	14	2.5	13	86	13	52	31	0	8	60	1.27
42971718--42971746	13	2.2	13	100	0	58	48	24	20	6	1.74
42979606--42980154	44	12.5	44	75	6	427	27	16	26	29	1.97
42979606--42980140	132	4.1	132	90	1	819	27	16	26	29	1.97
42979618--42980137	265	2.0	260	90	2	826	27	16	26	30	1.97
42979657--42980268	265	2.3	265	82	5	618	27	18	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42980135--42980452	88	3.6	88	88	0	456	28	27	23	20	1.99
42980452--42980617	44	3.8	44	88	1	244	27	18	25	27	1.98
42980588--42980750	88	1.9	88	86	0	236	28	22	25	23	1.99
42981270--42981570	44	6.9	44	73	11	183	30	20	22	27	1.98
42981263--42981723	217	2.1	215	86	2	627	29	20	22	27	1.98
42981487--42981585	44	2.2	44	82	3	119	32	23	17	27	1.96
42982221--42982281	14	4.0	14	71	19	50	57	13	8	21	1.62
42982215--42982278	33	1.9	33	100	0	128	57	12	10	18	1.63
42988388--42988416	11	2.6	11	100	0	58	44	31	0	24	1.54
42993946--42994286	50	6.8	50	84	3	382	22	29	21	27	1.99
42993946--42994286	150	2.3	149	86	1	441	22	29	21	27	1.99
42993995--42994286	50	5.8	50	87	1	397	22	30	21	26	1.99
43002184--43002208	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
43004026--43004068	20	2.2	19	83	4	50	25	4	4	65	1.32
43007684--43007772	25	3.5	25	87	3	97	21	22	25	30	1.99
43007709--43007772	25	2.6	25	94	0	110	23	23	25	28	2.00
43023032--43023733	69	10.2	69	76	2	505	37	21	19	22	1.95
43031029--43031116	25	3.5	25	77	9	90	31	18	21	28	1.97
43036452--43036486	18	1.9	18	94	0	61	22	14	8	54	1.67
43036631--43036814	92	2.0	92	100	0	368	28	23	9	38	1.87
43044982--43045104	41	3.0	42	87	1	176	34	17	28	20	1.95
43048758--43048818	32	1.9	32	96	3	115	45	13	8	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43054374--43054439	9	8.2	8	80	9	57	0	6	10	83	0.81
43054363--43054428	18	3.4	18	69	15	60	0	9	13	77	0.99
43054374--43054439	31	2.1	31	91	0	105	0	6	10	83	0.81
43054361--43054436	40	1.9	40	100	0	152	0	7	11	80	0.91
43054972--43055036	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
43058068--43058111	23	1.9	23	85	0	61	54	9	9	27	1.62
43058954--43059003	25	2.0	25	96	0	91	36	10	20	34	1.86
43059338--43059388	25	2.0	25	85	7	68	39	1	13	45	1.55
43060801--43060932	28	4.7	28	82	3	158	40	10	23	25	1.86
43060801--43060929	56	2.3	56	87	2	179	41	10	22	24	1.86
43062689--43062754	25	2.6	25	80	0	87	27	12	22	37	1.90
43067259--43067327	24	2.9	24	84	0	84	28	15	21	33	1.95
43068394--43068426	16	2.1	16	88	11	50	33	21	6	39	1.78
43077732--43077787	18	3.2	18	75	12	53	48	5	10	35	1.61
43077997--43078071	28	2.7	28	85	0	105	34	10	26	28	1.90
43079570--43079817	134	1.9	134	79	6	288	38	12	19	30	1.88
43079699--43079922	123	1.8	123	81	1	279	36	13	19	30	1.90
43079919--43080017	36	2.6	38	81	10	114	42	16	16	25	1.88
43079962--43080827	39	22.4	39	74	6	321	40	16	22	21	1.91
43079966--43080827	78	11.2	78	76	6	488	40	16	22	20	1.91
43079962--43080828	117	7.5	117	74	6	521	40	16	22	20	1.91
43080024--43080229	109	1.9	109	86	2	297	42	16	22	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43080061--43080198	70	2.0	70	81	5	163	40	17	23	18	1.91
43086825--43086864	19	2.0	22	85	14	59	42	0	2	55	1.13
