genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  26  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7584880--7585099	43	5.1	43	90	2	302	29	18	22	29	1.97
7592550--7592891	180	1.9	180	90	1	542	31	18	15	34	1.92
7594719--7594793	23	3.5	23	68	17	70	12	10	44	33	1.76
7596816--7596854	19	2.1	19	100	0	78	41	15	10	33	1.81
7605689--7605732	22	2.0	22	91	8	72	22	15	6	54	1.65
7605976--7606059	40	2.1	40	90	0	132	23	33	21	21	1.97
7607625--7607771	45	3.3	44	83	7	156	24	20	12	42	1.86
7607645--7607762	44	2.6	45	89	1	184	25	18	12	43	1.86
7608591--7608642	27	2.0	26	88	3	77	34	7	0	57	1.27
7611329--7611367	15	2.6	15	100	0	78	33	38	7	20	1.81
7611505--7611595	47	1.9	47	100	0	182	36	10	12	40	1.78
7615096--7615143	6	8.0	6	97	0	87	16	14	0	68	1.21
7628368--7628425	20	2.9	19	75	17	55	36	20	8	34	1.84
7629110--7629140	15	2.1	15	100	0	62	38	25	16	19	1.92
7630869--7630912	23	1.9	23	86	9	63	36	9	0	54	1.32
7631130--7631161	13	2.5	13	89	0	55	71	6	0	21	1.07
7635008--7635121	49	2.3	49	86	0	156	28	29	17	24	1.97
7648589--7648747	60	2.7	60	82	10	181	33	17	10	38	1.83
7654009--7654081	20	3.7	20	76	7	67	41	27	5	26	1.77
7654811--7655091	141	2.0	142	90	3	451	38	13	13	34	1.84
7661207--7661240	9	3.8	9	88	0	50	44	14	11	29	1.81
7661454--7661513	30	2.0	31	83	3	77	21	38	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7665021--7665051	14	2.2	14	100	0	62	54	0	19	25	1.44
7665225--7665423	41	4.9	40	82	1	200	39	17	17	26	1.91
7665226--7665432	81	2.5	80	81	6	236	39	17	16	25	1.91
7666206--7666466	127	2.0	128	95	0	470	28	10	13	46	1.77
7666454--7666531	40	2.0	40	94	0	138	14	12	19	53	1.72
7667340--7667385	22	2.1	22	100	0	92	17	17	17	47	1.83
7669875--7669933	28	2.1	28	100	0	118	50	11	16	20	1.76
7672978--7673038	23	2.7	22	75	7	59	52	0	11	36	1.38
7673188--7673217	7	4.1	7	95	4	51	70	0	3	26	1.03
7673315--7673345	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
7675176--7676454	50	25.7	50	68	5	728	25	22	22	30	1.99
7675176--7676463	100	12.9	101	81	5	1487	24	22	22	30	1.99
7675176--7676476	199	6.5	199	92	0	2012	24	22	22	30	1.99
7677718--7677754	17	2.2	17	90	0	56	0	21	2	75	0.92
7677702--7677751	23	2.2	23	89	3	75	0	20	6	74	1.03
7694993--7695027	18	1.9	18	100	0	70	28	22	20	28	1.98
7696229--7696292	33	1.9	34	87	9	96	43	1	0	54	1.09
7699704--7699746	19	2.2	20	83	4	52	74	4	2	18	1.10
7699723--7699859	60	2.3	59	83	7	163	61	4	3	30	1.33
7701926--7702106	52	3.5	52	93	2	294	28	28	14	28	1.96
7704022--7704066	23	2.0	23	100	0	90	48	15	13	22	1.79
7704565--7704634	26	2.7	26	80	6	72	38	22	22	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7705091--7705133	21	2.0	22	86	4	61	39	18	0	41	1.51
7706084--7706157	19	3.8	19	84	12	80	28	2	2	66	1.19
7706076--7706133	9	6.3	9	82	11	73	27	5	0	67	1.12
7706084--7706172	19	4.5	20	82	12	69	32	3	2	61	1.24
7706125--7706172	21	2.3	20	82	10	60	39	2	4	54	1.32
7706211--7706243	17	1.9	18	88	11	52	45	0	3	51	1.16
7706183--7706321	54	2.6	54	75	11	124	31	3	2	62	1.24
7706456--7706516	29	2.1	29	84	6	79	32	11	24	31	1.91
7710136--7710169	17	2.0	17	88	0	50	88	0	11	0	0.52
7710138--7710176	13	3.0	13	88	0	51	82	0	17	0	0.68
7730645--7730674	14	2.1	14	93	0	51	43	10	23	23	1.83
7732712--7732792	30	2.8	30	83	10	89	23	4	3	67	1.26
7733388--7733462	25	2.8	29	80	17	106	56	0	0	44	0.99
7733399--7733479	25	3.2	25	91	0	117	56	0	0	43	0.99
7735684--7735756	24	3.0	25	85	4	112	24	24	20	30	1.99
7735686--7735797	25	4.6	24	79	10	120	23	24	22	30	1.99
7735684--7735797	49	2.3	49	85	8	144	23	24	21	29	1.99
