genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 ID=Chr10-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62175169

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   

This is table  50  of  202  ( 24201 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14867626--14867714	3	29.3	3	86	6	126	64	1	1	33	1.09
14868600--14868684	43	2.0	42	86	8	120	48	1	23	27	1.58
14870029--14870067	20	2.0	20	90	5	62	28	10	7	53	1.62
14872524--14872550	11	2.5	11	100	0	54	59	0	0	40	0.98
14881525--14883249	579	3.0	577	94	0	3004	34	17	17	30	1.94
14883930--14884034	20	5.7	18	69	18	65	52	3	1	41	1.30
14886972--14887136	81	2.0	81	91	0	267	35	10	25	28	1.90
14897147--14897188	14	3.1	14	86	3	59	19	0	4	76	0.96
14897147--14897209	4	15.8	4	73	18	51	17	1	6	74	1.10
14901173--14901330	76	2.1	76	90	0	244	25	17	25	30	1.97
14908339--14908369	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
14908424--14908457	9	3.8	9	92	0	59	44	17	11	26	1.83
14908421--14908457	18	2.1	18	100	0	74	45	16	10	27	1.80
14919443--14919470	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14920503--14920566	29	2.1	30	85	5	85	29	14	17	39	1.88
14922551--14922597	22	2.0	22	92	8	76	17	0	14	68	1.22
14926521--14926626	43	2.4	44	90	3	160	31	21	16	31	1.95
14929590--14929686	26	3.8	26	76	11	87	16	26	23	32	1.96
14929746--14929850	25	4.2	25	76	1	104	20	22	19	37	1.95
14931870--14931906	5	7.4	5	93	0	65	21	0	2	75	0.92
14933128--14934303	293	4.0	293	89	1	1755	26	18	13	41	1.88
14936066--14936103	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14940822--14940875	25	2.2	25	83	6	65	51	11	12	24	1.72
14941308--14941394	21	3.9	22	68	28	67	43	0	4	51	1.22
14941457--14941481	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
14943515--14943563	18	2.7	18	81	6	55	34	4	0	61	1.15
14943861--14944189	106	3.1	106	85	1	435	30	18	18	32	1.95
14951928--14951966	19	2.1	19	95	0	69	74	0	17	7	1.05
14955740--14956058	66	5.2	65	66	22	222	42	2	6	48	1.41
14955823--14955857	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14955702--14956119	120	3.5	120	95	1	748	43	2	5	49	1.37
14955957--14955998	15	2.7	15	82	10	50	42	0	2	54	1.13
14956063--14956097	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14956245--14956349	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
14956243--14956352	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
14956331--14956368	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
14957084--14957129	18	2.7	17	80	9	58	36	2	4	56	1.31
14958338--14958379	20	2.1	20	95	0	75	47	19	4	28	1.69
14965112--14965224	31	3.7	29	78	8	118	53	5	1	39	1.34
14965912--14966144	118	2.0	118	96	0	430	36	18	16	28	1.92
14968011--14968068	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
14969536--14969595	30	2.0	30	100	0	120	43	10	10	36	1.72
14970763--14970893	60	2.2	57	80	11	142	52	3	3	40	1.35
14972498--14972563	27	2.6	25	81	9	78	22	19	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14972496--14972635	25	5.6	24	76	9	93	19	23	22	35	1.96
14972524--14972635	50	2.3	49	80	1	125	18	23	23	34	1.96
14972602--14972670	24	2.8	25	82	10	90	20	21	23	34	1.96
14979112--14979323	41	5.1	41	88	0	316	25	26	18	28	1.98
14979112--14979323	82	2.6	82	92	0	352	25	26	18	28	1.98
14979759--14979793	2	17.5	2	93	0	61	51	45	2	0	1.16
14986074--14986247	25	6.9	25	67	16	99	21	22	18	36	1.95
14986215--14986294	25	3.2	25	70	16	67	26	22	20	31	1.98
14988746--14988778	11	2.8	12	86	4	50	51	12	3	33	1.54
14990196--14990276	40	2.0	40	100	0	162	43	19	12	24	1.86
14996370--14996404	14	2.4	15	85	9	54	22	0	25	51	1.48
14996374--14996405	14	2.3	14	94	0	55	25	0	21	53	1.46
14997561--14997620	30	2.0	30	100	0	120	26	6	20	46	1.75
14999781--14999877	48	2.0	49	84	6	126	31	16	7	44	1.75
15000421--15000462	21	2.0	21	95	0	75	19	4	21	54	1.62
