genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  70  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20756920--20756959	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
20756908--20756973	35	1.9	34	90	6	107	46	13	7	31	1.71
20757050--20757113	27	2.5	27	80	12	73	42	0	23	34	1.55
20771462--20771496	15	2.3	15	90	0	52	40	14	0	45	1.45
20773106--20773139	15	2.3	15	89	0	50	50	2	14	32	1.58
20773536--20773564	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
20774509--20774607	43	2.3	43	73	3	101	33	24	22	20	1.97
20777462--20777542	41	2.0	41	90	0	126	14	24	38	22	1.92
20777468--20777570	41	2.5	41	82	6	120	16	26	34	22	1.95
20784768--20784820	27	2.0	27	92	0	88	30	20	20	28	1.98
20787950--20787979	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
20793671--20793802	44	3.0	44	85	2	185	31	18	8	40	1.81
20794635--20794678	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
20803879--20803972	36	2.6	35	74	14	93	59	3	0	37	1.13
20803883--20803958	19	4.2	17	76	17	64	63	2	0	34	1.09
20803888--20803965	27	3.0	27	83	12	85	61	2	0	35	1.10
20803883--20803967	9	9.3	10	72	21	53	63	2	0	34	1.07
20803914--20803996	29	2.9	28	77	13	73	61	2	1	34	1.17
20804470--20804729	9	27.1	9	66	16	105	32	3	4	59	1.33
20804510--20804714	19	10.7	19	66	21	65	33	2	3	60	1.26
20804510--20804574	21	3.3	20	78	21	75	33	0	4	61	1.16
20804607--20804697	48	1.9	46	86	8	130	34	2	3	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20812235--20812259	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
20812821--20812857	17	2.2	18	85	9	51	56	13	5	24	1.58
20816232--20816292	29	2.0	31	81	12	74	49	11	13	26	1.75
20816428--20816506	31	2.5	31	85	0	104	25	11	15	48	1.78
20823910--20824110	84	2.4	83	86	4	280	35	29	8	26	1.87
20825267--20825311	19	2.4	19	89	10	67	33	0	2	64	1.06
20825683--20825783	29	3.4	29	70	12	89	26	21	6	44	1.77
20825676--20825838	59	2.7	59	83	2	193	23	20	6	49	1.71
20825675--20825838	60	2.7	59	81	5	186	23	20	6	50	1.71
20825684--20825836	29	5.2	29	64	18	73	23	21	5	49	1.71
20840292--20840476	42	4.4	42	78	2	192	32	20	11	35	1.89
20840292--20840480	14	13.5	14	79	0	153	32	20	12	35	1.89
20840403--20840511	56	1.9	56	85	3	148	33	17	13	35	1.89
20852280--20852397	43	2.8	41	73	11	96	26	16	24	33	1.96
20854033--20854138	20	5.3	20	74	0	77	23	19	21	34	1.96
20854033--20854152	40	3.0	40	86	0	168	24	20	20	34	1.97
20859507--20859563	9	5.8	10	80	14	57	42	3	0	54	1.17
20859498--20859557	9	6.3	9	79	9	57	40	3	1	55	1.27
20859499--20859539	19	2.1	20	86	4	57	39	0	2	58	1.11
20865781--20865839	23	2.6	23	91	0	91	20	27	20	32	1.97
20868910--20868960	26	2.0	25	84	3	66	43	1	7	47	1.43
20869974--20870016	17	2.4	18	88	3	61	46	0	4	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20870863--20870904	21	2.0	21	90	0	66	33	14	14	38	1.86
20874819--20874866	25	2.0	24	84	8	62	58	10	6	25	1.54
20876084--20876128	3	15.0	3	95	0	81	31	0	0	68	0.89
20876233--20876293	24	2.5	24	82	10	72	36	4	4	54	1.44
20880354--20880438	35	2.4	35	92	0	134	36	14	5	43	1.69
20881100--20881150	27	1.9	26	84	4	66	76	7	9	5	1.15
20882060--20882157	7	14.0	7	93	4	171	72	0	13	14	1.12
20884896--20885049	79	1.9	79	93	0	263	29	26	20	23	1.99
20885233--20885788	139	4.0	139	92	1	925	31	18	22	26	1.97
20885613--20885698	44	2.0	44	88	0	127	29	19	24	26	1.99
20885668--20885850	98	1.9	97	90	3	298	33	17	20	28	1.95
20886221--20886268	25	2.0	24	88	8	71	58	10	4	27	1.49
20887482--20887529	3	16.0	3	91	0	78	33	0	4	62	1.14
20887482--20887529	18	2.7	18	100	0	96	33	0	4	62	1.14
20887634--20887694	24	2.5	24	82	10	72	36	4	4	54	1.44
20891363--20891431	23	2.8	24	77	16	79	24	23	20	31	1.98