7739628--7739714	25	3.5	25	76	13	67	24	24	21	29	1.99
7747333--7747366	17	2.0	17	100	0	68	23	5	29	41	1.78
7749373--7749406	17	2.0	17	88	0	50	32	26	2	38	1.71
7752024--7752059	18	2.0	18	88	0	54	5	16	5	72	1.23
7754175--7754217	22	1.9	22	85	4	59	53	23	11	11	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7758561--7758599	2	19.5	2	89	0	60	48	0	0	51	1.00
7759380--7759419	16	2.5	16	84	11	55	55	0	2	42	1.13
7761246--7761304	31	1.9	31	85	0	82	35	8	16	38	1.80
7762048--7762090	11	3.7	11	79	11	50	39	2	0	58	1.11
7762983--7763032	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
7765098--7765157	30	2.0	31	90	3	95	38	0	43	18	1.50
7766041--7766489	233	1.9	233	93	0	781	32	21	13	33	1.92
7766475--7766528	27	2.0	27	100	0	108	33	18	22	25	1.97
7768511--7768625	59	1.9	58	84	6	151	35	18	8	37	1.82
7768758--7768801	12	3.5	12	81	6	52	0	4	15	79	0.89
7769100--7769160	31	2.0	31	84	12	81	52	8	18	21	1.71
7769305--7769347	15	3.1	14	83	9	52	20	6	11	60	1.54
7770135--7770167	16	2.0	17	88	5	50	36	0	3	60	1.12
7770268--7770315	24	2.0	23	84	15	62	37	4	0	58	1.18
7770334--7770442	26	4.0	26	80	13	128	48	1	9	40	1.46
7770335--7770445	29	3.9	28	87	5	145	49	1	9	39	1.45
7770332--7770445	58	2.0	55	88	5	165	49	1	9	39	1.46
7772173--7772231	29	2.0	29	83	9	75	44	13	8	33	1.74
7773604--7773636	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
7782295--7782383	30	3.0	30	83	6	126	33	23	17	24	1.96
7788919--7788954	19	1.9	18	88	5	54	22	0	30	47	1.52
7793300--7793351	27	1.9	27	100	0	104	26	15	11	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7793473--7793680	100	2.1	95	80	11	236	32	16	17	33	1.93
7794408--7794450	19	2.3	19	83	0	50	39	0	2	58	1.11
7809252--7809290	18	2.2	18	85	0	51	71	0	2	25	0.98
7809577--7809753	19	9.8	18	69	14	89	29	1	6	62	1.30
7809678--7809755	18	4.3	18	73	10	61	26	0	6	66	1.15
7811335--7811380	14	3.3	14	87	6	58	45	0	8	45	1.34
7811331--7811360	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7811853--7812077	89	2.5	90	84	6	298	39	20	8	31	1.84
7819491--7819519	15	2.0	15	93	6	51	34	13	0	51	1.42
7822306--7822365	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
7826608--7826752	41	3.5	41	80	6	161	24	28	19	27	1.98
7826702--7826834	41	3.2	41	90	2	187	33	24	17	24	1.96
7827491--7827571	2	40.5	2	100	0	162	50	49	0	0	1.00
7828632--7828656	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
7838394--7838440	22	2.1	22	92	0	76	40	21	23	14	1.90
7838394--7838452	22	2.7	22	89	0	73	38	20	22	18	1.93
7838427--7838488	25	2.5	25	86	0	88	37	16	24	22	1.94
7839034--7839158	47	2.6	47	84	3	133	34	31	13	20	1.92
7839032--7839158	49	2.6	49	83	3	159	33	31	13	21	1.92
7841712--7841756	22	2.0	22	91	0	72	55	8	13	22	1.65
7846501--7846535	16	2.1	17	89	5	54	45	0	2	51	1.16
7848363--7848411	25	2.0	24	88	4	71	53	20	4	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7848947--7848995	23	2.1	23	100	0	98	55	18	4	22	1.60
7858616--7858649	16	2.1	16	88	0	50	55	2	23	17	1.55
7868002--7868070	34	2.0	34	97	0	129	34	17	4	43	1.69
7870635--7870675	17	2.3	18	76	19	50	19	12	17	51	1.76
7872996--7873117	49	2.5	50	81	9	142	16	29	21	32	1.95
7872996--7873117	25	4.9	24	75	4	100	16	29	21	32	1.95
7878208--7878249	22	1.9	22	90	0	66	28	11	11	47	1.76
7881848--7882043	42	4.7	42	72	11	141	46	15	19	17	1.84
7881987--7882043	21	2.7	21	78	7	62	49	14	21	15	1.80
7887921--7887971	22	2.4	22	96	3	95	31	27	0	41	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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