43086872--43086900	13	2.1	14	93	6	51	75	0	10	13	1.04
43086889--43086923	17	2.1	17	94	0	61	77	5	14	2	1.07
43089473--43089852	188	2.0	187	93	1	645	31	18	22	27	1.97
43090731--43090773	21	2.0	21	81	4	50	39	6	18	34	1.78
43094499--43094543	19	2.2	21	82	17	60	46	0	2	51	1.13
43095627--43095720	23	4.0	24	91	4	149	22	21	19	37	1.95
43095627--43095755	23	5.9	21	85	6	143	19	22	21	36	1.95
43101155--43101320	29	5.8	29	86	2	219	36	10	22	29	1.88
43101155--43101324	57	3.0	57	89	1	243	37	10	22	30	1.88
43102561--43102588	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
43106751--43106794	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
43106938--43107121	51	3.7	50	73	11	171	33	27	15	24	1.95
43107286--43107318	14	2.3	15	94	5	59	45	12	0	42	1.41
43113301--43113349	9	5.4	9	95	0	89	42	22	10	24	1.84
43117139--43117219	17	4.6	17	73	20	78	55	1	3	39	1.25
43117443--43117500	30	1.9	30	89	0	89	43	0	37	18	1.51
43117794--43117824	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
43118350--43118404	29	2.0	29	89	7	87	38	3	5	52	1.42
43120105--43120137	15	2.1	16	94	5	59	48	0	24	27	1.51
43120285--43120344	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43120558--43120594	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
43126559--43126698	50	2.8	51	83	5	178	30	27	17	24	1.97
43134119--43134151	12	2.8	12	100	0	66	24	18	48	9	1.76
43142103--43142194	31	3.0	30	82	9	96	41	7	15	35	1.75
43146234--43146408	93	1.9	93	85	0	242	35	21	14	28	1.93
43146457--43146512	22	2.7	22	75	25	59	58	1	5	33	1.31
43146457--43146512	10	5.4	10	78	18	53	58	1	5	33	1.31
43146509--43146559	17	3.0	16	71	23	50	62	1	9	25	1.36
43146541--43146654	20	5.7	20	70	16	83	58	0	7	32	1.33
43146540--43146654	40	2.8	42	76	14	125	59	0	7	32	1.32
43146595--43146648	10	5.4	10	75	20	51	57	1	3	37	1.27
43152169--43152204	5	7.0	5	93	6	63	80	0	19	0	0.71
43153066--43153156	42	2.2	42	93	0	155	29	18	24	27	1.98
43155516--43155638	43	2.9	43	83	0	156	31	11	11	45	1.76
43155412--43155617	99	2.1	99	89	0	313	33	9	12	45	1.73
43155946--43156036	38	2.4	35	76	15	92	31	3	2	62	1.23
43155923--43156087	20	8.4	19	69	18	81	37	2	1	58	1.19
43155930--43156107	20	8.9	20	69	17	72	37	2	1	59	1.17
43161133--43161157	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
43162139--43162360	114	1.9	114	97	0	417	41	3	14	40	1.63
43162846--43162991	41	3.6	41	89	1	213	27	18	28	25	1.98
43166404--43166607	61	3.3	62	80	2	243	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43166404--43166489	29	2.9	28	68	25	77	25	23	16	34	1.95
43166726--43166831	53	2.0	53	88	0	158	28	25	12	33	1.92
43166851--43167233	202	1.9	202	97	0	721	26	27	14	31	1.95
43172061--43172300	51	4.7	51	76	2	230	37	17	8	36	1.80
43172059--43172300	102	2.4	101	81	5	256	37	17	8	36	1.80
43176669--43176695	7	3.9	7	100	0	54	0	0	44	55	0.99
43177086--43177148	30	2.1	30	100	0	126	57	14	3	25	1.52
43184237--43184277	18	2.3	18	86	0	55	29	36	9	24	1.87
43190750--43190778	15	1.9	15	100	0	58	41	20	3	34	1.69
43192708--43192732	12	2.1	12	100	0	50	8	16	36	40	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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