genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  90  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27070779--27071026	43	5.8	43	78	6	200	31	23	17	28	1.97
27070803--27071028	86	2.6	85	80	8	235	31	24	17	26	1.97
27073810--27073855	24	2.0	24	91	4	76	34	0	4	60	1.16
27073819--27073889	32	2.2	33	87	10	101	33	0	2	63	1.09
27080823--27080899	3	25.7	3	100	0	154	67	0	32	0	0.91
27082050--27082167	50	2.4	50	82	0	137	25	21	23	29	1.99
27082237--27082520	50	5.7	50	66	8	166	29	21	23	24	1.99
27082245--27082753	100	5.1	100	91	0	730	30	21	22	26	1.99
27082295--27082554	50	5.2	50	68	3	191	31	21	21	25	1.98
27082295--27082670	50	7.5	50	65	5	186	31	21	21	26	1.98
27082564--27082720	50	3.1	50	63	7	129	29	19	22	29	1.98
27084712--27084774	30	2.0	30	82	17	74	34	0	3	61	1.12
27086576--27086992	9	45.1	9	74	12	283	33	0	20	44	1.58
27086597--27086836	66	3.7	66	95	0	419	32	0	23	44	1.54
27086893--27086998	56	1.9	56	84	3	142	37	0	17	43	1.56
27089815--27089878	30	2.1	30	82	5	76	50	25	0	25	1.50
27089828--27089870	15	2.9	15	82	10	52	51	20	0	27	1.48
27089823--27089895	38	1.9	38	86	5	103	52	23	0	24	1.48
27090172--27090288	40	2.9	39	79	10	130	26	22	22	29	1.99
27090361--27090510	40	3.8	40	87	0	201	24	23	22	30	1.99
27090153--27090696	190	2.9	188	80	7	565	26	23	19	31	1.98
27090553--27090717	40	4.2	40	77	1	161	23	22	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27093582--27093731	75	2.0	75	100	0	300	34	12	13	40	1.81
27094046--27094076	16	1.9	16	93	0	53	22	0	38	38	1.54
27094880--27094996	28	4.2	27	82	5	135	21	17	3	57	1.55
27095613--27095768	78	2.0	78	89	0	240	32	16	19	32	1.93
27097832--27098293	154	3.0	154	97	0	854	34	15	21	28	1.94
27099220--27099255	19	1.9	19	88	5	56	5	16	2	75	1.12
27103177--27103229	13	4.1	13	80	9	54	37	20	3	37	1.71
27105182--27105221	7	5.7	7	100	0	80	72	0	0	27	0.85
27108928--27109000	23	3.1	23	73	9	76	34	16	23	26	1.95
27110945--27111034	39	2.3	39	86	0	117	34	15	32	17	1.92
27113537--27113592	27	2.1	27	82	0	67	19	25	21	33	1.97
27121776--27121832	17	3.4	16	80	4	60	47	1	0	50	1.11
27121784--27121848	9	7.7	9	76	11	50	41	3	0	55	1.15
27122088--27122416	130	2.5	130	90	1	491	33	7	17	41	1.78
27125491--27125645	52	3.0	52	84	6	199	38	12	16	32	1.87
27125685--27125726	20	2.2	19	83	12	50	59	7	2	30	1.37
27125685--27125727	21	2.2	19	83	8	50	60	6	2	30	1.35
27125872--27126027	57	2.7	58	78	7	163	27	7	2	62	1.36
27127306--27127330	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27127743--27127772	7	4.3	7	100	0	60	46	0	40	13	1.43
27144508--27144575	34	2.0	35	88	2	102	54	8	7	29	1.58
27144969--27145196	43	5.3	43	82	3	262	26	28	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27145462--27145552	43	2.1	42	82	4	110	43	9	12	34	1.75
27145963--27146054	41	2.2	41	88	7	134	31	29	19	19	1.97
27145963--27146083	41	3.0	40	80	10	120	32	32	17	18	1.94
27168787--27168922	68	2.0	67	84	4	175	36	17	24	22	1.95
27168853--27169169	40	7.9	40	80	5	338	32	16	28	22	1.95
27168853--27169127	120	2.3	120	86	1	381	32	17	29	21	1.96
27177415--27177494	21	3.9	21	75	1	72	20	20	16	43	1.88
27177433--27177515	42	2.0	42	85	4	114	15	20	18	45	1.85
27180546--27180933	192	2.0	192	98	0	758	34	17	14	34	1.90
27185008--27185585	190	3.0	194	89	2	912	46	13	15	24	1.82
27196756--27196835	26	3.3	22	81	15	72	35	20	23	21	1.96
27197024--27197052	14	2.1	14	100	0	58	51	13	6	27	1.66
27201971--27202005	18	1.9	19	88	11	56	25	31	8	34	1.86
27204692--27204750	23	2.4	24	81	16	68	32	22	22	23	1.98
27204687--27204783	26	3.8	26	77	13	87	30	21	23	23	1.99
27208465--27208496	16	2.1	16	94	5	57	40	3	6	50	1.43