20894486--20894536	26	2.0	25	84	3	66	43	1	7	47	1.43
20895545--20895587	17	2.4	18	88	3	61	46	0	4	48	1.22
20899244--20899278	15	2.2	16	90	5	54	37	0	14	48	1.44
20900596--20900629	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
20900596--20900629	10	3.4	10	95	0	59	50	5	0	44	1.26
20901721--20901813	16	5.9	17	74	14	74	39	4	5	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20901714--20901770	30	1.9	30	92	0	96	33	7	3	56	1.43
20901714--20901766	13	3.8	13	77	18	52	33	7	3	54	1.46
20901732--20901879	61	2.4	61	84	2	190	41	4	6	47	1.49
20901871--20901918	24	2.0	25	84	12	64	50	0	0	50	1.00
20902073--20902295	12	20.1	12	65	26	57	49	15	1	33	1.55
20902105--20902150	7	6.6	7	78	16	51	60	10	0	28	1.30
20902026--20902299	95	2.8	95	90	5	415	48	15	2	33	1.60
20902105--20902150	15	3.3	15	82	11	62	60	10	0	28	1.30
20902146--20902204	21	2.8	20	85	7	82	42	16	3	37	1.66
20902217--20902253	8	5.0	7	93	6	56	59	13	0	27	1.35
20902206--20902253	15	3.4	15	81	18	59	60	12	0	27	1.32
20902079--20902253	23	7.7	23	67	21	75	52	14	1	32	1.49
20902249--20902299	21	2.4	21	87	6	68	41	19	3	35	1.70
20902345--20902571	9	25.2	9	69	18	134	46	20	1	31	1.59
20902376--20902580	27	7.8	26	74	14	161	46	20	0	32	1.55
20902478--20902543	34	1.9	34	81	6	80	43	21	0	34	1.53
20902423--20902565	62	2.3	60	79	12	141	45	21	0	32	1.57
20908423--20908582	42	3.8	42	87	0	223	34	21	21	21	1.97
20909084--20909125	21	2.0	21	95	0	75	35	14	11	38	1.83
20911914--20911950	7	5.3	7	96	0	65	45	10	0	43	1.39
20916349--20916395	25	1.9	24	86	4	67	23	0	2	74	0.93
20920477--20920564	46	1.9	46	83	2	115	40	2	13	43	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20920625--20920670	24	1.9	24	90	0	74	47	10	26	15	1.78
20920755--20920875	21	5.8	21	64	3	64	16	17	18	47	1.82
20920765--20920913	42	3.5	42	89	0	217	15	21	18	44	1.87
20920742--20920932	42	4.6	41	84	1	184	16	20	17	45	1.85
20921953--20922008	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
20922646--20922716	22	3.2	22	86	7	99	35	28	1	35	1.66
20922687--20922745	30	2.0	30	89	0	91	35	33	0	30	1.58
20922717--20922758	22	1.9	22	85	0	57	35	30	0	33	1.58
20922955--20922988	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
20926846--20927243	23	15.2	23	72	19	193	45	21	0	32	1.57
20926811--20927321	28	19.0	28	82	13	515	44	22	0	31	1.59
20926811--20927321	51	9.5	53	79	15	413	44	22	0	31	1.59
20926951--20927245	23	11.5	23	76	19	248	44	23	1	31	1.60
20929630--20929908	124	2.3	123	85	3	373	32	23	15	29	1.95
20931855--20931904	18	2.6	19	87	9	66	4	20	2	74	1.08
20931861--20931904	19	2.4	17	82	14	52	4	18	2	75	1.09
20933518--20933573	30	1.9	28	82	13	69	58	10	16	14	1.62
20935993--20936045	2	26.5	2	96	0	97	50	0	0	49	1.00
20957361--20957420	23	2.6	23	74	10	68	23	18	16	41	1.90
20960830--20960960	67	2.0	67	96	0	244	20	16	34	29	1.94
20969200--20969248	24	2.0	26	88	8	75	42	0	0	57	0.99
20971695--20971740	24	1.9	24	91	8	76	36	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20971837--20971864	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
20971807--20972016	68	3.1	68	97	1	388	45	9	4	40	1.57
20971905--20971932	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
20971995--20972057	23	2.7	23	78	7	65	44	3	3	49	1.34
20974696--20975223	265	2.0	263	90	2	826	41	13	16	28	1.86
20979390--20979452	25	2.5	25	77	12	65	49	1	3	46	1.27
20980440--20980486	23	2.0	23	100	0	94	34	12	12	40	1.82
20985770--20985798	15	1.9	15	100	0	58	10	27	0	62	1.28
20986452--20986513	31	2.0	31	100	0	124	22	6	22	48	1.73
20987400--20987459	21	2.8	22	80	10	61	51	1	1	45	1.21

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