genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  48  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14269932--14269968	15	2.3	17	86	9	51	37	0	10	51	1.37
14272462--14272488	14	1.9	14	100	0	54	29	0	14	55	1.40
14273597--14273859	29	9.0	29	76	8	162	25	24	12	36	1.91
14273667--14273855	58	3.3	58	74	11	188	24	26	12	37	1.90
14273606--14273828	87	2.6	86	82	4	250	26	26	11	36	1.90
14279671--14279920	124	2.0	124	100	0	500	34	8	20	37	1.82
14282438--14282480	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
14284338--14284388	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
14284675--14284714	12	3.3	12	96	0	71	32	42	17	7	1.77
14290137--14290191	6	9.5	6	90	7	87	1	16	49	32	1.56
14290144--14290177	10	3.2	10	91	8	50	0	17	50	32	1.47
14290144--14290185	22	1.9	22	100	0	84	0	16	50	33	1.46
14290138--14290191	28	1.9	28	96	0	99	1	16	48	33	1.57
14290141--14290243	6	17.5	6	91	4	75	14	19	39	26	1.90
14290185--14290269	6	14.2	6	94	0	98	23	18	38	18	1.93
14297717--14298246	124	4.3	125	88	3	761	33	16	18	30	1.94
14301574--14301635	32	1.9	33	86	3	90	35	11	1	51	1.47
14302836--14302873	20	1.9	20	84	10	51	52	5	5	36	1.47
14303807--14303906	51	2.0	51	88	4	148	45	2	27	26	1.65
14303868--14303917	22	2.3	22	89	6	75	44	2	30	24	1.65
14305412--14305465	16	3.4	16	72	10	56	44	3	0	51	1.19
14305388--14305492	32	3.4	32	85	8	130	40	3	0	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14305464--14305532	25	2.7	27	77	22	69	42	2	0	55	1.15
14305455--14305532	27	2.9	27	79	9	81	42	2	0	55	1.13
14310641--14310682	22	2.0	22	86	13	61	26	0	19	54	1.44
14312272--14312316	20	2.2	20	80	0	54	11	26	22	40	1.87
14312859--14312892	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
14335098--14335156	18	3.2	18	68	17	57	44	16	3	35	1.65
14335105--14335164	20	3.1	19	68	18	52	45	15	5	35	1.68
14335085--14335164	38	2.1	38	95	0	142	45	15	5	35	1.68
14343411--14343435	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14344966--14345000	3	11.7	3	87	0	52	31	2	2	62	1.24
14346761--14347110	124	2.8	124	92	0	592	30	15	21	33	1.94
14350168--14350192	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
14350220--14350265	18	2.6	18	100	0	92	50	4	6	39	1.48
14350176--14350320	73	2.0	73	100	0	290	45	4	11	38	1.61
14350238--14350375	55	2.5	55	94	3	233	44	4	13	37	1.64
14350370--14350783	29	14.3	29	89	6	635	29	0	24	46	1.55
14350568--14350634	32	2.1	32	100	0	134	37	0	14	47	1.45
14350600--14350762	30	6.0	23	75	22	92	28	0	23	47	1.52
14350412--14350783	202	1.9	200	95	1	681	29	0	24	46	1.55
14350789--14350973	71	2.6	71	93	0	316	44	14	3	37	1.63
14351067--14351116	21	2.4	21	79	0	55	2	24	34	40	1.66
14351374--14351408	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14353157--14353221	30	2.2	30	94	5	114	66	0	0	33	0.92
14353157--14353207	10	5.1	10	74	9	50	70	0	0	29	0.87
14353222--14353342	51	2.4	51	93	5	201	42	0	28	28	1.56
14353315--14353340	12	2.2	12	100	0	52	38	0	30	30	1.58
14353572--14353635	29	2.3	28	81	7	69	46	17	14	21	1.83
14355924--14355950	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
14357326--14357382	19	2.9	19	79	7	62	59	1	1	36	1.18
14370673--14370710	3	12.7	3	100	0	76	34	0	34	31	1.58
14371887--14371915	7	4.3	7	95	4	51	62	0	13	24	1.32
14372210--14372252	22	2.0	22	90	0	68	67	9	4	18	1.36
14395852--14395882	16	1.9	16	93	0	53	61	0	3	35	1.12
14396725--14396792	34	1.9	34	91	5	109	45	14	8	30	1.76
14404858--14404891	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
14404855--14404891	12	3.1	12	96	0	65	45	0	0	54	1.00
14405782--14405883	41	2.5	41	91	0	168	27	20	30	21	1.98
14408544--14408728	101	1.8	102	89	3	293	24	20	26	29	1.99