27208616--27208670	23	2.4	24	82	8	62	32	3	3	60	1.32
27209092--27209170	31	2.5	31	87	4	106	24	15	12	48	1.79
27210431--27210456	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27213698--27213807	37	3.0	35	78	16	109	40	2	3	53	1.33
27213848--27213905	16	3.6	16	78	17	66	44	3	0	51	1.18
27213849--27213904	17	3.4	17	78	14	64	44	3	0	51	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27215244--27215924	228	3.0	225	80	9	639	30	19	22	27	1.98
27215570--27215928	115	3.1	115	93	0	628	28	19	22	29	1.98
27217532--27217579	21	2.3	21	88	0	69	35	18	41	4	1.70
27218012--27218366	85	4.2	83	83	7	398	25	21	21	31	1.98
27218012--27218366	42	8.4	42	87	5	414	25	21	21	31	1.98
27218014--27218366	127	2.8	123	85	7	351	25	21	21	31	1.98
27219860--27219912	20	2.6	21	79	8	65	18	0	7	73	1.06
27219857--27219904	19	2.6	18	83	9	60	16	0	6	77	0.97
27221107--27221192	36	2.4	36	90	2	127	5	27	12	53	1.61
27225399--27225481	17	4.7	18	76	10	73	20	1	2	75	0.98
27225400--27225440	18	2.3	17	84	12	55	14	0	2	82	0.76
27225406--27225447	13	3.3	13	90	6	68	19	0	0	80	0.70
27225406--27225447	19	2.2	19	91	8	68	19	0	0	80	0.70
27225406--27225447	6	6.7	6	91	8	66	19	0	0	80	0.70
27225467--27225528	23	2.7	22	85	9	79	38	1	0	59	1.07
27225429--27225504	34	2.3	32	78	10	82	26	2	1	69	1.09
27225469--27225528	24	2.5	24	86	7	79	38	1	0	60	1.07
27229551--27229586	17	2.2	16	90	9	56	41	2	0	55	1.14
27229587--27229905	66	5.2	63	67	22	205	41	2	5	49	1.42
27229683--27229868	59	3.1	58	65	19	141	41	2	5	51	1.37
27229550--27229966	120	3.5	120	94	3	698	42	2	5	50	1.37
27229794--27229845	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27229923--27229964	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
27229914--27229955	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
27230240--27230280	16	2.6	16	96	0	73	36	36	0	26	1.57
27230592--27230626	9	4.1	9	85	14	56	57	11	0	31	1.34
27230591--27230629	16	2.4	16	95	0	69	56	10	0	33	1.33
27231074--27231134	30	2.0	31	87	3	88	19	37	0	42	1.52
27231241--27231282	20	2.0	21	81	9	50	21	28	0	50	1.49
27231979--27232007	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
27232988--27233053	18	3.8	18	74	9	57	45	0	3	51	1.16
27233021--27233084	20	3.2	20	84	8	78	43	0	3	53	1.16
27236113--27236171	26	2.2	27	84	3	75	72	0	13	13	1.11
27239479--27239535	28	2.0	28	82	6	69	40	12	12	35	1.80
27239522--27239557	18	2.0	18	88	0	54	50	5	8	36	1.56
27244298--27244548	116	2.2	116	92	0	412	29	23	19	27	1.98
27244872--27244943	36	2.0	36	91	0	117	38	16	15	29	1.89
27249401--27249438	16	2.3	17	81	9	51	23	31	23	21	1.98
27260454--27260579	43	3.0	41	77	14	148	34	24	18	23	1.96
27260600--27260876	51	5.5	49	76	14	233	30	27	17	24	1.97
27260600--27260871	101	2.7	101	90	2	422	30	27	17	24	1.97
27273471--27273504	6	5.7	6	100	0	68	64	0	0	35	0.94
27278615--27278666	22	2.4	22	80	9	61	51	1	7	38	1.42
27291042--27291230	50	3.8	50	87	0	261	20	30	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27298684--27299319	94	6.8	93	80	7	634	34	18	20	26	1.95
27298724--27299256	44	11.6	45	63	23	121	34	18	20	26	1.96
27298697--27299237	275	2.0	274	84	3	712	34	18	20	26	1.96
27299010--27299252	44	5.2	45	69	20	160	33	18	21	26	1.96
27299127--27299276	44	3.3	44	69	18	117	34	16	21	27	1.95
27300983--27301017	9	3.9	9	96	0	61	40	11	2	45	1.55
27301110--27301160	19	2.7	20	74	17	54	23	7	3	64	1.37
27301120--27301173	24	2.4	22	75	19	58	22	5	7	64	1.40
27331789--27331814	12	2.2	12	100	0	52	38	15	0	46	1.46
27334809--27334879	35	2.0	35	100	0	142	45	14	23	16	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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