15002743--15003119	190	2.0	190	98	0	736	31	9	15	43	1.79
15014979--15015033	23	2.3	26	78	18	73	38	20	25	16	1.92
15023696--15023728	18	1.9	18	88	11	52	54	15	0	30	1.41
15025195--15025226	16	2.1	15	94	5	55	65	0	3	31	1.08
15025423--15025460	12	3.2	12	82	10	51	55	0	10	34	1.34
15025414--15025460	24	2.0	24	87	8	69	57	0	10	31	1.33
15025428--15025477	21	2.4	21	76	6	57	60	0	10	30	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15026842--15028057	309	3.9	308	89	2	1679	29	24	13	31	1.94
15026842--15028057	44	27.4	44	87	3	1607	29	24	13	31	1.94
15030509--15030762	44	5.8	44	89	3	395	30	24	14	30	1.94
15030509--15030764	89	2.9	88	87	4	381	30	25	14	30	1.94
15036975--15037006	16	2.1	15	94	5	55	65	0	3	31	1.08
15040429--15040510	25	3.2	25	66	10	65	19	29	19	31	1.96
15040504--15040558	24	2.3	24	84	6	67	18	36	18	27	1.94
15041092--15041128	12	3.1	12	92	0	56	27	40	21	10	1.86
15045459--15045675	51	4.3	51	94	0	371	28	24	15	31	1.96
15049382--15049628	41	6.1	40	79	6	250	17	18	27	37	1.93
15049382--15049628	82	3.0	80	84	5	302	17	18	27	37	1.93
15059625--15059654	7	4.1	7	95	4	51	0	3	13	83	0.77
15059883--15059921	21	1.9	21	84	5	53	41	0	2	56	1.13
15064387--15064458	17	4.4	16	77	18	69	56	2	0	40	1.13
15068671--15068867	97	2.0	97	90	1	306	44	21	10	23	1.82
15069826--15069866	17	2.3	19	80	16	52	70	0	17	12	1.16
15080906--15080948	19	2.4	17	77	11	50	41	0	0	58	0.98
15085541--15085581	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
15085517--15085576	30	2.0	30	83	3	77	43	0	36	20	1.52
15088623--15088676	22	2.3	23	75	15	58	40	25	5	27	1.78
15089172--15089246	27	2.8	27	85	0	105	45	18	16	20	1.86
15093470--15093599	64	2.0	65	92	1	217	26	30	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15106802--15106827	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
15113698--15113731	3	11.0	3	93	6	59	64	0	0	35	0.94
15114596--15114674	30	2.6	30	90	4	115	30	20	12	36	1.90
15114681--15114722	17	2.5	17	88	7	59	11	61	0	26	1.30
15117241--15117309	34	2.0	34	100	0	138	39	17	20	23	1.92
15118809--15118838	7	4.3	7	95	0	51	53	13	0	33	1.40
15121073--15121140	20	3.5	20	78	11	77	4	16	20	58	1.54
15121080--15121129	24	2.0	25	84	3	66	4	18	20	58	1.55
15122636--15122671	11	3.2	11	96	4	63	16	36	0	47	1.47
15122651--15122771	51	2.4	51	77	2	145	33	27	0	38	1.63
15124558--15124592	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
15124994--15125248	71	3.6	71	97	0	483	36	3	15	44	1.63
15124996--15125251	25	10.7	25	65	22	131	37	3	15	44	1.63
15125251--15125721	29	16.7	29	79	11	482	46	28	0	24	1.56
15125273--15125318	12	3.8	12	78	16	58	47	34	0	17	1.48
15125266--15125331	13	5.2	13	72	20	68	50	28	0	21	1.49
15125251--15125721	118	4.2	112	81	8	530	46	28	0	24	1.56
15125580--15125706	25	4.7	25	73	22	114	46	29	0	22	1.58
15125633--15125704	13	5.2	13	70	23	58	48	29	0	22	1.51
15125715--15125834	57	2.1	55	83	8	145	37	11	5	45	1.65
15128803--15128837	15	2.4	15	90	4	54	25	0	0	74	0.82
15131586--15131636	18	2.8	18	81	3	57	41	3	19	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15135476--15135526	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
15135834--15135859	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15141786--15141853	31	2.1	33	86	5	95	30	10	19	39	1.85
15147259--15147306	24	1.9	26	87	8	73	37	2	0	60	1.09
15147336--15147543	87	2.4	86	80	8	231	35	7	19	37	1.80
15162208--15162258	16	3.2	16	91	0	84	41	0	25	33	1.56
15162444--15162570	61	2.1	58	82	7	148	48	4	0	45	1.28
15162444--15162600	58	2.7	58	78	10	142	50	4	1	43	1.30
15162578--15162620	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
15165311--15165344	16	2.1	16	100	0	68	11	23	38	26	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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