14408544--14408724	51	3.6	50	78	8	163	24	20	26	28	1.99
14408544--14408736	102	1.9	101	88	3	289	24	20	26	28	1.99
14408732--14408830	46	2.2	43	81	12	110	22	19	25	33	1.97
14408954--14408985	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
14422969--14423145	96	1.8	96	85	0	246	34	23	18	23	1.96
14426362--14426514	40	3.8	40	86	1	191	35	18	13	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14426752--14426869	59	2.0	59	100	0	236	42	22	8	27	1.82
14428448--14428492	9	5.1	9	79	15	58	44	0	28	26	1.55
14434289--14434322	17	2.1	16	89	10	52	58	0	0	41	0.98
14436718--14436786	25	2.8	25	80	4	70	14	5	7	72	1.25
14443830--14443902	18	3.9	18	77	19	69	38	2	1	57	1.22
14443831--14443902	28	2.5	28	84	8	101	38	2	1	56	1.22
14455839--14456036	101	2.0	101	86	2	281	35	15	13	35	1.86
14459093--14459149	26	2.2	26	84	9	71	0	29	3	66	1.08
14459485--14459510	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
14463542--14463604	28	2.3	27	78	8	65	20	20	25	33	1.97
14469928--14469972	22	2.1	22	88	12	67	37	0	2	60	1.09
14474606--14474788	41	4.4	40	83	8	172	18	25	22	33	1.96
14474610--14474840	82	2.8	81	78	7	205	20	23	23	32	1.98
14475847--14475872	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14475769--14475951	85	2.2	85	100	0	366	45	4	10	38	1.59
14479392--14479518	43	2.8	43	69	16	96	42	4	4	48	1.45
14482492--14482581	21	4.3	21	89	0	117	36	20	40	3	1.69
14483030--14483283	43	6.0	42	83	7	284	23	25	22	29	1.99
14483032--14483283	85	3.0	85	84	7	264	23	25	22	29	1.99
14494921--14494967	2	24.0	2	91	4	78	53	0	0	46	1.00
14503406--14503547	50	2.8	50	81	0	158	20	28	22	28	1.98
14508476--14508548	36	2.0	36	81	5	85	19	13	20	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14511183--14511220	18	2.1	18	100	0	76	60	0	0	39	0.97
14517537--14517598	18	3.2	18	75	24	56	51	3	4	40	1.39
14518217--14518287	31	2.5	27	77	16	79	42	8	12	36	1.73
14518227--14518296	31	2.3	31	87	2	97	44	7	11	37	1.68
14531759--14531810	20	2.6	20	85	11	63	63	7	0	28	1.22
14538525--14538716	50	3.7	50	80	7	165	24	24	20	30	1.99
14539942--14540010	31	2.2	31	89	5	104	46	5	1	46	1.35
14544405--14544459	3	18.3	3	100	0	110	34	0	0	65	0.93
14547836--14548316	69	7.0	69	83	1	482	20	19	23	37	1.94
14547841--14548287	207	2.2	206	82	1	545	20	18	23	37	1.94
14553480--14553521	22	2.0	21	90	4	66	40	45	4	9	1.58
14554471--14554514	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
14560866--14561552	45	15.3	45	86	4	908	27	17	25	29	1.97
14562437--14562478	22	2.0	21	86	13	59	40	42	7	9	1.65
14563431--14563503	8	9.6	8	73	16	57	36	2	0	60	1.11
14569646--14569690	19	2.3	19	88	3	63	55	6	6	31	1.52
14569724--14569917	96	2.0	96	94	0	343	36	25	13	24	1.92
14571483--14571553	24	3.0	24	74	0	79	35	39	5	19	1.76
14572555--14572584	14	2.1	14	93	0	51	40	16	0	43	1.48
14575962--14575996	17	2.1	17	88	0	52	71	5	5	17	1.25
14575990--14576026	5	7.6	5	87	6	58	78	0	2	18	0.87
14576888--14577104	115	1.9	115	85	1	301	27	25	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14579312--14579481	43	4.0	44	80	4	195	27	14	25	32	1.95
14580133--14580193	26	2.5	22	82	15	68	21	24	22	31	1.98
14592634--14592742	25	4.8	23	70	18	68	57	0	1	39	1.15
14595132--14595159	12	2.3	12	100	0	56	32	7	17	42	1.77
14603390--14603415	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
14609164--14609190	13	2.1	13	100	0	54	55	0	7	37	1.28
14609661--14609732	34	2.1	33	85	10	92	43	2	2	51	1.30
14609720--14609777	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
14609811--14609851	20	2.0	21	85	4	57	51	2	0	46	1.14
14609960--14610021	31	2.0	31	90	0	97	46	4	9	38	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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